Print base commit for source linters

Added a printout for the branch used for comparing.

Will use to see if branch point selection is working properly and to see
if the clang-tidy script picks up the warnings it should.

Change-Id: I791d2a11f98cd8e0cf0d06e92a9980cd9d038874

Fix incorrect header and linter scripts

Wrong grep flag meant that messages have not been printed.

Change-Id: I74b2088a12753d584929f9aa75ed915d400d8091

Disallow combination of gcc > 9 and IBM_VSX

The compiler flag is not detected for newer versions of gcc and can lead
to confusing error messages.

Fixes #3380

Change-Id: I0c5311325b2bf2bc08ab727eabd670115720b4a6

Fix compiler flag reporting

The C, C++ and CUDA compiler flag reporting didn't mention those added
by cmake from the build configuration, even those are always used.

Closes #3510

Fix the number of steps check when checkpoint is loaded

The check ignores the initial step in the config file, thust only
works when loading for the trajectory that was originally started
from step zero.

Use test conversion script from source

No longer install the script to convert CTest results to JUnit and
instead use the files from the cloned git source for it.

Fixes #3514

Change-Id: Ida4f2ab563601153b0b218c9bc6b7cfdb4969f01

Baseline commit

This just checks that the pipeline failure in #3507 does reproduce
before I start changing things that matter.

Add clang WA

Fix MSVC 2019 test failures

Related #3495

Fix the removal of COM velocity in case of GPU update

After the velocities are changed on the CPU to remove the COM motion,
they have to be copied back to the GPU memory.

Fixes #3508

Fix segmentation fault in do_dssp

A matrix would be initial allocated with zero size, so that a
following call to increase the size of one element would lead to memory
corruption on a subsequent try to set a value in the matrix.

Fixes #3444

Change-Id: I1892c09a8aa4c2f92156f7b1a76623df9ac62e56

Build python package for documentation builds

Fixes #3506

Change-Id: If18ed44603d685118d4b73f2ee72401028574d61

Fix warning for return type

Fixes #3499

Change-Id: I648a4b3d35618fe7c41d406c98be291ca9bd0d2f

Fix bug in source verification on Windows

The way to pass the set of directories to be used for validating the
source caused issues on Windows systems, as it replaced ":" characters
to change from strings to lists in CMake.

This caused the top level directory to be changed from e.g. "D:" to
"D;", messing up the rest.

Fixed the message passing to only pass the final directory, and modify
to full path after the set has been passed through.

Fixes #3493

Change-Id: I4076b8e87dc8d72a83af6aa0c7ab4b3366917ed0

Move configuration of global headers

Previously it was possible to get a different result from
  cmake .. && make && make install
than one got from
  cmake .. && cmake .. && make && make install
because the lmfit detection ran after config.h was generated,
so HAVE_LMFIT changed value from one cmake to the next, triggering
a rebuild of all source files that depended on config.h. lmfit
is supposed to fall back on the internal version, but did not,
so this is buggy. It's also very inefficient with compilation
in some workflows.

Fix copyright header

Change-Id: Iab87aaf00ab6433a3fe616c4836595afa17c8907

Fix MSVC 2019 warnings

Use branch point also for format and copyright check

Change-Id: I16a9df11223426a40e6e138ee9f3793e700ae06e

Fix parallel testing

Change testing to be more robust in threaded setups.

Also change on merge test to use real MPI to make sure this works
correctly.

Change-Id: Id78b213291bf7cc225fc2564a23f0d85362467fd

Fix warnings for no-mpi build

This build configuration gave warnings when combined with
clang-7 in the docs build.

Change-Id: Ic874769bcd627710798633be742dbbe80d78b791

Copy of CI from master to 2020

Adjusted branches and build images.

Change-Id: I28d011a003119870c41e434cef623765ddc6ace1

Reintroduce LJ Ewald tables

Fixes #3470 by reintroducing the LJ Ewald tables.

