Removed qhop files from this branch.

Change-Id: I7b6038571caaf47313d3edcf7111b3d2d0a3420c

fixed incorrect table allocation

This caused problems after commit 553d4b13.
The bug was already in older versions, but was hidden due to
the over allocation for pointer alignment.

Change-Id: Ifc50ee66fd4e963aab20ff1231c90a472fd5c443

Fix most errors found by cppcheck

While some are only style issues (e.g. include "" instead of <>),
it includes a couple of real bugs.
- Not correct handling of '\0' termination of string
- assignment in if statement
- using of variable before checking that it isn't null

Warnings from a couple of non-critical categories aren't fixed.

To run cppcheck (tested with latest 1.53):
cppcheck -j8 `find src -name '*.c' -o -name '*.cpp' -o -name '*.cu'` \
   -DHAVE_CONFIG_H -DSIZEOF_LONG_LONG_INT=8 -DSIZEOF_INT=4 -DLINUX -I include \
  --enable=style \
  --suppress=variableScope --suppress=unusedVariable --suppress=unreadVariable \
  --suppress=invalidscanf --suppress=unusedStructMember --suppress=sizeofCalculation \
  --suppress=unnecessaryForwardDeclaration --suppress=*:src/gmxlib/gmx_lapack/* \
  --suppress=*:src/contrib/*  --suppress=missingInclude \
  --template gcc  --inline-suppr

Change-Id: I1eabfce3e6cf8a6bed0f1282868667e290159279

fixed appending OpenMP compiler option to flag list

GROMACS_C_FLAGS and GROMACS_CXX_FLAGS is treated as a string and
therefore appending to it using list append operation will result in an
extra semicolon.

Change-Id: I39f768b48bb8c029f8c7b21f0fc3c5e8c2309199

Merge "mdrun -npme without PME or with PD now generates a fatal error" into release-4-6

Merge "Vibration spectra from velocity ACF or Normal modes." into release-4-6

mdrun -npme without PME or with PD now generates a fatal error

Change-Id: I887f2030e76a2932afd2989e17d7f14acefd18b1

Vibration spectra from velocity ACF or Normal modes.

The velocity autocorrelation function can be converted into
a vibrational spectrum by performing a fourier transform
and plotting the amplitude squared as a function of
frequency or wavenumber. This has now been automated in
g_velacc with the -os flag. Likewise, an option -os
has been added to the g_nmeig program to produce a spectrum
based on the harmonic approximation.

Change-Id: I7e3d669b9108e3a91856ff20688f6216a035bf4a

Activating more GCC warnings

- Removing very odd "else" in assert to remove empty body warning
- Ideally we wouldn't need to exclude:
   - missing-field-initializers: only first 4 fields of t_filenm
     are initialized in all places. Not easy to change.
   - sign-compare: used in several places. Not sure worth to fix.

Change-Id: I137482c8c0cbdd75b6406bc6c61cffdd45af2ad8

Merge "Improve FindFFTW" into release-4-6

Make finite checks remember theirs results

* saves time on rerun of cmake
* makes cmake quiet on rerun

Change-Id: I2120d8f13d2b7c5baa52d5aa8f06d6eb9ca2bb26

Improve FindFFTW

* mark internally used variables INTERNAL
* make pkg-config search quiet on 2nd run to avoid confusion

Change-Id: I8b91adea1af8a14dffb88438fb2620df738f5a76

[tools] Move common functions from gmx_sans.c to nsfactor.c

This commit moves common functions to gmx_sans and gmx_nse to nsfcator.c

Change-Id: Ifcf8e87203dd8721bb91807cd96d0e21f797b918
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge branch 'release-4-5-patches' into release-4-6

Also fixed uninitialized variable warning in pdb2top.c with gcc 4.3.

Conflicts:
share/html/online/mdp_opt.html

Change-Id: I8e499a77a3ce71c2063f453348330e2aad38669b

fixed array index out of bounds in EM force trr storage

The partially implemented force copy was a leftover from a different way
of copying, which should never have been committed.

