Move ifunc stuff from idef.h to ifunc.h

Interaction function definitions were spread over ifunc.h and idef.h.
Also changed some macros to constexpr or inline functions.
Changed interaction_function.flags to unsigned int.
Added ifunc.h to installed headers, as it is now required.

Change-Id: I285413f9474866b1fe52e635188763b1c9ee9f95

Refactor pdb2gmx in c++ framework

Put pdb2gmx into c++ framework using modern options.

The focus here is on keeping what the user sees the
same. As yet, minimal effort has been put into
making the the whole code into modern c++.

Change-Id: I6dd750d0761c474415c02e9ae36d7ddb1fbbda10

Added basic tests for gmx msd

Change-Id: I35d765d9a68d4723bf0a968d07453a268ed4e78a

Change pointers to InteractionList to references

Change-Id: Ia2431137e7326a4fa68083b0e50a82455b426c86

Fix typo in DD load balancing printing

Removed superfluous string format specifier (%s).

Change-Id: I42dcb3e5a8fa64f80cf480f4838a9f7fa70e03cd

Refactoring in DD redistribute

Split computeMoveFlag() of from calc_cg_move().
Group limit arguments into a struct.
Change move from a pointer to an arrayref.

Change-Id: Iab7f7ae3168fcb8a77ad08d3632a2dc23007d322

Move variables around in pdb2gmx

This narrows the scope of variables in pdb2gmx and
changes a few names. This is only code movement.

Change-Id: I2f923df42124f430348601fce839b0914ca41674

Replace slave with agent

See releng change for details.
Also removes the word in one non Jenkins related file where
it didn't add any value to a comment.

Change-Id: Ic299f2fce0ffcd5412611c464b5f88db41d31a9c

Refactor getAtomGroupDistribution()

Change-Id: Id97802c061d179d9303d05b6da97131151be027a

Remove LaTeX file writing from gmx check

The function would now live in gmx report instead.

Change-Id: I09a03f1cab32f8a3e4e1bf5bc7426b9a7fd80170

Rearrange mdrun/runner.h

Swap the public and private sections of Mdrunner. Improves readability
and reduces noise / conflicts for other changes under review. This
commit is only reorganization.

Refs #2605

Change-Id: Ibb9a24a588afd90c7199f77e80aa2a3f2d2e7339

Change gmx_moltype_t.ilist to InteractionLists

Also changed the mtop_util ilist loops to return a pointer
to InteractionLists.

Change-Id: I449176dcb2b7b73225c78308cf64da70cc88051b

Introduce gmx report-methods

The writing of system information from gmx check has been
moved to a new module gmx report-methods that does the only
this part, writing the basic system information to the
the terminal, as well as a LaTeX formatted or unformatted
output file.

Change-Id: Id34c8ca67e606a88da70fe9558b2811a716dcc47

Warn for type mismatch for gmx printf like functions 3/3

Add attributes for gcc (and compatible) and msvc.
And fix remaining issues.

Related #2570

Change-Id: I9b46559c2554404b309aa8710eb34ffa128d8cae

Remove sparc64_hpc_ace nonbonded kernels

Unclear whether they work after C++ change. No plans
to test them.

Change-Id: I5fe296ec34c51d0e9d0500eef3c6c7d5cd1b4a76

Add C++ version of t_ilist

gmx_moltype_t in gmx_mtop_t now uses a C++ version of t_ilist called
InteractionList. The interface of IteractionList and t_ilist match
such that templated code can work with either. Thus we do not need
to change all code that uses t_idef now as well.

Change-Id: I90b829dae874f38d52ec0ceb538342313b2f8dd9

Remove useless comments

Change-Id: I6df536841e9307491db8d3e9a529803724375d89

Eliminate main.h

This generic file had generic content and will create cyclic
dependencies if not broken up into logical units.

Moved replica exchange code to be alongside the multisim code that it
needs. Moved multi-sim communication routines to be where other
low-level and multi-sim communication routines are found. Added simple
Doxygen, while leaving a suppression and TODO for the main
replica-exchange routines documentation, which is not in scope for
this change. Converted a define to a constexpr and made the include
guards match GROMACS style.

