Use ArrayRef(WithPadding) in constraint code
authorBerk Hess <hess@kth.se>
Fri, 17 Jan 2020 09:59:18 +0000 (10:59 +0100)
committerPaul Bauer <paul.bauer.q@gmail.com>
Mon, 20 Jan 2020 15:33:53 +0000 (16:33 +0100)
commit78e7637ad0cf41cc62131b13103c09e8a0f48722
treecc82e85e149c02557f7750baa455b914dc8f4ed1
parentaf1e0e7eb9bdccca8c2e27f248562d37e4970579
Use ArrayRef(WithPadding) in constraint code

This change is only refactoring, except for adding padding to two
buffers used for flexible constraints. This avoid potential illegal
memory access one element beyond the buffer with certain SIMD
implementations. Note the this memory was not used nor modified.

Change-Id: I385b3007a27888d15741e737ccfcf3e3a4369d1e
14 files changed:
src/gromacs/domdec/domdec.h
src/gromacs/domdec/domdec_constraints.cpp
src/gromacs/mdlib/constr.cpp
src/gromacs/mdlib/constr.h
src/gromacs/mdlib/lincs.cpp
src/gromacs/mdlib/lincs.h
src/gromacs/mdlib/settle.cpp
src/gromacs/mdlib/settle.h
src/gromacs/mdlib/tests/constrtestrunners.cpp
src/gromacs/mdlib/tests/settletestrunners.cpp
src/gromacs/mdlib/update.cpp
src/gromacs/mdrun/minimize.cpp
src/gromacs/mdrun/shellfc.cpp
src/gromacs/modularsimulator/constraintelement.cpp