alexxy/gromacs.git
3 years agoThird GROMACS 2021 beta release
Paul Bauer [Wed, 2 Dec 2020 14:39:57 +0000 (14:39 +0000)]
Third GROMACS 2021 beta release

All features should now be stable before the release.

3 years agoFixes post submit broken by 05f02ab82
Pascal Merz [Wed, 2 Dec 2020 08:52:40 +0000 (01:52 -0700)]
Fixes post submit broken by 05f02ab82

3 years agoSeparate simulator comparison tests
Pascal Merz [Wed, 2 Dec 2020 00:30:34 +0000 (17:30 -0700)]
Separate simulator comparison tests

The simulator comparison tests ensure that legacy and modular
simulator code paths don't diverge while both exist. They are
currently part of the mdrun tests. Separating them has two
advantages:

* As the feature set of modular simulator grew, the run time
  of these tests became the largest contributor to the run time of
  mdrun-test. Keeping it separate makes it easy to keep the
  run time in check and to disable the tests if necessary.
* It is useful to run the simulator comparison tests on
  multiple ranks (at least locally). Not all other tests
  in mdrun-test support more than one rank. Having a separate
  binary simplifies running it with different parallelization schemes.

3 years agoFix error when using simulator test with pre-defined environment variable
Pascal Merz [Wed, 11 Nov 2020 23:38:46 +0000 (16:38 -0700)]
Fix error when using simulator test with pre-defined environment variable

The simulator test compares the results of functionality implemented in
both the legacy and the modular simulator by running two simulations using
the environment variables GMX_DISABLE_MODULAR_SIMULATOR and
GMX_USE_MODULAR_SIMULATOR to cover both code paths. If one of these
variables was already present in the test sytem, the tests would fail with
an error.

This change backs up the current state of both variables, disables them,
runs the tests, and resets them to their previous state (if any).

3 years agoModular simulator: Disable invalid code paths
Pascal Merz [Wed, 11 Nov 2020 22:52:22 +0000 (15:52 -0700)]
Modular simulator: Disable invalid code paths

This explicitly disables two invalid code paths for modular simulator:
* The new MTS is not implemented for modular simulator. It is only
  implemented for integrator = md, which by default uses the legacy
  code path. This default can however be overwritten by setting
  the environment variable GMX_USE_MODULAR_SIMULATOR=ON, which would
  result in errors due to the MTS data structures not being properly
  initialized.
* The non-MTTK Parrinello-Rahman barostat is available in modular
  simulator, but not in the legacy simulator. The case that this
  barostat is chosen in combination with other options not compatible
  with modular simulator needs to be caught explicitly.

3 years agoAdd tests for newer GCC versions
Paul Bauer [Mon, 30 Nov 2020 16:07:42 +0000 (16:07 +0000)]
Add tests for newer GCC versions

Added gcc-9 + OpenCL (in release builds) and gcc-10 + OpenCL
during merge pipelines to replace previous gcc-7 + OpenCL builds.
Shuffled around previous gcc-8 + CUDA builds to now have
gcc-7 + CUDA 10.2 and gcc-8 + CUDA 11.0 instead.

Test OpenCL with internal clFFT during release builds.

3 years agoExplicitly use xunit2 schema for pytest output.
M. Eric Irrgang [Fri, 27 Nov 2020 14:12:07 +0000 (17:12 +0300)]
Explicitly use xunit2 schema for pytest output.

Resolves #3717

3 years agoImprove accessibility of pytest documentation.
M. Eric Irrgang [Sun, 29 Nov 2020 19:54:39 +0000 (19:54 +0000)]
Improve accessibility of pytest documentation.

* Update gmxapi install.rst.
* Consolidate (and prune) some README.md content in
  python_packaging subdirectory.

Also ref #3706

Fixes #3702

3 years agoFix build on CentOS 7
Paul Bauer [Fri, 27 Nov 2020 14:37:28 +0000 (15:37 +0100)]
Fix build on CentOS 7

The compiler toolset coming with devtoolset-7 on CentOS still suffers
from https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=58265. The workaround
for this has been removed before because other gcc-7 compilers are not
affected by this, but it is obviously still needed for CentOS.

Fixes #3826

3 years agoImport setuptools early to suppress distutils warning.
M. Eric Irrgang [Fri, 27 Nov 2020 14:24:01 +0000 (17:24 +0300)]
Import setuptools early to suppress distutils warning.

Also apply PEP-8 formatting corrections.

Fixes #3715

3 years agoFix cyclecounters on x32
Paul Bauer [Wed, 25 Nov 2020 10:30:08 +0000 (11:30 +0100)]
Fix cyclecounters on x32

A missing check meant that the code wouldn't compile due to an asm block
that is not compatible with 32 bit datatype ABI and x86_64 registers.

Fix provided by Nicholas Breen.

Fixes #3816

3 years agoFix error with links in docs
Paul Bauer [Wed, 25 Nov 2020 08:30:08 +0000 (09:30 +0100)]
Fix error with links in docs

Linkchecker complained about issues that I didn't fix correctly during
the latest merge.

