Multiple pulses for GPU Halo Exchange

Removes restriction on single pulse.

Implements #3106

Change-Id: I5d68258de831d04c14d6c352fc52e51852fccd80

Introduce readXvgData to read xvg data into std::vector

This allows for modernization of table functions, demonstrated
here with read_tables, as well as potentially any other function
that needs to read in xvg data. The legacy read_xvg is now
implemented in terms of readXvgData. There is already a test for
table functions and this change now adds tests for reading in
xvg data.

Change-Id: Iac0b13d7db15f04a8b0b464df9fa136ff4b2a213

Clean up trivial function and duplicating macroses from NBNXM

The getOclPruneKernelJ4Concurrency(..) that used to implement
the concurrency parameter switching depending on vendor is now
a trivial return the same value as defined by macros. Hence,
this patch removes the function and code now uses the macro directly.

Change-Id: I61d4b0a91e9b3256633860165ab0b7f4a34f9687

Fix the nightly failure

Change-Id: I06a75ba83590d2c6cdf94354e1b8c814db493ef0

Temporary disable RVec->float3 conversion test to fix the post-submit

This fixes the post-submit matrix by disabling the faulty test. Will
be retracted once the proper soultion is found.

Refs. #3372.

Change-Id: I28031bc4793ce283c42539f4029cfe6bc2651156

Use RVec instead of float for x, v and f device buffers

Using RVec instead of float for coordinates data-types allows to
remove multiplications by DIM when the adresses, offsets and sizes
are computed. Since the native device types are not used in CPU
part of the code, the type casting remains.

Refs #3312 and #2936

Change-Id: Iaea914a474195f214ca860f7345f6878b9a04813

Remove mu_tot from compute_globals()

The total dipole reduction happens in do_force() and the alternative
code-path reduction in compute_globals() was only needed for log
reporting which was removed some time ago.

Change-Id: I49a2608e8c1a47959a5f0f571e38e511367c94b2

Move DeviceInfo into GPU traits

The DeviceInfo is needed upon construction of DeviceContext. To
prepare for opaque DeviceContext type, it is moved to GPU traits
and renamed according to the common naming scheme.

Refs. #3311, needed for #3315.

Change-Id: I2a9f1d932f142d645df75901521a734d208de509

Make OpenCL DeviceVendor into enum class and move to GPU traits

The device context in OpenCL requires the information on vendor when
constructed. To prepare for opaque DeviceContext, the vendor
enum was moved into OpenCL traits.

Refs. #3311, needed for #3315.

Change-Id: Iec22ff17543b6a99407048de6e0cd82bb7218fb0

Move non-bonded initialization out of the forcerec

Forcerec should not be responsible for initializing modules.

Change-Id: I666075fe03441c815b191f1eb3809e294c62d541

Test PaddedVector to ArrayRef conversion

This adds a few tests to the PaddedVector tests, making sure that
the various ways to create unpadded ArrayRefs are yielding equivalent
views.

This also fix a small bug in the copy assignment test.

Change-Id: If4317e81a1723739ac3b16fc255987d9f7193489

Fix typo in and remove a couple of duplicates from cool quotes

Older versions are also affected.

Fixes #3367.

Change-Id: If975f67490bfc2ddb6b5e17e00f63434a5013799

Use more MDLogger in preprocessing

Refs #2999, #3005

Change-Id: I2ec9f5d9d98d7b1add0cc3e9339e7a93b6e1c9a6

Minor improvements to vcm.cpp

This cleans up some minor details in vcm.cpp:

* Removed unnecessary include
* Specified OMP data sharing attributes explicitly
* Replaced entire functions being enclosed in if clauses by
  returning immediately if the condition is not fulfilled to
  improve readability. Blocks were kept to avoid touching lines
  unnecessarily.

