Fixed g_tcaf citation in html docs

fixed minor memory leak with particle decomposition, fixes #752

corrected typo: if(errno=EINVAL)

removed memory allocation/free during constraining

Added reference to g_sas -h

Reference provided by Xavier Periole on gmx-users

Cleaned up g_sas help text

Fixed typo.

Fixed g_dipoles help description.  Fixed spacing and removed non-existent
command line argument.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Increased debugging output

Fixed long standing bug where the merging resulted in too few hbonds.

Added hint about calling trjconv more than once

Spaced out paragraphs in trjconv help

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Update doc to clarify that Amber nucleic params are from Amber94 (recommendation by Adrian Rothberg)

Removed duplicate definition of md_print_warning()

IssueID #738

Commented out re-declaration of md_print_warning()

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

removed parentheses that caused problem with openmp

Changed isfinite() to combination of isinf() and isnan()

Fixed description of .mdp option to "h-bonds"

Small fixes to mdp_opt.html

Better checks for pthread_setaffinity_np().

Hard CPU affinity is set when Nthreads == Ncores.

This causes a slight thread_mpi performance gain on NUMA systems.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed NaN/Inf in acf

Windows build fix.

Added one last missing header in md_support.c

removed an natoms*natoms double loop in index.c

Fixed thread_mpi's Makefile.am to not include removed file.

Added prototypes for functions in md_support.c to mdrun.h

This fixes a number of build warnings (that are really bugs).

Revert "NUMA aware memory allocators get called (for Windows)."

This reverts commit c839ee9b0293c22a009252cea76f0dede8781c38.

NUMA aware memory allocators get called (for Windows).

Based on a patch provided by Scott Field.

smalloc.c now calls a NUMA aware allocator that allocates memory local to the
core the calling thread is running on, provided that:
- support for this is available (currently, only on Windows)
- enable_numa_allocator(TRUE), (defined in smalloc.h) is called.

This is currently only done in mdrun.c, when compiled with GMX_NUMA_ALLOCATOR

New thread_mpi library, with NUMA aware allocator for Windows

Based on a patch provided by Scott Field.

Made Gromacs compile again.

Missing references to newly moved code caused lots of undefined symbols.
I think this is related to IssueID #738

Small improvement to g_protonate, to use gmx_strdup instead of strcpy.

IssueID #589

Standardized spacing of *.ff/ions.itp and fixed some typos.

The use of tabs instead of spaces made the column alignment really
nasty so I decided to fix it.  There were also some typos and names
that conflicted with the genion help information description of atom,
residue, and molecule names, so I fixed those as well.

Removed unnecessary #includes

Deleted duplicated code

I'm not able to test either of these deletions, but as far as I can
see the deletions from md_openmm.c should be covered by the same
code introducted in src/mdlib/md_support.c.

The same should go for gmx_membed.c, but there's a lot more
duplicated code that forked a while ago, and I'm not interested
in spending more of my time to consider any differences, when
they're probably all irrelevant to the purpose of g_membed.

IssueID #738

Moved various support functions for do_md into mdlib

IssueID #783

Moved iterated-constraints code into mdlib

IssueID #783

Moved heuristic neighbor-list code into mdlib

IssueID #783

Fixed code duplication

struct globsig_t and related enum was defined multiple times
in various source files. Made a new header file to deal with this.

Fixed header #ifndef test

Revision to previous commit: fixed typo and now bugs actually show up.

Made g_protonate (partially) work.

Instead of throwing a fatal error or simply seg faulting, g_protonate
works when provided with a .pdb file.  Seems that .tpr and .gro files
cause the program to crash still, so for the meantime, I have made note
of this fact with a "known bug" in the help description.  Drilling down
through the remaining failing functions is beyond what I know about for
the moment so I'm leaving that much alone in the hopes that I don't actually
break anything.

IssueID #589

Added a few files to fix the build system.

A few man pages were missing, and I did some cleanup in
programs.txt so that it's not quite such a mashup of randomly
listed programs.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added g_hydorder.1 man page.

fixed g_tune_pme to pass correctly boolean arguments to mdrun

Revised wording in pdb2gmx.c, hopefully clearer now.

Fixed header for gmx_conect_init

Added documentation about proper use of pdb2gmx -ter.

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Removed superfluous file.

