admin/ci-scripts/build-and-test-py-gmxapi-0.3.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2 #
   3 # Build, install, and test the gmxapi 0.3 Python package developed with
   4 # GROMACS 2022.
   5 #
   6 # This script assumes an activated Python venv with the
   7 # gmxapi dependencies already installed, with `python` resolvable by the shell
   8 # to the appropriate Python interpreter.
   9 #
  10 # This script is intended to support automated GROMACS testing infrastructure,
  11 # and may be removed without notice.
  12 #
  13 # WARNING: This script assumes OpenMPI mpiexec. Syntax for launch wrappers from
  14 # other implementations will need different syntax, and we should get a
  15 # MPIRUNNER from the environment, or something.
  16
  17 # Make sure the script errors if any commands error.
  18 set -e
  19
  20 pushd python_packaging/src
  21   # Make sure to delete any accidentally lingering build artifacts.
  22   rm -rf build dist
  23   # Build and install the gmxapi Python package.
  24 # TODO(#4092): Revert to using --no-deps and --no-index once Docker images updated.
  25   GMXTOOLCHAINDIR=$INSTALL_DIR/share/cmake/gromacs \
  26       python -m pip install \
  27           --no-cache-dir \
  28           .
  29 #  # TODO(#3273): Reduce requirements for `setup.py` `sdist` command and provide build artifact.
  30 #  GMXTOOLCHAINDIR=$INSTALL_DIR/share/cmake/gromacs \
  31 #      python -m pip install \
  32 #          --no-cache-dir \
  33 #          --no-deps \
  34 #          --no-index \
  35 #          .
  36 popd
  37
  38 # Run Python unit tests.
  39 python -m pytest python_packaging/src/test --junitxml=$PY_UNIT_TEST_XML --threads=2
  40
  41 # Note: Multiple pytest processes getting --junitxml output file argument
  42 # may cause problems, so we set the option on only one of the launched processes.
  43 # See also Multiple Instruction Multiple Data Model for OpenMPI mpirun:
  44 # https://www.open-mpi.org/doc/v3.0/man1/mpiexec.1.php
  45 PROGRAM=(`which python` -m mpi4py -m pytest \
  46         -p no:cacheprovider \
  47         $PWD/python_packaging/src/test \
  48         --threads=1)
  49 # shellcheck disable=SC2068
  50 if [ -x `which mpiexec` ]; then
  51     PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1 \
  52     mpiexec --allow-run-as-root \
  53       -x OMP_NUM_THREADS=1 \
  54       --mca opal_warn_on_missing_libcuda 0 \
  55       --mca orte_base_help_aggregate 0 \
  56       -n 1 ${PROGRAM[@]} --junitxml=$PLUGIN_MPI_TEST_XML : \
  57       -n 1 ${PROGRAM[@]}
  58 fi