3 years agoFix frexp() for ARM SVE SIMD
Gilles Gouaillardet [Wed, 25 Nov 2020 07:06:46 +0000 (16:06 +0900)]
Fix frexp() for ARM SVE SIMD

3 years agoStop GoogleTest requiring ancient CMake minimum versions
Mark Abraham [Tue, 24 Nov 2020 15:26:49 +0000 (16:26 +0100)]
Stop GoogleTest requiring ancient CMake minimum versions

In practice the version is always new enough, and avoiding the
redundant minimum specifications means GROMACS developers will not be
spammed with useless warnings.

3 years agoFix frexp() for ARM neon SIMD.
Erik Lindahl [Tue, 24 Nov 2020 11:48:54 +0000 (12:48 +0100)]
Fix frexp() for ARM neon SIMD.

Implements the same fix for arguments +-0 as previously done
for x86 and power implementations. After this, the only
remaining architecture is ARM SVE.

Refs #3773.

3 years agoMerge branch 'origin/release-2020' into merge-2020-into-2021
Paul Bauer [Tue, 24 Nov 2020 13:38:39 +0000 (14:38 +0100)]
Merge branch 'origin/release-2020' into merge-2020-into-2021

Resolved Conflicts:
admin/containers/scripted_gmx_docker_builds.py
docs/conf.cmakein.py
docs/dev-manual/change-management.rst
docs/dev-manual/contribute.rst
docs/dev-manual/releng/index.rst
docs/dev-manual/tools.rst
docs/install-guide/index.rst
docs/reference-manual/preface.rst
docs/release-notes/index.rst
scripts/GMXRC.bash.cmakein
src/gromacs/gmxana/gmx_covar.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_do_dssp.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_h2order.cpp
src/gromacs/gmxana/nsfactor.cpp
src/gromacs/hardware/detecthardware.cpp
src/gromacs/mdlib/coupling.cpp
src/gromacs/mdrun/md.cpp
src/gromacs/mdtypes/state.h
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/pairdist.cpp
src/gromacs/utility/basedefinitions.h

3 years agoFix gmx h2order -d option
Paul Bauer [Tue, 24 Nov 2020 10:22:47 +0000 (11:22 +0100)]
Fix gmx h2order -d option

The code to implement this was never added.

Fixes #3820

3 years agoMake sure frexp() returns correct for argument 0.0
Erik Lindahl [Tue, 24 Nov 2020 08:23:37 +0000 (08:23 +0000)]
Make sure frexp() returns correct for argument 0.0

Previous functions in gromacs have never called frexp
with argument 0.0, but cbrt() needs this. This will not
have caused any bugs, but since it results in FP
exceptions in debug builds we want to have it fixed
so our unit tests work.

This change adds the correct behavior for all x86
SIMD instruction sets, and it has also been tested
on all of them in both single and double, with the
exception for MIC (which should be correct, but we
cannot test it).

The ARM SIMD flavors have not yet been fixed yet
since the ARM build fails due to an apparent nblib
error. Once that is fixed, I will add it in a separate
change and close the issue.

Refs #3773.

3 years agoImprove handling of CUDA API errors
Artem Zhmurov [Tue, 24 Nov 2020 08:02:48 +0000 (08:02 +0000)]
Improve handling of CUDA API errors

Consolidate the construction of the printed error message in one
place and make sure that the CUDA API information on error is
printed when the error is detected.

3 years agoFixes for Intel and container build fixes
Paul Bauer [Mon, 23 Nov 2020 20:51:28 +0000 (20:51 +0000)]
Fixes for Intel and container build fixes

Generalizes the TSAN build stage to a compiler build stage, and uses
it for containing the installation process for the free Intel tools

Fixed or worked around several bugs

Updated install guide section on tested platforms to describe
what we actually do

Refs #3459, #3620

Change-Id: I28e4b816923395edead9d425cec5d85581e22b5e

3 years agoProperly check if there are perturbed constraints or masses
Magnus Lundborg [Mon, 23 Nov 2020 06:55:13 +0000 (07:55 +0100)]
Properly check if there are perturbed constraints or masses

Instead of just checking, when running updates on GPU, if
there are lambda states that involve constraints or masses
(e.g. if using fep-lambdas) check if any constraints or masses
are actually perturbed.

3 years agoMake corresponding device active before each TestDevice is created
Artem Zhmurov [Tue, 17 Nov 2020 14:22:41 +0000 (17:22 +0300)]
Make corresponding device active before each TestDevice is created

When populating the list of GPU devices for tests, the DeviceContext and
DeviceStream objects are created for each TestDevice. In CUDA, the
active device has to be explicitly set by the API since the DeviceStream
is created for the active device. Otherwise, all the streams are created
for the first device. When these streams are later used for the devices
other than first, CUDA API returns an invalid argument error. The bug only
affects unit tests in CUDA builds for systems with more than one GPU.
Does not affect OpenCL/SYCL builds, because they use DeviceContext to
attach the device to the stream (queue).