Change-Id: I29ac6e11a16d7b081c9b00bd85559d5381ae9119

Merge VV implementations of ComputeGlobalsElement

Until now, ComputeGlobalsElement had effectively two separate
(templated) implementations for velocity verlet, to be called
at full timestep and after the position update.
As we gradually move towards a design in which the
ComputeGlobalsElement is agnostic to the data it reduces, this
separation does not make sense anymore. As a first step, the
two implementations are therefore merged.

Change-Id: If0b549a3d87fea50e895b70c55632e1f58582067

Enable GPU update for supported cases of FEP

Only mass and constraints perturbation is not supported by the
GPU constraints, hence FEP can be enabled for the rest of the cases.

Change-Id: I0ec487823ec4aeda5b09ba66a504c5358e778c8e

Couple cool quotes

Change-Id: I222b494d3205ba82101b9e19eafa6380a5f60a11

Merge "Merge branch origin/release-2020 into master"

Use MDLogger in grompp

Start using MDLogger in main grompp routine.

Refs #2999, #3005

Change-Id: Ic88e9a2ec271a4bf9502da5a268f532d422a1f1b

Eliminate the legacyFlags manipulation in do_force()

The override is redundant as it is implemented in the stepWorkload
initialization.

Change-Id: Idde50848c867cb558d4308522bc3e341d9054e82

Modular simulator: Allow for nullptr in element list helper

This moves the responsibility for avoiding nullptr in the element
call and ownership lists from the algorithm building to the storage
helper convenience functions. This will simplify the builders by
reducing the number of conditions that need to be checked.

Change-Id: Ic8428837291f4208c9380bc15092fd6b5a5fda6d

Start using MDLogger in gmxpreprocess

Changed logging of one set of routines to use the logger interface
instead of calling fprintf to stderr.

Refs #2005, #2999

Change-Id: Ibbecab0af6a0fa1c62c754f8826b8ff84fa4886e

Documentation fix for local atom set data

Documentation for the collective index was wrong and is fixed now.

Change-Id: I3d780fe25eab3356892f1ceab4c110c6f40ca7c9

StatePropagatorData: Make const box getters const functions

This allows to have a const pointer to StatePropagatorData if only
const views are needed, and should have been that way from the
start.

Change-Id: I240a711c3193f9e94844a99fa500a0cd63e6bd8d

Remove BufferOpsUseGpu enum

Its limited role has been fully replaced by the equivalent workload
flags and the verbosity its used requires is not warranted for the
current use-cases.

Change-Id: I67ad1e9eca16e095ea9da8173e07d8f7683a862c

Make t_inputrec const in ComputeGlobalsElement

Change-Id: Iff3d217fb735185e5a4e7e62239daccc62207144

Cleaning booleans in NBNXM in OpenCL build

Patch 93f2f30017595e419d25c5dd6fa6a8b320a1858f changed some of the
booleans types from cl_bool to bool, but not changed how these
variables were used in some places. This caused the compiler to be
confused with the data types, trying to convert bool to int or
to cl_bool.

Change-Id: Ib8017bbdac804f3946e65698df5882c669250044

Reorganize GPU stuff initialization in PME-only ranks

The state propagator data GPU, PME coordinate receiver and PME
force sender initialization in PME-only rank was not unified,
which lead to extra conditionals and extra calls to getter
functions. This patch unifies the GPU initialization of PME
only rank, thus simplifying the logic around it.

Change-Id: I8e6e39f0948fb1293c72d6b7ae958ab061f732df

More SIMD preparations in the FE calculations

Prepare the launch of the FE kernel using SIMD. So far the kernel
is not modified to actually use SIMD.

Change-Id: Iaad24fc37549b5deaa892655be1d2a7317f65955

Add replacement for symbol table

Refs #2833, #2916

Change-Id: Ibd771444933ef4b01f5a3eca9db3efbbbff2926f

Small improvement in OpenCL error handling

- replace plain asserts with GMX_ASSERT
- improve error message prints by decorating with OpenCL error strings

Refs #3300

Change-Id: Ibac66ee0de35c572c0051d8c394a488051b23a7e

Split and move the checkDeviceBuffer(...) function from PME

Resolving a TODO.

