Merge branch release-5-1 into release-2016

Skipped 9e6144061f4f as instructed by its commit message.

Change-Id: Ie275096b0e99723b56747f46f5ca667d9f84b5f0

Corrected documentation about eigenvalue handling

Some file format docs were out of step with the implementation in
eigio.cpp.

The behaviour of gmx anaeig -eig -eig2 was not properly documented.

Change-Id: I55c4a0ab640f026e6e8a424203d54379e634a5b6

Improve build system for plugin support

The mdrun-only and prefer-static-libs builds set the default for
BUILD_SHARED_LIBS to off, which silently disabled plugin support.

Converted GMX_LOAD_PLUGINS to tri-state ON/OFF/AUTO so that if the
preconditions for support are not met we can have suitable behaviour
in each case. We now write to the status line only when something
relevant changes, and issue a usefully descriptive fatal error only
when the user's request cannot be satisfied.

Renamed and reimplemented VMD_QUIETLY as EMIT_STATUS_MESSAGES.

Moved the reorganized code to its own source file.

Refs #2082

Change-Id: I0ad2d8423abbc8d8cb409e74325f2b00831644ea

Fix syntax in cmake status message

Change-Id: I9ab793fe7d11e979fbc1cbd5ab3ec8ed6189dbb8

Improve include sorter error reporting

Change-Id: I5fe5d1ad6a4001cff6ae8a2b109e831c5e3eb433

Handle warninp correctly in xpm2ps and membed

The code should not (over)write the output file before checking for
errors. For membed, it is useful to require the user to fix issues in
their input file before we unilaterally over-write it.

Called done_warning where it was omitted, which in the case of membed
meant that errors were not fatal when they should be.

Change-Id: I3c87f6bd99691b12d66906df3cc9980373429439

Fix misleading parallelization docs for gmx wham

Change-Id: I5bbadc4fc9b9af6bcd2a6ea1a848eae262e4fd8c

Add bonded #thread runtime check

Replaced a debug assertion on the number of OpenMP threads not being
larger than GMX_OPENMP_MAX_THREADS by fatal error.
But since the listed forces reduction is actually not required with
listed forces, these are now conditional and mdrun can run with more
than GMX_OPENMP_MAX_THREADS threads.

Fixes #2085.

Change-Id: I7a6049d727924cd0b4df10a3525f9e7aec49c3dc

Build scripts for improved release workflow

Add build scripts to support extracting version info from
gmxVersionInfo.cmake, and to update the regressiontests MD5.

Part of #2066

Change-Id: I916439c1be26823b4e366aea4e7fcded6de21659

Fix logic of TRR reading

Commit f7d4d019 introduced a bug where TRR reading reaching the end of
the file was indistinguishable from a reading error or a magic-number
error. This is now fixed, restoring the end-of-file behaviour that
existed before f7d4d019, while retaining the wrong-magic-number
behaviour that it introduced.

Refs #1926

Change-Id: Ic8540846c481f022bc6ae7b774794792c8c7a523

Turn off hwloc support when static lib found

Hwloc dependencies are not resolved at CMake time when static
libwloc.a is detected and in most of these cases link-time
errors will prevent building GROMACS. As it is hard for a user to know
how to solve such cryptic errors and hwloc is not a required dependency,
we turn off hwloc support when a static lib is detected. The user can
override this on the cmake command line.

Refs #1919

Change-Id: Ic3917e2e59ee4c291b78ee47150e513ae77ced85

Fix possible memory error with long selections

If a selection was more than 1000 characters long and there was a
whitespace exactly at the 1000 point, a buffer overflow could occur.
Replaced the buffer with std::string, simplifying the code
significantly.  Update the generated code to use a newer flex, which
also removes the need for some suppressions.

Should fix #2086.

Change-Id: I56513bcf5ee99f05ce144461740d0f868be10186

Make editconf B-factor attachment more useful in practice

B-factor values will be added to residues unless an index is larger
than the number of residues or an option is specified. Protein residue
indices can start from any number and, in case they start from a large
number, there is no way to add B-factor values to residues.

This patch changes it to add B-factor values to residues unless the
number of B-factor values is larger than the number of residues.

Change-Id: Ifa67d6d6b5dc0f31e5b0d270ce255aece5ac7247

Fix use of position variables with plus/merge

If a selection contained a position variable (e.g., 'com of ...') that
was used more than once, and at least one of those uses was with
plus/merge, there were out-of-bounds memory writes.  This was caused by
the internal position structure not getting fully initialized.
Incomplete initialization happens in all contexts with such variables,
but only plus/merge (and possibly permute) actually use the values that
remained uninitialized, which caused them to incorrectly compute the
amount of memory required to store the result.

Fixes part of #2086.