Made new programs compile with gcc -pedantic.

New entry

A few more additions to wman.c to account for symbol encoding.

Added 1 analysis tool manual.

Merge branch 'release-4-5-patches' into orderparm

Latest fixes from Bjorn Steen Saethre

Fixed g_pme_error to use MPI, but not threads.

This fixes issue #729.

fixed genbox -ci only filling part of triclinic boxes

This fixes #724

Removed useless const qualifier

xdr_zero was declared as a pointer-to-const, but was only used as
an argument to a function taking pointer-to-non-const. This provokes
a compiler warning, so I removed the useless const.

Suppressed Cygwin C-only compiler warnings

Cygwin uses newlib, which by default uses macros for things like
isupper() defined in ctype.h. Apparently, by design, these are
intended to provoke compiler warnings when called with signed char
arguments. I don't know why. Undefining these macros falls back to
function versions that accept signed int, and so produce no warning.

Updated g_energy help information.

Checks for zero-mass atoms in ED, better ordering of options in make_edi

Fixed g_cluster logic error

g_cluster was attempting to deallocate a gmx_rmpbc_t object when it
might not have been initialized. Since that object is only initialized
under a simple combination of conditions, it makes most sense to clean
up only under those conditions (as well as fix the real reason for the
segfault).

Made gmx_rmpbc_t object functions not segfault

In C++, member functions can assume that they are called on an allocated
object. C pseudo-member-functions don't have the luxury of that
knowledge about the object.

Fixed matio.c sfree() that made DvdS cry.

The error was merely in deallocating the modified pointer,
rather than the allocated one.

Fixed deallocation bug in energy history checkpoint

Fixed incorrect reference in g_tcaf.

Added Bjorn's code, implemented running average filtering.

Tons of small fixes to documentation.

These are a lot of editorial fixes (style, typos, etc) but also an
introduction of symbols in equations and normal text that I think (1)
makes the manual look prettier and (2) makes the terminology easier to
follow throughout the manual, back to earlier chapters, etc.

Lots of editorial fixes to descriptions, etc. to make the manual
a bit cleaner and more consistent.

fixed replica exchange quantity consistency check

New maintenance release: 4.5.4

The -version flag now prints more information.

mdrun -version now prints whether the binary is single/double
precision, the parallellization library used, and the FFT library.

Fixed warning arising from gmx_hbond.c

Fixed more real/double issues in gmx_density

Removed duplicated EXTRA_DIST entry in src/tools/Makefiles.am

Added back Template.mak.

Fixed real/double issue in gmx_density

Removed some template files from installation.

Various fixes for Windows builds.

Made g_sgangle fatal error a bit more verbose.

mdrun -multi, multidir and replica exchange now exchange large int step sizes.

When coordinating step numbers, multirun now sends large ints.
An MPI datatype for that is now introduced: GMX_MPI_LARGE_INT.

Multisim simulations now all stop when the first one stops.

This fixes a bug where all MPI nodes would hang once the first
simulation in a multisim finishes.

g_options source files are now properly packaged

The tool is installed by default by both CMake and autoconf

fixed bd with bd_fric>0 making all coordinates 0

fixed precision of g_traj -com for large groups

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

add pdb2gmx check for multiple .ff directories

pdb2gmx will currently always read from the first .ff directory
in the library directory search list. Therefore selecting a second
force field with the same directory name would still lead to reading
the files in the first directory. A verbose fatal error now occurs
when not choosing the first of multiple entries.
This fixes #619

fixed memory error in element setting in pdbio

Atom types without element would cause a NULL pointer to be passed
to sprintf in get_pdb_atomnumber. This could cause the memory of
pdb2gmx to get corrupted and print incorrect atom types and charges.
This would not affect normal pdb files and force fields, since all
atom in there are "real" atoms. This fixes #618

added histidine names for gen_vsite, fixes 706

More allocation fixes for NUMA allocator.

Added documentation for multidir.

Added more support for multidir.

g_membed bug #697 fix. Remove empty molblocks due to
removing these molecules

Added grompp note about avoiding zero-step EM

People try to do zero-step EM to evaluate energies of single
configurations. grompp now writes a note that this will alter the
coordinates before computing the energy, and recommends zero-step MD,
or the use of mdrun -rerun.