Also fixed the formatting in neighboring comment.

Refs. #3311.

Change-Id: I1687981cc80e2388714cbbb3113f37e34582e31c

Remove the rest of the device coordinates management from PME

Although it may be convinient to keep an local copy of the
address device coordinates buffer, the management of this buffer
is not the responsibility of the PME module. This patch remove
some of the remains of this management.

Change-Id: I160adfb0319c0bf6e532061aca05ef9cc9aa8a4f

Rename UpdateConstraintsCuda to UpdateConstraintsGpu

This is to folow general naming conventions across the code.

Refs #3114.

Change-Id: Iec3678e1d4152d6442818fcd81020e021927757c

Merge branch origin/release-2020 into master

Resolved Conflicts:
admin/copyright.py
cmake/gmxCPackUtilities.cmake
cmake/gmxManageFFTLibraries.cmake
cmake/gmxManageMPI.cmake
cmake/gmxTestMPI_IN_PLACE.cmake
docs/dev-manual/jenkins.rst
src/gromacs/domdec/domdec.cpp
src/gromacs/ewald/pme_load_balancing.cpp
src/gromacs/gmxlib/network.cpp
src/gromacs/gmxlib/network.h
src/gromacs/gmxpreprocess/readir.cpp
src/gromacs/pulling/pullutil.cpp
src/gromacs/taskassignment/decidegpuusage.cpp
src/gromacs/topology/mtop_util.cpp
src/gromacs/topology/mtop_util.h

Change-Id: Ie41c4a18cc79368eba613a093cda9c8782eead2c

Update some nbnxm kernel constants to constexpr

Then OpenCL kernels now use preprocessor constants of the same names
and values, which are set up on the JIT compilation line.  This
eliminates a header file used for compatibility.

Added support also for the ocl_nbnxm_kernels testing target.

Change-Id: Ibf8f7864dd08b14aeecad095cdbe25b1fbacc765

Remove element-size member fields

These are compile-time constants, and there is no need to store them
in variables.

Change-Id: Ib94fbc479b031c4d4034355123a8ff0cf333c74f

Make NbnxnGpu class with constructor

This is needed for future reform of the NB GPU code. Also converted
the "staging" struct to have initializers (used to make the default
constructor) because it is held by value and would otherwise have
default constructor that leaves fields uninitialized.

Also replaced cl_bool with normal bool, as there was no advantage for
the former.

Change-Id: I1b63f0a8145dbd911062d1039f129074b0abdc3e

Add cool quotes

Change-Id: I6debedecbefcf4828fc070874460394188a3012a

Add target for offline PME OpenCL compilation

Also fix clang-tidy warnings in the PME OpenCL kernels; tested with
clang-tidy 8.0 and 9.0.
Target will be triggered in all clang-tidy + OpenCL builds.

Moved the invocation of the targets in jenkins before the
tests where it makes more sense.

Change-Id: I31d7dd4883e20d0564ab2f18a6de7e0d17e8024a

Removed SC RPower 48 from FEP kernel

With RPower 48 deprecated the FEP kernel has been simplified
quite a lot.

Fixes #3253.

Change-Id: Ic18d9f938679b2a7499fbcc31bfc9d28e89fdb98

Fix deadlock in PP-PME balancing startup delay

The condition whether load balancing should start included a per-rank
computed fixed time-delay. Therefore different ranks could evaluate this
condition differently resulting in a deadlock.
This change fixes the deadlock by broadcasting the result of the time
delay check.

Fixes #3335

Change-Id: I39ebc7e99483a6837bdbd79e312148384c1966b3

Use utf-8 for python file reading

Avoids crashing on non-ascii characters

Also needed in release-2020 due to https://gitlab.com/gromacs/gromacs/pipelines/111716110

Change-Id: Ie489110bbe37619d36f8feb739e04ef60cccff16

Minor cosmetic improvements in AWH

Remove duplicated inputrec outputs.
Clarify that user input data should be in kT.

