admin/ci-scripts/build-and-test-sample_restraint-2022.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2 #
   3 # Build and test the sample_restraint package distributed with GROMACS 2022.
   4 #
   5 # This script is intended to support automated GROMACS testing infrastructure,
   6 # and may be removed without notice.
   7 #
   8 # WARNING: This script assumes OpenMPI mpiexec. Syntax for launch wrappers from
   9 # other implementations will need different syntax, and we should get a
  10 # MPIRUNNER from the environment, or something.
  11
  12 # Make sure the script errors if any commands error.
  13 set -e
  14
  15 pushd python_packaging/src
  16   # Build and install gmxapi python package from local source.
  17   # Note that tool chain may be provided differently across GROMACS versions.
  18   if [ "2022" -eq "$GROMACS_MAJOR_VERSION" ]; then
  19       GMXTOOLCHAINDIR=$INSTALL_DIR/share/cmake/gromacs \
  20           python -m pip install \
  21               --no-cache-dir \
  22               .
  23   # TODO: Get sdist artifact for other gmxapi versions.
  24 #    elif [ "2021" -eq "$GROMACS_MAJOR_VERSION" ]; then
  25 #      GMXTOOLCHAINDIR=$INSTALL_DIR/share/cmake/gromacs \
  26 #          python -m pip install \
  27 #              --no-cache-dir \
  28 #              --no-deps \
  29 #              --no-index \
  30 #              dist/gmxapi*
  31   else
  32       echo "Logic error in GROMACS version handling."
  33       exit 1
  34   fi
  35 popd
  36
  37 . $INSTALL_DIR/bin/GMXRC
  38 pushd python_packaging/sample_restraint
  39   mkdir build
  40   pushd build
  41     # TODO: Update with respect to https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/3133
  42     cmake .. \
  43       -DPYTHON_EXECUTABLE=`which python` \
  44       -DDOWNLOAD_GOOGLETEST=ON \
  45       -DGMXAPI_EXTENSION_DOWNLOAD_PYBIND=ON
  46     make -j4 tests
  47     make test
  48     #TODO: Can we get ctest JUnitXML output here?
  49
  50     make install
  51   popd
  52
  53   python -m pytest $PWD/tests --junitxml=$PLUGIN_TEST_XML --threads=2
  54
  55   # Note: Multiple pytest processes getting --junitxml output file argument
  56   # may cause problems, so we set the option on only one of the launched processes.
  57   # See also Multiple Instruction Multiple Data Model for OpenMPI mpirun:
  58   # https://www.open-mpi.org/doc/v3.0/man1/mpiexec.1.php
  59   PROGRAM=(`which python` -m mpi4py -m pytest \
  60           -p no:cacheprovider \
  61           $PWD/tests \
  62           --threads=1)
  63   # shellcheck disable=SC2068
  64   if [ -x `which mpiexec` ]; then
  65       PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1 \
  66       mpiexec --allow-run-as-root \
  67         -x OMP_NUM_THREADS=1 \
  68         --mca opal_warn_on_missing_libcuda 0 \
  69         --mca orte_base_help_aggregate 0 \
  70         -n 1 ${PROGRAM[@]} --junitxml=$PLUGIN_MPI_TEST_XML : \
  71         -n 1 ${PROGRAM[@]}
  72   fi
  73 popd