options->addOption(
BooleanOption("p").store(&initParams.PPHelices).defaultValue(true).description("Prefer Pi Helices"));
options->addOption(
- IntegerOption("s").store(&initParams.pp_stretch).defaultValue(3).description("Stretch for your pp. 2 or 3"));
+ IntegerOption("ps").store(&initParams.pp_stretch).defaultValue(3).description("Stretch for your pp. 2 or 3"));
options->addOption(
BooleanOption("v").store(&initParams.verbose).defaultValue(false).description(">:("));
settings->setHelpText(desc);