docs/release-notes/2022/major/tools.rst

   1 Improvements to |Gromacs| tools
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 ``gmx msd`` has been migrated to the trajectoryanalysis framework
  11 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  12
  13 The tool now uses the |Gromacs| selection syntax. Rather than piping selections via stdin,
  14 selections are now made using the "-sel" option.
  15
  16 This migration comes with about a 20% speedup in execution time.
  17
  18 TODO: Modify/Delete this segment as features are added back in.
  19 Some rarely used features have yet to be migrated, including:
  20
  21 - Mass weighting of MSDs cannot currently be turned on or off. It is set to on when -mol is set, otherwise off.
  22 - The -tensor option is not yet implemented.
  23 - System COM removal with -rmcomm has not yet been implemented.
  24 - B-factor writing using the -pdb option is not yet supported.
  25
  26 :issue:`2368`
  27
  28 ``gmx chi`` no longer needs ``residuetypes.dat`` entries for custom residues
  29 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  30
  31 The need to add the names of custom residues to ``residuetypes.dat`` has been
  32 removed, because it served no purpose. This makes ``gmx chi`` easier to use.