src/gromacs/fileio/gmxfio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_FILEIO_GMXFIO_H
  39 #define GMX_FILEIO_GMXFIO_H
  40
  41 #include <stdio.h>
  42
  43 #include "../utility/cstringutil.h"
  44 #include "../utility/futil.h"
  45 #include "../utility/real.h"
  46 #include "../math/vectypes.h"
  47
  48 #ifdef __cplusplus
  49 extern "C" {
  50 #endif
  51 /* types */
  52
  53
  54 /* Enumerated for different items in files */
  55 enum {
  56     eitemHEADER, eitemIR, eitemBOX,
  57     eitemTOP, eitemX, eitemV, eitemF, eitemNR
  58 };
  59
  60 /* Enumerated for data types in files */
  61 enum {
  62     eioREAL, eioFLOAT, eioDOUBLE, eioINT, eioINT64,
  63     eioUCHAR, eioNUCHAR, eioUSHORT,
  64     eioRVEC, eioNRVEC, eioIVEC, eioSTRING, eioNR
  65 };
  66
  67 typedef struct t_fileio t_fileio;
  68
  69 extern const char *itemstr[eitemNR];
  70 extern const char *comment_str[eitemNR];
  71
  72 /* NOTE ABOUT THREAD SAFETY:
  73
  74    The functions are all thread-safe, provided that two threads don't
  75    do something silly like closing the same file, or one thread
  76    accesses a file that has been closed by another.
  77  */
  78
  79 /********************************************************
  80  * Open and Close
  81  ********************************************************/
  82
  83 t_fileio *gmx_fio_open(const char *fn, const char *mode);
  84 /* Open a new file for reading or writing.
  85  * The file type will be deduced from the file name.
  86  * If fn is NULL, stdin / stdout will be used for Ascii I/O (TPA type)
  87  * mode may be "r", "w", or "a". You should append a "b" to the mode
  88  * if you are writing a binary file, but the routine will also
  89  * doublecheck it and try to do it if you forgot. This has no effect on
  90  * unix, but is important on windows.
  91  */
  92
  93 int gmx_fio_close(t_fileio *fp);
  94 /* Close the file corresponding to fp (if not stdio)
  95  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
  96  * Returns 0 on success.
  97  */
  98
  99 int gmx_fio_fp_close(t_fileio *fp);
 100 /* Close the file corresponding to fp without closing the FIO entry
 101  * Needed e.g. for trxio because the FIO entries are used to store
 102  * additional data.
 103  * NOTE that the fp still needs to be properly closed with gmx_fio_close().
 104  * The routine will exit when an invalid fio is handled.
 105  * Returns 0 on success.
 106  */
 107
 108
 109 /* Open a file, return a stream, record the entry in internal FIO object */
 110 FILE* gmx_fio_fopen(const char *fn, const char *mode);
 111
 112 /* Close a file previously opened with gmx_fio_fopen.
 113  * Do not mix these calls with standard fopen/fclose ones!
 114  * Returns 0 on success.  */
 115 int gmx_fio_fclose(FILE *fp);
 116
 117
 118
 119 /********************************************************
 120  * Change properties of the open file
 121  ********************************************************/
 122
 123 void gmx_fio_setprecision(t_fileio *fio, gmx_bool bDouble);
 124 /* Select the floating point precision for reading and writing files */
 125
 126 char *gmx_fio_getname(t_fileio *fio);
 127 /* Return the filename corresponding to the fio index */
 128
 129 int gmx_fio_getftp(t_fileio *fio);
 130 /* Return the filetype corresponding to the fio index.