Change-Id: I123231d56bfa9a699ddbd32fec0b055cf14d93e3

Warn for type mismatch for gmx printf like functions 2/3

Most manual fixes. Inclduing those with missing/extra
arguments.

Related #2570

Change-Id: I2046d323dad6420e61f47918b12aa538f4a6d4a0

Add SSE2 + double config

Change-Id: I751b4c4755d01ffd7aad08144dc2e5e3a1b96280

Convert vsite structs to C++

Change-Id: I164e78e981404df535d1115d5eaab399382924ae

Simplify add_suffix_to_output_names()

Use gmx::Path::concatenateBeforeExtension instead of C string
manipulation.

Change-Id: I3203bf43aa19d9eae93dcf58eb314591864c590f

Remove cpluscplus ifdefs

Also remove c/c++ bool check given that it isn't needed
anymore.

Change-Id: I8b1c34a5fe3130c1a2754eed81815fa36020bd89

Fix clang-tidy warnings for OCL

Change-Id: I2f794a2209f355c0b3ee67623360724d96982458

Convert DD gmx_reverse_top_t to C++

Note: thread_work_t will be converted to C++ in a child change.

Change-Id: I629016caebc7c6a0149471647a7fc9110ba01e27

Fix SSE4.1 after change to C++

Change-Id: I1450c97c5594df37e38cb2e6586db2f23e1fcae8

Replace C-style library file handling with RAII approaches

Avoids and fixes leaks of filename strings and file pointers, in
normal and exceptional cases. Also cleans up some possible mismatched
file open and close routines.

Introduced a new header to declare the new smart FILE-pointer type.

Minor fixes to doxygen.

Change-Id: Ia7fcf5c93f2b91a6540cdd3d0e710a787960af98

Improve DD logging

Many info and warning-level messages are updated to use the existing
logging and/or text wrapping infrastructure, following the policy of
level messages are used. Messages about DLB decisions was downgraded
to information level, because users are not expected to react to them
and they are not critical.

Extended some of the infrastructure to suit the needed use cases.

Fixes #2636

Change-Id: I6d39dc41d23fe3e0ed8ee51d326c8d2264112b1f

Compile nonbonded kernels as C++

Remove extern "C"

Change-Id: Id6843c53bca8246ce8d7229198e8307e0c6bdeca

Added option to gmx nmeig to print ZPE.

The Zero-point energy is a fundamental property of compounds
that can be computed simply from the vibrational frequencies.
Since we have all that information available in gmx nmeig we
might as well compute and print it.

Added some comments about units for doxygen output.

Added warning for unphysical frequencies.

Change-Id: I8914898f56bfe39a2b8f0fb3ad9df9e22eaa61bf

Replace readConformation with TopologyInformation

Removed that function and renamed its source file to reflect the only
remaining contents.

Refs #1862

Change-Id: I6616ab8930a90d33ac4a836f97c30f6bea40e29c

Added trivial const qualifiers

Const qualifiers were added to function arguments. No changes were
made inside function bodies, except for adding const qualifiers to
convenience references within functions. These changes help the
development of a MD state object, as they reflect more clearly where
write access to data is _really_ needed.

Refs #2616

Change-Id: I779b4dfed2fbd0ad129e226c9b535ed97a8bb01f

Initialize total_vir and pres in init_md

There's no reason these should be treated differently than other
matrices like force_vir and shake_vir.

Change-Id: Ie0bbef63c9a2a67683f500217ba7c9a72b253452

Remove const from pointers in t_filenm.

The const char pointer members of t_filenm were themselves const,
restricting the ability of t_filenm objects to be assigned or passed
by value. If the pointer members should not be updated, the variable
holding the t_filenm object can be marked const, so this change removes
the const-ness of the pointer members.

Change-Id: I1c405b390c5399604cf66ca5818fdac630ffde8e

Replace rounding using int(x+0.5) with roundToInt

Enable clang-tidy misc-incorrect-roundings

Change-Id: If448e37ad86c01a38e7a4951f3cb42a3b4cd1f12

Add roundToInt

- Leaves the rounding of halfway cases implementation defined.
  Reason: It simplifies implementation and has no impact for
  anything where the input can have at least 1ulp error.
- Uses rint(f) because it is optimized in all commonly used
  compilers avoiding the use of intrinsics.

