fixed confusing nonbonded kernel pointer initialization

Change-Id: I590c7c08d77491f05c798ccc4abf4de988b950f5

initialize adress_do_hybridpairs=FALSE by default

fr->adress_do_hybridpairs is evaluated in nonbonded.c:1028 even if
adress is actually off, so it could be used uninitialized, set it
to false for this case.

Change-Id: I6868e7ecc5c484c95483f5bc94f8205350e39028

Merge "g_sans - tool to compute SANS spectra" into release-4-6

implemented -intra switch for g_dist (now based on release-4-6)

Change-Id: I7fc226a71bd5bd5e1be866177fbecf5dd443dbd1

Changed order of parameters in top file

For linear angles. Now the distance parameter comes
first, and then the force constant, like in other
bonded potentials. In addition, the angle defined by
the same atom types but with the opposite order of
atoms now gets a modified constant (1-a).

Change-Id: I6db408be01b0cbb795edaa9943b72dbe149e3f97

g_sans - tool to compute SANS spectra

This tool can compute sans spectra from tpr files
using Debye method (both direct evalution of g(r) and
Monte carlo one).

Change-Id: Ia2eaed81294d0f5ddc3d79e532dc1f616fdde381
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Merge release-4-5-patches into release-4-6" into release-4-6

Merge "Added two new bonded functions." into release-4-6

Added two new bonded functions.

The first one implements a potential for linear angles without any
discontinuities at 180 degrees. A paper is being written about this. The
potential has [ angles ] type 9 or F_LINEAR_ANGLES internally.
A free energy option has been implemented as well for the linear angles.
The second is an anharmonic polarization function, based on the normal harmonic
term plus a forth order term, as introduced by the Roux group in
J. Chem. Theor. Comput. 6 (2010) p. 774-786. The potential has [ polarization ]
type 2 or F_ANHARM_POL internally.

Change-Id: I0497ed20baf1c1c0b2a6c2354eed77bc9ed75c6d

make gromacs manual build again

* bug was introduced in 78534fcaabfc8e3990ea50b1a798dc7713995745
* updated ref to make it consistent with the manual

Change-Id: I9664bfa5e4d6487ed664d2f38bebd1daa92496ba

Merge "document AdResS mdp options" into release-4-6

document AdResS mdp options

* 1st version
* incl. Sebastian's comments

Change-Id: Ifa5a3d979078de1e1a08d3eb3e50b80b5b71cdce

New tool that extracts dye dynamics from trajectories

Change-Id: Ie2007a60ad612938160197c0ec091e474e7091d2

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
admin/GerritBuild
admin/GerritBuild.bat

Change-Id: I812540cbc8c076aae9f21c52eb035b920430e033

New approach for GerritBuild script

- Allows to make changes to build in seperate RelEng repository
- Replaces Matrix view by a linear list of configurations

Change-Id: I7f5c76805836c4cd06527b949ab7ac68f27a31b5

Revert "Replace stderr by stdout in editconf terminal output for easier scripting."

This reverts commit bc2fbe9b50a8a39a185cb6a448dea43c8ad9ed7b

Replace stderr by stdout in editconf terminal output for easier scripting.

Change-Id: If477f6148d347fbbed16d37db62e2e12f1444ece

Merge "Added CMake Toolchain file for BlueGene/P" into release-4-5-patches

Merge "Remove use of FindMPI.cmake" into release-4-6

Merge "Removing outdated vsite comment" into release-4-6

Remove use of FindMPI.cmake

The functionality of FindMPI.cmake should not be needed for GROMACS,
since the wrapper compiler will do the complete job. This already
worked for Cray and BlueGene, and so far this new version is known
to work for OpenMPI wrapping icc and gcc.

CMake now warns the user about possible unsuitable versions of
OpenMPI and MVAPICH2.

The process of managing MPI is more modular than it used to be.

To use:

cmake .. -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_C_COMPILER=`which mpicc`

or with bash

CC=mpicc cmake .. -DGMX_MPI=ON

and whatever else suits your setup.

Fixes #851 and #636.

Change-Id: Ibe41206bed8b70b83a25da1e4e29dd87b61ea17d

CMake improvements

* make CMake quiet again, when running for the second time
* remember that VMD was found before
* removed duplicate definition of HAVE_FSEEKO

Change-Id: If2a2cc600fd14e67c6169e12172e7c5aa8ebedfc

Merge "Fixed MSVC compiling with plug-in support" into release-4-6

Removing outdated vsite comment

Vsite parameters were replace by Berk in commit 14bc4ad9 by
calculated parameters. Since then the comment was outdated.