 131     There is as of now no corresponding setftp function because the file
 132     was opened as a specific file type and changing that midway is most
 133     likely an evil hack. */
 134
 135 void gmx_fio_setdebug(t_fileio *fio, gmx_bool bDebug);
 136 /* Set the debug mode */
 137
 138 gmx_bool gmx_fio_getdebug(t_fileio *fio);
 139 /* Return  whether debug mode is on in fio  */
 140
 141 gmx_bool gmx_fio_getread(t_fileio *fio);
 142 /* Return  whether read mode is on in fio  */
 143
 144
 145 void gmx_fio_checktype(t_fileio *fio);
 146 /* Check whether the fio is of a sane type */
 147
 148 /***************************************************
 149  * FILE Operations
 150  ***************************************************/
 151
 152 void gmx_fio_rewind(t_fileio *fio);
 153 /* Rewind the tpa file in fio */
 154
 155 int gmx_fio_flush(t_fileio *fio);
 156 /* Flush the fio, returns 0 on success */
 157
 158 int gmx_fio_fsync(t_fileio *fio);
 159 /* fsync the fio, returns 0 on success.
 160    NOTE: don't use fsync function unless you're absolutely sure you need it
 161    because it deliberately interferes with the OS's caching mechanisms and
 162    can cause dramatically slowed down IO performance. Some OSes (Linux,
 163    for example), may implement fsync as a full sync() point. */
 164
 165 gmx_off_t gmx_fio_ftell(t_fileio *fio);
 166 /* Return file position if possible */
 167
 168 int gmx_fio_seek(t_fileio *fio, gmx_off_t fpos);
 169 /* Set file position if possible, quit otherwise */
 170
 171 FILE *gmx_fio_getfp(t_fileio *fio);
 172 /* Return the file pointer itself */
 173
 174
 175 /* Element with information about position in a currently open file.
 176  * gmx_off_t should be defined by autoconf if your system does not have it.
 177  * If you do not have it on some other platform you do not have largefile
 178  * support at all, and you can define it to int (or better, find out how to
 179  * enable large files).  */
 180 typedef struct
 181 {
 182     char          filename[STRLEN];
 183     gmx_off_t     offset;
 184     unsigned char chksum[16];
 185     int           chksum_size;
 186 }
 187 gmx_file_position_t;
 188
 189 int gmx_fio_get_output_file_positions(gmx_file_position_t ** outputfiles,
 190                                       int                   *nfiles );
 191 /* Return the name and file pointer positions for all currently open
 192  * output files. This is used for saving in the checkpoint files, so we
 193  * can truncate output files upon restart-with-appending.
 194  *
 195  * For the first argument you should use a pointer, which will be set to
 196  * point to a list of open files.
 197  */
 198
 199 t_fileio *gmx_fio_all_output_fsync(void);
 200 /* fsync all open output files. This is used for checkpointing, where
 201    we need to ensure that all output is actually written out to
 202    disk.
 203    This is most important in the case of some networked file systems,
 204    where data is not synced with the file server until close() or
 205    fsync(), so data could remain in cache for days.