Change-Id: I016e796db268a11d557309935c02cbd1bc79a83c

Fix memory handling in gmx dump of TNG files

Calling code in dump.cpp did not free the memory used in each loop
over different TNG data blocks. This is also more efficiently and
simply done with srenew, along with a final sfree.

Change-Id: I0fbfdc9acf3bc5f498ec3ec9b15da1c59bf4c271

Remove undue narrowing of integer in TNG reading

This compromised the reading of TNG trajectories with sufficiently
large numbers of frames. Both types are 64-bit integers so we should
just do the obvious thing.

Change-Id: Id8dcaacc35231c6b4737d9924f70da3ac29e7408

Fix minor trjconv bug

gmx trjconv -novel -f in.pdb -o out.pdb did not work as was probably
intended, because ftpin had an excessive large scope plus a default
value, and was only set by the -vel path (which fortunately is the
default).

Minimized scope of ftp while I was there.

Change-Id: I6b7dadc109834384f6cfb19f61258fa30d52ef80

Additional selection help

- Explain resindex and resnr keywords in selection help.
- Explain how selection-enabled tools treat -s and -f input files.

Fixes #2083

Change-Id: I93e38c46a2bdb35f057688cf29fb3392712c2443

Correct kernel launch bounds for CUDA sm_60

The GP100 architecture has half the SM size (64 ALUs) compared to 5.x
hence 64 threads/block already achieves maximum occupancy and the
incorrectly tweaked launch configuration is not optimal. This change
reverts the incorrectly increased block size in cc4214a.

NOTE: cherry-pick of b04a53c, skip when merging.

Change-Id: I5f269e609a5a095b93a44f43a6e67a0de40a38c7

Increased the default reset step to 1500 in gmx tune_pme

Commit 785aad1a introduced a gmx_fatal() in mdrun for cases where
cycle counters are reset when PME tuning is still active. In
almost all cases, tuning takes longer than 100 steps (which was
the default at which gmx tune_pme would request mdrun to reset its
counters). This leads to gmx tune_pme reporting that all the
runs failed. Note that the small default of 100 steps was from times
where there was only DLB to account for, but not PME tuning.

With the increased default, this should happen only very rarely.

For future versions it would be nicer to implement a "-benchmarksteps"
command line parameter for mdrun which resets counters exactly after
PME tuning is finished and then performs a requested number of
benchmark MD steps. Refs #1781

Change-Id: Icbcce1ecc8a23d35302c04c9a6be13c06b1be8c8

Fixed typo in membed.cpp

Fixes #2076

Change-Id: Idcebb45ee85b478d7863ac55eb5cef62a2109bb8

cmake: fix build with GMX_EXTERNAL_TNG=ON

tng_set_source_properties is not defined in case of GMX_EXTERNAL_TNG=ON
due to the fact that BuildTNG.cmake never gets included. Also this
call isn't really needed tng doesn't get compile when external anyway.

Change-Id: Id3c7e0da55ce9ef8cf43d2aecaa187e965bf6ad2

Fix x86 conditional

The CpuInfoTest.SupportLevel testcase fails on s390x because wrong
condition in src/gromacs/hardware/tests/cpuinfo.cpp is used. Fixed
this by setting GMX_TARGET_X86 to 0 or 1 in all cases, both for
GROMACS CMake detection and GROMACS build.

Fixes: https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1390149

Refs #2072

Change-Id: Id50fd65c6228a25f2bb2eca684d680a2b34d2263

Fix time label print in gmx vanhove

Change-Id: Ibf668e46622c2739ae44f950d1bbfadbbb67b276

Bumped version to prepare for next patch release

Change-Id: I5f72d87d3b0ed4c06edade7188471ea12ed31046

Version 2016.1

Bumped regressiontests hash and minor soversion as usual.

Change-Id: I339d70a29553be8662a2a5d3ebb1a11d8361af34

DLB can now turn off, when slower

Under certain conditions, especially with (shared) GPUs, DLB can
decrease the performance. We now measure the cycles per step before
turning on DLB. When the running average of cycles per step with DLB
gets above the average without DLB, we turn off DLB. We then measure
again without DLB. DLB can then turn on again. If we turn on DLB of
DLB multiple times in close succesion and we measure performance loss,
we keep DLB off for the remainder of the run. This procedure ensures
that the performance will never deteriorate due to DLB.
Updated and expanded the DLB section in the manual.

Change-Id: I6e0291c1a41adf6da94fae46d36e0fcb95585a02

GPU-related additions to the install/user guide

Additions:
- clarification of OpenCL compile- and run-time dependencies;
- rewrote info about OpenCL-enabled run requirements / peculiarities;
- added section on reducing overheads in GPU runs (related to both
  CUDA and OpenCL).