Fixes #3781, #3782 and #3805.

3 years agoLook for the various possible names of the gromacs package.
M. Eric Irrgang [Thu, 29 Oct 2020 21:07:19 +0000 (22:07 +0100)]
Look for the various possible names of the gromacs package.

Refs #3777

3 years agoRemove coolquote that sounds offensive without context
Artem Zhmurov [Mon, 23 Nov 2020 13:52:57 +0000 (16:52 +0300)]
Remove coolquote that sounds offensive without context

3 years agoRemove some extraneous compiler flags from nblib
Joe Jordan [Tue, 17 Nov 2020 13:53:46 +0000 (13:53 +0000)]
Remove some extraneous compiler flags from nblib

Closes #3798

3 years agoDetect ARM SVE Vector length if possible
Gilles Gouaillardet [Fri, 13 Nov 2020 09:14:37 +0000 (09:14 +0000)]
Detect ARM SVE Vector length if possible

arm_sve: unless the SVE vector length is explicitly set via the
GMX_SIMD_ARM_SVE_LENGTH macro, detect the default vector length
and aborts if it cannot be found.

Thanks Olly Perks for the pointer.

3 years agoFix thread mpi linking for mdrun only build
Paul Bauer [Thu, 12 Nov 2020 10:45:27 +0000 (11:45 +0100)]
Fix thread mpi linking for mdrun only build

The linking would fail because the library include directory was not
added properly.

Fixes #3807

3 years agoRestore correct dynamics linking behaviour
Paul Bauer [Thu, 12 Nov 2020 08:56:08 +0000 (09:56 +0100)]
Restore correct dynamics linking behaviour

Recent changes to the way shared libraries are managed introduced a bug
in setting up static linking by default when building mdrun only.

Fixes #3806

3 years agoFix gmx do_dssp CHARMM support
Paul Bauer [Wed, 11 Nov 2020 14:36:20 +0000 (15:36 +0100)]
Fix gmx do_dssp CHARMM support

The tool would not work correctly due to issues with detecting some
oxygen molecules.

Fixes #3568

3 years agoFix gcc 9 "warning: ‘unused’ attribute ignored"
Szilárd Páll [Wed, 11 Nov 2020 14:28:14 +0000 (14:28 +0000)]
Fix gcc 9 "warning: ‘unused’ attribute ignored"

gcc 9 seems to not like the unused because it would never warn anyway
about members, but clang does require it.

3 years agoFix segmentation fault in gmx pairdist
Paul Bauer [Wed, 11 Nov 2020 13:56:29 +0000 (13:56 +0000)]
Fix segmentation fault in gmx pairdist

When using the pairdist tool with a coordinate in space as selection,
the tool would overwrite the selection group of the selection by default
to implement reference grouping. This would change the selection type of
the coordinate from INDEX_UNKNOWN to INDEX_ALL by default (or to any
other user supplied reference grouping). The change of the selection
type would then later cause a segmentation fault, as the underlying
machinery would try to access the non-existing atoms belonging to the
selection.

This changes the mechanism to no longer overwrite the selection group
type if the current one is INDEX_UNKNOWN.

Introduces test case with command line selection that would crash
without the fix.

Fixes #3762

3 years agoSecond GROMACS 2021 beta release
Paul Bauer [Wed, 11 Nov 2020 10:30:50 +0000 (10:30 +0000)]
Second GROMACS 2021 beta release

Feature freeze for 2021 branch.

3 years agoUpdate gmx msd documentation
Berk Hess [Wed, 11 Nov 2020 07:42:53 +0000 (08:42 +0100)]
Update gmx msd documentation

Removed comment on weighted fitting for determining the diffusion
coefficients. This weighting had been removed at some point, but
the documentation had not been updated.

3 years agoFix "GMX_CUDA|OCL_NB_EWALD_TWINCUT is disabling twin cut-off"
Andrey Alekseenko [Tue, 10 Nov 2020 15:21:45 +0000 (16:21 +0100)]
Fix "GMX_CUDA|OCL_NB_EWALD_TWINCUT is disabling twin cut-off"

3 years agoDisable failing NB-LIB listed forces tests
Paul Bauer [Tue, 10 Nov 2020 16:45:03 +0000 (17:45 +0100)]
Disable failing NB-LIB listed forces tests

Tests are not stable enough to be run in all configurations and need
some more digging into for a proper solution.

Refs #3795

3 years agoNBLIB: Fix build warning from uninitialized array
kanduri [Tue, 10 Nov 2020 16:54:53 +0000 (16:54 +0000)]
NBLIB: Fix build warning from uninitialized array

3 years agoGPU codepath cycle counting fixes
Szilárd Páll [Tue, 10 Nov 2020 12:33:23 +0000 (12:33 +0000)]
GPU codepath cycle counting fixes

* eliminated double-counting in bonded module initialization
* moved the bonded kernel launch counting into the gpuBoned module
* avoid counting ~0 CPU update work on the GPU path by conditionally
starting the ewcUPDATE counter
* also added some minimal improvements to the wallcycle debugging
tooling which should facilitate finding invalid nesting and missing
stop calls.