Fix line overrun in log file

Fix expanded ensemble on checkpoint restarts

Fixes #3465.

Also adds a release note, and sets StartingBehavior const in ISimulator
to make its behavior more obvious.

Fix minor bug with tools time-unit conversions

Attempting to use output times of microseconds or longer
produced strange results, since a bug introduced a
decade ago in bc23d95b

Set buffers appropriately so .xpm files can be read.

Closes #3455

Fix release builds on Gitlab with regressiontests

Change-Id: Id6465d545d350b8c0d89aecd37d3568dca510d8b

Add Documentation build to script

Also some misc fixes, e.g. was missing Python development headers.
TSAN now also allows running static analyzer.

Change-Id: I9b363858e48b6d451c9ee43346189f9ff27e4c47

Add script to generate CI Docker files

Refs #3395

Change-Id: Id001c87b52f4d1f7afcb7fbb38cd4b5efdbfd90e

Fix DLB initial state reporting

Missing entry in the array of state strings means that the initial "on"
and "auto" states were incorrectly reported.

Change-Id: Ibad25272d168894a6590b0050102ec02ba8171ed

Add required Infrastructure for Gitlab merges

See test merge request here:
https://gitlab.com/gromacs/gromacs-testing/-/merge_requests/16

Also adds runs for regressiontests to normal CI.

Change-Id: I7bcb62cd3f2120f1d2e80b2f8a2ec1e328626902

Fix image mixup for GItlab doc builds

Change-Id: I1e8187b58abc52ca562d2f549a151b64ca497fd2

Disable Ewald dipole correction without DD

Refs #3441

Change-Id: I492cd136b41e57b3e2198c1f0717177fb4d46a7c

Distinguish Docker images for different release requirements.

Free up the image tag namespace for granularly describing image
revisions (and create smaller image repositories) by using the matrix
slug as the image name. Tag images with the major release number (2020).

Refs #3395

Change-Id: I917f511c8bc11c4cedf85943eb7388ce0d5f9740

cmake: use libsuffix on gmxapi as well

Related to #3408

Change-Id: I2f5648321bdea1f1d564b738783092a709429fa8

Manage the list of image tags in Docker build script.

Supports flexibility in future handling of built images.

Refs #3395

Change-Id: I207911f190a57cbc4671777b5b92827aa6d3904a

Add clang-tidy script

Change-Id: I4e3ff318681b562c0941c88360d2381747348517

Fix seg fault caused by unintended GPU PME coordinate send

Avoids attempted communication when same rank has PME duty, fixing bug
introduced in ddbaf0b92c85b36e86d60c2cc515db86617cd57d.

Fixes #3409

Change-Id: Ice2ad2d0c17cff7b122a679a5f18dafc85e3075d

Prepare for 2020.2

Reset DOI strings

Change-Id: I8a269a8537595d1070c50cfc31c610f2133618b2

Version 2020.1

Set DOI strings.
Updated regressiontest hash.

Change-Id: I2fa83321688bf052516bab3301336d8b3145e458

Always hash files when building from release tarball

The CMake logic to check if the source files in a release tarball have
not been modified has not been robust enough in cases where people first
run cmake to generate the build directory and then later change files in
the source tree.

The build has now been changed to be more in line with the development
builds, where checking for modifications is happening in all cases.

Fixes #3302

Change-Id: Id54c529bfbe51191ed5262d8da05897b2f53c057

Allow PME coordinate send before H2D coordinate transfer

The introduction of the GPU PME-PP communication functionality had the
side effect of delaying the PME coordinate send until after the H2D
coordinate transfer, even on the default code path. This patch allows
the PME transfer to occur in its original location when the send is
not originating from GPU memory. This is a lightweight solution,
without any new functionality, suitable for the release branch. (There
will be a more comprehensive change in the master branch which also
extends the GPU PME-PP communication functionality.)