Change-Id: Id01c2a37d3e1c5000858e78332fa72beb5b3b58d
Fixes: #2562

Change TopologyInformation implementation

This changes TopologyInformation so that we will be able to use it
also in the legacy tools, providing a better migration path for them,
as well as making progress to removing t_topology and a lot of calls
to legacy file-reading functions.

It can now lazily build and cache atom and expanded topology data
structures, re-using the gmx_localtop_t type (intended for use by the
DD code for domain-local topologies). The atoms data structure can
also be explicitly copied out, so that tools who need to modify it can
do so without necessarily incurring a performance penalty. All these
are convenient for tools to use.

The atom coordinate arrays are now maintained as std::vector, which
might want a getter overload to make rvec * for the legacy tools.

Added tests that the reading behaviour for various kinds of inputs is
as expected. Converted lysozyme.gro to pdb, added a 'B' chain ID,
generated a .top (which needed an HG for CYS) so updated pdb and gro
accordingly. Some sasa test refdata needed fixing for that minor
change.

Provided a convenience overload of gmx_rmpbc_init that takes
TopologyInformation as input, as this will frequently be used by
tools.

Extended getTopologyConf to also return velocities, which will
be needed by some tools.

Adapted the trajectoryanalysis modules to use the new approach, which
is well covered by tests.

Refs #1862

Change-Id: I2f43e62bc2d97f5e654f15c6e474b9b71d7106ec

Remove macro for group type in topology

Change-Id: Iabb199c321af21061f0e94c0bac20c352957e3a6

Fix grompp memory leaks

Change-Id: I845565e6beca036ea15db21c03ad69bcda553acc

Minor fixes to GPU build system

CUDA_FOUND is set by the find module, and should not be managed by us.

If CUDA hasn't been found, FindNVML can't be creative about finding
NVML, but if the user has set things up in other ways, NVML can still
be found.

We need all three of the outputs of the detection, so all three should
contribute to whether we run the detection code.

Change-Id: I3c528f5d4eacd4556c292d262b2b73ec7e32ada4

clang-tidy: override

Change-Id: I3767d2a1117b525d9284a32935a4e8bb3ab337af

Check q perturbation when PME on GPU is tested

If charges are not perturbued allow running PME on the GPU in
FE simulations.

Refs #2054.

Change-Id: Ibc610cb63afaadf4aa97608b8e03b6906fe2d026

Separate simulation database used in tests

Change-Id: Id76b6cf1438b5b432ec51e98d2ce170bba01caa2

Simplify Allocator

Remove all unneeded functions. Most of them weren't needed
with C++11 which requires all usage of allocators to go
through the allocator_traits which provide the default
implementation.

Change-Id: I37fb298c575fa5b09e5a6a1fdf4e7ff390eaec7a

HostAllocator: Remove unnecessary template

Change-Id: I097f8318222fedf749cf911f48fca2b11a0ac5c1

Remove pin/unpin from HostAllocator

Simplifies HostAllocator a lot and there doesn't seem to
be a good usage of those functions. Also allows to
call unpin without first checking whether the memory
was pinned.

Also fix comparison operator for HostAllocator and
make it properly work with move-only types.

Change-Id: I3be397a26c10ef68334c3753666802e46129a0ec

Change CanBePinned to PinnedIfSupported

Allow setting the policy independent of support. Allows testing
without support.

Change-Id: I8aff34757868e705cea579d21f78a50b08f2c2ed

Remove meta information from host allocator policy

Also prevent HostAllocator to be copied/propagated.
A HostVector shouldn't be copied without the calling code
having a choice on the pinning policy.
This commit prevents copy construction. Move construction and
copy and move assignment is still allowed.
For move/swap nothing is changed.
For copy assignment the pinning policy of the destination
container is used.

Fixes #2612

Change-Id: I15034e4db2434ea46eda84e70e3f8e6072660d20

Changes to documentation build script

Moved around some of the builds in documentation.py so they are actually
in the correct order, and made sphinx-input a combined target of both
the input files for the pdf manual and the webpage image files.

Commented on using individual builds in the script instead of simply
using the webpage target and building everything at once.

