src/gromacs/fileio/gmxfio_bin.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <errno.h>
  40 #include <stdio.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #include "config.h"
  44
  45 #ifdef HAVE_IO_H
  46 #include <io.h>
  47 #endif
  48
  49 #include "gromacs/fileio/filenm.h"
  50 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/gmxfio_int.h"
  52 #include "gromacs/fileio/md5.h"
  53 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  54 #include "gromacs/utility/futil.h"
  55 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  56
  57 /* This is the part that reads dummy and ascii files.  */
  58
  59
  60 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
  61                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
  62 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  63                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
  64
  65
  66 const t_iotype bin_iotype = {do_binread, do_binwrite};
  67
  68
  69 static gmx_bool do_binwrite(t_fileio *fio, const void *item, int nitem, int eio,
  70                             const char *desc, const char *srcfile, int line)
  71 {
  72     size_t size = 0, wsize;
  73     int    ssize;
  74
  75     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
  76     switch (eio)
  77     {
  78         case eioREAL:
  79             size = sizeof(real);
  80             break;
  81         case eioFLOAT:
  82             size = sizeof(float);
  83             break;
  84         case eioDOUBLE:
  85             size = sizeof(double);
  86             break;
  87         case eioINT:
  88             size = sizeof(int);
  89             break;
  90         case eioINT64:
  91             size = sizeof(gmx_int64_t);
  92             break;
  93         case eioUCHAR:
  94             size = sizeof(unsigned char);
  95             break;
  96         case eioNUCHAR:
  97             size = sizeof(unsigned char);
  98             break;
  99         case eioUSHORT:
 100             size = sizeof(unsigned short);
 101             break;
 102         case eioRVEC:
 103             size = sizeof(rvec);
 104             break;
 105         case eioNRVEC:
 106             size = sizeof(rvec);
 107             break;
 108         case eioIVEC:
 109             size = sizeof(ivec);
 110             break;
 111         case eioSTRING:
 112             size = ssize = strlen((char *) item) + 1;
 113             do_binwrite(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 114             break;
 115         default:
 116             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 117     }
 118
 119     wsize = fwrite(item, size, nitem, fio->fp);
 120
 121     if ((wsize != nitem) && fio->bDebug)
 122     {
 123         fprintf(stderr,
 124                 "Error writing %s %s to file %s (source %s, line %d)\n",
 125                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 126         fprintf(stderr, "written size %u bytes, source size %u bytes\n",
 127                 (unsigned int) wsize, (unsigned int) size);
 128     }
 129     return (wsize == nitem);
 130 }
 131
 132 static gmx_bool do_binread(t_fileio *fio, void *item, int nitem, int eio,
 133                            const char *desc, const char *srcfile, int line)
 134 {
 135     size_t size = 0, rsize;
 136     int    ssize;
 137
 138     gmx_fio_check_nitem(eio, nitem, srcfile, line);
 139     switch (eio)
 140     {
 141         case eioREAL:
 142             if (fio->bDouble)
 143             {
 144                 size = sizeof(double);
 145             }
 146             else
 147             {
 148                 size = sizeof(float);
 149             }
 150             break;
 151         case eioFLOAT:
 152             size = sizeof(float);
 153             break;
 154         case eioDOUBLE:
 155             size = sizeof(double);
 156             break;
 157         case eioINT:
 158             size = sizeof(int);
 159             break;
 160         case eioINT64:
 161             size = sizeof(gmx_int64_t);
 162             break;
 163         case eioUCHAR:
 164             size = sizeof(unsigned char);
 165             break;
 166         case eioNUCHAR:
 167             size = sizeof(unsigned char);
 168             break;
 169         case eioUSHORT:
 170             size = sizeof(unsigned short);
 171             break;
 172         case eioRVEC:
 173         case eioNRVEC:
 174             if (fio->bDouble)
 175             {
 176                 size = sizeof(double) * DIM;
 177             }
 178             else
 179             {
 180                 size = sizeof(float) * DIM;
 181             }
 182             break;
 183         case eioIVEC:
 184             size = sizeof(ivec);
 185             break;
 186         case eioSTRING:
 187             do_binread(fio, &ssize, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
 188             size = ssize;
 189             break;
 190         default:
 191             gmx_fio_fe(fio, eio, desc, srcfile, line);
 192     }
 193     if (item)
 194     {
 195         rsize = fread(item, size, nitem, fio->fp);
 196     }
 197     else
 198     {
 199         /* Skip over it if we have a NULL pointer here */
 200         gmx_fseek(fio->fp, (gmx_off_t)(size*nitem), SEEK_CUR);
 201         rsize = nitem;
 202     }
 203     if ((rsize != nitem) && (fio->bDebug))
 204     {
 205         fprintf(stderr,
 206                 "Error reading %s %s from file %s (source %s, line %d)\n",
 207                 eioNames[eio], desc, fio->fn, srcfile, line);
 208     }
 209
 210     return (rsize == nitem);
 211 }