Remove t_mdatoms from Nbnxm setAtomProperties()

Make sure images have /usr/bin/python

Append a Docker RUN command to make sure that /usr/bin/python either
already exists or is configured as a python3 alias.

Refs #3528

Refactor print_missing_interactions()

Remove unnecessary includes of arrayref.h

Changed to forward declaration.
Don't think I got all of them yet.

Change-Id: I7c148364db152ed0a6645e91ee1ab93421441c0d

Unify CUDA and OpenCL lookup-table creation

In CUDA code, textures are used for the lookup-tables,
whereas in OpenCL they are created as a read-only
buffers. This commit hides these differences behind a
unified wrapper.

Refs #3318
Refs #3311

Change-Id: I003e0c982c2452a2753e331b46fc59f0b7e1b711

Update docker image build scripts for master branch.

CI infrastructure has been back-ported to the `release-2020` branch,
so we can clean up the extra pieces that existed to support multiple
releases. This change does not require immediate rebuilds of the images.
The next time images are rebuilt, fewer images will be built and they
will be slightly smaller.

Make sure CI script can call /bin/env python`

Before calling admin/clang-tidy.sh, make sure that the wrapped tool will
be able to find a Python interpreter.

Refs #3528

Minor clean up to buildall.sh

A commented line indicates the script has occasionally been written for
overly aggressive action and is frequently modified in place, sometimes
resulting in accidental commits of disabled commands. This change lets
the script simply provide copy-pasteable commands for the user to run
at their discretion.

Allow llvm option already used in buildall.sh script.

An update to utility.py was apparently overlooked in a previous commit.
This allows admin/containers/buildall.sh to run.

Reduce console log output from sample_restraint tests.

Don't override default root log level in test_binding.py
Remove `-x` bash option from automated testing script.
Also remove extraneous and inappropriate __init__.py

Refs #3530

Extract postProcessForceWithShiftForces()

Also added a boolean to check whether we spread vsite forces exactly
once.

Avoid CI errors from overloading resources

CI got cause ICE due to resource limitations.
Avoided by limiting parallelism for make.

Change-Id: I6cc09f16625f615984e71c650eafa755abc1f121

Fix check source error parsing

Change-Id: I1a1bb3333fb9a36083b72004e116467432319ae9

Refine usage of *job:tags* parameter.

Try to prevent jobs from getting stuck when they should be runnable
in GitLab forks or in the Gromacs CI environment when the Shared Runners
are turned off.

Extract helper force buffers to a separate class

This change provides useful refactoring itself and it is needed
for multiple time stepping.

Refactor virtual site interface

Replaced struct gmx_vsite_t by pimpled class VirtualSitesHandler.
Removed most arguments that stay the same from the construction
and spreading calls. Replaced rvec pointers by ArrayRefs.
This change is only refactoring and there are no functional changes
in the code using this, but the PBC and virial handling have been
simplified and the parameters reduced. Templating of the spreading
functions on virial handling should improve performance.
Added full doxygen documentation.

Fix archive build

Change-Id: I27361fa3f9218bbb38ac739b758d63a9774737ea

Remove the duplicating note from the release notes

The fix was moved to release branch and release notes become duplicated.

Unify CUDA and OpenCL lookup-table creation

In CUDA code, textures are used for the lookup-tables,
whereas in OpenCL they are created as a read-only
buffers. This commit hides these differences behind a
unified wrapper.

