src/gromacs/commandline/tests/pargs.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests parse_common_args().
  38  *
  39  * Currently, negative tests are not possible, because those trigger
  40  * gmx_fatal() and terminate the whole test binary.
  41  *
  42  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  43  * \ingroup module_commandline
  44  */
  45 #include "gmxpre.h"
  46
  47 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  48
  49 #include <string>
  50
  51 #include <gtest/gtest.h>
  52
  53 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  54 #include "gromacs/utility/file.h"
  55 #include "gromacs/utility/path.h"
  56 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  57
  58 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  59 #include "testutils/testasserts.h"
  60 #include "testutils/testfilemanager.h"
  61
  62 namespace
  63 {
  64
  65 using gmx::test::CommandLine;
  66
  67 class ParseCommonArgsTest : public ::testing::Test
  68 {
  69     public:
  70         enum FileArgumentType
  71         {
  72             efFull,
  73             efNoExtension,
  74             efEmptyValue
  75         };
  76
  77         ParseCommonArgsTest()
  78             : oenv_(NULL), fileCount_(0)
  79         {
  80         }
  81         virtual ~ParseCommonArgsTest()
  82         {
  83             output_env_done(oenv_);
  84         }
  85
  86         int nfile() const { return fileCount_; }
  87
  88         void parseFromArgs(unsigned long           flags,
  89                            gmx::ArrayRef<t_filenm> fnm,
  90                            gmx::ArrayRef<t_pargs>  pa)
  91         {
  92             fileCount_ = fnm.size();
  93             bool bOk = parse_common_args(&args_.argc(), args_.argv(), flags,
  94                                          fnm.size(), fnm.data(),
  95                                          pa.size(), pa.data(),
  96                                          0, NULL, 0, NULL, &oenv_);
  97             EXPECT_TRUE(bOk);
  98         }
  99         void parseFromArray(gmx::ConstArrayRef<const char *> cmdline,
 100                             unsigned long                    flags,
 101                             gmx::ArrayRef<t_filenm>          fnm,
 102                             gmx::ArrayRef<t_pargs>           pa)
 103         {
 104             args_.initFromArray(cmdline);
 105             parseFromArgs(flags, fnm, pa);
 106         }
 107         std::string addFileArg(const char *name, const char *extension,
 108                                FileArgumentType type)
 109         {
 110             std::string filename(tempFiles_.getTemporaryFilePath(extension));
 111             gmx::File::writeFileFromString(filename, "Dummy file");
 112             if (name != NULL)
 113             {
 114                 args_.append(name);
 115                 switch (type)
 116                 {
 117                     case efFull:
 118                         args_.append(filename);
 119                         break;
 120                     case efNoExtension:
 121                         args_.append(gmx::Path::stripExtension(filename));
 122                         break;
 123                     case efEmptyValue:
 124                         break;
 125                 }
 126             }
 127             return filename;
 128         }
 129
 130         // This must be a member that persists until the end of the test,
 131         // because string arguments are not duplicated in the output.