Change-Id: I6ddacfbdcf40e11db9d2d3091d9c34f4872816bc

Adds AdResS feature to gromacs

This is actually a rebase of the following commits:
* backport adress to 4.5, was ported from adress branch, which is based on the master
* update init_forcerec in gmx_membed.c due to adress
* energy terms in AdreS only caclulated for meaningful properties.
* adress variables only printed if adress is used
* grompp checks to prevent adress being used with lr coulomb or pressure coupling
* Windows/C90 fixes
* put inputrec variables into adress struct
* increases tpx_version from 74 to 75 (as enforced rotation was 74)
* rebase to recent 4.6 branch
* bAdress to false for tpx < 75 (disabled by default)

Change-Id: Ica1d121f8edb9086ac2d5d456b1037a3d57a24e4

Fixed use of isfinite and _isfinite

Implemented proper CMake tests for the above functionality.
Catered for MSVC idiosyncratic _finite() function. Removed
erroneous use of HAS_ISFINITE and HAS__ISFINITE.
Encapsulated the use of preprocessor directives into the new
gmx_isfinite() function so the programmer doesn't need to
know about the foregoing mess.

The previous versions resulted in unreachable code.

Change-Id: I7471388ed8f402c3f8b664e7846465de4b85f578

Fixed MSVC compiling with plug-in support

Fixes #598

Change-Id: I8fe274a83c4965466f1241d2237ca3e77b93b038

Fixed use of _snprintf_s with MSVC

Change-Id: I807ef17e8b4eb07861600c6a1d9d03f330f17218

Check for VMD plugins that they are at least abi-version 10

All plugins with VMD 1.8 are abi-version 10. Plugin support is
untested for older versions.

Change-Id: I98fe11313d7115d476e44bff0bc729c7380c52f0

Made use of VMD plugins more robust

Attempt to use VMD trajectory-reading plugins only if plugin
loading functionality exists and shared libraries are being used
(else dlopen can be unreliable).

Also, for helping to find those plugins, the user can supply the plug-in
path in a CMake cache variable. If not, the code can now fall back
on the run-time value of the environment variable VMDDIR, or its
value at configuration time. Previously only an explicit run-time
environment variable or a hard-coded path was available on non-Windows
platforms.

Also printed diagnostic text when GROMACS cannot tell if the
trajectory being read by a plug-in might have atom velocities.

Fixes #598

Change-Id: I44267e115267772dae2c1d754895f8ff25c98a6a

Merge "Documented the function of g_cluster -cl -noav" into release-4-5-patches

Introduced fatal error in grompp for incorrect use of settle and charge groups.

Change-Id: I02dfe3f3454a6fc329d9b5ecb2fd4b544c8d2cd1

Added CMake Toolchain file for BlueGene/P

Change-Id: Iff9b5fe3cccc4d18fc252856a1b50ee64630b54a

Documented the function of g_cluster -cl -noav

A definition was needed for the center of a cluster.

Change-Id: Id1c6d2f229feb27b7981c2d616e78e510d215a9a

Merge "Added -dhdl to tpr file list, fixes #855" into release-4-5-patches

Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Conflicts:
src/tools/gmx_tune_pme.c

Change-Id: I0cb93d965cd30a6d0e158eac595fac7c8b891492

Added -dhdl to tpr file list, fixes #855

Change-Id: I2621c7bb44daa01e25831e2d44c22cdcf47f58e7

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
admin/GerritBuild.bat
include/gstat.h
src/tools/anadih.c
src/tools/gmx_chi.c

Change-Id: If70475e8f38978aeb52652afce2ca2a62d355987

Merge "Using MinSizeRel configuration and Release target on Windows" into release-4-5-patches

Merge changes Iaf4c56b7,Ibabed87f into release-4-5-patches

* changes:
  Testing external BLAS/LAPACK
  Using 2 cores per build on Windows

Set GMX_*_ASM true if GMX_ACCELERATION != auto

In case GMX_ACCELERATION was set to SSE manually (like in Gentoo Linux)
GMX_*_ASM would never be set (false), so sse kernel will not be build.

Change-Id: Icf04707c6174a0182fe4472536b568e1d2d91166

Enforced rotation

Change-Id: Ia2d3b409c197fd2a6bd5922b636bd40a47046918

Using MinSizeRel configuration and Release target on Windows

Faster build:
    no need to compute debug symbols
    dynamic library
    low optimization level

Also fixing MSVC warnings with this configuration

Change-Id: Ic87da40f1e78e2ac70ef543525b49f4cf1a3f639

Testing external BLAS/LAPACK

Change-Id: Iaf4c56b7e62654425801cd8d3272c4028b016a2a

Using 2 cores per build on Windows

Windows build is much slower than Linux build. Don't understand why
but hopefully using 2 cores will help narrow that gap.

