src/gromacs/fft/tests/fft.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests utilities for fft calculations.
  38  *
  39  * Current reference data is generated in double precision using the Reference
  40  * build type, except for the compiler (Apple Clang).
  41  *
  42  * \author Roland Schulz <roland@utk.edu>
  43  * \ingroup module_fft
  44  */
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "gromacs/fft/fft.h"
  48
  49 #include <vector>
  50
  51 #include <gtest/gtest.h>
  52
  53 #include "gromacs/fft/parallel_3dfft.h"
  54 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  55
  56 #include "testutils/refdata.h"
  57 #include "testutils/testasserts.h"
  58
  59 namespace
  60 {
  61
  62 //! Input data for FFT tests.
  63 const real inputdata[] = { //print ",\n".join([",".join(["%4s"%(random.randint(-99,99)/10.,) for i in range(25)]) for j in range(20)])
  64     -3.5, 6.3, 1.2, 0.3, 1.1, -5.7, 5.8, -1.9, -6.3, -1.4, 7.4, 2.4, -9.9, -7.2, 5.4, 6.1, -1.9, -7.6, 1.4, -3.5, 0.7, 5.6, -4.2, -1.1, -4.4,
  65     -6.3, -7.2, 4.6, -3.0, -0.9, 7.2, 2.5, -3.6, 6.1, -3.2, -2.1, 6.5, -0.4, -9.0, 2.3, 8.4, 4.0, -5.2, -9.0, 4.7, -3.7, -2.0, -9.5, -3.9, -3.6,
  66     7.1, 0.8, -0.6, 5.2, -9.3, -4.5, 5.9, 2.2, -5.8, 5.0, 1.2, -0.1, 2.2, 0.2, -7.7, 1.9, -8.4, 4.4, 2.3, -2.9, 6.7, 2.7, 5.8, -3.6, 8.9,
  67     8.9, 4.3, 9.1, 9.3, -8.7, 4.1, 9.6, -6.2, 6.6, -9.3, 8.2, 4.5, 6.2, 9.4, -8.0, -6.8, -3.3, 7.2, 1.7, 0.6, -4.9, 9.8, 1.3, 3.2, -0.2,
  68     9.9, 4.4, -9.9, -7.2, 4.4, 4.7, 7.2, -0.3, 0.3, -2.1, 8.4, -2.1, -6.1, 4.1, -5.9, -2.2, -3.8, 5.2, -8.2, -7.8, -8.8, 6.7, -9.5, -4.2, 0.8,
  69     8.3, 5.2, -9.0, 8.7, 9.8, -9.9, -7.8, -8.3, 9.0, -2.8, -9.2, -9.6, 8.4, 2.5, 6.0, -0.4, 1.3, -0.5, 9.1, -9.5, -0.8, 1.9, -6.2, 4.3, -3.8,
  70     8.6, -1.9, -2.1, -0.4, -7.1, -3.7, 9.1, -6.4, -0.6, 2.5, 8.0, -5.2, -9.8, -4.3, 4.5, 1.7, 9.3, 9.2, 1.0, 5.3, -4.5, 6.4, -6.6, 3.1, -6.8,
  71     2.1, 2.0, 7.3, 8.6, 5.0, 5.2, 0.4, -7.1, 4.5, -9.2, -9.1, 0.2, -6.3, -1.1, -9.6, 7.4, -3.7, -5.5, 2.6, -3.5, -0.7, 9.0, 9.8, -8.0, 3.6,