Refs #2629

Change-Id: I15f556db6dfff12b48b52e8b461f179486a4ea28

Adjust loader path resolution on Mac OS X.

For macOS builds, use @loader_path instead of @executable_path for
libgromacs install_name. For internal GROMACS usage, this change should
have no observable effect.

For binaries linking to libgromacs, using @executable_path in the shared
library install_name allows a path to be resolved relative to the
executable, which works for binaries at a particular level of the
installation directory, but not for executables outside of GROMACS.

Switching to @loader_path means the path is relative to the binary with
the load command, which for GROMACS code is the same as
@executable_path, but for a libgmxapi library installed with GROMACS,
using @loader_path allows a binary linking against libgmxapi to
transitively load libgromacs relative to the libgmxapi installation
location in the GROMACS tree.

Change-Id: Ife76c59b138da58a92a0d00599c394c61fe612f9

Be quieter when failing to detect GPUs

A normal mdrun user should not be informed on the
terminal that no GPUs could be detected. That information
is in the log file.

Fixes #2635

Change-Id: Idd254411c211c0fdef11d685ca1be2071aa6e281

Improve stability of parallel documentation build

More changes to the way the doxygen environment is set up when preparing
the build and fixing one bug that made the documentation build sometimes
unstable due to a race between the creation of the doxygen xml files and
the user documentation depending on it.

Change-Id: I26f6281da5fac4b28d98be4baa7b9ac221c3d40d

Fix error in documentation build

9eef115867840e8558773e721d258e3d21c26a8f broke the dependencies
for the documentation build, leading to the input targets to be build
every time. This is fixed here by properly setting up the targets.

Change-Id: I9228c125f7f5bd7e4d31ce71e3b25798f89a4048

Allow documentation to build in parallel

Resolved some CMake dependency issues that prevented the documentation
build to run in parallel.

Also changed the admin documentation build script to use parallel
builds.

Change-Id: Ieda390886bdebf50771d9efd91328b27e81150c1

Reduce duplication in gpu_utils

Change-Id: I6307e56aa570bd3ff04926879f212aa7f9bf5967

Turn DlbState into scoped enum

Change-Id: I8f74705467533388a98f046f898bbe375a5e4797

More fixes from clang-tidy-7

Change-Id: I0fac17f44b7cf5ab3e862fd60a103d749ceec82e

Convert essential dynamics C-structs to C++ pt1.

Convert enums to EssentailDyanmicsTYpe and EssentialDynamicsStructure.
Convert t_eigvec and t_edvecs and t_edflood to documented C++ structs.

Part of #2590

Change-Id: I90d41708453eea38bbbc69177627999e8eabfe09

Store essential dynamics parameters as vectors instead of linked list.

Multiple sets of essential dynamics input parameters were stored as a
user implementation of a C-style forward linked list. We now use a
std::vector instead.

This simplifies parameter reading and makes it easier for read_edi to
return a vector of read parameters, which is now used.

Part of #2590

Change-Id: I2ad0705558deb8da7bd3fac35602364eadc4fc8d

Update testing matrices for coverage and speed

Moved slow aspect of pre-submit matrix to nightly (icc with release
mode and SIMD support).

Removed slow gcc-7 config adjusting similar builds to achieve its
former objectives.

Removed outdated TODOs, noted new ones

Added hwloc test specifier, and todo for hwloc 2

Added tng test logic, and a specfier for each non-default case.  Fixed
missing return values for no-tng case, and clarified the docs.

Change-Id: I340b9a64dc4e4958f260657d3d82480be62ef979

Merge branch release-2018

Trivial clash in post-submit matrix, where a TODO resolved in 2018
release collided with a new TODO in master branch.

Change-Id: I07366ecb232c7341c8cf17674be3112f44fc9cdd

Allow extensible MDModules and forceProviders.

supports gmxapi milestone 6, described at #2585.

MDModules::Impl gets a std::vector for (shared) ownership of objects
providing the IMDModule interface. An add() method is added to the
MDModules public member functions, but the binding protocols are
separated into separate issues to allow minimal changes and varying
dependencies on other pending changes.

Relates to #1972, #2229, #2492, #2574, #2590.

