docs/release-notes/2022/major/tools.rst

   1 Improvements to |Gromacs| tools
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 ``gmx msd`` has been migrated to the trajectoryanalysis framework
  11 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  12
  13 The tool now uses the |Gromacs| selection syntax. Rather than piping selections via stdin,
  14 selections are now made using the "-sel" option. There is a new option called ``-maxtau``,
  15 which limits maximum time delta between frames to compare for calculating MSDs. This will allow
  16 users who otherwise would run into out-of-memory errors and slow execution with large systems
  17 to restrict sampling to useful tau values.
  18
  19 This migration comes with about a 20% speedup in execution time.
  20
  21 Some rarely used features have yet to be migrated, including:
  22
  23 - The -tensor option is not yet implemented.
  24 - System COM removal with -rmcomm has not yet been implemented.
  25 - B-factor writing using the -pdb option is not yet supported.
  26
  27 A slight behavior change is the removal of the -mw option. ``gmx msd`` with ``-mol`` will
  28 take the MSD of the center-of-mass of of molecules, while no mass-weighting is done
  29 when ``-mol`` is not selected. In previous |Gromacs| versions, ``-mw`` was on by default,
  30 and ``-nomw`` was silently ignored when ``-mol`` was chosen. This change will only cause
  31 different results when performing MSD calculations on a non-homogenous group of particles without
  32 ``-mol`` set.
  33
  34 :issue:`2368`
  35
  36 ``gmx chi`` no longer needs ``residuetypes.dat`` entries for custom residues
  37 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  38
  39 The need to add the names of custom residues to ``residuetypes.dat`` has been
  40 removed, because it served no purpose. This makes ``gmx chi`` easier to use.
  41
  42 ``gmx wham`` has had minor improvements to its text output
  43 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  44
  45 Reporting about file handling and input-file column contents are easier to
  46 follow.