 132         CommandLine                 args_;
 133
 134     private:
 135         output_env_t                oenv_;
 136         size_t                      fileCount_;
 137         gmx::test::TestFileManager  tempFiles_;
 138 };
 139
 140 /********************************************************************
 141  * Tests for different types of options
 142  */
 143
 144 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesIntegerArgs)
 145 {
 146     int               value1 = 0, value2 = 0, value3 = 3;
 147     t_pargs           pa[]   = {
 148         { "-i1", FALSE, etINT, {&value1}, "Description" },
 149         { "-i2", FALSE, etINT, {&value2}, "Description" },
 150         { "-i3", FALSE, etINT, {&value3}, "Description" }
 151     };
 152     const char *const cmdline[] = {
 153         "test", "-i1", "2", "-i2", "-3"
 154     };
 155     parseFromArray(cmdline, 0, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 156     EXPECT_EQ( 2, value1);
 157     EXPECT_EQ(-3, value2);
 158     EXPECT_EQ( 3, value3);
 159 }
 160
 161 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesInt64Args)
 162 {
 163     gmx_int64_t       value1 = 0, value2 = 0, value3 = 3;
 164     t_pargs           pa[]   = {
 165         { "-i1", FALSE, etINT64, {&value1}, "Description" },
 166         { "-i2", FALSE, etINT64, {&value2}, "Description" },
 167         { "-i3", FALSE, etINT64, {&value3}, "Description" }
 168     };
 169     const char *const cmdline[] = {
 170         "test", "-i1", "2", "-i2", "-3"
 171     };
 172     parseFromArray(cmdline, 0, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 173     EXPECT_EQ( 2, value1);
 174     EXPECT_EQ(-3, value2);
 175     EXPECT_EQ( 3, value3);
 176 }
 177
 178 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesRealArgs)
 179 {
 180     real              value1 = 0.0, value2 = 0.0, value3 = 2.5;
 181     t_pargs           pa[]   = {
 182         { "-r1", FALSE, etREAL, {&value1}, "Description" },
 183         { "-r2", FALSE, etREAL, {&value2}, "Description" },
 184         { "-r3", FALSE, etREAL, {&value3}, "Description" }
 185     };
 186     const char *const cmdline[] = {
 187         "test", "-r1", "2", "-r2", "-.5"
 188     };
 189     parseFromArray(cmdline, 0, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 190     EXPECT_EQ( 2.0, value1);
 191     EXPECT_EQ(-0.5, value2);
 192     EXPECT_EQ( 2.5, value3);
 193 }
 194
 195 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesStringArgs)
 196 {
 197     const char       *value1 = "def", *value2 = "", *value3 = "default";
 198     t_pargs           pa[]   = {
 199         { "-s1", FALSE, etSTR, {&value1}, "Description" },
 200         { "-s2", FALSE, etSTR, {&value2}, "Description" },
 201         { "-s3", FALSE, etSTR, {&value3}, "Description" }
 202     };
 203     const char *const cmdline[] = {
 204         "test", "-s1", "", "-s2", "test"
 205     };
 206     parseFromArray(cmdline, 0, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 207     EXPECT_STREQ("", value1);
 208     EXPECT_STREQ("test", value2);
 209     EXPECT_STREQ("default", value3);
 210 }
 211
 212 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesBooleanArgs)
 213 {
 214     gmx_bool          value1 = TRUE, value2 = FALSE, value3 = TRUE;
 215     t_pargs           pa[]   = {
 216         { "-b1", FALSE, etBOOL, {&value1}, "Description" },
 217         { "-b2", FALSE, etBOOL, {&value2}, "Description" },
 218         { "-b3", FALSE, etBOOL, {&value3}, "Description" }
 219     };
 220     const char *const cmdline[] = {
 221         "test", "-nob1", "-b2"
 222     };
 223     parseFromArray(cmdline, 0, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 224     EXPECT_FALSE(value1);