Implements #3159

Change-Id: Ic30c154e04bb4c2846bbad3de603f879a71b9133

Add Cuda build to gitlab CI

Change-Id: I7e5917fd26c0e22107fb6d9ade4ca69959737df4

Fix center of mass motion removal with frozen atoms

When frozen atoms were part of center of mass motion removal groups,
they would still contribute to the mass of those groups. This meant
that the COM velocity correction was (slightly) too small. Now
completely frozen atoms are removed from COM removal groups by grompp.
When atoms are only frozen along one or two dimensions and part of
a COM removal group, grompp now issues a warning.

Also fixed an nullptr or incorrect string buffer passed to warning()
with invalid freeze group dimension user input.

Fixes #2553

Change-Id: I20a03fea511e75a131cb27880acc1f4ee4a2bfb8

Update the message on whether update and constraints are offloaded

Update and constraints are done in PP task, which is now indicated
in the printed message.

Refs #3292

Change-Id: Id3ad64c424cca6ab5e678a90db767a1c3d43b014

Fix grompp unbound atom check

The check in grompp for unbound atoms would check for any
potential (and constraints) instead of only potentials involving
two atoms. This enabled false negatives.

Change-Id: I677b86a4e4bbe8cd0c6a8a0bf43983be622edfa6

Fix nrdf with partial COMM removal

In the uncommon case where the center of mass motion is removed for
part of the system but not the whole system, the number of degrees
of freedom for the part without COMM removal would be incorrectly
lowered by 3.

Fixes #3406

Change-Id: I371bcfbbd6cf7ddddccb9234752128239bad356f

Fix too small pairlist buffer on Intel GPUs

The pairlist buffer generated for Intel GPUs was slightly too small,
because it assumed a 4x4 atom-cluster pair kernel instead of 4x2.
This also fixes incorrect kernel setup messages in the log file.

Fixes #3407

Change-Id: I744f98a934b5d9f60e0708cb064571aa6e389c44

Revert "Remove frozen atoms from VCM groups"

This reverts commit 3a93c3a8ed49d20b47aed181d98f64921b864a3d.

Reason for revert: Change is incorrect

Change-Id: I808655e109e1da7ce37a59c1d55dabd059a32bb7

Remove frozen atoms from VCM groups

Atoms are removed during preprocessing.

Also add release note missing for previous patch.

Fixes #2553

Change-Id: I4fd52d50a9ef3af4ed11f9b507902d4ac59ed487

Merge branch release-2019 into release-2020

Resolved Conflicts:
cmake/gmxVersionInfo.cmake
src/gromacs/ewald/pme.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_disre.cpp
src/gromacs/gpu_utils/gpu_utils.cu
src/gromacs/hardware/gpu_hw_info.cpp
src/gromacs/hardware/gpu_hw_info.h
src/gromacs/mdrun/rerun.cpp

Change-Id: I2a89270a1321a51e0bc25e2b6890245f562945a2

Define all CPU NB kernels

Access to kernels that where not defined could otherwise lead to
undefined behaviour.

Fixes #2728

Change-Id: Ib014cfd0dbc46961eb4e6a81acb3e06d57c3df73

Moves call to choose best performaing kernels to pme_gpu_reinit_atoms

atoms.nAtoms is zero when pme_gpu_reinit is called, resulting in
the useOrderThreadsPerAtom and recalculateSplines always being set to false.

Refs #3189

Change-Id: I36d4be71565cfe8cd8e50fbe6cfe1035f3e15c8e

Version 2019.6

Set DOI strings.
Updated regressiontest hash.

Change-Id: If7c04fbd26756275daea1c252ef977a367669b42

Loosen gmxapi stopsignaler test

Gmxapi stopsignaler test was checking whether simulations were stopped
on the step after a stop signal was set. This is true for the legacy
implementation, but only due to the exact order of instructions. The
StopSignalHandler does not guarantee to stop simulations at the next
NS step after a signal has been set, it promises to stop a simulation
at the next NS step after a signal has been communicated. This change
loosens the criterion to reflect this.