Refs #3764

3 years agoAdd move operations to GpuHaloExchange
Mark Abraham [Mon, 9 Nov 2020 15:16:01 +0000 (16:16 +0100)]
Add move operations to GpuHaloExchange

This avoids needing to put the objects in a unique_ptr to put them in
a container. Also made a collection of them use std::array for
clarity.

3 years agoFix dHdl and foreign energy clearing at checkpointing
Berk Hess [Mon, 9 Nov 2020 20:37:31 +0000 (21:37 +0100)]
Fix dHdl and foreign energy clearing at checkpointing

The code copying dH/dl and foreign lambda energies to the checkpoint
data structures copied the wrong way around leading to zero values
being written to energy file for steps in between the last energy
frame and the checkpoint.

Fixes #3763

3 years agoFix MTTK constant energy bugs
Pascal Merz [Tue, 10 Nov 2020 03:01:39 +0000 (20:01 -0700)]
Fix MTTK constant energy bugs

Fixes #3796

This also fixes an unclear comment relating to the barostat
Nose-Hoover chain variables in t_state.

3 years agoAdd SYCL implementation of LeapFrogGpu
Andrey Alekseenko [Mon, 9 Nov 2020 17:57:21 +0000 (17:57 +0000)]
Add SYCL implementation of LeapFrogGpu

An implementation of LeapFrogGpu integrator using SYCL. Also, some additions to SYCL's DeviceBuffer.

Code pretty much follows CUDA version.

For float3, I had to use gmx::RVec instead of SYCL's built-in cl::sycl::float3, since latter is 16 bytes.

3 years agoAdd backend for nblib listed forces API
Joe Jordan [Mon, 9 Nov 2020 14:55:16 +0000 (14:55 +0000)]
Add backend for nblib listed forces API

This adds the back-end for the nblib API defined in
listed_forces/bondtypes.h and listed_forces/definitions.h.
Additionally, header and source are added for the private
implementations of these files. These are implementation details,
and are not visible to or interactable with by the user, so they
are not part of the public API. This backend is a ground up refactoring
 of gromacs, copying the force and energy kernels but rewriting the disipatch.
There are tests that compare forces and energies to gromacs.

Each function in this commit has at least one test for correctness,
though in most cases there are many more since the functionality is
cumulative. All of this functionality has undergone extensive design
review and code review already, so it should not be necessary to go
through the whole change with a fine-tooth comb. Suggestions on how
implementations could be improved are welcome. However, they will
likely need to be addressed as follow-up issues unless they are
trivial to fix.

3 years agoUse images from GitLab docker repository
Paul Bauer [Mon, 9 Nov 2020 12:38:18 +0000 (12:38 +0000)]
Use images from GitLab docker repository

Docker is reducing the maximum number of pulls from their storage, and
we are already now hitting the limit with heavy CI activity.

Now uses images from GitLab Docker Repository instead.

Fixes #3788

3 years agoFix intemittent MdrunIOTests segfault
Andrey Alekseenko [Mon, 9 Nov 2020 11:30:10 +0000 (11:30 +0000)]
Fix intemittent MdrunIOTests segfault

In Modular Simulator, we wish to have two copies of
ComputeGlobalsElement<ComputeGlobalsAlgorithm::VelocityVerlet>. To avoid
making two separate objects, a `static thread_local` singleton was
introduced. However, it caused issues when the ModularSimulator was
built repeatedly in the same process, due to stale pointer persisting in
a static variable.

This commit adds a key-value storage to
ModularSimulatorAlgorithmBuilderHelper, and makes ComputeGlobalsElement
use it instead of static variables. This ensures proper lifetime of
cached pointers and can be used by other Elements for similar goals.

Closes #3791

3 years agoRemove source file that is no longer in use
Artem Zhmurov [Mon, 9 Nov 2020 06:20:17 +0000 (09:20 +0300)]
Remove source file that is no longer in use

All CUDA data transfer calls now use the same wrappers, the
NBNXM-specific wrapers can be removed.

3 years agoFix cycle counting in StatePropagatorDataGpu
Szilárd Páll [Mon, 9 Nov 2020 10:33:38 +0000 (10:33 +0000)]
Fix cycle counting in StatePropagatorDataGpu

Double-counting resulted in broken/truncated performance acounting
table.

Fixes #3764

3 years agoMove implementation to cpp file
Berk Hess [Mon, 9 Nov 2020 10:10:29 +0000 (10:10 +0000)]
Move implementation to cpp file

Fixes issue with missing GMX_ASSERT as well.

3 years agoUse dynamically allocated unique pointers for GPU halo tests
Alan Gray [Mon, 9 Nov 2020 09:48:34 +0000 (09:48 +0000)]
Use dynamically allocated unique pointers for GPU halo tests

The tests were intermittently failing in the enqueuing of a remote
GPU's event to a local GPU's stream because the remote object
(allocated on the stack in the innermost loop) was already destroyed (due
to the asynchronicity of the operation). This change allows the objects
to persist, and is the same way we already do it in the main code.