 225     EXPECT_TRUE(value2);
 226     EXPECT_TRUE(value3);
 227 }
 228
 229 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesVectorArgs)
 230 {
 231     rvec              value1 = {0, 0, 0}, value2 = {0, 0, 0}, value3 = {1, 2, 3};
 232     t_pargs           pa[]   = {
 233         { "-v1", FALSE, etRVEC, {&value1}, "Description" },
 234         { "-v2", FALSE, etRVEC, {&value2}, "Description" },
 235         { "-v3", FALSE, etRVEC, {&value3}, "Description" }
 236     };
 237     const char *const cmdline[] = {
 238         "test", "-v1", "2", "1", "3", "-v2", "1"
 239     };
 240     parseFromArray(cmdline, 0, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 241     EXPECT_EQ(2.0, value1[XX]);
 242     EXPECT_EQ(1.0, value1[YY]);
 243     EXPECT_EQ(3.0, value1[ZZ]);
 244     EXPECT_EQ(1.0, value2[XX]);
 245     EXPECT_EQ(1.0, value2[YY]);
 246     EXPECT_EQ(1.0, value2[ZZ]);
 247     EXPECT_EQ(1.0, value3[XX]);
 248     EXPECT_EQ(2.0, value3[YY]);
 249     EXPECT_EQ(3.0, value3[ZZ]);
 250 }
 251
 252 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesTimeArgs)
 253 {
 254     real              value1 = 1.0, value2 = 2.0, value3 = 2.5;
 255     t_pargs           pa[]   = {
 256         { "-t1", FALSE, etTIME, {&value1}, "Description" },
 257         { "-t2", FALSE, etTIME, {&value2}, "Description" },
 258         { "-t3", FALSE, etTIME, {&value3}, "Description" }
 259     };
 260     const char *const cmdline[] = {
 261         "test", "-t1", "2", "-t2", "-.5"
 262     };
 263     parseFromArray(cmdline, 0, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 264     EXPECT_EQ( 2.0, value1);
 265     EXPECT_EQ(-0.5, value2);
 266     EXPECT_EQ( 2.5, value3);
 267 }
 268
 269 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesTimeArgsWithTimeUnit)
 270 {
 271     real              value1 = 1.0, value2 = 2.0, value3 = 2.5;
 272     t_pargs           pa[]   = {
 273         { "-t1", FALSE, etTIME, {&value1}, "Description" },
 274         { "-t2", FALSE, etTIME, {&value2}, "Description" },
 275         { "-t3", FALSE, etTIME, {&value3}, "Description" }
 276     };
 277     const char *const cmdline[] = {
 278         "test", "-t1", "2", "-t2", "-.5", "-tu", "ns"
 279     };
 280     parseFromArray(cmdline, PCA_TIME_UNIT, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 281     EXPECT_EQ( 2000.0, value1);
 282     EXPECT_EQ(-500.0, value2);
 283     EXPECT_EQ( 2.5, value3);
 284 }
 285
 286 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesEnumArgs)
 287 {
 288     const char       *value1[] = {NULL, "none", "on", "off", NULL };
 289     const char       *value2[] = {NULL, "def", "value", "value_other", NULL };
 290     const char       *value3[] = {NULL, "default", "value", NULL };
 291     t_pargs           pa[]     = {
 292         { "-s1", FALSE, etENUM, {value1}, "Description" },
 293         { "-s2", FALSE, etENUM, {value2}, "Description" },
 294         { "-s3", FALSE, etENUM, {value3}, "Description" }
 295     };
 296     const char *const cmdline[] = {
 297         "test", "-s1", "off", "-s2", "val"
 298     };
 299     parseFromArray(cmdline, 0, gmx::EmptyArrayRef(), pa);
 300     EXPECT_STREQ("off", value1[0]);
 301     EXPECT_STREQ("value", value2[0]);
 302     EXPECT_STREQ("default", value3[0]);
 303     EXPECT_EQ(value1[nenum(value1)], value1[0]);
 304     EXPECT_EQ(value2[nenum(value2)], value2[0]);
 305     EXPECT_EQ(value3[nenum(value3)], value3[0]);
 306 }
 307
 308 /********************************************************************
 309  * Tests for file name options (output files, not dependent on file system)
 310  */
 311
 312 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesFileArgs)
 313 {
 314     t_filenm          fnm[] = {
