Added two new bonded functions.
authorDavid van der Spoel <spoel@xray.bmc.uu.se>
Thu, 19 Jan 2012 19:20:46 +0000 (20:20 +0100)
committerDavid van der Spoel <spoel@xray.bmc.uu.se>
Wed, 25 Jan 2012 08:46:17 +0000 (09:46 +0100)
commit9885fc19ac8cf469f4351db6cc46713710d64b36
tree7d15d7d4e0dd91ec4a477991ea3c4a99dd914eca
parent0b4dc1cab723286fe7e61dc651c69364e2946835
Added two new bonded functions.

The first one implements a potential for linear angles without any
discontinuities at 180 degrees. A paper is being written about this. The
potential has [ angles ] type 9 or F_LINEAR_ANGLES internally.
A free energy option has been implemented as well for the linear angles.
The second is an anharmonic polarization function, based on the normal harmonic
term plus a forth order term, as introduced by the Roux group in
J. Chem. Theor. Comput. 6 (2010) p. 774-786. The potential has [ polarization ]
type 2 or F_ANHARM_POL internally.

Change-Id: I0497ed20baf1c1c0b2a6c2354eed77bc9ed75c6d
include/bondf.h
include/types/idef.h
include/types/nrnb.h
src/gmxlib/bondfree.c
src/gmxlib/ifunc.c
src/gmxlib/nrnb.c
src/gmxlib/tpxio.c
src/gmxlib/txtdump.c
src/kernel/convparm.c
src/kernel/topdirs.c
src/mdlib/shellfc.c