Change-Id: I026aa79158afcc327185f2f0cf6167d040eccede

use separate PME nodes with #nodes>18

PME nodes were used with #nodes>=10, but with 2D PME decomposition,
introduced already in 4.5, PME nodes are not faster with 12 or 16 nodes.

Change-Id: I9c5c8ac225df9d4b81f451074b74d35f002205ee

Merge "Minor formatting fixes to .mdp option documentation" into release-4-5-patches

Minor formatting fixes to .mdp option documentation

Change-Id: I71762463880e4cb650f680a2ed83125e450f003a

Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Conflicts:
admin/GerritBuild.bat

Change-Id: Ie04e9e5932aa2a154712a17efb03538648b4b817

added tpx file tag string

The tpx file now contains a tag, such that feature branches can increase
the tpx version without the risk of later having tpx files with the same
version number but different format which can not be distinguised on read.

Change-Id: I07e804133bb1e55de6f25fd355bd79a7cb2fe141

Fix pdb2gmx -cmap in corner cases

CMAP torsions are only generated when the atoms are from the same chain
(pdb2gmx -merge allows multiple chains to be present in the
moleculetype), and their residues are in residuetypes.dat as
"Protein".

Fixes #800, #885

Change-Id: Idc4f9a867beedc0be6a4c153606c0731eec86f5f

Fixed ABI warning for thread_mpi on gcc 4.6 for x86.

Atomic operation data structures are now padded to the size of a cache
line instead of aligned to the start of a cache line. This works just
as well, but eliminates a warning in gcc 4.6.

Change-Id: I8d00778dcfea41cdb518b083a9c0732e8d978c66

Merge "Use Git server (mirror) to avoid fetching problems" into release-4-5-patches

Use Git server (mirror) to avoid fetching problems

Change-Id: I144082bd01cf6a5f0583feac0e7877e8e1b163ff

Merge "changed default epsilon-rf value to 0" into release-4-6

changed default epsilon-rf value to 0

The default for epsilon-rf used to be 1, now it has been changed to infinity.
Infinity is a sensible value and gives 0 potential and force at the cut-off.

Change-Id: I3884085b687002edff4b4b96f21851e182268a55

Merge "Generate warnings for QMMM usage" into release-4-6

Generate warnings for QMMM usage

Change-Id: Ic6088f765cb0bfbb6f85e3da53421ef6a2167d94

Removed FFTw2 support

Change-Id: I04a702577ceb9f15ed9ec3fdc83bed0caef0fda1

Merge "Cmake: unite FindFFTW3* into one file" into release-4-6

Fixed an allocation issue with dH histograms.

Change-Id: Ifc6ed94d77664e3b3afb7fe8dbd1016444d86bc3

Merge changes If0c2f9d9,Ic2a8ad82 into release-4-5-patches

* changes:
  Fixed g_sham using more than three dimensions
  Integer multiplication that checks for overflow

fixed gmxcheck segv with tpr files without AdResS

Change-Id: If337862e4247b3ecada73f5d0cec20f27a0d9a50

Fixed g_sham using more than three dimensions

When the value given with g_sham -n was greater than 3, arrays used to
overflow and pick_minima() did not work. pick_minima() has been updated
to treat an arbitrary number of dimensions, but retains the particular
code for the two- and three-dimensional cases in the hope that these
are faster. The logic of the complex conditionals has hopefully been
made easier to follow without compromising performance with modern
compilers. Index variables are now of gmx_large_int_t type, as
high-dimensional cases can have large numbers of grid points very fast.

Change-Id: If0c2f9d9ceaf2b5c4c8b1a28a942fae8349fb600

Integer multiplication that checks for overflow

Integer multiplication overflows silently in C, and sometimes we need to
know when it would. For example, when computing the size of
multi-dimensional arrays, we can need to manage the case when the number
of dimensions and their size is too large to represent in the available
type.

Change-Id: Ic2a8ad820838cf314bb985511e483fc397ba35e2

Merge "Fixed bug with COM motion removal on part of the system" into release-4-5-patches

Cmake: unite FindFFTW3* into one file

* easier to maintain
* leave space to add support for fftw2
* leave space to add support for other modules like fftw_omp

Change-Id: I30e1f7a6fff26b924b29fe37a34a8ce5c5177153

renamed GMX_THREADS to GMX_THREAD_MPI

The aim is to better differentiate between the two types of threading:
OpenMP and thread-MPI.

