docs/release-notes/2021/2021.4.rst

   1 GROMACS 2021.4 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2021. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2021.3 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2020.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fixed crash for large system with virtual sites
  20 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 When large system with virtual sites were ran with domain decomposition
  23 and OpenMP threading, mdrun would crash when the number of atoms in
  24 a domain and its halo were more than 200000.
  25
  26 :issue:`4167`
  27
  28 Disabled the use of PME Mixed mode for FEP simulations
  29 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  30
  31 The use of Mixed mode PME (``-pme gpu -pmefft cpu``) led to incorrect
  32 computation of :math:`{\frac{\partial V}{\partial {\lambda}}}` in FEP
  33 simulations.
  34
  35 Mixed mode is only used when explicitly requested by the user.
  36
  37 :issue:`4190`
  38
  39
  40 Fixes for ``gmx`` tools
  41 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  42
  43 grompp now prints a note again when combining center of mass motion removal and position restraints
  44 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  45
  46 :issue:`4128`
  47
  48 Static selections of large index groups now work
  49 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  50
  51 Commands like ``gmx distance -f traj.xtc -n ndx.ndx -select "group
  52 \"Contacts\""`` only worked if the size of ``Contacts`` was less than
  53 the number of atoms. This restriction was a bug, and has been fixed so
  54 that ``Contacts`` make take any size.
  55
  56 Other similar uses of static selections derived from index groups will
  57 also now work.
  58
  59 :issue:`4148`
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  61 Fixes that affect portability
  62 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  63
  64 Miscellaneous
  65 ^^^^^^^^^^^^^
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