Refs #3318
Refs #3311

Change-Id: I003e0c982c2452a2753e331b46fc59f0b7e1b711

Merge branch 'origin/release-2020' into master

Resolved Conflicts:
admin/clang-tidy.sh
admin/containers/buildall.sh
admin/containers/utility.py
admin/dockerfiles/buildall.sh
admin/dockerfiles/ci-clang/Dockerfile
admin/dockerfiles/ci-docs-clang/Dockerfile
admin/dockerfiles/ci-docs-gcc/Dockerfile
admin/dockerfiles/ci-gcc/Dockerfile
admin/gitlab-ci/archive.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/documentation.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/global.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/gromacs.gitlab-ci.yml
admin/gitlab-ci/lint.gitlab-ci.yml
cmake/gmxManageSimd.cmake
cmake/gmxVersionInfo.cmake
docs/dev-manual/containers.rst
src/CMakeLists.txt
src/api/cpp/tests/testingconfiguration.h
src/buildinfo.h.cmakein
src/gromacs/CMakeLists.txt
src/gromacs/ewald/pme_only.cpp
src/gromacs/fileio/matio.cpp
src/gromacs/fileio/oenv.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_do_dssp.cpp
src/gromacs/gmxana/nrama.cpp
src/gromacs/gmxlib/network.cpp
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_free_energy.cpp
src/gromacs/listed_forces/bonded.cpp
src/gromacs/mdlib/forcerec.cpp
src/gromacs/mdtypes/interaction_const.h
src/gromacs/nbnxm/pairlist.h
src/gromacs/selection/CMakeLists.txt
src/gromacs/simd/impl_x86_avx_256/impl_x86_avx_256_simd_double.h
src/gromacs/simd/impl_x86_avx_256/impl_x86_avx_256_simd_float.h
src/gromacs/simd/simd.h
src/gromacs/utility/basedefinitions.h
src/gromacs/utility/binaryinformation.cpp
src/testutils/CMakeLists.txt
src/testutils/TestMacros.cmake
src/testutils/testasserts.h

Change-Id: Ie157786299ca8f2d8c77a148b3bf1b1061f44b8a

Fix copyright

Change-Id: I9d9953def7c31c2830de2452bb0678f1cad86969

Unify CUDA and OpenCL lookup-table creation

In CUDA code, textures are used for the lookup-tables,
whereas in OpenCL they are created as a read-only
buffers. This commit hides these differences behind a
unified wrapper.

Refs #3318
Refs #3311

Change-Id: I003e0c982c2452a2753e331b46fc59f0b7e1b711

Fix cmake error: Mixed styles of target_link_libraries signatures

Plain and keyword target_link_libraries signatures cannot be mixed.

Complete error message:

------------------->8---------------------------8<--------------------------
CMake Error at src/testutils/CMakeLists.txt:76 (target_link_libraries):
  The keyword signature for target_link_libraries has already been used with
  the target "testutils".  All uses of target_link_libraries with a target
  must be either all-keyword or all-plain.

  The uses of the keyword signature are here:

   * src/testutils/CMakeLists.txt:72 (target_link_libraries)

-- Configuring incomplete, errors occurred!
------------------->8---------------------------8<--------------------------

See: https://cmake.org/cmake/help/v3.0/policy/CMP0023.html

Unify CUDA and OpenCL lookup-table creation

In CUDA code, textures are used for the lookup-tables,
whereas in OpenCL they are created as a read-only
buffers. This commit hides these differences behind a
unified wrapper.

Refs #3318
Refs #3311

Change-Id: I003e0c982c2452a2753e331b46fc59f0b7e1b711

Use test conversion script from source

No longer install the script to convert CTest results to JUnit and
instead use the files from the cloned git source for it.

Fixes #3514

Change-Id: Ida4f2ab563601153b0b218c9bc6b7cfdb4969f01

Fix incorrect header and linter scripts

Wrong grep flag meant that messages have not been printed.

Change-Id: I74b2088a12753d584929f9aa75ed915d400d8091

Catch errors in v-rescale and Parrinello-Rahman checkpointing

This adds additional tests to catch checkpoints missing the v-rescale
thermostat integral or the Parrinello-Rahman box velocities. This
also make the number of steps explicit (useful in further investigations
of #3518).

In partial fulfillment of #3518

Prepare for 2020.3

Reset DOI strings.

Change-Id: I6b9d5772fcc9b4d8507817d09173dd2d5577dfdb

cmake: declare (and hence initialize) GMX_USE_SIMD_KERNELS before it is used

Fixes gromacs/gromacs#3516

GROMACS version 2020.2

Update regressiontest hash.
Set DOI strings.

Change-Id: I708a1e340754d173b8c7ef47803e7fa525c9671a

Print base commit for source linters

Added a printout for the branch used for comparing.

Will use to see if branch point selection is working properly and to see
if the clang-tidy script picks up the warnings it should.

Change-Id: I791d2a11f98cd8e0cf0d06e92a9980cd9d038874

Fix incorrect header and linter scripts

Wrong grep flag meant that messages have not been printed.

Change-Id: I74b2088a12753d584929f9aa75ed915d400d8091

Remove bundled FindCUDA.cmake

We bundle FindCUDA so we can suppress warnings in CI testing. In user
space, we always use the FindCUDA from the cmake they used, because
the tarballs never had these files.

Disallow combination of gcc > 9 and IBM_VSX

The compiler flag is not detected for newer versions of gcc and can lead
to confusing error messages.