Change-Id: I51b733f0a1969b8e5232766beb10a6f1a7c6a57a

Fix DD rank count prime check

The domain decomposition would refuse to run with large prime factors
in the MPI rank count even when the grid was specified by the user.

Fixes #3336

Change-Id: I92f20ce18f314db68890650e76741b0ee70c05df

Fix a couple of commas in cool quotes

A couple of commas between the quotes and their authors went missing.
Due to a random nature of cool quotes, I am not sure if this have
any consequences.

Change-Id: Ifb79557efc3fd3d8d75dd0a6566cccc7e5a43ea4

Fix PME checks in GPU update assignment decision

The decideWhetherToUseGpuForUpdate() function performed a check on
whether PME is on GPU, but neglected to check if PME is actually
active. Therefore, cases without PME (e.g. reaction field) were
unintentionally being prevented from running update on GPU. This change
adds a check whether pmeRunMode != PmeRunMode::None

Change-Id: Ic49f99b2e2afddabd7e2c8e68ab3d6d9325dc07a

Minor cleanup in constraint and shellfc code

Replaced include by forward declarations and simplified empty
ArrayRefs as function arguments.

Change-Id: I759f3f72bc0b4453caf059ae4723ef734a7c2ead

Fix illegal memory access in PME communication

Depending on the compiler, mdrun could exit with an illegal
memory access error when a PME rank communicates 0 atoms with
another PME rank.

Change-Id: Ic1a08903f53c3d0b655ed5475ad99024979b461e

Clarify COMM/posres grompp note

In the common case of equilibrating a macro-molecule using position
restraints, grompp will issue a note about COMM removal when using
default mdp settings. Added a sentence that says that it is likely
not an issue in this common case.

Change-Id: Ide8b75664c4da3789c6661d8d69f855f9abea4e0

Fix documentation error with doxygen >1.8.16

Fixes #3280

Change-Id: Ia41e080ea5ee4bc393d1e0240fc56958d81f6c68

Rename SettleCuda to SettleGpu

This is to folow general naming conventions across the code.

Refs #2886, #2888.

Change-Id: I273cf8c1cabcf59d1cb7fd7f0028c3c1cd8619c8

Use ArrayRef(WithPadding) in constraint code

This change is only refactoring, except for adding padding to two
buffers used for flexible constraints. This avoid potential illegal
memory access one element beyond the buffer with certain SIMD
implementations. Note the this memory was not used nor modified.

Change-Id: I385b3007a27888d15741e737ccfcf3e3a4369d1e

Rename LincsCuda into LincsGpu

This is to folow general naming conventions across the code.

Refs #2885, #2888.

Change-Id: Ifa7e3febeff1d958155ed02daa97d26e828e8381

Rename LeapFrogCuda to LeapFrogGpu

This is to folow general naming conventions across the code.

Refs #2887, #2888.

Change-Id: Ia090c0479f1960fe34d1144e3bd173015d157e62

Use std::vector in shellfc

Replaced all C memory management in shellfc by std::vector and
one now. Also used more ArrayRef.
All allocated memory is now freed by done_shellfc().

Change-Id: Ic533d7b20ba7486f76148476b35986a3caec4b36

Template X buffer ops on setFillerCoords

Also fix a typo and remove an outdated TODO.

Change-Id: I4d35a889fa71b0096e825b95a02860ab6420c4ad

Actually fix Gitlab doc build

Was still failing after 658765317fd94df5d534c039462be03ab3839067 got
merged.

Actually fixes #3278

Change-Id: I747fe5c677864d1f50ab97d0eda38c68a6085b45

Regularize nbnxm module doxygen

This module will be easier to work with if all the files are
documented and all the comments precede the things that they comment.