Change-Id: Ibabed87f2f4d6c931fbb1ebd25c571be9a2cb9ee

Merge "Re-fixed static linking of maths libraries under UNIX" into release-4-5-patches

Re-fixed static linking of maths libraries under UNIX

In commit 5e51ffa9 I submitted a patch for the above case, and
suggested the same to CMake. The CMake developers have refined
this and I'm back-porting their fix here.

See http://public.kitware.com/Bug/view.php?id=12477 for details

Change-Id: Ib48bc6b5a87b66b51c893e24aa42e4cd4db32a38

Merge "Converted macro usage for readability" into release-4-6

Converted macro usage for readability

Replaced some helper macros with inline functions, and expanded
the macro that was implementing three nested loops.

Change-Id: I48e1d6a5401e21cd99b51158e3ddcb1729f842b3

Merge "Relaxed some assumptions about trajectory times" into release-4-5-patches

Relaxed some assumptions about trajectory times

Counting of dihedral transitions used to assume that each frame was
equally spaced in time. This is only necessary for making a
subsequent histogram of those transition times (unless more
elaborate machinery was written for that histogram).

Also documented what g_angle -ot and -oh do.

Change-Id: I587dba94c40a1a69e5aa227d09271166db055595

Fixed macros that ended in semicolons

These now don't end in semicolons, which makes life much simpler
when using parsing tools that are not (fully) macro-aware.

Also replaced some compound-statement macros with inline functions.

Change-Id: Ic83d9419a67d82665ff250e0568a85cf9a8f1c32

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
admin/GerritBuild.bat

Change-Id: Ib62e8f5949cc8e65342cd1826888901d11032474

Merge "Set -DMPI only if compiled for FAH" into release-4-5-patches

Set -DMPI only if compiled for FAH

MPI conflicts with C++ MPI namespace.
This allows to compile with FAH or with C++ and MPI.
Compiling with FAH and C++ and MPI will still have a name conflict.

Resolves #849

Change-Id: I73ccb7b0e682ae6d12352c76e26c6d79e93ea798

Fixing MSVC unsigned/signed warnings

Change-Id: I110b591cfd8c8078f3b7853bdf2db6a705e9e453

Run tests also on Windows

Change-Id: Iab166b5cc8e394e3d330afffd86aced00aa7e0a2

Only check those atoms for PBC which are part of selection (Issue #809)

Change-Id: I2afccb82c3b761890f4d1f53d842606bb8404c98

Merge "Added an option to easily compile contrib programs with cmake" into release-4-6

Merge "Fix selection parsing in double precision." into release-4-5-patches

Merge "Avoid possible warnings if HUGE_VAL != infinity." into release-4-5-patches

Remove RETSIGTYPE. C89 defines return value to be void.

Because it is defined in C89 no sane system should require this anymore.
Checked for Windows.
See e.g. http://lists.gnu.org/archive/html/emacs-devel/2011-03/msg01076.html

Change-Id: If24fa3d47a1ddec189784f49e3e59e1936fe263d

Adding support for Windows build and different CMake Versions

Ant doesn't work very well - trying shell script instead

Change-Id: Ia08e6979c0e0734c33183840c9d34c3a7367af4a

Adding support for Windows build and different CMake Versions

Ant doesn't work very well - trying shell script instead

Change-Id: Ia08e6979c0e0734c33183840c9d34c3a7367af4a

Fix selection parsing in double precision.

Fixes #850.

Change-Id: Ifd0bf1f5401ca4d62571c8c2fc39e67cac537ecf

Avoid possible warnings if HUGE_VAL != infinity.

Replaced HUGE_VAL by GMX_REAL_MAX in one source file for trajectory
analysis library source file, since it seemed to cause compiler warnings
on some systems.

Reported by Chris Neale on gmx-users.

Change-Id: Ic52a01c5bcedb244d1453117f626ef4f0d46df78

Adding Gerrit Build description

Change-Id: Ib9e88333967178c8f0962a72e5f8432067094e77

Adding Gerrit Build description

Change-Id: Ib9e88333967178c8f0962a72e5f8432067094e77

Removing TestBuildAll test

No need for it because ctest automtically tests building anyhow
It does not work under Windows (using msbuild not make)

Change-Id: I02c7152d61cbe5b536c86c406f37ed78db94ee11

Merge "Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6" into release-4-6

Fix FFTW API usage

FFTW API uses the fftw/fftwf prefix to select the precision.
To make the code indepent Gromacs uses the FFTW macro.
In this case the marco wasn't used but it had no effect
because for iodim both version are identical.