Fixes #3380

Change-Id: I0c5311325b2bf2bc08ab727eabd670115720b4a6

Fix compiler flag reporting

The C, C++ and CUDA compiler flag reporting didn't mention those added
by cmake from the build configuration, even those are always used.

Closes #3510

Update header sorting.

* Add missing C++ standard library headers to includesorter.py
* Work around some logic errors in the way includesorter.py enforces
  the stated scoping of sorted include blocks. Document.
* Apply updated includesorter.py

Refs #3297

Require C++17 standard and STL features.

Closes #3297

* Update project CMAKE_CXX_STANDARD.
* Migrate to std::optional and std::string_view.
* Update requirements in client packages.
* Provide some tool chain hints.
* Replace deprecated use of std::uncaught_exception() with
  std::uncaught_exceptions().
* Update install-guide.

Add EOF newlines to eliminate compiler warnings

Remove cmake logic that is outdated by requiring cmake 3.13

Update cmake version for docs container

Currently the nightly docs build fails because of
the bumped cmake requirement.

Print base commit for source linters

Added a printout for the branch used for comparing.

Will use to see if branch point selection is working properly and to see
if the clang-tidy script picks up the warnings it should.

Change-Id: I791d2a11f98cd8e0cf0d06e92a9980cd9d038874

Fix the number of steps check when checkpoint is loaded

The check ignores the initial step in the config file, thust only
works when loading for the trajectory that was originally started
from step zero.

Apply more granular CTest time-out policy.

Separate some test macro logic:
* Decouple IGNORE_LEAKS from INTEGRATION_TEST and SLOW_TEST.
* Use SLOW_TEST without IGNORE_LEAKS for some newly relaxed time-outs.

Give longer time out to some tests.

Resolves #3513

Use test conversion script from source

No longer install the script to convert CTest results to JUnit and
instead use the files from the cloned git source for it.

Fixes #3514

Change-Id: Ida4f2ab563601153b0b218c9bc6b7cfdb4969f01

Baseline commit

This just checks that the pipeline failure in #3507 does reproduce
before I start changing things that matter.

Fixed several clang-tidy issues

A static variable was vulnerable to static-init-order-fiasco.  Tests
will still perform OK even with constructing the default value
multiple times, so converted to a getter.

Closes #3498

Address review comments

Simplify calc_listed signature

In order to remove a number of parameters from the signature of
calc_listed, function calls for position restraints, dispersion
correction, and orientation restraints were moved out of the
calc_listed function.

Fix issues with check-source

Add clang WA

Fix MSVC 2019 test failures

Related #3495

Fix the removal of COM velocity in case of GPU update

After the velocities are changed on the CPU to remove the COM motion,
they have to be copied back to the GPU memory.

Fixes #3508

Resolve static analyzer warnings from google tests.

Exclude a couple of problematic lines from consideration by the clang
static analyzer by surrounding with precompiler conditionals
(`#ifndef __clang_analyzer__`).

Fixes #3503

Avoid temporary strings.

Resolve a compiler warning about temporary strings created through a
string concatenation written as a chain of addition operators.
Instead, use `string.append()`.

Move PBC setup out of the launchKernel(...) in GPU bondeds

The PBC setup should not be performed on every step, hence it
should be separated from the force computation launch. This
is a preparation step, that does not change the logic, only the
separates the PBC setup and changes kernel launch signature.

Fix segmentation fault in do_dssp

A matrix would be initial allocated with zero size, so that a
following call to increase the size of one element would lead to memory
corruption on a subsequent try to set a value in the matrix.

Fixes #3444

Change-Id: I1892c09a8aa4c2f92156f7b1a76623df9ac62e56

Improved some logic in do_force

This helps the analyzer to understand that it should not just assume
that stateGpu can be a nullptr. The new logic is equivalent to
that for constructing stateGpu.

Removed the GMX_MPI preprocessing, which is less robust than plain
logic and probably contributed to using the wrong logic to construct
localXReadyOnDevice

Build python package for documentation builds

Fixes #3506

Change-Id: If18ed44603d685118d4b73f2ee72401028574d61

Fix warning for return type

Fixes #3499

Change-Id: I648a4b3d35618fe7c41d406c98be291ca9bd0d2f

Fix bug in source verification on Windows

The way to pass the set of directories to be used for validating the
source caused issues on Windows systems, as it replaced ":" characters
to change from strings to lists in CMake.

This caused the top level directory to be changed from e.g. "D:" to
"D;", messing up the rest.