 315         { efXVG, "-o1", "out1", ffOPTWR },
 316         { efXVG, "-o2", "out2", ffOPTWR },
 317         { efXVG, "-om", "outm", ffWRMULT },
 318         { efXVG, "-om2", "outm2", ffWRMULT }
 319     };
 320     const char *const cmdline[] = {
 321         "test", "-o1", "-o2", "test", "-om", "test1", "test2.xvg", "-om2"
 322     };
 323     parseFromArray(cmdline, 0, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 324     EXPECT_STREQ("out1.xvg", opt2fn_null("-o1", nfile(), fnm));
 325     EXPECT_STREQ("test.xvg", opt2fn_null("-o2", nfile(), fnm));
 326     char **files;
 327     EXPECT_EQ(2, opt2fns(&files, "-om", nfile(), fnm));
 328     EXPECT_TRUE(files != NULL);
 329     if (files != NULL)
 330     {
 331         EXPECT_STREQ("test1.xvg", files[0]);
 332         EXPECT_STREQ("test2.xvg", files[1]);
 333     }
 334     EXPECT_STREQ("outm2.xvg", opt2fn("-om2", nfile(), fnm));
 335     done_filenms(nfile(), fnm);
 336 }
 337
 338 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesFileArgsWithDefaults)
 339 {
 340     t_filenm          fnm[] = {
 341         { efTPS, NULL,  NULL,   ffWRITE },
 342         { efTRX, "-f2", NULL,   ffOPTWR },
 343         { efTRX, "-f3", "trj3", ffWRITE },
 344         { efXVG, "-o",  "out",  ffWRITE },
 345         { efXVG, "-om", "outm", ffWRMULT }
 346     };
 347     const char *const cmdline[] = {
 348         "test"
 349     };
 350     parseFromArray(cmdline, 0, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 351     EXPECT_STREQ("topol.tpr", ftp2fn(efTPS, nfile(), fnm));
 352     EXPECT_STREQ("traj.xtc", opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 353     EXPECT_NULL(opt2fn_null("-f2", nfile(), fnm));
 354     EXPECT_STREQ("trj3.xtc", opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 355     EXPECT_STREQ("out.xvg", opt2fn("-o", nfile(), fnm));
 356     EXPECT_STREQ("outm.xvg", opt2fn("-om", nfile(), fnm));
 357     done_filenms(nfile(), fnm);
 358 }
 359
 360 TEST_F(ParseCommonArgsTest, ParsesFileArgsWithDefaultFileName)
 361 {
 362     t_filenm          fnm[] = {
 363         { efTPS, "-s",  NULL,   ffWRITE },
 364         { efTRX, "-f2", NULL,   ffWRITE },
 365         { efTRX, "-f3", "trj3", ffWRITE },
 366         { efXVG, "-o",  "out",  ffWRITE },
 367         { efXVG, "-om", "outm", ffWRMULT }
 368     };
 369     const char *const cmdline[] = {
 370         "test", "-deffnm", "def", "-f2", "other", "-o"
 371     };
 372     parseFromArray(cmdline, PCA_CAN_SET_DEFFNM, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 373     EXPECT_STREQ("def.tpr", ftp2fn(efTPS, nfile(), fnm));
 374     EXPECT_STREQ("other.xtc", opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 375     EXPECT_STREQ("def.xtc", opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 376     EXPECT_STREQ("def.xvg", opt2fn("-o", nfile(), fnm));
 377     EXPECT_STREQ("def.xvg", opt2fn("-om", nfile(), fnm));
 378     done_filenms(nfile(), fnm);
 379 }
 380
 381 /********************************************************************
 382  * Tests for file name options (input files, dependent on file system contents)
 383  */
 384
 385 TEST_F(ParseCommonArgsTest, HandlesNonExistentInputFiles)
 386 {
 387     t_filenm          fnm[] = {
 388         { efTPS, "-s",  NULL,   ffREAD },
 389         { efTRX, "-f",  "trj",  ffREAD },
 390         { efTRX, "-f2", "trj2", ffREAD },
 391         { efTRX, "-f3", "trj3", ffREAD },
 392         { efTRX, "-f4", "trj4", ffREAD },
 393         { efGRO, "-g",  "cnf",  ffREAD },
 394         { efGRO, "-g2", "cnf2", ffREAD }
 395     };
 396     const char *const cmdline[] = {
 397         "test", "-f2", "-f3", "other", "-f4", "trj.gro", "-g2", "foo"
 398     };