Had to add several \internal flags to various files to ensure
things that should be internal are that way.

Change-Id: Ia08a936c23276cbea97c2e8ff47db403d3fd9185

Fix bad link in developer docs

Also made sure that error gets caught by the Gitlab CI runner.

Fixes #3278

Change-Id: I36b73a4322c69242eef3dcefa6684ef973b1bd01

Add check for shells and GPU update

Fixes #3303

Change-Id: I84a9d005fdff142e332e449bd7b2cce314617adb

Correct fixed redmine issue id from 3297 to 3296

Recent commit 36a65816 said it fixed issue 3297, but this should
have been issue 3296.

Refs #3296

Change-Id: I85a95e818d3cda816211dc2aa8ddb32e9e0c69d4

Make nbnxm headers more self-contained

Resolves existing TODO, removing a dependency of the CPU kernels
on config.h

Eliminates an unnecessary function, and the inlining of a function
that is only called every NS step.

Renamed gmx_nbnxn_*_t to gmx_nbnxm_gpu_t because there was no
advantage to the previous scheme. Each GPU build configuration only
ever uses one type, so there is no problem having different
declarations in different build configurations. The compiler would
complain if there was. The renaming of the former collection of types
in gpu_types.h created a dependency on config.h which should be
avoided.

Something about the renaming of gmx_nbnxm_cuda_t broke the way Doxygen
understood nbnxm_cuda_types.h. I thought that declaring a Doxygen
header for atomdata.h had fixed it, somehow, but it didn't, so there
is a suppression for the suspected false positive. Also fixed the
Doxygen in atomdata.h

Change-Id: I18c573ad87cbab9ae4f38aa49541f0821dc1c145

Fix PME run mode without PME

pmeRunMode was incorrectly set to CPU when the PME task is not
assigned to a GPU in a non-PME run.
This change make sure that non-PME runs pmeRunMode is correctly set to
None. It also moves this setup code to a function in the taskassignment
module.

Change-Id: I2c2c609e56d3cb6eef5cfccf2f0489545cedf6ef

Fix nightly build failure on Gitlab

Found an unused variable warning when building without thread or real
MPI.

Change-Id: I6badc5c32e9eeb07cfafacd3ff9219dd612be847

Update nonstd::optional

Updated to commit 096ce6d7e45ef184de2c8ddcae45da4a9d539da5 to avoid a
bug (see https://github.com/martinmoene/optional-lite/issues/51)

Change-Id: I0df46b21fabcb7841600e5a6b32b2329742d12d5

Allow access to optional outside libgromacs

When using gmx::compat::option in files also included
outside of the libgromacs tree (e.g. anything topology related),
compilation would abort because the include path could not be resolved
for nonstd::optional.hpp in e.g. legacymodules.cpp or view.cpp.

Adds the information needed to the CMakefiles to always find the correct
include path.

Also modifies CUDA nvcc compilation to have the header available for
those CUDA compiled files that need it.

Should be revisited when resolving #3290

Change-Id: If335ecdfa1bd2ba56cae7ee26c07d9a7faa5a651

cmake: install pbc.h for GMX_INSTALL_LEGACY_API

This was introduced in 97c751f1945702316b6342f4054da20dd5239872.

Change-Id: I1ecb0c10d0df9285bed7bef112d4cd439b262ce6

Fix multisim with parallel simulation

mdrun -multisim with more than one rank per simulation would stop
with a fatal error due to using a partially initialized
gmx_multisim_t in GpuTaskAssignmentsBuilder::build().

Fixes #3297

Change-Id: Idfe24110908dc8cad29cd9a0eac7233fca4102f9

Use utf-8 for python file reading

Avoids crashing on non-ascii characters

Change-Id: Ie489110bbe37619d36f8feb739e04ef60cccff16

Avoid unnecessary exclusion generation in DD

With only self exclusions, the DD partitioning would generate a list
of all empty exclusion lists for all i-atoms. Now no lists are
generated. An assertion is added in the pairlist generation code
to ensure we either have 0 or the right number of exclusions lists.