Fixed the message passing to only pass the final directory, and modify
to full path after the set has been passed through.

Fixes #3493

Change-Id: I4076b8e87dc8d72a83af6aa0c7ab4b3366917ed0

Move configuration of global headers

Previously it was possible to get a different result from
  cmake .. && make && make install
than one got from
  cmake .. && cmake .. && make && make install
because the lmfit detection ran after config.h was generated,
so HAVE_LMFIT changed value from one cmake to the next, triggering
a rebuild of all source files that depended on config.h. lmfit
is supposed to fall back on the internal version, but did not,
so this is buggy. It's also very inefficient with compilation
in some workflows.

Fix copyright header

Change-Id: Iab87aaf00ab6433a3fe616c4836595afa17c8907

Fix MSVC 2019 warnings

Use branch point also for format and copyright check

Change-Id: I16a9df11223426a40e6e138ee9f3793e700ae06e

Note CUDA builds in job names.

Identify CI jobs that involve CUDA builds. Include `cuda-10.1` in the
tool chain slug for the job name for easier navigation through the
pipeline web interface.

Update bundled pybind.

The pybind 2.5 release has better build system support for C++ 2017.
Otherwise there is no direct impact to our existing usage.

Fix parallel testing

Change testing to be more robust in threaded setups.

Also change on merge test to use real MPI to make sure this works
correctly.

Change-Id: Id78b213291bf7cc225fc2564a23f0d85362467fd

Only set GMX_PYTHON_PACKAGE=ON where needed.

Remove GMX_PYTHON_PACKAGE=ON from default CMAKE_GMXAPI_OPTIONS. Only
provide it in the jobs supporting documentation builds (which use a
gmxapi Python package staged in the build tree).

Remove a "TODO" that is confusing and presumably outdated.

Use branch point also for format and copyright check

Change-Id: I16a9df11223426a40e6e138ee9f3793e700ae06e

Mark HWLOC cmake cache variable as advanced

There's no need to put this internal-use-only cache variable
in the non-advanced list, which we forgot to do when we
introduced it.

Make boxdeformation independent of t_commrec

boxdeformation requested a pointer to the full t_commrec,
but only used on communicator and information on whether
the current rank is master and whether the simulation
is run in parallel. This has been made explicit, simplifying
subsequent changes splitting up t_commrec.

Refs #2395

Use CMake 3.12+ facilities for detecting Python.

Consolidate Python detection in the main CMakeLists.txt before the
first usage in a subdirectory. Use FindPython3.cmake instead of
FindPythonInterp.cmake. Populate the legacy PYTHON_EXECUTABLE variable
for compatibility.

Fixes #2998

Make clang-tidy script more robust

Changed script to be more robust and in line with other source
checking scripts.

Modified clang-tidy:test job to check against the merge fork point for a
commit instead of the previous git magic, as this did not work.

Change-Id: Ic806439727c5317db0c18964afd6138eeeea0427

Fix parallel testing

Change testing to be more robust in threaded setups.

Also change on merge test to use real MPI to make sure this works
correctly.

Change-Id: Id78b213291bf7cc225fc2564a23f0d85362467fd

Fix warnings for no-mpi build

This build configuration gave warnings when combined with
clang-7 in the docs build.

Change-Id: Ic874769bcd627710798633be742dbbe80d78b791

Make init_dires independent of t_commrec

init_disres was requesting a full pointer to the commrec,
but only uses a single communicator and checks for master rank
and whether the run is parallel. This information is now passed
in explicitly, simplifying the planned splitting of t_commrec.

Note that passing a nullptr for commrec was (mis)used by
gmx_disre only - effectively signalling that init_disres was
called from an analysis tool and not from mdrun. This has
been made explicit.

Refs #2395

Copy of CI from master to 2020

Adjusted branches and build images.

Change-Id: I28d011a003119870c41e434cef623765ddc6ace1

Fix warnings with clang 9

Use of GMX_USE_SIMD_KERNELS left some code declared and unused,
which is now fixed.

Printf formats for int64_t are not very portable, so used the
traditional string work around again.

Fix the number of steps check when checkpoint is loaded

The check ignores the initial step in the config file, thust only
works when loading for the trajectory that was originally started
from step zero.

Make tests check code for warnings same as the main code

This has been inconsistent since a while.