Change-Id: I310ab5605b46b4ed90db87d4ce022005c9b26419

Fix DLB timing with CUDA and OpenCL

With OpenCL the time for the local non-bonded to finish on the GPU
was ignored in the dynamic load balancing. This change lets OpenCL
take the same code path as CUDA.
Also the cycle wait limit of 50 Kcycles was far too small for both
CUDA and OpenCL. It now 2 Mcyles, based on measurements.
Note that with OpenCL we should have access to accurate host and
device timing (unlike with CUDA), but we will not use that in
a release branch.

Change-Id: I5b401fdeae7ab0b426a33baf01a3dbeb7d0d924e

Make -cl-fast-relaxed-math default

The change makes fastmath default and changes the previous env-var
trigger to GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH to allow disabling it for testing.
It is known to be faster on all supported platforms (and we use it in
CUDA too) and it has been planned to be enabled for the r'16 release.

Change-Id: I8d196c9a14785ff43aae144ed95c3cb29241c83b

Add GMX_DISABLE_GPU_TIMING env var

It disables timing for both CUDA and OpenCL so on the long run
it can replace both.

Change-Id: I3556d87c135eba2e24935e77a0d608b72219b284

Update install guide

Some recent traffic on gmx-users suggested some
improvements.

Change-Id: Iaaf116ebf582755a466048aed1cd30bc123dc817

Fix SIMD suggestion for VMX

Change-Id: Iebf55611512bf02d2a1a5780a1d6c05ce4b16023

Set maxwarn to INT_MAX if GMX_MAXCONSTRWARN < 0

maxwarn is set to the value of the environmental variable
GMX_MAXCONSTRWARN, and we tell users to set that variable to -1 to have
no maximum. This condition was not being checked, so when set to -1 just
1 SETTLE warning was enough to halt the program. This commit fixes
that behavior by setting maxwarn to INT_MAX if GMX_MAXCONSTRWARN is -1
(or any other negative number).

Fixes #2058.

Change-Id: Ie6e2cb57f8402dd9a327f72f7fad36db19b8bb68

Fixed print bug in gmx wham

Change-Id: I1957d1213498c25dff0f9257a51aa89af8cf03b8

fix typo

Change-Id: Iee8170173b5c4f02361e588260985d7ddf24f198

Update for FFTW 3.3.5

The auto-download now gets FFTW 3.3.5 and builds it properly,
including with --enable-vsx when GMX_SIMD is set to VSX, i.e. for
Power8, and --enable-avx512 when GMX_SIMD is any of the AVX flavours
(which is safe on non-512 now, works on KNL, and is presumed useful
for future AVX512 architectures).

Note that 3.3.5 does not automatically add avx and sse support if
configured with --enable-avx2, so changed the documentation
accordingly.

Change-Id: I2a48ec1cb4f812dcae18870e0afcaf1120da251b

Correct kernel launch bounds for CUDA sm_60

The GP100 architecture has half the SM size (64 ALUs) compared to 5.x
hence 64 threads/block already achieves maximum occupancy and the
incorrectly tweaked launch configuration is not optimal. This change
reverts the incorrectly increased block size in cc4214a.

Change-Id: I9be10acfb3650c778401d04dfcd52aa200f78ff4

Add script for Jenkins regressiontest update job

This job can generate regressiontests reference data. Intended to be
triggered on regressiontests change that lacks some reference data,
either because it's a new test case, or the old data was deleted in
that patch. Jenkins will build the code, run the test harness to
generate new reference data and attempt to add it to the git index.
If files were added, then update the commit and push it back to
gerrit.

The actual implementation is in the releng repository.

When merging to master branch, update the gcc version to 4.8.

Change-Id: I70542022af00773f58646c617fbf818cdf8f577e

Always update mdatoms when doing energy minimisation

currently mdatoms were not updated when doing energy
minimisation using domain decompositions

Change-Id: I1ab79bfec0ad303c85cac2ea3ed622350e4872ec

Merge "Merge branch release-5-1 into release-2016" into release-2016

Merge branch release-5-1 into release-2016

Change-Id: I38cba3159387519af07195a5995b0986dac5a2d6

Replace use of deprecated readdir_r

clang 3.8+ warn about the deprecation of readdir_r. The main issue
here is support for concurrent access to the same directory stream,
which is never something GROMACS is likely to do. Currently the only
use is implementing enumerateFilesWithExtension which is used
single-threaded by pdb2gmx for discovering force fields in the
database. So we can replace the use of readdir_r with readdir, which
is simpler, and offers other advantages listed in man readdir_r.

Documented the new restriction on the interface of
DirectoryEnumerator. There are no current uses of nextFile that
would be affected by the change.

