docs/release-notes/2021/2021.4.rst

   1 GROMACS 2021.4 release notes
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   4 This version was released on TODO, 2021. These release notes
   5 document the changes that have taken place in GROMACS since the
   6 previous 2021.3 version, to fix known issues. It also incorporates all
   7 fixes made in version 2020.6 and earlier, which you can find described
   8 in the :ref:`release-notes`.
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  10 .. Note to developers!
  11    Please use """"""" to underline the individual entries for fixed issues in the subfolders,
  12    otherwise the formatting on the webpage is messed up.
  13    Also, please use the syntax :issue:`number` to reference issues on GitLab, without the
  14    a space between the colon and number!
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  16 Fixes where mdrun could behave incorrectly
  17 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  18
  19 Fixed crash for large system with virtual sites
  20 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  21
  22 When large system with virtual sites were ran with domain decomposition
  23 and OpenMP threading, mdrun would crash when the number of atoms in
  24 a domain and its halo were more than 200000.
  25
  26 :issue:`4167`
  27
  28 Fixes for ``gmx`` tools
  29 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  30
  31 grompp now prints a note again when combining center of mass motion removal and position restraints
  32 """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  33
  34 :issue:`4128`
  35
  36 Static selections of large index groups now work
  37 """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
  38
  39 Commands like ``gmx distance -f traj.xtc -n ndx.ndx -select "group
  40 \"Contacts\""`` only worked if the size of ``Contacts`` was less than
  41 the number of atoms. This restriction was a bug, and has been fixed so
  42 that ``Contacts`` make take any size.
  43
  44 Other similar uses of static selections derived from index groups will
  45 also now work.
  46
  47 :issue:`4148`
  48
  49 Fixes that affect portability
  50 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  51
  52 Miscellaneous
  53 ^^^^^^^^^^^^^
  54