  72     3.0, -2.2, -2.8, 0.8, 9.0, 2.8, 7.7, -0.7, -5.0, -1.8, -2.3, -0.4, -6.2, -9.1, -9.2, 0.5, 5.7, -3.9, 2.1, 0.6, 0.4, 9.1, 7.4, 7.1, -2.5,
  73     7.3, 7.8, -4.3, 6.3, -0.8, -3.8, -1.5, 6.6, 2.3, 3.9, -4.6, 5.8, -7.4, 5.9, 2.8, 4.7, 3.9, -5.4, 9.1, -1.6, -1.9, -4.2, -2.6, 0.6, -5.1,
  74     1.8, 5.2, 4.0, -6.2, 6.5, -9.1, 0.5, 2.1, 7.1, -8.6, 7.6, -9.7, -4.6, -5.7, 6.1, -1.8, -7.3, 9.4, 8.0, -2.6, -1.8, 5.7, 9.3, -7.9, 7.4,
  75     6.3, 2.0, 9.6, -4.5, -6.2, 6.1, 2.3, 0.8, 5.9, -2.8, -3.5, -1.5, 6.0, -4.9, 3.5, 7.7, -4.2, -9.7, 2.4, 8.1, 5.9, 3.4, -7.5, 7.5, 2.6,
  76     4.7, 2.7, 2.2, 2.6, 6.2, 7.5, 0.2, -6.4, -2.8, -0.5, -0.3, 0.4, 1.2, 3.5, -4.0, -0.5, 9.3, -7.2, 8.5, -5.5, -1.7, -5.3, 0.3, 3.9, -3.6,
  77     -3.6, 4.7, -8.1, 1.4, 4.0, 1.3, -4.3, -8.8, -7.3, 6.3, -7.5, -9.0, 9.1, 4.5, -1.9, 1.9, 9.9, -1.7, -9.1, -5.1, 8.5, -9.3, 2.1, -5.8, -3.6,
  78     -0.8, -0.9, -3.3, -2.7, 7.0, -7.2, -5.0, 7.4, -1.4, 0.0, -4.5, -9.7, 0.7, -1.0, -9.1, -5.3, 4.3, 3.4, -6.6, 9.8, -1.1, 8.9, 5.0, 2.9, 0.2,
  79     -2.9, 0.8, 6.7, -0.6, 0.6, 4.1, 5.3, -1.7, -0.3, 4.2, 3.7, -8.3, 4.0, 1.3, 6.3, 0.2, 1.3, -1.1, -3.5, 2.8, -7.7, 6.2, -4.9, -9.9, 9.6,
  80     3.0, -9.2, -8.0, -3.9, 7.9, -6.1, 6.0, 5.9, 9.6, 1.2, 6.2, 3.6, 2.1, 5.8, 9.2, -8.8, 8.8, -3.3, -9.2, 4.6, 1.8, 4.6, 2.9, -2.7, 4.2,
  81     7.3, -0.4, 7.7, -7.0, 2.1, 0.3, 3.7, 3.3, -8.6, 9.8, 3.6, 3.1, 6.5, -2.4, 7.8, 7.5, 8.4, -2.8, -6.3, -5.1, -2.7, 9.3, -0.8, -9.2, 7.9,
  82     8.9, 3.4, 0.1, -5.3, -6.8, 4.9, 4.3, -0.7, -2.2, -3.2, -7.5, -2.3, 0.0, 8.1, -9.2, -2.3, -5.7, 2.1, 2.6, 2.0, 0.3, -8.0, -2.0, -7.9, 6.6,
  83     8.4, 4.0, -6.2, -6.9, -7.2, 7.7, -5.0, 5.3, 1.9, -5.3, -7.5, 8.8, 8.3, 9.0, 8.1, 3.2, 1.2, -5.4, -0.2, 2.1, -5.2, 9.5, 5.9, 5.6, -7.8,
  84 };
  85
  86
  87 class BaseFFTTest : public ::testing::Test
  88 {
  89     public:
  90         BaseFFTTest()
  91             : checker_(data_.rootChecker()), flags_(GMX_FFT_FLAG_CONSERVATIVE)
  92         {
  93             // TODO: These tolerances are just something that has been observed
  94             // to be sufficient to pass the tests.  It would be nicer to
  95             // actually argue about why they are sufficient (or what is).