Submitted by Ake Sandgren (ake.sandgren@hpc2n.umu.se) to gmx-developers

Change-Id: I8ad037b90caef5952b7b49379b81b2c8e90b0daa

Merge "Fixes inconsistent spelling of Git cmake variables" into release-4-6

Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Change-Id: I9f12fee0e49e1f7d758a2080337269753f31f3bf

Merge "Replace '_' in all mdp options to '-'" into release-4-6

Merge "Cleaning up some bad coding practices" into release-4-6

Merge "Initialize variables to make GCC 4.6 not complain" into release-4-5-patches

Removing TestBuildAll test

No need for it because ctest automtically tests building anyhow
It does not work under Windows (using msbuild not make)

Change-Id: I02c7152d61cbe5b536c86c406f37ed78db94ee11

fixed pull constraint periodicity consistency check, fixes #844

Change-Id: Ifb8e37c5ca3bb5c36631c0b3db65928f27887bdb

Merge "Added support for submission to cdash servers." into release-4-6

Merge "Changed cryptic variable names" into release-4-6

Cleaning up some bad coding practices

- missing return statement
- recommended parenthesis
- uneeded declarations
- statement without effect
- missing switch/break or undocumented fall-through
- unused static variables

Unless I'm mistaken none of the changes has any effect.

Change-Id: I060ce5b50d8e7df3a97917633fc77d7d2e8481a9

Added support for submission to cdash servers.

With the default setup ctest will send the results to
the Gromacs project on cdash.gromacs.org

Change-Id: Ieb096b7c20734ec7a641523aba06775eb1c2ccc6

Fixes inconsistent spelling of Git cmake variables

The cmake Git script uses "GIT" but the gmxGenerateVersionInfo
was still using "Git".

Re-introduced cmake/FindGit.cmake copied from CMake 2.8.2,
because CMake 2.8.0 did not include this module. This branch
now builds with CMake 2.8.0 and higher.

Change-Id: I06ee2f7478c16923746591ff5171430454d55549

Changed cryptic variable names

'multiplicity' is much more readable than 'xity'

Change-Id: I4c070a66c4863414cddfbaaa9c099736f6c98e3d

Initialize variables to make GCC 4.6 not complain

The variables are only used when initialized but GCC doesn't detect that.

Change-Id: Ib79383e14d5de90f99f0f267e5039f811980bdb8

Only analyse angle transitions for dihedral angles

Change-Id: Ia973d5b31c38f94a7ca2e3c2d8265b3552253103

Merge "Fixed g_angle -f -or to copy times from -f to -or" into release-4-5-patches

Added protective preprocessor directives

Avoids code compiled with -O0 dereferencing null pointers. Duplicates
and expands a fix suggested by Valentin Pavlov <x.pavlov@gmail.com>.

Change-Id: I41f27bce385c5f960270ac616abd6fdd038312fa

Added an option to easily compile contrib programs with cmake

Change-Id: Ib3fa2368c74c85bb733ba0d52e13e560134cfc5c

Fixed g_angle -f -or to copy times from -f to -or

Change-Id: Ie3d45c7454880cf65d583980cf6639f5527b22c9

Actually -cpi and -bcpo must not be identical

Change-Id: Iac44c2dc7d7add1f951ff6018bbfaabe8160af25

fixed dd load print frequency with nsteps=-1, fixes #829

Change-Id: I66736af49665e6cc90875acbf52a45b5a9727915

mdp options in *.html also uses '-' instead of '_'

Change-Id: I856d64badfe26598650d65feae1354fb8d688999
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Fixed bug #830 (segv in do_dssp)" into release-4-5-patches

Merge "Fix for GB, double, SSE2 and optimized kernels" into release-4-5-patches

Fix for GB, double, SSE2 and optimized kernels

As suggested by Julius Su in
http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2011-November/005432.html

Change-Id: Id50d63958e8b3fee810a8d4ed6e021510c98d9aa

Trigger correct kernels under Cygwin

CMAKE_SYSTEM_PROCESSOR calls uname -p, which returns "unknown" on
Cygwin, so we need to use another mechanism to trigger the use of
SSE/SSE2 optimization.

Change-Id: Ic6406bb36b853a2bd3b22345e36e4914eb04fd8d

Fixed bug #830 (segv in do_dssp)

Change-Id: Ibaa2cf25586d879fce62e9086fee1b510e034e40

Made reading of binary matrices more robust

The routine to read the binary matrix should check that the storage is
available before using it. Also, the documentation in the header
should be explicit that valid storage locations need to be passed in.

Change-Id: I95e9120bceac02031a7f39412ba226ef2644a444

Replace '_' to '-' in mdp options for tutorials

Change-Id: I918e50f4c48369ec5a303b2475d89275808ca654
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>