docs/release-notes/2022/major/bugs-fixed.rst

   1 Bugs fixed
   2 ^^^^^^^^^^
   3
   4 Fixed slight inaccuracies when using virtual sites with pressure coupling
   5 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
   6
   7 Virtual sites were reconstructed after the system was propagated, but before
   8 scaling due to pressure coupling. For virtual site types which are not a linear
   9 combination of other atoms, this is not completely correct. Since the scaling
  10 due to pressure coupling is very small in healthy simulations, the resulting
  11 inaccuracies are expected to have been extremely minor, and in most cases
  12 undetectable.
  13
  14 :issue:`3866`
  15
  16 Correct dVremain/dl when nstdhdl > nstcalcenergy
  17 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  18
  19 When nstcalcenergy was not a multiple of nstdhdl, incorrect dVremain/dl
  20 terms were written in the energy file. Note that all dH/dl output in
  21 both dhdl.xvg and the energy file, which is used by e.g. gmx bar, was correct.
  22
  23 .. Note to developers!
  24    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  25    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  26    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  27    a space between the colon and number!
  28
  29 Removed velocity output for acceleration groups
  30 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  31
  32 The reported velocity in the energy file for acceleration groups was always
  33 zero. Now their velocity is no longer reported in the energy file.
  34
  35 :issue:`1354`
  36
  37 Use correct c0 parameter in Me2PO4 in OPLSAA
  38 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  39
  40 OPLSAA torsions must sum to 0, but the parameters for Me2PO4 did not do so. Changed the c0
  41 parameter to the correct value.
  42
  43 :issue:`4075`