  96             checker_.setDefaultTolerance(
  97                     gmx::test::relativeToleranceAsPrecisionDependentUlp(10.0, 64, 512));
  98         }
  99         ~BaseFFTTest()
 100         {
 101             gmx_fft_cleanup();
 102         }
 103
 104         gmx::test::TestReferenceData    data_;
 105         gmx::test::TestReferenceChecker checker_;
 106         std::vector<real>               in_, out_;
 107         int                             flags_;
 108 };
 109
 110 class FFTTest : public BaseFFTTest
 111 {
 112     public:
 113         FFTTest() : fft_(NULL)
 114         {
 115         }
 116         ~FFTTest()
 117         {
 118             if (fft_)
 119             {
 120                 gmx_fft_destroy(fft_);
 121             }
 122         }
 123         gmx_fft_t fft_;
 124 };
 125
 126 class ManyFFTTest : public BaseFFTTest
 127 {
 128     public:
 129         ManyFFTTest() : fft_(NULL)
 130         {
 131         }
 132         ~ManyFFTTest()
 133         {
 134             if (fft_)
 135             {
 136                 gmx_many_fft_destroy(fft_);
 137             }
 138         }
 139         gmx_fft_t fft_;
 140 };
 141
 142
 143 //TODO: Add tests for aligned/not-aligned input/output memory
 144
 145 class FFTTest1D : public FFTTest, public ::testing::WithParamInterface<int>
 146 {
 147
 148 };
 149
 150 class FFFTest3D : public BaseFFTTest
 151 {
 152     public:
 153         FFFTest3D() : fft_(NULL)
 154         {
 155         }
 156         ~FFFTest3D()
 157         {
 158             if (fft_)
 159             {
 160                 gmx_parallel_3dfft_destroy(fft_);
 161             }
 162         }
 163         gmx_parallel_3dfft_t fft_;
 164 };
 165
 166
 167 TEST_P(FFTTest1D, Complex)
 168 {
 169     const int nx = GetParam();
 170     ASSERT_LE(nx*2, static_cast<int>(sizeof(inputdata)/sizeof(real)));
 171
 172     in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+nx*2);
 173     out_ = std::vector<real>(nx*2);
 174     real* in  = &in_[0];
 175     real* out = &out_[0];
 176
 177     gmx_fft_init_1d(&fft_, nx, flags_);
 178
 179     gmx_fft_1d(fft_, GMX_FFT_FORWARD, in, out);
 180     checker_.checkSequenceArray(nx*2, out, "forward");
 181     gmx_fft_1d(fft_, GMX_FFT_BACKWARD, in, out);
 182     checker_.checkSequenceArray(nx*2, out, "backward");
 183 }
 184
 185 TEST_P(FFTTest1D, Real)
 186 {
 187     const int rx = GetParam();
 188     const int cx = (rx/2+1);
 189     ASSERT_LE(cx*2, static_cast<int>(sizeof(inputdata)/sizeof(real)));
 190
 191     in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+cx*2);
 192     out_ = std::vector<real>(cx*2);
 193     real* in  = &in_[0];
 194     real* out = &out_[0];
 195
 196     gmx_fft_init_1d_real(&fft_, rx, flags_);
 197
 198     gmx_fft_1d_real(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, in, out);
 199     checker_.checkSequenceArray(cx*2, out, "forward");
 200     gmx_fft_1d_real(fft_, GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL, in, out);
 201     checker_.checkSequenceArray(rx, out, "backward");
 202 }
 203
 204 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(7_8_25_36_60,
 205                         FFTTest1D, ::testing::Values(7, 8, 25, 36, 60));
 206
 207
 208 TEST_F(ManyFFTTest, Complex1DLength48Multi5Test)
 209 {
 210     const int nx = 48;
 211     const int N  = 5;
 212
 213     in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+nx*2*N);
 214     out_ = std::vector<real>(nx*2*N);