Further, this change
* Changes the numberOfTimesCalled() function to timeElapsedSinceStart(),
  also including a different treatment of the call before the restraint
  is ever called, to avoid misunderstandings.
* Adds a comment to explain the expectations validated by this test.

Fixes #3397

Change-Id: I2a3805a14c03d0ee12ebd21b5863c5243b1c3671

Use legacy code path for t_graph (modular simulator)

This change redirects simulations which will require a t_graph object
to the legacy code path. It also adds an assert to catch cases in which
the redirection would fail in a more graceful way.

Fixes #3389

Change-Id: I17a70e504c206b2798cd2439c0c0ff5d5cd112e3

Extract and expose function to determine whether molecules are broken over PBC

This prevents code duplication in the child change I17a70e50. This
is pure refactoring with two exceptions:
* Checking for orientation restraints is changed from
    fcd->orires.nr
  to
    gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_ORIRES)
  This allows to use this function before the force constant struct
  is built. An assert is added to make sure this never get out of
  sync (which would hint to something going very wrong somewhere else...)
* A `if(fplog){}` around a single GMX_LOG(mdlog.warning) was removed.

Change-Id: I6303c6b1cab86c57971a1486c892a1b122a446c6

Fix constraint contribution to dhdl (modular simulator)

The contribution to dhdl from the constraints was not added under
modular simulator.

Refs #1255

Change-Id: I804f52eeb97a17ae0d233700203da1db33a54d54

Avoid mdrun terminate due to GPU sanity check errors

When a GPU is a exclusive or prohibited mode, early detection calls can
fail and as a result an mdrun run abort with an error, even if all GPU
offload is explicitly disabled by the user.
This change adds a status code to handle the case of devices being
unavailable.

Additionally, other errors may be encountered during the dummy kernel
sanity check (e.g. out of memory), but since the change that switches
to using launchGpuKernel() wrapper did not handle the exception in the
sanity checking, this can also abort a run even if the GPU in question
is not selected to be used.
This change adds code to catch the exception this and report the error
and avoid abort the run.

Fixes #3178 #3399

Change-Id: I0cdedbc02769084c172e4a42fe5c1af192007cec

Document NVIDIA OpenCL broken on Volta and Turing

Refs #3125

Change-Id: Id200c1092b279d45a97b98c6fe1d03c2ffb14fb0

Remove outdated PME-GPU limitation in user guide

PME GPU is supported on all compatible GPU platforms and vendors.

Change-Id: I8b054825d4c6a2d030b87fe4b6a9be759911c9f6

Fix calculation of reciprocal terms in rerun

This at least temporarily fixes #3400.

Change-Id: I04d67d9bb3edbd66049573de71940e4bb7fa1ad4

Fix out of sync checkpoint files in simulations sharing state

When multidir simulations share the state, the checkpoint files
of the different simulations should all be from the same step.
To ensure this, MPI barriers have been added before renaming
the checkpoint files from their temporary to their final names.
So now the contents can never be out of sync. In the worst, and
rather unlikely, case that something going wrong during renaming,
some checkpoint files could have temporary and some final names.

Refs #2440.

Change-Id: I88088abb726a36dbf9a9db2fa2eb4a46c3bf2cd7

Improve GPU update tasks assignment consistency

GPU update task assignment was not consistent with the assumptions and
supported features of the 2020 release and did not implement the correct
checks and fallback in cases where GPU update was decided to not be
supported. Specifically, this change makes sure that when separate PME
ranks are used, without direct GPU communication for PP-PME, GPU update
falls back to the CPU.

Fixes #3354

Change-Id: I7c9dd67cd8cf61f0201b626b8b7674917e3365a5

Avoid integer overflow in dispersion correction

Index could become out of range and turn negative.

Fixes #3391

Change-Id: I91a8ea0ab01370fb972c02994e2b996284e1d06a

Document density-fit cross-correlation in .mdp options

Add missing documentation about cross-correlation as
similarity measure for density-guided simulations.