Fixes intermittent failures appearing in !773 and eleswhere.

3 years agoSuggest environment variable to limit visible SYCL devices
Andrey Alekseenko [Fri, 6 Nov 2020 12:19:56 +0000 (13:19 +0100)]
Suggest environment variable to limit visible SYCL devices

As with OpenCL, there is no portable way to do it, so we suggest the
currently working Intel option.

3 years agoFix doxygen comments formattig in update.h
Artem Zhmurov [Fri, 6 Nov 2020 07:26:26 +0000 (10:26 +0300)]
Fix doxygen comments formattig in update.h

3 years agoAllow pdb2gmx to handle cyclic molecules
Paul Bauer [Thu, 5 Nov 2020 16:18:24 +0000 (16:18 +0000)]
Allow pdb2gmx to handle cyclic molecules

This has been a long outstanding issue with the code not being able to
do this.

Cyclic molecules are detected by checking if chain ends are within bonding
distance from each other. This does not detect cyclic molecules over PBC
boundaries.

Initial patch proposed by Boris Timofeev.

Resolves #3571

Change-Id: Ic25e46a12fef5fb46748dc0497f469b5834d4886

3 years agoAllow CUDA build tests to succeed without GPU
Paul Bauer [Thu, 5 Nov 2020 11:35:58 +0000 (12:35 +0100)]
Allow CUDA build tests to succeed without GPU

Added early return to haloexchange GPU pathway test to not try to run
the tests without a GPU (i.e. device list is empty).

Refs #3789

3 years agoStop showing wrong README on GitHub front page
Mark Abraham [Thu, 5 Nov 2020 09:10:34 +0000 (10:10 +0100)]
Stop showing wrong README on GitHub front page

3 years agoLimit parallelism in Github CI
Paul Bauer [Thu, 5 Nov 2020 10:27:15 +0000 (10:27 +0000)]
Limit parallelism in Github CI

Remove the -j option from CTest, avoiding issues with trying to run the
test binaries in parallel.

Set environment variable so that the build knows it is under CI, and
limits the number of thread-MPI and if needed OpenMP threads.

Activate regressiontest testing.

3 years agoDisable MTS with SD integrator
Berk Hess [Thu, 5 Nov 2020 09:57:25 +0000 (09:57 +0000)]
Disable MTS with SD integrator

The SD integrator requires different damping coefficients for
the different MTS forces and we currently don't have the different
MTS forces available separately in the integrator.

Fixes #3775

3 years agoSet pbcatom_input in order to pass later checks
Magnus Lundborg [Tue, 3 Nov 2020 20:35:14 +0000 (21:35 +0100)]
Set pbcatom_input in order to pass later checks

pbcatom_input was not set. This meant that pbcatom checks in
set_pull_init() failed for large pull groups.

Fixes: #3786

3 years agoCopy position restraint parameters with MTS
Berk Hess [Wed, 4 Nov 2020 19:31:12 +0000 (20:31 +0100)]
Copy position restraint parameters with MTS

Fixes #3784

3 years agoImprove issues with CUDA interacting with std flags
Mark Abraham [Thu, 5 Nov 2020 08:00:48 +0000 (08:00 +0000)]
Improve issues with CUDA interacting with std flags

GCC 7 needs a work-around just like older CUDA does.

Removed unnecessary use of C++17 features in compat/pointers.h as we
do in other parts of the code while CUDA compilation must be within
C++14.

Refs #3608
Fixes #3783, #3780

3 years agoAllow GPU update without GPU DD
Alan Gray [Wed, 4 Nov 2020 18:56:03 +0000 (18:56 +0000)]
Allow GPU update without GPU DD

3 years agoFix use of config.h in halo exchange tests
Mark Abraham [Wed, 4 Nov 2020 15:40:32 +0000 (16:40 +0100)]
Fix use of config.h in halo exchange tests

3 years agoRemove logging from hardware detection
Mark Abraham [Wed, 4 Nov 2020 14:16:50 +0000 (14:16 +0000)]
Remove logging from hardware detection

This should be deferred to separate responsibilities, in particular
so that hardware detection can run before logging functionality
is available. Subsequent logging of the results restores the value
to the user from understanding what mdrun could see about their
hardware.

Refs #3650, #3768

3 years agoNBLIB listed forces API update
Joe Jordan [Wed, 4 Nov 2020 13:28:54 +0000 (13:28 +0000)]
NBLIB listed forces API update

- added a listed forces calculator for the user-facing API
- expanded documentation
- reduced boilerplate
- addressed review comments

3 years agoAdd more halo exchange unit test variations
Alan Gray [Tue, 3 Nov 2020 14:01:51 +0000 (14:01 +0000)]
Add more halo exchange unit test variations

Addition of several 1D and 2D variations with different pulse configs.
Follow up will extend to 3D.