Both CMake cache variable and preprocessor definitons were renamed.

Change-Id: Ie905a572cc9c02cacdcce6f80497a078131d253e

Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Change-Id: I13898484048384500e946fc4dddaaca3281a8819

Merge "fixed confusing nonbonded kernel pointer initialization" into release-4-6

Fixed bug with COM motion removal on part of the system

Center of mass motion removal on one group (not multiple) which is only part
of system would result in a tpr file with COM removal on the whole system.
Fixes #881

Change-Id: I181427bcad237045060000908f2c28d6e97c1ea4

Fix ICC on Windows Build

Fix NASM with NMake Generator

The workaround in parser.y may not be necessary any longer when this is
merged into master.

Change-Id: I810eec3fa4a13fd912da3832279e8ab47a62bdec

Merge remote-tracking branch 'gerrit/release-4-5-patches' into release-4-6

Change-Id: I825d441cf0d13d53ea8b460cb97e2e7775f2e8ce

Merge "Improved the accuracy of the sd1 integrator" into release-4-6

Merge "Append all ICC Performance flags only to Release Flags" into release-4-5-patches

Merge "Merges in threading branch as one squashed commit" into release-4-6

fixed confusing nonbonded kernel pointer initialization

Change-Id: I590c7c08d77491f05c798ccc4abf4de988b950f5

Merges in threading branch as one squashed commit

Implements OpenMP threading for PME

All PME (including SSE) code by Berk.
FFT, timer, and CPU affinity code by Roland.
Two bugfixes by Szilard.

Conflicts:
include/gmx_wallcycle.h
src/gmxlib/trxio.c
src/mdlib/Makefile.am
src/mdlib/fft5d.c
src/mdlib/gmx_wallcycle.c
src/tools/acf.test.c

Change-Id: I4bdd0e29caf135ba6b4cc7297640f29f0d136656

Merge "Revert "Fix ICC on Windows Build"" into release-4-5-patches

Improved the accuracy of the sd1 integrator

There was a small error in one of the coefficients of the sd1 integrator.
Correcting this makes sd1 as accurate as sd, unless constraints are used.

Change-Id: I2f71a80cc0487d92fd151c6ea4f243feb228626c

initialize adress_do_hybridpairs=FALSE by default

fr->adress_do_hybridpairs is evaluated in nonbonded.c:1028 even if
adress is actually off, so it could be used uninitialized, set it
to false for this case.

Change-Id: I6868e7ecc5c484c95483f5bc94f8205350e39028

Merge "g_sans - tool to compute SANS spectra" into release-4-6

Merge "Fixed error message to identify the correct file" into release-4-5-patches

Merge "Fixed trjconv -sub" into release-4-5-patches

Merge "Improved error message" into release-4-5-patches

Fixed trjconv -sub

If the index group contains 1..100, then clust->maxframe == 99,
and thus when frame == clust->maxframe it should be included
in the cluster.

Change-Id: I6e093d9f76d0952b31ea9ee1516bade9e9b4419b

Fixed error message to identify the correct file

When a frame exists, that file has *not* run out of frames.

Change-Id: Ief52d5a17ef73ab318f6d8e00d1f5acb71b69f52

Merge "Fix signed/unsigned warnings" into release-4-5-patches

Improved error message

Users would be confused by "Atom N3 is used in an interaction of
type atom in the topology database..." so when "atom" is the
bondtype we don't mention the fact.

Also changed variable name from bDontQuit to bAllowMissing for
consistency with variable names used in pdb2gmx when calling
this code.

Change-Id: Ie8cb3ba64f39d3746b470fa6ae44f5a6f4b6a16c

Revert "Fix ICC on Windows Build"

This reverts commit e8e495fe4317c2e489acb4e82e004afdac618e92

implemented -intra switch for g_dist (now based on release-4-6)

Change-Id: I7fc226a71bd5bd5e1be866177fbecf5dd443dbd1

Append all ICC Performance flags only to Release Flags

Some of the ICC performance flags were appended to GMXC_CFLAGS
and thus also used e.g. for Debug.