 206    Note the caveats reported with gmx_fio_fsync().
 207
 208     returns: NULL if no error occurred, or a pointer to the first file that
 209              failed if an error occurred
 210  */
 211
 212
 213 int gmx_fio_get_file_md5(t_fileio *fio, gmx_off_t offset,
 214                          unsigned char digest[]);
 215
 216
 217 int xtc_seek_frame(t_fileio *fio, int frame, int natoms);
 218
 219 int xtc_seek_time(t_fileio *fio, real time, int natoms, gmx_bool bSeekForwardOnly);
 220
 221
 222 /* Add this to the comment string for debugging */
 223 void gmx_fio_set_comment(t_fileio *fio, const char *comment);
 224
 225 /* Remove previously set comment */
 226 void gmx_fio_unset_comment(t_fileio *fio);
 227
 228
 229
 230
 231 /********************************************************
 232  * Read and write
 233  ********************************************************/
 234
 235
 236 /* basic reading & writing */
 237 gmx_bool gmx_fio_reade_real(t_fileio *fio, real *item,
 238                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 239 gmx_bool gmx_fio_reade_float(t_fileio *fio, float *item,
 240                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 241 gmx_bool gmx_fio_reade_double(t_fileio *fio, double *item,
 242                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 243 gmx_bool gmx_fio_reade_int(t_fileio *fio, int *item,
 244                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 245 gmx_bool gmx_fio_reade_int64(t_fileio *fio, gmx_int64_t *item,
 246                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 247 gmx_bool gmx_fio_reade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 248                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 249 gmx_bool gmx_fio_reade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 250                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 251 gmx_bool gmx_fio_reade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 252                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 253 gmx_bool gmx_fio_reade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 254                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 255 gmx_bool gmx_fio_reade_string(t_fileio *fio, char *item,
 256                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 257
 258 gmx_bool gmx_fio_writee_real(t_fileio *fio, real item,
 259                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 260 gmx_bool gmx_fio_writee_float(t_fileio *fio, float item,
 261                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 262 gmx_bool gmx_fio_writee_double(t_fileio *fio, double item,
 263                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 264 gmx_bool gmx_fio_writee_int(t_fileio *fio, int item,
 265                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 266 gmx_bool gmx_fio_writee_int64(t_fileio *fio, gmx_int64_t item,
 267                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 268 gmx_bool gmx_fio_writee_uchar(t_fileio *fio, unsigned char item,
 269                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 270 gmx_bool gmx_fio_writee_ushort(t_fileio *fio, unsigned short item,
 271                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 272 gmx_bool gmx_fio_writee_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 273                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 274 gmx_bool gmx_fio_writee_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 275                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 276 gmx_bool gmx_fio_writee_string(t_fileio *fio, const char *item,
 277                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 278
 279 /* reading or writing, depending on the file's opening mode string */
 280 gmx_bool gmx_fio_doe_real(t_fileio *fio, real *item,
 281                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 282 gmx_bool gmx_fio_doe_float(t_fileio *fio, float *item,
 283                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 284 gmx_bool gmx_fio_doe_double(t_fileio *fio, double *item,
 285                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 286 gmx_bool gmx_fio_doe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item,
 287                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 288 gmx_bool gmx_fio_doe_int(t_fileio *fio, int *item,
 289                          const char *desc, const char *srcfile, int line);
 290 gmx_bool gmx_fio_doe_int64(t_fileio *fio, gmx_int64_t *item,
 291                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 292 gmx_bool gmx_fio_doe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
 293                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 294 gmx_bool gmx_fio_doe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item,
 295                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 296 gmx_bool gmx_fio_doe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item,
 297                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 298 gmx_bool gmx_fio_doe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
 299                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 300 gmx_bool gmx_fio_doe_string(t_fileio *fio, char *item,
 301                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 302
 303
 304
 305
 306 /* array reading & writing */
 307 gmx_bool gmx_fio_nreade_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 308                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 309 gmx_bool gmx_fio_nreade_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 310                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 311 gmx_bool gmx_fio_nreade_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 312                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 313 gmx_bool gmx_fio_nreade_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 314                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 315 gmx_bool gmx_fio_nreade_int64(t_fileio *fio, gmx_int64_t *item, int n,