Refs #2623

Change-Id: Ibb16d1453003213a49622810ed8bad4ed4b06e2d

Document clang-tidy libstdc++ incompatibility

Fixes #2627

Change-Id: I424698e22d2c73716fe53ae750bc260e3872a91f

Refactor wall potential calculation

Changed the wall potential calculation to use ForceWithVirial instead
of the coord x forces sum plus a virial correction. This change removes
the last virial buffer from t_forcerec.
Also refactored do_walls().

Change-Id: I23e56b6e08c57bd03363646f1f968bf0e251faa2

Use more const in hardwaretopology

Change-Id: I5b4240c246e3a87f3c85e506645d720960e09933

Fix clang-tidy build with libstdc++ >= 7

Fixes #2627

Change-Id: I236ab812f98c4921b21b03c6825707595d0385c3

Move clang-tidy build

This has seemed too slow when combined with the ASAN build.

Change-Id: I45ea5856ca05edbb6107b62f219e8afd3cdbda3f

Fix more clang-tidy issues

Change-Id: I64f138bc2034bbf1cfd734e49db8e88d07139ca9

Quiet cmake about clFFT not found after first run

Change-Id: Ief373c63045354982c7b9b505aa99842c3e5ea51

Updates to gmx cluster

As proposed by Boris Timofeev on redmine, this adds to ability
of writing CRYST information to output pdb files, as well as
writing index files for generated clusters.

Fixes #2597

Change-Id: I991889d4116f096a58a22d5482420f0ddc6d0ef9

Add hard limit for line length

Extremely long lines are a pain in diff-views (gerrit, github, ...),
and a problem for readability. The specific number doesn't matter,
as long as it reasonable. Most of us are just ignoring 80 so that
is useless as guideline.

Change-Id: I5dbced451b56bc307beea2aec7599b8764f978cd

Fix documentation build without imagemagick

During a recent merge commit the CMakefile for generating the
documentation without the full reference manual got broken due to a
double definition of the user-guide/index file. This commit fixes this.

Change-Id: Ib4e8a9e991695ebe28937745591290e3d336aaaf

Fix use of nullptr

clang-tidy is supposed to check this, but probably didn't because this
source file was changed around the same time.

Change-Id: I8e30024ea59779a75a757160b1367a66b3a670cf

Prepare pme-gpu-types.h for OpenCL

DeviceBuffer fields are hidden from the future OpenCL
device compilation with a macro. Struct fields are reordered
to satisfy the OpenCL device/host compatibility constraints.

Change-Id: I438c8121487c119cc5abfc04535a2c515fa2d399

Transfer information from old how-to section

Transfer information from the old how-to section to the new website and
perform some updates/deletions where needed.

Refs #2359

Change-Id: I474f4161003f07f92ba23d8183ac058fec4dc17b

Enable more clang-tidy checks for new code

Some of the clang-tidy checks would require too many code
changes when enabled globally. To get the benefits from
the checks without changing all legacy code add a second
configuration. Which configuration is used is selected by
directory: Any new module should use the new configuration.

Additionally it is recommended to use the new configuration
on a per file or change basis (clang-tidy-diff.py) manually.

This change contains the proposed configuration for new code and
and enables it for three folders which contain new code.

Checks enabled relative to base configuration:
clang-analyzer-security.insecureAPI.strcpy
readability-inconsistent-declaration-parameter-name
readability-function-size
cppcoreguidelines-owning-memory
cppcoreguidelines-no-malloc
cppcoreguidelines-pro-type-member-init
cppcoreguidelines-pro-type-union-access

The reasons that the remaining checks are still disabled (don't
know a good place to document because json doesn't allow comments):
misc-incorrect-roundings: #2562
readability-else-after-return: I don't think it is something we want to follow
cppcoreguidelines-pro-type-*cast: While it is best to not do those cast there
    are valid reasons for them. And because they are already easy to spot,
    mandating a NOLINT for those is probably not helpful.
cppcoreguidelines-special-member-functions: conflicts with Wunused-member
cppcoreguidelines-pro-type-vararg: #2570
cppcoreguidelines-pro-bounds-constant-array-index: While I think it would be
    nice to have a compile mode with bound checking enabled. It is so ugly
    to have to write at(v, n) instead of v[n].
cppcoreguidelines-pro-bounds-array-to-pointer-decay: This would be particular
    nice to have But it makes it very hard to write warning free code with
    legacy APIs which uses e.g. rvec. Those have to be modernized first.
cppcoreguidelines-pro-bounds-pointer-arithmetic: This would also be very nice.
    But it requires that depending APIs use ArrayRef rather than pointers
    for non-owning array passing.