Change-Id: Iadfaa29fb347f24208e6f2406e0d1ad41f037804

Merge "Fix ICC on Windows Build" into release-4-5-patches

Changed order of parameters in top file

For linear angles. Now the distance parameter comes
first, and then the force constant, like in other
bonded potentials. In addition, the angle defined by
the same atom types but with the opposite order of
atoms now gets a modified constant (1-a).

Change-Id: I6db408be01b0cbb795edaa9943b72dbe149e3f97

Merge "Corrected use of ?: in conditional" into release-4-5-patches

Fix signed/unsigned warnings

Change-Id: I3318f06f303a08068849d820381e99267543b4f5

Made error message even more explicit

Change-Id: Ib1f2e01ca24c5fb305fe220e34797d6991c3f080

Fix ICC on Windows Build

The workaround in parser.y may not be necessary any longer when this is
merged into master.

Change-Id: I48199b55ede5d786a69c41ab008ef3055101d3b0

Corrected use of ?: in conditional

Patch contributed by Matthew Zwier to fix the incorrect use of
precedence of ?: and != operators.

Fixes #872

Change-Id: Ie4bbc3cbdaf33fc0386d12c2e142a9c076c2e946

g_sans - tool to compute SANS spectra

This tool can compute sans spectra from tpr files
using Debye method (both direct evalution of g(r) and
Monte carlo one).

Change-Id: Ia2eaed81294d0f5ddc3d79e532dc1f616fdde381
Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxy@omrb.pnpi.spb.ru>

Merge "Merge release-4-5-patches into release-4-6" into release-4-6

Merge "New approach for GerritBuild script" into release-4-5-patches

Merge "Added two new bonded functions." into release-4-6

Added two new bonded functions.

The first one implements a potential for linear angles without any
discontinuities at 180 degrees. A paper is being written about this. The
potential has [ angles ] type 9 or F_LINEAR_ANGLES internally.
A free energy option has been implemented as well for the linear angles.
The second is an anharmonic polarization function, based on the normal harmonic
term plus a forth order term, as introduced by the Roux group in
J. Chem. Theor. Comput. 6 (2010) p. 774-786. The potential has [ polarization ]
type 2 or F_ANHARM_POL internally.

Change-Id: I0497ed20baf1c1c0b2a6c2354eed77bc9ed75c6d

make gromacs manual build again

* bug was introduced in 78534fcaabfc8e3990ea50b1a798dc7713995745
* updated ref to make it consistent with the manual

Change-Id: I9664bfa5e4d6487ed664d2f38bebd1daa92496ba

Merge "document AdResS mdp options" into release-4-6

document AdResS mdp options

* 1st version
* incl. Sebastian's comments

Change-Id: Ifa5a3d979078de1e1a08d3eb3e50b80b5b71cdce

New tool that extracts dye dynamics from trajectories

Change-Id: Ie2007a60ad612938160197c0ec091e474e7091d2

Merge "Fixed timing measurements." into release-4-5-patches

Merge release-4-5-patches into release-4-6

Conflicts:
admin/GerritBuild
admin/GerritBuild.bat

Change-Id: I812540cbc8c076aae9f21c52eb035b920430e033

New approach for GerritBuild script

- Allows to make changes to build in seperate RelEng repository
- Replaces Matrix view by a linear list of configurations

Change-Id: I7f5c76805836c4cd06527b949ab7ac68f27a31b5

Revert "Replace stderr by stdout in editconf terminal output for easier scripting."

This reverts commit bc2fbe9b50a8a39a185cb6a448dea43c8ad9ed7b

Fixed timing measurements.

With the VV integrator, kinetic energy calculations are done before the
main MD loop. These should be excluded from the timing measurements.

Change-Id: Ib06b1154965735adc0ff2e20802f78d96ed6fca4

Replace stderr by stdout in editconf terminal output for easier scripting.

Change-Id: If477f6148d347fbbed16d37db62e2e12f1444ece

Thread affinity and x86 assembly fixes for thread_mpi

set_affinity_np now fails silently (shouldn't do much on recent linux
systems, anyway)
x86 asm changes for llvm compatibility.