 316                               const char *desc, const char *srcfile,
 317                               int line);
 318 gmx_bool gmx_fio_nreade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 319                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 320 gmx_bool gmx_fio_nreade_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 321                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 322 gmx_bool gmx_fio_nreade_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 323                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 324 gmx_bool gmx_fio_nreade_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 325                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 326 gmx_bool gmx_fio_nreade_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 327                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 328
 329 gmx_bool gmx_fio_nwritee_real(t_fileio *fio, const real *item, int n,
 330                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 331 gmx_bool gmx_fio_nwritee_float(t_fileio *fio, const float *item, int n,
 332                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 333 gmx_bool gmx_fio_nwritee_double(t_fileio *fio, const double *item, int n,
 334                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 335 gmx_bool gmx_fio_nwritee_int(t_fileio *fio, const int *item, int n,
 336                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 337 gmx_bool gmx_fio_nwritee_int64(t_fileio *fio,
 338                                const gmx_int64_t *item, int n,
 339                                const char *desc, const char *srcfile,
 340                                int line);
 341 gmx_bool gmx_fio_nwritee_uchar(t_fileio *fio, const unsigned char *item, int n,
 342                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 343 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ushort(t_fileio *fio, const unsigned short *item, int n,
 344                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 345 gmx_bool gmx_fio_nwritee_rvec(t_fileio *fio, const rvec *item, int n,
 346                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 347 gmx_bool gmx_fio_nwritee_ivec(t_fileio *fio, const ivec *item, int n,
 348                               const char *desc, const char *srcfile, int line);
 349 gmx_bool gmx_fio_nwritee_string(t_fileio *fio, const char *item[], int n,
 350                                 const char *desc, const char *srcfile, int line);
 351
 352 gmx_bool gmx_fio_ndoe_real(t_fileio *fio, real *item, int n,
 353                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 354 gmx_bool gmx_fio_ndoe_float(t_fileio *fio, float *item, int n,
 355                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 356 gmx_bool gmx_fio_ndoe_double(t_fileio *fio, double *item, int n,
 357                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 358 gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item, int n,
 359                                const char *desc, const char *srcfile, int line);
 360 gmx_bool gmx_fio_ndoe_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
 361                           const char *desc, const char *srcfile, int line);
 362 gmx_bool gmx_fio_ndoe_int64(t_fileio *fio, gmx_int64_t *item, int n,
 363                             const char *desc, const char *srcfile,
 364                             int line);
 365 gmx_bool gmx_fio_ndoe_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item, int n,
 366                             const char *desc, const char *srcfile, int line);
 367 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ushort(t_fileio *fio, unsigned short *item, int n,
 368                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 369 gmx_bool gmx_fio_ndoe_rvec(t_fileio *fio, rvec *item, int n,
 370                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 371 gmx_bool gmx_fio_ndoe_ivec(t_fileio *fio, ivec *item, int n,
 372                            const char *desc, const char *srcfile, int line);
 373 gmx_bool gmx_fio_ndoe_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
 374                              const char *desc, const char *srcfile, int line);
 375
 376
 377
 378 /* convenience macros */
 379 #define gmx_fio_read_real(fio, item)           gmx_fio_reade_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 380 #define gmx_fio_read_float(fio, item)          gmx_fio_reade_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 381 #define gmx_fio_read_double(fio, item)         gmx_fio_reade_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 382 #define gmx_fio_read_int(fio, item)            gmx_fio_reade_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 383 #define gmx_fio_read_int64(fio, item)          gmx_fio_reade_int64(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 384 #define gmx_fio_read_uchar(fio, item)          gmx_fio_reade_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 385 #define gmx_fio_read_ushort(fio, item)         gmx_fio_reade_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 386 #define gmx_fio_read_rvec(fio, item)           gmx_fio_reade_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 387 #define gmx_fio_read_ivec(fio, item)           gmx_fio_reade_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 388 #define gmx_fio_read_string(fio, item)         gmx_fio_reade_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 389