Change-Id: I4b0556cbf3ed3a6fea7bdd0e03e194410bcfb88a

Report if update is running on the GPU or on the CPU

This adds a line which states where update is offloaded next
to the rest of the GPU usage information.

Fixes #3292.

Change-Id: Ie6b076c4309c7695ab9b46037ced92e95dea1558

Revert "Exclude build-system files from CPack"

This reverts commit 617d7fb728eee44331d8f8f98fa644bc5921fcb3.

Caused #3291

This commit fixes #3291

Change-Id: Ib75dd9274c1822192d5ffd0ce458ab35a3406f11

gmxManageMPI.cmake: convert MPI FLAGS to lists

Convert MPI FLAGS to lists as otherwise space will get quoted in
CFLAGS in gmxCFlags.cmake.

Change-Id: Ieee4b68d254261f079d954443322faf040e8b6e9

Improve mdrun performance user guide

- Extended GPU update related section;
- Tweaked the bonded GPU offload related section to reflect the current
  state of the code.

Change-Id: I89ed39750d449df8b273f36ee6530df29ff31b7e

Fix compiler warnings on windows

Came up during other builds, but didn't make any sense.

Change-Id: Ie57f4ce30d35dbb1db927b91902045fbbcffe8f0

Change signature of the setPbc(...) method in update-constraints

The PBC description is stored in update-constrain module in the
PBCAiuc format, which only requires type of the PBC and the box
matrix for setup. Hence, constructing the t_pbc structure is
additional unnessesary step in the PBC reinitialization.

Change-Id: I9dff337fa18f22d9164168de37ba8fb8630ba713

Make PBC type enumeration into PbcType enum class

The type of periodic boundary conditions is defined by untyped
enumeration and passed around as an integer, which is not type
safe. This change makes the enum class that defines the type of
the PBC and can be safely passed as a function argument.

Change-Id: Ia1f709a90472a95ad76af92c41df570ba7c28255

Use enum for gmxapi.testsupport fixture options.

Change-Id: If369d2a10c30d1e39ffe1a8f1b69303b8a071b5b

Clean up ewald module internals

This prepares for future refactoring by starting to break up the
cross dependence on many internal headers.

Note that useDecomposition was set (and then used) with the opposite
logic, which was a benign problem that is now fixed.

Change-Id: Ibb7f0ceb82d644374bfd396b38b9611cb8d7fd62

Further consolidate gmxapi.testsupport.

Migrate most of the remaining pytest fixtures from conftest.py
files to the gmxapi.testsupport pytest plugin.

Change-Id: If5fae2bafcbe96fefe6b3cd2e86ef3af2ec61786

Update gmxapi Python package version and versioning support module.

Module modernization moves in the direction of consolidated and
normalized metadata handling by reducing the exposure of non-standard
attributes. Future changes can further unify version metadata by
migrating to PEP 517/518 package configuration.

Change-Id: I288e846cc0e77d9053c79a06256afed9bb579d7f

Fix memory address bug in GPU PME coordinate address send fn

Fixes bug introduced in 8f80571986c5ba98e4070ab390d372e81078cc3a,
which changed a pointer from rvec to float type, but didn't change the
corresponding array index used to get the pointer to send: an extra
multiplication by DIM is required.

Change-Id: Ia16e9988cb154895807a3c9f9588b1ffe59b3dcc

Split lines with many copyright years

The new split_copyright_years.sh script can be run every few years to
keep the line length short enough for readability, and to avoid
clang-format wanting to change the lines such that the copyright
checker no longer recognizes a valid copyright statement.

Numerous files have now been bumped for 2020 because the copyright
line has been changed. That's technically valid.

In recent merge commits, several files were changed to use year ranges
like 2012-2020. Those have been reverted to the old style, which is
thought to be more valid.