3 years agoAdd missing wallcycle_stop
Szilárd Páll [Tue, 3 Nov 2020 12:47:16 +0000 (12:47 +0000)]
Add missing wallcycle_stop

On the GPU update path the Update CPU counter was started and not
correctly stopped.

Refs #3764

3 years agoExtend halo exchange unit test to GPU codepath
Alan Gray [Tue, 3 Nov 2020 12:12:57 +0000 (12:12 +0000)]
Extend halo exchange unit test to GPU codepath

Test will additionally re-perform halo exchange on GPU codepath (for
CUDA thread-MPI builds).

3 years agotiming: try to directly retrieve gmx_cycles_calibrate() from the hardware
Gilles Gouaillardet [Tue, 3 Nov 2020 11:23:27 +0000 (11:23 +0000)]
timing: try to directly retrieve gmx_cycles_calibrate() from the hardware

The timer period can be directly retrieved from the hardware on ARMv8
and recent x86_64 platforms.
Try this first, and fall back on the current guessestimate on older x86_64 platforms

3 years agoRemove TODO regarding AWH cover threshold along lambda axis.
Magnus Lundborg [Mon, 2 Nov 2020 15:53:15 +0000 (16:53 +0100)]
Remove TODO regarding AWH cover threshold along lambda axis.

The 1.0 factor should be OK for a FEP lambda axis. It should be OK
in theory and tests show it works.

Change-Id: Iafe39ab0663ec227e96e40f1b2073818610e93ae
Closes: #3634

3 years agoMake the message why GPU bondeds are not available more clear
Artem Zhmurov [Tue, 3 Nov 2020 07:43:32 +0000 (07:43 +0000)]
Make the message why GPU bondeds are not available more clear

Closes #3728

3 years agoAdd Clang CUDA build to CI
Paul Bauer [Fri, 30 Oct 2020 18:15:17 +0000 (19:15 +0100)]
Add Clang CUDA build to CI

Runs tests during post-merge acceptance, but compiled for all merge
requests.

3 years agoUpdate to nblib non-bonded backend
ejjordan [Mon, 2 Nov 2020 11:05:11 +0000 (12:05 +0100)]
Update to nblib non-bonded backend

* added more documentation
* more consistent naming
* cleaner, more consistent interfaces
* add more checks
* expand test coverage
* fix bugs

3 years agoRework handling of PATH-like variables in GMXRC.bash/zsh
Andrey Alekseenko [Thu, 29 Oct 2020 18:21:16 +0000 (19:21 +0100)]
Rework handling of PATH-like variables in GMXRC.bash/zsh

Old version was not robust to various kinds of trailing colons, as
experienced in, e.g., #3219.

To make it all safer, a single function, that removes the
old path and adds the new one to the beginning, is introduced.

Tested with:
- GNU bash 4.4.20
- GNU bash 5.0.17
- zsh 5.8
- dash 0.5.8

```
$ replace_in_path ":" "/new" "/old"
/new:
$ replace_in_path "" "/new" "/old"
/new
$ replace_in_path "/old" "/new" "/old"
/new
$ replace_in_path "/old:" "/new" "/old"
/new:
$ replace_in_path "/old:/other" "/new" "/old"
/new:/other
$ replace_in_path ":/other" "/new" "/old"
/new::/other
$ replace_in_path "/other:" "/new" "/old"
/new:/other:
$ replace_in_path "/other:/old" "/new" "/old"
/new:/other
```

Full test:

```
$ bash -c 'MANPATH=''; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man
$ bash -c 'MANPATH=':'; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:
$ bash -c 'MANPATH='/abc'; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:/abc
$ bash -c 'MANPATH='/abc:'; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:/abc:

$ bash -c 'MANPATH=':'; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:
$ bash -c 'MANPATH=''; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man
$ bash -c 'MANPATH='/abc'; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:/abc
$ bash -c 'MANPATH='/abc:'; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:/abc:
```

Closes #2628, #3219

3 years agoRemove an unnecessary transitive dependency of imported CMake target.
M. Eric Irrgang [Thu, 29 Oct 2020 20:48:06 +0000 (21:48 +0100)]
Remove an unnecessary transitive dependency of imported CMake target.

Refs #3777

3 years agoFix unused variable warnings
Paul Bauer [Fri, 30 Oct 2020 17:26:33 +0000 (17:26 +0000)]
Fix unused variable warnings

3 years agoAdd missing fix for Clang CUDA
Paul Bauer [Fri, 30 Oct 2020 12:58:59 +0000 (13:58 +0100)]
Add missing fix for Clang CUDA

Was missing from the previous list of fixes (don't know how that
happened).

3 years agoFix build issues with Clang CUDA
Paul Bauer [Fri, 30 Oct 2020 12:38:29 +0000 (12:38 +0000)]
Fix build issues with Clang CUDA

Fixed missing changes in CMake property name
Apply properties correctly for test library.
Fix wrongly attributed gpu_utils test file.