 399     parseFromArray(cmdline, PCA_DISABLE_INPUT_FILE_CHECKING, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 400     EXPECT_STREQ("topol.tpr", ftp2fn(efTPS, nfile(), fnm));
 401     EXPECT_STREQ("trj.xtc", opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 402     EXPECT_STREQ("trj2.xtc", opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 403     EXPECT_STREQ("other.xtc", opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 404     EXPECT_STREQ("trj.gro", opt2fn("-f4", nfile(), fnm));
 405     EXPECT_STREQ("cnf.gro", opt2fn("-g", nfile(), fnm));
 406     EXPECT_STREQ("foo.gro", opt2fn("-g2", nfile(), fnm));
 407     done_filenms(nfile(), fnm);
 408 }
 409
 410 TEST_F(ParseCommonArgsTest, HandlesNonExistentOptionalInputFiles)
 411 {
 412     t_filenm          fnm[] = {
 413         { efTPS, "-s",  NULL,   ffOPTRD },
 414         { efTRX, "-f",  "trj",  ffOPTRD }
 415     };
 416     const char *const cmdline[] = {
 417         "test"
 418     };
 419     parseFromArray(cmdline, 0, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 420     EXPECT_STREQ("topol.tpr", ftp2fn(efTPS, nfile(), fnm));
 421     EXPECT_STREQ("trj.xtc", opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 422     done_filenms(nfile(), fnm);
 423 }
 424
 425 TEST_F(ParseCommonArgsTest, HandlesCompressedFiles)
 426 {
 427     t_filenm          fnm[] = {
 428         { efTRX, "-f", NULL, ffREAD },
 429         { efGRO, "-g", NULL, ffREAD }
 430     };
 431     args_.append("test");
 432     std::string       expectedF = addFileArg("-f", ".pdb.gz", efFull);
 433     std::string       expectedG = addFileArg("-g", ".gro.Z", efFull);
 434     expectedF = gmx::Path::stripExtension(expectedF);
 435     expectedG = gmx::Path::stripExtension(expectedG);
 436     parseFromArgs(0, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 437     EXPECT_EQ(expectedF, opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 438     EXPECT_EQ(expectedG, opt2fn("-g", nfile(), fnm));
 439     done_filenms(nfile(), fnm);
 440 }
 441
 442 TEST_F(ParseCommonArgsTest, AcceptsUnknownTrajectoryExtension)
 443 {
 444     t_filenm          fnm[] = {
 445         { efTRX, "-f", NULL, ffREAD }
 446     };
 447     args_.append("test");
 448     std::string       expected = addFileArg("-f", ".foo", efFull);
 449     parseFromArgs(0, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 450     EXPECT_EQ(expected, opt2fn("-f", nfile(), fnm));
 451     done_filenms(nfile(), fnm);
 452 }
 453
 454 TEST_F(ParseCommonArgsTest, CompletesExtensionFromExistingFile)
 455 {
 456     t_filenm          fnm[] = {
 457         { efTRX, "-f1", NULL, ffREAD },
 458         { efTRX, "-f2", NULL, ffREAD },
 459         { efTRX, "-f3", NULL, ffREAD },
 460         { efTRX, "-f4", NULL, ffREAD }
 461     };
 462     args_.append("test");
 463     std::string       expected1 = addFileArg("-f1", "1.xtc", efNoExtension);
 464     std::string       expected2 = addFileArg("-f2", "2.gro", efNoExtension);
 465     std::string       expected3 = addFileArg("-f3", "3.tng", efNoExtension);
 466     std::string       expected4 = addFileArg("-f4", ".gro", efEmptyValue);
 467     std::string       def4      = gmx::Path::stripExtension(expected4);
 468     fnm[3].fn = def4.c_str();
 469     parseFromArgs(0, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 470     EXPECT_EQ(expected1, opt2fn("-f1", nfile(), fnm));
 471     EXPECT_EQ(expected2, opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 472     EXPECT_EQ(expected3, opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 473     EXPECT_EQ(expected4, opt2fn("-f4", nfile(), fnm));
 474     done_filenms(nfile(), fnm);
 475 }
 476
 477 TEST_F(ParseCommonArgsTest, CompletesExtensionFromExistingFileWithDefaultFileName)
 478 {