Change-Id: I5cbe0d768620f82bd19ff8741df6b75b517200ed

Make global topology const in ISimulator

The global topology in constant in all simulator level functions
with the exception of the setup of MiMiC runs and reruns.
Follow-up work will move the topology-altering MiMiC setup out of
the simulator level functions. It is, however, worth to already
enforce the current state, avoiding subsequent changes to undermine
these efforts. This commit changes the pointer to the global
topology in ISimulator to be const, and casts the const-ness away
for the two known cases it needs to be non-const.

Refs #3467

proposed fix for redmine bug #3403
Fixes #3403 by preventing the free energy kernel from skipping pairs
that are beyond the cutoff but also in the exclusion list generated by
couple-intramol=no. Forces calculation of the reciprocal-space Ewald
component for those pairs in the free energy kernel. Also extends the
size of the relevant tables to rcoulomb+tabext to avoid getting nonsense
energies/forces beyond the cutoff. Molecules being decoupled in this way
should be smaller than rcoulomb+tabext.

Fix check source not parsing errors and warnings correctly

Fixes #3487

Change-Id: I6161e02f66a9c34a56a7475f986ab94a5cc83d91

New cool quote

From Petter PhD defence. Congratulations!

Introduce GMX_USE_SIMD_KERNELS cmake option

Most GROMACS development does not need to recompile the SIMD nbnxm
(and fep) kernels whenever their dependencies change. These
dependencies are large in number, and include frequently changed
files, including config.h and various utility and nbnxm module
headers. This flag permits people to efficiently recompile while
working on code that doesn't directly target changes to the SIMD
kernels.

It also means that CI builds not aimed at efficient mdrun execution
times can instead minimize compilation times and ccache db sizes. This
will also have the side effect of testing more of the reference NBNXM
kernels.

There's other SIMD code (particularly PME, bonded, LINCS, update)
which still compiles and runs in the usual way. Currently these are
less costly to compile and harder to disable. That could change in
future.

Unify CUDA and OpenCL lookup-table creation

In CUDA code, textures are used for the lookup-tables,
whereas in OpenCL they are created as a read-only
buffers. This commit hides these differences behind a
unified wrapper.

Refs #3318
Refs #3311

Change-Id: I003e0c982c2452a2753e331b46fc59f0b7e1b711

Use GPU resources for build types again

Change-Id: Ibc2629b2ae29ba5099c4565f94adeccc6cb5c270

Change default CMake version to 3.13.0 for CI images.

Refs #3484

Make bonded interaction checking more robust (modular simulator)

Choice on whether the number of bonded interactions should be checked
during calls to the ComputeGlobalsElement used to be done at scheduling
time. This works in the current setup, as domain decomposition (which
might require such a check) is always done right before scheduling.
As this check is requested through callbacks, it is however more robust
to decide whether to perform this test at run time, not at scheduling
time. This commit switches to this more robust behavior.

Change-Id: I2c54bf0152e185c10d582cf0f06ecfc911c6c68b

Reintroduce LJ Ewald tables

Fixes #3470 by reintroducing the LJ Ewald tables.

Require CMake >=3.13.

Fixes #3290

Fix more clang warnings

Fix invalid gitlab-ci.yml

Use consistent rules for dependent jobs.

gmxapi related jobs were eligible to be added to a pipeline when job
dependencies were not.

Fixes #3483

The ugliest hack to fix rebase issues ever

Change-Id: I1b8202c4f9f36d03d29679850fd2e0672c823968

Fix clang-tidy script and code issue

The script would not pick up issues correctly.

Also fixed code issue found by nightly build.

Change-Id: Ia51d7b92f9f024ace254f5b98cc44e7f00702521

Fix warnings for no-mpi build

This build configuration gave warnings when combined with
clang-7 in the docs build.

Fix clang 10 -Wimplicit-int-float-conversion warnings

Removed unused variable in force table generation

Also reduced the scope of a related variable.

Finish removing ENCAD shifts and table generation

The force field was removed in 2014, and the functional forms can't be
used any more since the group scheme is removed. The table-generation
functions were also broken in several ways. Anybody wanting to use
this force field in the recent past (or perhaps future) needs to use
user tables.

The tpr-facing enums have their numerical values preserved, along with
changes to indicate that the symbol values are unused. This means that
old tpr files can still be read correctly, while maintainers don't
have extra work to understand what is going on. The internal code can
be fully removed.

Fixes #3477

Update to clang-tidy-9

Code fixes have already taken place, it remains to update the
CI configuration to use the existing llvm-9 Docker image and
adjust the documentation to match.