3 years agoIntroduce nblib versioning
Joe Jordan [Fri, 30 Oct 2020 11:36:34 +0000 (11:36 +0000)]
Introduce nblib versioning

3 years agoRework handling of PATH-like variables in GMXRC.bash/zsh
Andrey Alekseenko [Thu, 29 Oct 2020 18:21:16 +0000 (19:21 +0100)]
Rework handling of PATH-like variables in GMXRC.bash/zsh

Old version was not robust to various kinds of trailing colons, as
exerienced in, e.g., #3219.

To make it all safer, a single function, that removes the
old path and adds the new one to the beginning, is introduced.

Tested with:
- GNU bash 4.4.20
- GNU bash 5.0.17
- zsh 5.8
- dash 0.5.8

```
$ replace_in_path ":" "/new" "/old"
/new:
$ replace_in_path "" "/new" "/old"
/new
$ replace_in_path "/old" "/new" "/old"
/new
$ replace_in_path "/old:" "/new" "/old"
/new:
$ replace_in_path "/old:/other" "/new" "/old"
/new:/other
$ replace_in_path ":/other" "/new" "/old"
/new::/other
$ replace_in_path "/other:" "/new" "/old"
/new:/other:
$ replace_in_path "/other:/old" "/new" "/old"
/new:/other
```

Full test:

```
$ bash -c 'MANPATH=''; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man
$ bash -c 'MANPATH=':'; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:
$ bash -c 'MANPATH='/abc'; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:/abc
$ bash -c 'MANPATH='/abc:'; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:/abc:

$ bash -c 'MANPATH=':'; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:
$ bash -c 'MANPATH=''; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man
$ bash -c 'MANPATH='/abc'; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:/abc
$ bash -c 'MANPATH='/abc:'; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; . scripts/GMXRC.bash; echo $MANPATH;'
/usr/local/gromacs/share/man:/abc:
```

Closes #2628, #3219

3 years agoClang format
Szilárd Páll [Tue, 27 Oct 2020 10:49:58 +0000 (11:49 +0100)]
Clang format

3 years agoAdd fvec doxygen
Szilárd Páll [Tue, 27 Oct 2020 10:49:24 +0000 (11:49 +0100)]
Add fvec doxygen

3 years agoFix AMD OpenCL float3 array optimization bug
Szilárd Páll [Thu, 6 Feb 2020 23:40:12 +0000 (00:40 +0100)]
Fix AMD OpenCL float3 array optimization bug

Because float3 by OpenCL spec is 16-byte, when used as an array type
the allocation needs to optimized to avoid unnecessary register use.
The nbnxm kernels use a float3 i-force accumulator array in registers.

Starting with ROCm 2.3 the AMD OpenCL compiler regressed and lost
its ability to effectively optimize code that uses float3 register
arrays. The large amount of extra registers used limits the kernel
occupancy and significantly impacts performance.
Only the AMD platform is affected, other vendors' compilers are able to
do the necessary transformations to avoid the extra register use.

This change converts the float3 array to a float[3] saving 8*4 bytes
register space. This improves nonbonded kernel performance
on an AMD Vega GPU by 25% and 40% for the most common flavor of the
Ewald and RF force-only kernels, respectively.

Note that eliminating the rest of the non-array use of float3 has no
significant impact.

3 years agoFix CUDA code issues
Paul Bauer [Thu, 29 Oct 2020 16:47:33 +0000 (17:47 +0100)]
Fix CUDA code issues

Remove unused template.
Fix variable initialization order and remove obsolete variable.
Fix missing newline.

3 years agoDefault initialize pull datastructures
Paul Bauer [Thu, 29 Oct 2020 09:29:05 +0000 (10:29 +0100)]
Default initialize pull datastructures

Avoids warnings with gcc-9 about potential use of uninitialized
variables.

Fixes #3772

3 years agoMake dispatchTemplatedFunction compatible with MSVC
Andrey Alekseenko [Wed, 28 Oct 2020 12:34:20 +0000 (13:34 +0100)]
Make dispatchTemplatedFunction compatible with MSVC

MR !730 introduced a new function, dispatchTemplatedFunction, which
broke build with MSVC 19.27. Looks like a compiler problem, but the fix
is easy enough (and, arguably, makes the code a bit easier to read).

3 years agoCorrect AWH initial histogram size
Berk Hess [Wed, 28 Oct 2020 10:47:49 +0000 (10:47 +0000)]
Correct AWH initial histogram size

The initial histogram size for AWH incorrectly contained
a Gaussian geometry factor and also treated higher dimensional
cases incorrectly. The formula has now been simplified and
described more accurately in the manual.

Fixes #3751

3 years agooptions: add the eftCSV OptionFileType
Gilles Gouaillardet [Thu, 22 Oct 2020 08:22:01 +0000 (17:22 +0900)]
options: add the eftCSV OptionFileType

3 years agoAdd dispatchTemplatedFunction
Andrey Alekseenko [Mon, 19 Oct 2020 15:05:18 +0000 (17:05 +0200)]
Add dispatchTemplatedFunction

A helper function to select a templated function in runtime based on Enum value.