Fixes #3282

Change-Id: I9c4e4677bf22a8d48ab1b3245de257c4bbaccf9f

Merge release-2019 into release-2020

Change-Id: I34a795ad1fdc805d056401932f8c543ed77cfae7

Workaround for ICC 19u5 and 20initial

Change-Id: I34f4215f2112579b1a92c87aca28b270b4aca09e

Add support for ICC NextGen with MKL

Change-Id: I2ac3d994736f2261955db65c7c039b7c33cdbaa7

Remove stray "to do".

The context of the comment has changed over several commits. If it is
still relevant, its meaning is unclear. If there is a question that still
needs to be resolved, it can be re-posed in the issue tracking system
when someone has a chance to clarify and frame the discussion.

Change-Id: Ifb65ae4942a1225aa23189c95aaa4c73c3b7c88c

Merge branch origin/release-2020 into master

Final merge needed for release-2020 into master

Change-Id: I93a44684f002997dfa8590c865103b436f3e3e93

Write TPR body as opaque XDR data in big-endian format

This implements support for opaque data in our serializers,
as well as a few missing XDR support opaque routines,
including support for data objects larger than 2GB.

By using this for the new serialization of the TPR body
we avoid the unintended 4x growth of the file size, and
avoid introducing extra endian swapping or padding.

We also adjust the endian so the InMemorySerializer
swaps to big endian (i.e., swap if host is little endian)
such that the body of the TPR file is compatible with
the header that is already written as big-endian by
the XDR routines.

Fixes #3276.

Change-Id: I99011dffe190155e671bd656127c2a33459923e2

Merge commit d30f2cb6 from release-2020 into master

Merging the release-2020 branch in stages to allow update to TPR format
to be cherry-picked in.

Change-Id: I36c0861d0cb6f17a3f4ff739fa868867844f2944

Remove transitional links for online gmxapi Python package reference.

Provide link to current GROMACS gmxapi documentation,
built by GitLab Runner.

Fixes #2985

Change-Id: I1e56828aba4cc2568bbc9e6617863ca10197058d

Add Flake8 linting to gmxapi tests.

Add the flake8 package to requirements-test.txt and a run_flake8
docker entry point. This change does not require Python source
checking, but facilitates it.

Refs #1786

Change-Id: I6a6c2d6012e4424d13d8ceed0ea3696077042f6f

Use `todo` Sphinx directive more.

Start making "to do"s more actionable. Use the Sphinx `todo` directive
to allow special processing. For comment blocks that imply planned
activity, convert comment to `todo` directive for more easily discovered
and tracked doctree elements.

"To do" items should have a clear call to action and some follow through,
such as being prohibited in release branches or at least referring to
tracked issues, but that is beyond the scope of this change.
This change only seeks to make the mass of "to do"s more discoverable.

Change-Id: I8cbc06a5a1d78791bc6e9b0a2530632ad09a9380

Prepare for 2020.1

Reset DOI strings

Change-Id: I5898dfdacde0c851c1a870a983094a2e56c3ab2b

GROMACS 2020 release

Updated regressiontest hash
Set doi strings
Set correct release date

Change-Id: I5d34e1176e5a0ecc6b38a15d830d228127a69d9d

Revert "GROMACS 2020 release"

This reverts commit 78c3280ad9c1802db4f6a7e02978207921add05f.

Reason for revert: wrong release date

Change-Id: Ia0d4112349ea4bdca9edda2a30e8933cacc2ad19

GROMACS 2020 release

Updated regressiontest hash
Set doi strings

Change-Id: Id053624d5e276aea62a5d07ebf995cf01b54f1ab

Add link to paper explaining GROMOS twin-range issues.

Change-Id: I81e89817ce9441bb3d25bc43b00b4cc995590c3a

Avoid 386 O3 codegen bug even more

Refs #3205

Change-Id: I78f3cc03da36e129a842507f9cdd3d170beb8c08