Though documented in the reference manual, it was until now
not mentioned in the .mdp options.

Change-Id: I2a5a13ca6fb0a15e8c2ff1cba6a6edbe0182053d

Revert "Expose vsite counting"

This reverts commit 2078fd0619459bd533a94550d5754477dbbaabaa.

Not needed in fact.

Change-Id: I238d33e23e3b508ec0c77a5c43f67e5838950f34

Fix clang-6 image template

Overlooked this when merging 1093dfa9ba24329162179a3fcbcbb8c491ab9543.

Change-Id: I85d5b852ab5d565289d64dd21ade09dabd4115c4

Fixed bug in gmx disre due to inconsistency in input.

The gmx disre program used the labels in the distance restraint entries
(see manual) as an index in internal arrays. This might lead to either
memory errors or the program stopping due to uninitialized variables.

Fixes #3384

Change-Id: Ic2d77c3fd81547e030bf7ce21860a71e3adbb2b3

Use legacy code path for NMR restraints (modular simulator)

Fixes #3388

Change-Id: I03db8af35d71c7405716e73516c4235fc089334c

Correct for skewed box in non-DD modular simulator

In modular simulator, the correction for skewed boxes was only performed
when DD was active. This change makes sure it happens in all cases.
Also left a TODO to think about unifying the approach for the two cases
moving forward.

Fixes #3383
Refs #3392

Change-Id: I897dbc9e490bb1a1e465e711c66b47a29e214fd1

Add fatal error when multisim runs sharing state have different init_step

Refs #2440
Fixes #3990

Change-Id: I052cd53dc9517a3df53663e52720ee5a80ea65c0

Simplify GitLab CI Dockerfiles.

Consolidate some docker build instructions into distinct images for
the base dependencies, the various toolchains, and the docs build
environment. Combine Dockerfiles that only differ in toolchain version.

Total image size is prioritized over total build time by making all
apt-get layers include update, install, and cleaning in single RUN
commands, where intermediate layers are part of the tagged images.

Made images both for clang and gcc builds of the documentation.

Refs #3263

Change-Id: I55d6a128067f78214193223756db94a1964c491d

Fixed bug in orires code that was checking too strict.

Fixes #3375

Change-Id: I0f64b386477b9a72f18c95fd977ac8cf5dbeeccd

Fixed bug in orires code that was checking too strict.

Added one test to see that input is accepted.

Fixes #3375

Change-Id: I0f64b386477b9a72f18c95fd977ac8cf5dbeeccd

Fixed typo in GMXRC.csh.cmakein

A bashism crept into a csh file.

Refs #3381.

Change-Id: I2f11e027db2804ee850f93a2d18de8ad427abc8e

Fix gpuudpate and gpucomm matrix docs

Improves the outdated documentation/description of the matrices
clarifying the use/role of these.

Also removed gpubufferops matrix which is not needed in the release
branch (the feature is automatically triggered when required by some
other features).

Change-Id: I097e1d6b150767a95b9d638b3c6031a24ece995f

Expand test coverage of exact continuation tests

The exact continuation tests were not covering the new
Parrinello-Rahman functionality of modular simulator, nor the
berendsen-berendsen NPT case using md-vv. This change fixes this.

Fixes #3377 (fixes point 4, last task on the list)

Change-Id: I3bcd072969259383dd1812d425dd7b3baee5bd85

Fix reading of checkpoints with Parrinello-Rahman (modular simulator)

Using modular simulator, simulations using Parrinello-Rahman barostat
could not be read from checkpoint, throwing an error in the checkpoint
loading routine. While the legacy implementation of the P-R barostat
required the pressure at the previous step to be checkpointed, the
modular implementation does not require this. load_checkpoint is,
however, expecting this field to be present and throws an error.

This change fixes this by setting the globalState flags in dependence
of whether the modular simulator will be used, avoiding read_checkpoint
to expect this entry.

Note that tests ensuring this bug not to reappear are introduced in the
child change I3bcd0729.