Change-Id: I891a576d2c185ef6587224a1a19324f1a8967237

Add basic operations for gmx::BasicVector<>

1. Overload +,-,+=,-= operations for BasicVector
2. Add class methods for dot,cross products, scale, unitv, length,
   sqlength functions (norm, norm2)
3. Add out of class functions for same operations as class methods
4. Add .toRVec, .toDVec methods
5. Provide forwarding templates in vec.h to get correct norm, norm2
   implementation when both headers are included and function is applied
   to older vector style.

Change-Id: I9d0f4490ae51d12842e0f22e9b24b46754fb4f79
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Replace gmx_hash_t by HashedMap

This change is only refactoring.
The only (minor) functional change is that the initial size of the
hash table is set to >=1.5*#keys instead of 2.0*#keys.

Change-Id: I4512318dce5b76d99e7f5846ee0f158fb56b510f

Merge "Merge branch release-2018"

Add size optimization to HashedMap

The table size in HashedMap is now optimized when calling clear()
using the old number of keys. Also the number of keys is now set
to a power of 2, so we can use bit masking instead of modulo.
The bit masking allows for negative keys, which is also tested.

This is preparation for replacing gmx_hash_t with HashedMap,
but also improves performance for gmx_ga2la_t.

Change-Id: I90c5a602cb7e213eb6d2e8259a0effc4fd7c4e14

Add tests for HashedMap

Also moved HashedMap into gmx namespace and replaced the debug
assertions by debug exceptions.

Change-Id: Ie1d5984ee1db9b288e8664d17a86ab265652c637

Fix build without TNG

Also resolve the TODO about testing for this case.

Change-Id: I7e4b65f82a83c84234a01220954931e8ecd28c9e

Merge branch release-2018

Clashes in set_pull_init signature.

Issues with new pull checks from LocalAtomSet refactoring.

Transfered change to PME-on-GPU availability to new
location.

Ignored changes to pre-submit, because no longer appropriate.

Adopted changes to gmx solvate into master. The new test
coverage finds a memory leak that is fixed in this patch with
a refactoring of sort_molecule and add_solv.

Needed to include domdec/collect.h now used in master because
a function call from it was introduced in release-2018.

Change-Id: I5f7fcdf52a6093b455bd6e31c264696d88ced2ac

change some char to string in gmxpreprocess

Related to #2566 and #2570. As part of the refactoring of
pdb2gmx one thing that becomes clear is that a lot of variables
could have better defined scope and readability could be
improved if some char's are converted to string's. This can
ripple through the code base of gmxpreprocess. I have followed
some of those ripples here and will continue to follow in
later changes.

Change-Id: I0d12704ef27c06a4f64f8d1e8638760c8c7019ae

Update to prepare for 2018.4 point release

Change-Id: Id2cd50926f53c6a5ee825dfd9a7dce32e31938d4

Version 2018.3

Added some release notes for issues that were missing them.

Change-Id: I5480e5421387081fb7b6fc26885d983e6b4046b9

Fix trjconv when running without a structure file

When running trjconv without a reference structure file,
the topology information would be left uninitialized and
cause subsequent crashes during the deallocation.

Added tests to cover this behaviour.

Fixes #2619

Change-Id: I501c560ee0f8afca00bc78fd6f81b6841b5a5b57

Fix handling of counter resets

There is no reason for or need to change max_hours, ir->nsteps or
step_rel when doing a counter reset.

This makes clear that the behaviour for the combination

mdrun -maxh t -resetstep n

matches the documentation of -maxh.

Updated the API for walltime_acccounting and its usage, because
elapsed time is an insufficiently clear context. Changed the names of
the start and stop functions so that no callers can silently rely on
semantics that have changed.

Avoided variables such as elapsed_time and max_hours, which were
insufficiently precisely worded.