 479     t_filenm          fnm[] = {
 480         { efTRX, "-f1", NULL,  ffREAD },
 481         { efTPX, "-f2", "foo", ffREAD },
 482         { efTRX, "-f3", NULL,  ffREAD },
 483         { efSTX, "-f4", NULL,  ffREAD }
 484     };
 485     args_.append("test");
 486     std::string       expected1 = addFileArg("-f1", "1.trr", efNoExtension);
 487     std::string       expected2 = addFileArg("-f2", ".tpa", efEmptyValue);
 488     std::string       expected3 = addFileArg("-f3", ".trr", efEmptyValue);
 489     std::string       expected4 = addFileArg(NULL, ".pdb", efEmptyValue);
 490     std::string       deffnm    = gmx::Path::stripExtension(expected3);
 491     args_.append("-deffnm");
 492     args_.append(deffnm);
 493     parseFromArgs(PCA_CAN_SET_DEFFNM, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 494     EXPECT_EQ(expected1, opt2fn("-f1", nfile(), fnm));
 495     EXPECT_EQ(expected2, opt2fn("-f2", nfile(), fnm));
 496     EXPECT_EQ(expected3, opt2fn("-f3", nfile(), fnm));
 497     EXPECT_EQ(expected4, opt2fn("-f4", nfile(), fnm));
 498     done_filenms(nfile(), fnm);
 499 }
 500
 501 /********************************************************************
 502  * Tests for general behavior
 503  */
 504
 505 TEST_F(ParseCommonArgsTest, HandlesNonReadNode)
 506 {
 507     t_filenm          fnm[] = {
 508         { efTPS, "-s",  NULL,  ffREAD },
 509         { efTRX, "-f",  NULL,  ffREAD },
 510         { efTRX, "-f2", NULL,  ffREAD }
 511     };
 512     const char *const cmdline[] = {
 513         "test", "-f", "-f2", "other"
 514     };
 515     parseFromArray(cmdline, PCA_NOT_READ_NODE, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 516     EXPECT_NULL(fnm[0].fns);
 517     EXPECT_NULL(fnm[1].fns);
 518     EXPECT_NULL(fnm[2].fns);
 519     done_filenms(nfile(), fnm);
 520 }
 521
 522 TEST_F(ParseCommonArgsTest, HandlesNonReadNodeWithDefaultFileName)
 523 {
 524     t_filenm          fnm[] = {
 525         { efTPS, "-s",  NULL,  ffREAD },
 526         { efTRX, "-f",  NULL,  ffREAD },
 527         { efTRX, "-f2", NULL,  ffREAD }
 528     };
 529     const char *const cmdline[] = {
 530         "test", "-deffnm", "def", "-f", "-f2", "other"
 531     };
 532     parseFromArray(cmdline, PCA_CAN_SET_DEFFNM | PCA_NOT_READ_NODE, fnm, gmx::EmptyArrayRef());
 533     EXPECT_NULL(fnm[0].fns);
 534     EXPECT_NULL(fnm[1].fns);
 535     EXPECT_NULL(fnm[2].fns);
 536     done_filenms(nfile(), fnm);
 537 }
 538
 539 TEST_F(ParseCommonArgsTest, CanKeepUnknownArgs)
 540 {
 541     int               ivalue = 0;
 542     gmx_bool          bvalue = FALSE;
 543     t_pargs           pa[]   = {
 544         { "-i", FALSE, etINT, {&ivalue}, "Description" },
 545         { "-b", FALSE, etBOOL, {&bvalue}, "Description" },
 546     };
 547     t_filenm          fnm[] = {
 548         { efXVG, "-o1", "out1", ffOPTWR },
 549         { efXVG, "-o2", "out2", ffOPTWR }
 550     };
 551     const char *const cmdline[] = {
 552         "test", "foo", "-unk", "-o1", "-unk2", "-o2", "test",
 553         "-i", "2", "-unk3", "-b", "-unk4"
 554     };
 555     parseFromArray(cmdline, PCA_NOEXIT_ON_ARGS, fnm, pa);
 556     EXPECT_EQ(2, ivalue);
 557     EXPECT_TRUE(bvalue);
 558     EXPECT_STREQ("out1.xvg", opt2fn_null("-o1", nfile(), fnm));
 559     EXPECT_STREQ("test.xvg", opt2fn_null("-o2", nfile(), fnm));
 560     EXPECT_EQ(6, args_.argc());
 561     EXPECT_STREQ(cmdline[0],  args_.arg(0));
 562     EXPECT_STREQ(cmdline[1],  args_.arg(1));
 563     EXPECT_STREQ(cmdline[2],  args_.arg(2));
 564     EXPECT_STREQ(cmdline[4],  args_.arg(3));
 565     EXPECT_STREQ(cmdline[9],  args_.arg(4));
 566     EXPECT_STREQ(cmdline[11], args_.arg(5));
 567     done_filenms(nfile(), fnm);
 568 }
 569
 570 } // namespace