Refs #3377 (fixes point 3)

Change-Id: If8afd294b8c79ceef66e71293d9d93cf2f7d0df8

Fix Parrinello-Rahman scaling on initial step (modular simulator)

If Parrinello-Rahman scaling was requested on the first step, it was
not properly initialized. The setup routine would have correctly
(although non-obviously so) calculated the scaling matrix, but have
requested the propagator to use the scaling one step too late.

For new simulations, this never happens (since scaling happens on the
second step, not the first). It could, however, lead to slight
errors if restarting from a checkpoint occured exactly on a scaling
step. As restarting from Parrinello-Rahman simulations using modular
simulator was broken anyway, we can be sure that this has never
happened in practice.

This change fixes the bug, adds explanations of what happens on the
initial step, and makes the function calls more explicit (at the cost
of a very small amount of code duplication).

Refs #3377 (fixes point 2)

Change-Id: Ic3ba7ba078260a9d039d506fc0a87353f80d23dd

Move modular simulator decision before checkpoint loading

Currently, the decision on whether to use modular simulator is done
relatively late during the runner stage. This makes it impossible to
allow for different behavior at checkpoint loading time. The current
change therefore moves this decision before checkpoint loading time.
To achieve this, some adaptations were needed:

* Use gmx_mtop_interaction_count to determine whether virtual sites
  will be used before the respective object is created.
* The membrane embedding check via pointer is replaced by a boolean
  set earlier during the runner phase.
* The essential dynamics check was split to catch command line inputs
  during the runner phase, and mismatching checkpointing data during
  the simulator phase (mirroring legacy behavior in do_md()).
* Replace the ensemble restraint check by a low-level alternative
  for the early runner call (mimicking the distance restraint
  initialization), while keeping the current check for the
  simulator-level call. Note that as multi sims are disabled, this
  low-level test will effectively never fail, but the additional
  clarity is helpful in further development. The later test ensures
  that changes to the init_disres() don't make this check invalid -
  if they would ever get out of sync, the simulations would exit with
  a fatal error.

Refs #3377 (fixes point 1)

Change-Id: I635e033db51d6ecc8bf121c72730a121e04586dd

Fix checkNumberOfBondedInteractions bug

When checkNumberOfBondedInteractions finds a missing interaction, the
program is not exiting because a function enclosed in a logging statement
starts a global reduction, but is only ever reached by master.

Fixes #3373

Change-Id: I9a0faa790595a7ea59db561a20246a76857435a1

Expose vsite counting

This allows to check whether vsites are present before the
respective object is created.

Refs #3377 (prepares point 1)

Change-Id: I8273daf38d46e2f052573f48323b5b6137965e9f

Fix incorrect GPU update task assignment fallback

This change fixes the incorrect fallback condition in the GPU update
task assignment. This also eliminates the assertion trigerred in do_md()
where the correct form of the check is asserted on.
Since the fallback path only triggers when the GPU update would be used by
default this only affected runs with GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_GPU.

Change-Id: I8b2b506fa998b6ed5e6d6d8ae4b78e27006df199

Avoid dev flags in triggering gpuupdate nightly matrix

The GPU update release feature should be tested independenly from the
experimental features which were all enabled for the "gpuupdate" nightly
job. This change removes the GMX_GPU_DD_COMMS and GMX_GPU_PME_PP_COMMS
as well as the unnecessary buffer ops env var.

Refs #3354

Change-Id: I777f6996ca5b1ae1b3e7f787c18d82f605035e47

Avoid (re)initializing GPU update without DD

Unless repartitioning happens the GPU update-constraints module's
expensive initialization only neeeds to be called once.

Fixes #3358

Change-Id: Ic2a147985da5907961a3e3277110bbae52e6cadc

Bug fix to avoid passing null object into cudaDestroyTextureObject

In the initial dummy context creation sanity-check part of the
simulation, a null object is passed into this function. This can cause
runtime failures with certain versions of CUDA. This change only calls
the function when the object is non-null.