Refs #1781

Change-Id: I16c96985f43a7b4ac75b94f378da3d05914d6986

Fix missing interactions with GPU and DD

Non-local LJ and Coulomb interactions would not be computed on a rank
after the non-local GPU pair-list was empty at some point in time;
either at the start of the run or during a run.
The issue is that the pair-list was initialized conditionally on
the size of the list in the device side data instead of the host side
data.
Although this could have led to silent errors for small step numbers,
most systems will likely crash for production runs.

Fixes #2502

Change-Id: Iae1c5b70624b652d625520cadb647f862f296d5b

Fix pdb2gmx -chainsep

Fixes #2577

This patch makes readConfAndAtoms public and has pdb2gmx call it
directly. Previously pdb2gmx called readConfAndTopology, which
then called readConfAndAtoms and then tpx_make_chain_identifiers,
the latter of which is suspected of being broken, as documented
in the TODO added here.

Change-Id: I1b47e1743f6accf77ae67d232eb2c815edcff970

Permit PME on GPUs only for dynamical integrators

We did not intend to support anything else (and at least energy
minimization does not work, because copying of HostVector does not
work properly).

Fixes #2578

Change-Id: I260e578b718614e868ea264a1f487b903704f94f

Request flushing denorms to zero in OpenCL

This change adds by default the -cl-denorms-are-zero to the flags used
for kernel compilation. This is done to:
- avoid a large performance penalty on AMD Vega with ROCm (which by
  default handles denorms on GFX9 or later).
- make the defaults uniform across CUDA and OpenCL.

Fixes #2593

Change-Id: I9e6183c4367b5960e0e21f1dd342d7695acfbc44

Ensure domains are large enough for atom motion

The introduction of the dual pair list has led to larger nstlist
values, which leads to larger atom displacements between domain
decomposition steps. This has made it much more likely that
"atom moved to far" errors appeared at DD and PME redistribution.
Now minimum DD cell size setting correctly takes into account atom
displacement (when there is a reference temperature).

Note that this can significantly increase the minimum DD cell size
for solvent systems and slighlty for systems with large molecules.

Fixes #2614

Change-Id: Ie41131e9eed3ef828928516a6b8ebfb9b5ba2bdb

Fixed mdrun segv with QM/MM ONIOM scheme

Fixes #2617

Change-Id: I097d392ea53aeff589042df5074866e07a0ce5c5

Re-implemented mdrun -rerun tests

Used the new infrastructure to let the rerun test check that the
energies and trajectories (including forces) produced by a rerun
actually match those produced by a normal mdrun. Such a test running
in parallel would have prevented #1868, and will help checking that
any changed or new integrator functionality does the job that it
should do.

Updated some infrastructure to not care whether it gets passed
a C or C++ string.

Removed small pieces of infrastructure originally intended for use by
this patch but which are no longer required.

Refs #1868, #2112

Change-Id: Ifcb211aba62ccb79ebaec21a3088c9e60a618c86

Fix assertions for SD update

Some of the assertion logic in the refactoring of 5ae5bf42159cf was
wrong, but we apparently have no tests of the SD integrator before
now.

Refs #1793

Change-Id: I8acb6c5a9b6128aab7967fa8a1d32247f6365586

Add test for structural similarity measures rmsd and rho.

Tests rmsd and size-independent rho-factor calculation routines.

Change-Id: I1c74cb4e3185e38aafc5cb04352af2789b40eca9

Refactor calc_verlet_buffer_size()

Split of parts, which will be reused, from calc_verlet_buffer_size().
This change is only code motion.

Refs #2614

Change-Id: I9cf68a2661ee10eb991240d2768c077df9f9c0c5

Disable single compilation unit with CUDA 9.0

CUDA 9.0 does not support CC 2.x, hence even with the default list of
targeted arch, multiple compilation units an be enabled.

Fixes #2561

Change-Id: I741081da39539f211fad32bda5c1f1dccc4378f9

Remove compacting from DD redistribute

Since a long time the bCompact argument to dd_redistribute_cg() has
always been false. Now this option and the code for it is removed.

Change-Id: Iec87acd3f968475443e4d6de1fa87df536206230