 390 #define gmx_fio_write_real(fio, item)           gmx_fio_writee_real(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 391 #define gmx_fio_write_float(fio, item)          gmx_fio_writee_float(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 392 #define gmx_fio_write_double(fio, item)         gmx_fio_writee_double(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 393 #define gmx_fio_write_int(fio, item)            gmx_fio_writee_int(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 394 #define gmx_fio_write_int64(fio, item)          gmx_fio_writee_int64(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 395 #define gmx_fio_write_uchar(fio, item)          gmx_fio_writee_uchar(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 396 #define gmx_fio_write_ushort(fio, item)         gmx_fio_writee_ushort(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 397 #define gmx_fio_write_rvec(fio, item)           gmx_fio_writee_rvec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 398 #define gmx_fio_write_ivec(fio, item)           gmx_fio_writee_ivec(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 399 #define gmx_fio_write_string(fio, item)         gmx_fio_writee_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 400
 401 #define gmx_fio_do_real(fio, item)              gmx_fio_doe_real(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 402 #define gmx_fio_do_float(fio, item)             gmx_fio_doe_float(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 403 #define gmx_fio_do_double(fio, item)            gmx_fio_doe_double(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 404 #define gmx_fio_do_gmx_bool(fio, item)          gmx_fio_doe_gmx_bool(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 405 #define gmx_fio_do_int(fio, item)               gmx_fio_doe_int(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 406 #define gmx_fio_do_int64(fio, item)             gmx_fio_doe_int64(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 407 #define gmx_fio_do_uchar(fio, item)             gmx_fio_doe_uchar(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 408 #define gmx_fio_do_ushort(fio, item)            gmx_fio_doe_ushort(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 409 #define gmx_fio_do_rvec(fio, item)              gmx_fio_doe_rvec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 410 #define gmx_fio_do_ivec(fio, item)              gmx_fio_doe_ivec(fio, &item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 411 #define gmx_fio_do_string(fio, item)            gmx_fio_doe_string(fio, item, (#item), __FILE__, __LINE__)
 412
 413
 414
 415
 416 #define gmx_fio_nread_real(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 417 #define gmx_fio_nread_float(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 418 #define gmx_fio_nread_double(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 419 #define gmx_fio_nread_int(fio, item, n)             gmx_fio_nreade_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 420 #define gmx_fio_nread_int64(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_int64(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 421 #define gmx_fio_nread_uchar(fio, item, n)           gmx_fio_nreade_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 422 #define gmx_fio_nread_ushort(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 423 #define gmx_fio_nread_rvec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 424 #define gmx_fio_nread_ivec(fio, item, n)            gmx_fio_nreade_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 425 #define gmx_fio_nread_string(fio, item, n)          gmx_fio_nreade_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 426
 427 #define gmx_fio_nwrite_real(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 428 #define gmx_fio_nwrite_float(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 429 #define gmx_fio_nwrite_double(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 430 #define gmx_fio_nwrite_int(fio, item, n)            gmx_fio_nwritee_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 431 #define gmx_fio_nwrite_int64(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_int64(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 432 #define gmx_fio_nwrite_uchar(fio, item, n)          gmx_fio_nwritee_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 433 #define gmx_fio_nwrite_ushort(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 434 #define gmx_fio_nwrite_rvec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 435 #define gmx_fio_nwrite_ivec(fio, item, n)           gmx_fio_nwritee_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 436 #define gmx_fio_nwrite_string(fio, item, n)         gmx_fio_nwritee_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 437
 438 #define gmx_fio_ndo_real(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_real(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 439 #define gmx_fio_ndo_float(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_float(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 440 #define gmx_fio_ndo_double(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_double(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 441 #define gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, item, n)          gmx_fio_ndoe_gmx_bool(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 442 #define gmx_fio_ndo_int(fio, item, n)               gmx_fio_ndoe_int(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 443 #define gmx_fio_ndo_int64(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_int64(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 444 #define gmx_fio_ndo_uchar(fio, item, n)             gmx_fio_ndoe_uchar(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 445 #define gmx_fio_ndo_ushort(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_ushort(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 446 #define gmx_fio_ndo_rvec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_rvec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 447 #define gmx_fio_ndo_ivec(fio, item, n)              gmx_fio_ndoe_ivec(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 448 #define gmx_fio_ndo_string(fio, item, n)            gmx_fio_ndoe_string(fio, item, n, (#item), __FILE__, __LINE__)
 449
 450 #ifdef __cplusplus
 451 }
 452 #endif
 453
 454 #endif