docs/release-notes/2022/major/performance.rst

   1 Performance improvements
   2 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
   3
   4 .. Note to developers!
   5    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
   6    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
   7    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
   8    a space between the colon and number!
   9
  10 Dynamic pairlist generation for energy minimization
  11 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  12
  13 With energy minimization, the pairlist, and domain decomposition when running
  14 in parallel, is now performed when at least one atom has moved more than the
  15 half the pairlist buffer size. The pairlist used to be constructed every step.
  16
  17 Nonbonded free-energy kernels use SIMD
  18 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""
  19
  20 Free energy calculation performance is improved by making the nonbonded free-energy
  21 kernels SIMD accelerated. On AVX2-256 these kernels are 4 to 8 times as fast.
  22 This should give a noticeable speed-up for most systems, especially if the
  23 perturbed interaction calculations were a bottleneck. This is particularly the
  24 case when using GPUs, where the performance improvement of free-energy runs is
  25 up to a factor of 3.
  26
  27 :issue:`2875`
  28 :issue:`742`
  29
  30
  31 PME-PP GPU Direct Communication Pipelining
  32 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  33
  34 For multi-GPU runs with direct PME-PP GPU comunication enabled, the
  35 PME rank can now pipeline the coordinate transfers with computation in
  36 the PME Spread and Spline kernel (where the coordinates are
  37 consumed). The data from each transfer is handled seperately, allowing
  38 computation and communication to be overlapped. This is expected to
  39 have most benefit on systems where hardware communication interfaces
  40 are shared between multiple GPUs, e.g. PCIe within multi-GPU servers
  41 or Infiniband across multiple nodes.
  42
  43 :issue:`3969`
  44