Change-Id: Id1e71d3e693bc39f5a5e84b0e949fb41c7b7d0e3

Merge "Added CMake Toolchain file for BlueGene/P" into release-4-5-patches

Merge "Remove use of FindMPI.cmake" into release-4-6

Merge "Removing outdated vsite comment" into release-4-6

Remove use of FindMPI.cmake

The functionality of FindMPI.cmake should not be needed for GROMACS,
since the wrapper compiler will do the complete job. This already
worked for Cray and BlueGene, and so far this new version is known
to work for OpenMPI wrapping icc and gcc.

CMake now warns the user about possible unsuitable versions of
OpenMPI and MVAPICH2.

The process of managing MPI is more modular than it used to be.

To use:

cmake .. -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_C_COMPILER=`which mpicc`

or with bash

CC=mpicc cmake .. -DGMX_MPI=ON

and whatever else suits your setup.

Fixes #851 and #636.

Change-Id: Ibe41206bed8b70b83a25da1e4e29dd87b61ea17d

CMake improvements

* make CMake quiet again, when running for the second time
* remember that VMD was found before
* removed duplicate definition of HAVE_FSEEKO

Change-Id: If2a2cc600fd14e67c6169e12172e7c5aa8ebedfc

Merge "Fixed MSVC compiling with plug-in support" into release-4-6

Removing outdated vsite comment

Vsite parameters were replace by Berk in commit 14bc4ad9 by
calculated parameters. Since then the comment was outdated.

Change-Id: I6ddacfbdcf40e11db9d2d3091d9c34f4872816bc

Adds AdResS feature to gromacs

This is actually a rebase of the following commits:
* backport adress to 4.5, was ported from adress branch, which is based on the master
* update init_forcerec in gmx_membed.c due to adress
* energy terms in AdreS only caclulated for meaningful properties.
* adress variables only printed if adress is used
* grompp checks to prevent adress being used with lr coulomb or pressure coupling
* Windows/C90 fixes
* put inputrec variables into adress struct
* increases tpx_version from 74 to 75 (as enforced rotation was 74)
* rebase to recent 4.6 branch
* bAdress to false for tpx < 75 (disabled by default)

Change-Id: Ica1d121f8edb9086ac2d5d456b1037a3d57a24e4

Fixed use of isfinite and _isfinite

Implemented proper CMake tests for the above functionality.
Catered for MSVC idiosyncratic _finite() function. Removed
erroneous use of HAS_ISFINITE and HAS__ISFINITE.
Encapsulated the use of preprocessor directives into the new
gmx_isfinite() function so the programmer doesn't need to
know about the foregoing mess.

The previous versions resulted in unreachable code.

Change-Id: I7471388ed8f402c3f8b664e7846465de4b85f578

Fixed MSVC compiling with plug-in support

Fixes #598

Change-Id: I8fe274a83c4965466f1241d2237ca3e77b93b038

Fixed use of _snprintf_s with MSVC

Change-Id: I807ef17e8b4eb07861600c6a1d9d03f330f17218

Check for VMD plugins that they are at least abi-version 10

All plugins with VMD 1.8 are abi-version 10. Plugin support is
untested for older versions.

Change-Id: I98fe11313d7115d476e44bff0bc729c7380c52f0

Made use of VMD plugins more robust

Attempt to use VMD trajectory-reading plugins only if plugin
loading functionality exists and shared libraries are being used
(else dlopen can be unreliable).

Also, for helping to find those plugins, the user can supply the plug-in
path in a CMake cache variable. If not, the code can now fall back
on the run-time value of the environment variable VMDDIR, or its
value at configuration time. Previously only an explicit run-time
environment variable or a hard-coded path was available on non-Windows
platforms.

Also printed diagnostic text when GROMACS cannot tell if the
trajectory being read by a plug-in might have atom velocities.

Fixes #598

Change-Id: I44267e115267772dae2c1d754895f8ff25c98a6a

Merge "Documented the function of g_cluster -cl -noav" into release-4-5-patches

Introduced fatal error in grompp for incorrect use of settle and charge groups.

Change-Id: I02dfe3f3454a6fc329d9b5ecb2fd4b544c8d2cd1