Change-Id: I8118f6086fa2227c8dc697e4634878a12fe3676f

Actually fix PME forces with FE without perturbed q/LJ

PME would incorrectly ignore the mesh forces on perturbed atoms when
no charges or LJ atom types were actually perturbed.
This is because the "fix" in commit 12f01f79 incorrectly changed the
lambda value used for the PME forces from the actual lambda value
to 1 instead of to 0 as it should have been.

Fixes #2640
Fixes #3359

Change-Id: Ib19565bf017ddbd2fddc66c52be0ff9efc7e707c

Actually fix PME forces with FE without perturbed q/LJ

PME would incorrectly ignore the mesh forces on perturbed atoms when
no charges or LJ atom types were actually perturbed.
This is because the "fix" in commit 12f01f79 incorrectly changed the
lambda value used for the PME forces from the actual lambda value
to 1 instead of to 0 as it should have been.

Fixes #2640
Fixes #3359

Change-Id: Ib19565bf017ddbd2fddc66c52be0ff9efc7e707c

Workaround for Gitlab archive size

Refs #3361

Change-Id: Ie1911501ce45a67d412b60aede7335b0acd3a786

Fix deadlock in PP-PME balancing startup delay

The condition whether load balancing should start included a per-rank
computed fixed time-delay. Therefore different ranks could evaluate this
condition differently resulting in a deadlock.
This change fixes the deadlock by broadcasting the result of the time
delay check.

Fixes #3335

Change-Id: I39ebc7e99483a6837bdbd79e312148384c1966b3

Use utf-8 for python file reading

Avoids crashing on non-ascii characters

Also needed in release-2020 due to https://gitlab.com/gromacs/gromacs/pipelines/111716110

Change-Id: Ie489110bbe37619d36f8feb739e04ef60cccff16

Fix DD rank count prime check

The domain decomposition would refuse to run with large prime factors
in the MPI rank count even when the grid was specified by the user.

Fixes #3336

Change-Id: I92f20ce18f314db68890650e76741b0ee70c05df

Fix a couple of commas in cool quotes

A couple of commas between the quotes and their authors went missing.
Due to a random nature of cool quotes, I am not sure if this have
any consequences.

Change-Id: Ifb79557efc3fd3d8d75dd0a6566cccc7e5a43ea4

Fix PME checks in GPU update assignment decision

The decideWhetherToUseGpuForUpdate() function performed a check on
whether PME is on GPU, but neglected to check if PME is actually
active. Therefore, cases without PME (e.g. reaction field) were
unintentionally being prevented from running update on GPU. This change
adds a check whether pmeRunMode != PmeRunMode::None

Change-Id: Ic49f99b2e2afddabd7e2c8e68ab3d6d9325dc07a

Fix illegal memory access in PME communication

Depending on the compiler, mdrun could exit with an illegal
memory access error when a PME rank communicates 0 atoms with
another PME rank.

Change-Id: Ic1a08903f53c3d0b655ed5475ad99024979b461e

Clarify COMM/posres grompp note

In the common case of equilibrating a macro-molecule using position
restraints, grompp will issue a note about COMM removal when using
default mdp settings. Added a sentence that says that it is likely
not an issue in this common case.

Change-Id: Ide8b75664c4da3789c6661d8d69f855f9abea4e0

Fix documentation error with doxygen >1.8.16

Fixes #3280

Change-Id: Ia41e080ea5ee4bc393d1e0240fc56958d81f6c68

Actually fix Gitlab doc build

Was still failing after 658765317fd94df5d534c039462be03ab3839067 got
merged.

Actually fixes #3278

Change-Id: I747fe5c677864d1f50ab97d0eda38c68a6085b45

Fix bad link in developer docs

Also made sure that error gets caught by the Gitlab CI runner.

Fixes #3278

Change-Id: I36b73a4322c69242eef3dcefa6684ef973b1bd01