README

   1
   2                Welcome to the official version of GROMACS!
   3
   4 If you are familiar with Unix, it should be fairly trivial to compile and
   5 install GROMACS. GROMACS uses only the CMake build sytem, and our
   6 installation guide can be found at
   7 http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions.
   8
   9 Of course we will do our utmost to help you with any problems, but PLEASE
  10 READ THE INSTALLATION INSTRUCTIONS BEFORE CONTACTING US!
  11
  12 There are also several other online resources available from the homepage,
  13 and special information for developers.
  14
  15 If you are a developer, or change the source for any other reason, check
  16 out http://www.gromacs.org/Developer_Zone.
  17
  18                                * * * * *
  19
  20 GROMACS is free software, distributed under the GNU General Public License.
  21 However, scientific software is a little special compared to most other
  22 programs. Both you, we, and all other GROMACS users depend on the quality
  23 of the code, and when we find bugs (every piece of software has them) it
  24 is crucial that we can correct it and say that it was fixed in version X of
  25 the file or package release. For the same reason, it is important that you
  26 can reproduce other people's result from a certain GROMACS version.
  27
  28 The easiest way to avoid this kind of problems is to get your modifications
  29 included in the main distribution. We'll be happy to consider any decent
  30 code. If it's a separate program it can probably be included in the contrib
  31 directory straight away (not supported by us), but for major changes in the
  32 main code we appreciate if you first test that it works with (and without)
  33 MPI, threads, double precision, etc.
  34
  35 If you still want to distribute a modified version or use part of GROMACS
  36 in your own program, remember that the entire project must be licensed
  37 according to the requirements of the LGPL v2.1 license under which you
  38 received this copy of GROMACS. We request that it must clearly be labeled as
  39 derived work. It should not use the name "official GROMACS", and make
  40 sure support questions are directed to you instead of the GROMACS developers.
  41 Sorry for the hard wording, but it is meant to protect YOUR reseach results!
  42
  43                                * * * * *
  44
  45 The development of GROMACS is mainly funded by academic research grants.
  46 To help us fund development, we humbly ask that you cite the GROMACS papers:
  47
  48 * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  49   H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  50   Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  51   DOI: 10.1016/0010-4655(95)00042-E
  52
  53 * GROMACS 4: Algorithms for highly efficient, load-balanced, and scalable
  54   molecular simulation
  55   B. Hess and C. Kutzner and D. van der Spoel and E. Lindahl
  56   J. Chem. Theory Comput. 4 (2008) pp. 435-447
  57   DOI: 10.1021/ct700301q
  58
  59 * GROMACS 4.5: a high-throughput and highly parallel open source
  60   molecular simulation toolkit
  61   Sander Pronk, Szilárd Páll, Roland Schulz, Per Larsson, Pär Bjelkmar,
  62   Rossen Apostolov, Michael R. Shirts, Jeremy C. Smith, Peter M. Kasson,
  63   David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl.
  64   Bioinformatics (2013)
  65   DOI: 10.1093/bioinformatics/btt055
  66
  67 There are a lot of cool features we'd like to include in future versions,
  68 but our resources are limited. All kinds of donations are welcome, both in
  69 form of code, hardware and funding! Industrial users who choose to pay
  70 for a license pro bono (it is still LGPL and can be redistributed freely) or
  71 contribute in other ways are listed as GROMACS supporters on our webpages.
  72 Don't hesitate to contact us at gromacs@gromacs.org if you are interested.
  73
  74
  75                        Good luck with your simulations!
  76
  77                               The GROMACS Crew