 215     real* in  = &in_[0];
 216     real* out = &out_[0];
 217
 218     gmx_fft_init_many_1d(&fft_, nx, N, flags_);
 219
 220     gmx_fft_many_1d(fft_, GMX_FFT_FORWARD, in, out);
 221     checker_.checkSequenceArray(nx*2*N, out, "forward");
 222     gmx_fft_many_1d(fft_, GMX_FFT_BACKWARD, in, out);
 223     checker_.checkSequenceArray(nx*2*N, out, "backward");
 224 }
 225
 226 TEST_F(ManyFFTTest, Real1DLength48Multi5Test)
 227 {
 228     const int rx = 48;
 229     const int cx = (rx/2+1);
 230     const int N  = 5;
 231
 232     in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+cx*2*N);
 233     out_ = std::vector<real>(cx*2*N);
 234     real* in  = &in_[0];
 235     real* out = &out_[0];
 236
 237     gmx_fft_init_many_1d_real(&fft_, rx, N, flags_);
 238
 239     gmx_fft_many_1d_real(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, in, out);
 240     checker_.checkSequenceArray(cx*2*N, out, "forward");
 241     gmx_fft_many_1d_real(fft_, GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL, in, out);
 242     checker_.checkSequenceArray(rx*N, out, "backward");
 243 }
 244
 245 TEST_F(FFTTest, Real2DLength18_15Test)
 246 {
 247     const int rx = 18;
 248     const int cx = (rx/2+1);
 249     const int ny = 15;
 250
 251     in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+cx*2*ny);
 252     out_ = std::vector<real>(cx*2*ny);
 253     real* in  = &in_[0];
 254     real* out = &out_[0];
 255
 256     gmx_fft_init_2d_real(&fft_, rx, ny, flags_);
 257
 258     gmx_fft_2d_real(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, in, out);
 259     checker_.checkSequenceArray(cx*2*ny, out, "forward");
 260 //    known to be wrong for gmx_fft_mkl. And not used.
 261 //    gmx_fft_2d_real(_fft,GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL,in,out);
 262 //    _checker.checkSequenceArray(rx*ny, out, "backward");
 263 }
 264
 265 //TODO: test with threads and more than 1 MPI ranks
 266 TEST_F(FFFTest3D, Real5_6_9)
 267 {
 268     int        ndata[] = {5, 6, 9};
 269     MPI_Comm   comm[]  = {MPI_COMM_NULL, MPI_COMM_NULL};
 270     real     * rdata;
 271     t_complex* cdata;
 272     ivec       local_ndata, offset, rsize, csize, complex_order;
 273
 274     gmx_parallel_3dfft_init(&fft_, ndata, &rdata, &cdata,
 275                             comm, TRUE, 1);
 276
 277     gmx_parallel_3dfft_real_limits(fft_, local_ndata, offset, rsize);
 278     gmx_parallel_3dfft_complex_limits(fft_, complex_order,
 279                                       local_ndata, offset, csize);
 280     checker_.checkVector(rsize, "rsize");
 281     checker_.checkVector(csize, "csize");
 282     int size = csize[0]*csize[1]*csize[2];
 283
 284     memcpy(rdata, inputdata, size*sizeof(t_complex));
 285     gmx_parallel_3dfft_execute(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, 0, NULL);
 286     //TODO use std::complex and add checkComplex for it
 287     checker_.checkSequenceArray(size*2,
 288                                 reinterpret_cast<real*>(cdata), "forward");
 289
 290     memcpy(cdata, inputdata, size*sizeof(t_complex));
 291     gmx_parallel_3dfft_execute(fft_, GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL, 0, NULL);
 292     for (int i = 0; i < ndata[0]*ndata[1]; i++) //check sequence but skip unused data
 293     {
 294         checker_.checkSequenceArray(ndata[2], rdata+i*rsize[2],
 295                                     gmx::formatString("backward %d", i).c_str());
 296     }
 297 }
 298
 299 } // namespace