src/gromacs/fileio/strdb.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "strdb.h"
  40
  41 #include "config.h"
  42
  43 #include <stdio.h>
  44 #include <stdlib.h>
  45 #include <string.h>
  46
  47 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  50
  51 #include "gromacs/utility/futil.h"
  52
  53 gmx_bool get_a_line(FILE *fp, char line[], int n)
  54 {
  55     char *line0;
  56     char *dum;
  57
  58     snew(line0, n+1);
  59
  60     do
  61     {
  62         if (!fgets(line0, n+1, fp))
  63         {
  64             sfree(line0);
  65             return FALSE;
  66         }
  67         dum = strchr(line0, '\n');
  68         if (dum)
  69         {
  70             dum[0] = '\0';
  71         }
  72         else if (strlen(line0) == n)
  73         {
  74             fprintf(stderr, "Warning: line length exceeds buffer length (%d), data might be corrupted\n", n);
  75             line0[n-1] = '\0';
  76         }
  77         else
  78         {
  79             fprintf(stderr, "Warning: file does not end with a newline, last line:\n%s\n",
  80                     line0);
  81         }
  82         dum = strchr(line0, ';');
  83         if (dum)
  84         {
  85             dum[0] = '\0';
  86         }
  87         strncpy(line, line0, n);
  88         dum = line0;
  89         ltrim(dum);
  90     }
  91     while (dum[0] == '\0');
  92
  93     sfree(line0);
  94     return TRUE;
  95 }
  96
  97 gmx_bool get_header(char line[], char *header)
  98 {
  99     char temp[STRLEN], *dum;
 100
 101     strcpy(temp, line);
 102     dum = strchr(temp, '[');
 103     if (dum == NULL)
 104     {
 105         return FALSE;
 106     }
 107     dum[0] = ' ';
 108     dum    = strchr(temp, ']');
 109     if (dum == NULL)
 110     {
 111         gmx_fatal(FARGS, "header is not terminated on line:\n'%s'\n", line);
 112         return FALSE;
 113     }
 114     dum[0] = '\0';
 115     if (sscanf(temp, "%s%*s", header) != 1)
 116     {
 117         return FALSE;
 118     }
 119
 120     return TRUE;
 121 }
 122
 123 int get_strings(const char *db, char ***strings)
 124 {
 125     FILE  *in;
 126     char **ptr;
 127     char   buf[256];
 128     int    i, nstr;
 129
 130     in = libopen(db);
 131
 132     if (fscanf(in, "%d", &nstr) != 1)
 133     {
 134         gmx_warning("File %s is empty", db);
 135         gmx_ffclose(in);
 136         return 0;
 137     }
 138     snew(ptr, nstr);
 139     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 140     {
 141         if (1 != fscanf(in, "%s", buf))
 142         {
 143             gmx_fatal(FARGS, "Cannot read string from buffer");
 144         }
 145 #ifdef DEBUG
 146         fprintf(stderr, "Have read: %s\n", buf);
 147 #endif
 148         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 149     }
 150     gmx_ffclose(in);
 151
 152     *strings = ptr;
 153
 154     return nstr;
 155 }
 156
 157 int search_str(int nstr, char **str, char *key)
 158 {
 159     int i;
 160
 161     /* Linear search */
 162     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 163     {
 164         if (gmx_strcasecmp(str[i], key) == 0)
 165         {
 166             return i;
 167         }
 168     }
 169
 170     return -1;
 171 }
 172
 173 int fget_lines(FILE *in, char ***strings)
 174 {
 175     char **ptr;
 176     char   buf[STRLEN];
 177     int    i, nstr;
 178     char  *pret;
 179
 180     pret = fgets(buf, STRLEN-1, in);
 181     if (pret == NULL  || sscanf(buf, "%d", &nstr) != 1)
 182     {
 183         gmx_warning("File is empty");
 184         gmx_ffclose(in);
 185
 186         return 0;
 187     }
 188     snew(ptr, nstr);
 189     for (i = 0; (i < nstr); i++)
 190     {
 191         fgets2(buf, STRLEN-1, in);
 192         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 193     }
 194
 195     (*strings) = ptr;
 196
 197     return nstr;
 198 }
 199
 200 int get_lines(const char *db, char ***strings)
 201 {
 202     FILE *in;
 203     int   nstr;
 204
 205     in   = libopen(db);
 206     nstr = fget_lines(in, strings);
 207     gmx_ffclose(in);
 208
 209     return nstr;
 210 }
 211
 212 int get_file(const char *db, char ***strings)
 213 {
 214     FILE  *in;
 215     char **ptr = NULL;
 216     char   buf[STRLEN];
 217     int    i, nstr, maxi;
 218
 219     in = libopen(db);
 220
 221     i = maxi = 0;
 222     while (fgets2(buf, STRLEN-1, in))
 223     {
 224         if (i >= maxi)
 225         {
 226             maxi += 50;
 227             srenew(ptr, maxi);
 228         }
 229         ptr[i] = gmx_strdup(buf);
 230         i++;
 231     }
 232     nstr = i;
 233     gmx_ffclose(in);
 234     srenew(ptr, nstr);
 235     *strings = ptr;
 236
 237     return nstr;
 238 }