3 years agoFix remaining clang tidy issues with OpenCL
Paul Bauer [Tue, 27 Oct 2020 15:29:24 +0000 (16:29 +0100)]
Fix remaining clang tidy issues with OpenCL

Some code blocks still needed cleaning from clang-tidy.

Came up during manual run in preparation for CI job.

3 years agoMix minor clang-tidy warning in double
Paul Bauer [Tue, 27 Oct 2020 14:18:37 +0000 (15:18 +0100)]
Mix minor clang-tidy warning in double

One cast was using C-style, changed to C++ static_cast.

3 years agoUse the correct CI script for sample_restraint jobs.
M. Eric Irrgang [Tue, 27 Oct 2020 14:31:45 +0000 (14:31 +0000)]
Use the correct CI script for sample_restraint jobs.

release-2021 should use the CI script that applies
the pytest `--threads` option.

3 years agoFix clang-tidy v10 warnigns in OpenCL kernels
Szilárd Páll [Tue, 27 Oct 2020 14:13:45 +0000 (14:13 +0000)]
Fix clang-tidy v10 warnigns in OpenCL kernels

Also made convert_sigma_epsilon_to_c6_c12() return a float2 with c6 and
c12 instead of returning results in pointers.

3 years agoNormalize FindMPI hints.
M. Eric Irrgang [Mon, 26 Oct 2020 16:50:12 +0000 (17:50 +0100)]
Normalize FindMPI hints.

Let gmxapi target use the MPI C component instead of CXX for consistency
with gmxManageMPI.cmake.

Refs #3671
Refs #3672

3 years agoClarify behavior of LegacyMdrunOptions.
M. Eric Irrgang [Sat, 26 Sep 2020 14:21:00 +0000 (17:21 +0300)]
Clarify behavior of LegacyMdrunOptions.

Make notes about the lifetime management of LegacyMdrunOptions and its
members. Note effects on the way it must be used by gmxapi::ContextImpl.
Clarify how gmxapi::ContextImpl could be updated in the future if data
scope details of LegacyMdrunOptions evolve.

Relates to #3644, #3688, #3718

3 years agoUpdate image names in job definitions.
M. Eric Irrgang [Tue, 27 Oct 2020 08:53:46 +0000 (08:53 +0000)]
Update image names in job definitions.

Use explicit CMake versions, as appropriate.

Refs #3621

3 years agoRemove unused velocity scaling enum value
Artem Zhmurov [Tue, 27 Oct 2020 05:55:20 +0000 (08:55 +0300)]
Remove unused velocity scaling enum value

The velocities are never scaled by a full matrix, hence
the extra value in the enumeration is not needed. Having
extra possible value in the templated parameter may
hurt the compilation time.

3 years agoDon't deploy nightly webpages
Paul Bauer [Mon, 26 Oct 2020 06:14:07 +0000 (07:14 +0100)]
Don't deploy nightly webpages

Removed code used to deploy nightly master webpage from nightly builds.

3 years agoTell gmxapi to look for MPI, when appropriate.
M. Eric Irrgang [Mon, 26 Oct 2020 14:07:21 +0000 (15:07 +0100)]
Tell gmxapi to look for MPI, when appropriate.

The recommended CMake configuration for MPI-enabled GROMACS does not
provide MPI compiler wrappers for regular compiler variables. However,
the MPI toolchain details do not get conveyed transitively through the
libgromacs target. This should be easily resolved by checking whether
libgromacs is built with MPI library support and, if so, using the
CMake FindMPI module.

This may not be robust and should be revisited in the context of issue
#3672.

Meanwhile, this change should reduce errors for users following the
documentation updated under #3671.

3 years agoMake install-guide MPI consistent
Roland Schulz [Fri, 23 Oct 2020 18:12:47 +0000 (11:12 -0700)]
Make install-guide MPI consistent

Fixes #3671

3 years agoClear constraints RMSD values upon domains reset
Artem Zhmurov [Mon, 26 Oct 2020 06:34:11 +0000 (06:34 +0000)]
Clear constraints RMSD values upon domains reset

When atoms migrate from one domain to another, some domains can be
left without constraints assigned to them. In this case, old RMSD
data can contaminate the output and lead to arithmetic exceptions.

Also match conditinal when constraints RMSD values are collected
and when printed.

Fixes #3742, related to #3305.

3 years agoDisallow OpenMP on Windows in CI
Paul Bauer [Fri, 23 Oct 2020 11:44:15 +0000 (13:44 +0200)]
Disallow OpenMP on Windows in CI

The builds with MSVC and OpenMP fail too many unit tests, so we need to
disable this combination in CI.

Builds now can pass testing on Github.

Refs #3752

3 years agoExclude CUDA 10.2 as well from C++17 compilation
Szilárd Páll [Sat, 24 Oct 2020 12:05:08 +0000 (12:05 +0000)]
Exclude CUDA 10.2 as well from C++17 compilation

This commit corrects compilation with CUDA 10.2, which does not support
C++17, by changing the condition to pass -std=c++14 to nvcc added by
commit b6172240bfb5daf80d32150924bcdc46a4b07e10.