Change-Id: I0b80554493ff80e8857f0431192e22cfe7db5b22

Fix incorrect charge in HISE.

Revision 1a60bdbfb5e6b11e52783a6afa26e615f15f1be0 introduced an
incorrect charge on HISE CG, which leads to a fractional charge
on the residue.  Any simulation with this charge will be wrong.

Fixes #2013

Change-Id: I9f80daf3dda2cd71715d4e15d6c868c6e47b48cc

Fixed bug in gmx wham for reading pullx files.

Because the order of columns in the pullx files has changed recently, gmx wham
did not pick the reaction coordinate from pullx.xvg if the COM of the pull
groups were written. gmx wham was tested with various pull options and geometries.

Change-Id: If487e0493992c76649dc9a596c8df56d331abf22

Fixed script xplor2gmx.pl to work with GMXDATA

Change-Id: I25c8857cfdd992679f3be9a6ab59c9a74c0df0c8

Fix default nice level in mdrun-only build

Now an mdrun-only build should default to zero nice level, the same as
'gmx mdrun' in a normal build.

Change-Id: I50dcf3be93bdba0d03bf6816c15c7c6729db0005

Fix math-test false positive

Depending on the accuracy of the floating point division, the
input of the test function could be 1ulp too large or too small.
If it was too large the result of the test function wasn't
within 4ulp and the test failed.

Change-Id: Ia322b136d1db9b25c7c733e4067f927a4c77e372

Fixed unused variables in domdec.cpp

Fixed unused variables in domdec.cpp when configured without MPI.

Change-Id: I844ab59e16eb2fbde97ed3893ba6dea5679dca34

Made distance restraints work with threads and DD

The NMR distance restraints use several buffers for summing distances
that were indexed based on the index of the thread+domain local ilist
force atoms. This gives incorrect results with OpenMP and/or domain
decomposition. Using the type index for the restraint and a domain-
local, but not thread-local index for the pair resolves these issues.
The are now only two limitations left:
* Time-averaged restraint don't work with DD.
* Multiple copies of molecules in the same system without ensemble
  averaging does not work with DD.

Fixes #1117.
Fixes #1989.
Fixes #2029.

Change-Id: Ic51230aa19a4640caca29a7d7ff471e30a3d9f09

Document wallcycle counters and subcounters

List the available counters and explain how they are used. For subcounters,
explain the difference to counters and mention how to enable them.

Change-Id: Id5ce0e99b37a899f84d10b799840abad27d15c9c

Print OpenCL error string instead of error code

Change-Id: I00871b7f295373d8497a13d0bc3cbd0c0ff99668

Merge branch release-5-1 into release-2016

Trivial conflicts in minimize.cpp from bug fix in same region that now
has exceptions caught within an OpenMP region.

Change-Id: I8b3c269a2afd7d4967e0f7310c96af6022533ddd

Bumped patch number to prepare for future 5.1.5 release

Change-Id: I37e3120ec8ab257f0aeb1cf137dff27391e0689f

Version 5.1.4

Bumped SOVERSION_MINOR and REGRESSIONTEST_HASH

Change-Id: Ib8404367c7ac15e0de567bf103f5ceb5d4dd5091

Removed HIS1 from oplsaa and charmm definitions

HIS1 is intended for linking with heme, which oplsaa doesn't
define. charmm converts HIS1 to HSD in its .r2b.

This makes the recent fix for oplsaa HISD "consistent" with HIS1.

Fixes #2047
Refs #2049

Change-Id: Ibc0463c779e76689dc7ef65e48aedc716de9e032

Fix LYN charges in amber03

These charges now match those found in AMBER 14 and 16. The
validation of the AMBER ports was done with AMBER 8.0, and
this fix was made afterwards in
http://ambermd.org/bugfixes/8.0/bugfix.19 (and perhaps LYN wasn't
in the validation set).

Fixes #2046.

Change-Id: Ibcaab337b527a44e42d5a7c68f71ef4fde2acf66

Fix amber03 HIP charges

These were changed in Nov 2005, and now match AmberTools 16

Fixes #2050

Change-Id: I191b60c6acd2f521b3481578114ff48fca0979e5

Work around glibc 2.23 with CUDA

Note: Cherry-pick of e2cd2e2e from the 2016 branch.

Fixes #2022

Change-Id: Id9881efb3f26af341b9c89b4bd1f983a2149c9e4

Fix bug with conjugate-gradient and OpenMP

The conjugate-gradient update routine re-used the pointer variable for
x for cg_p. This pointer was shared over threads and no barrier was
present before the pointer modification.

Fixes #1941.

Change-Id: I5f635fc3054147543820c4e5e74f3519637d541d

Re-enable flexible constraints with DD

Commit 409edb80 added a fatal error in init_shell_flexcon() with DD.
But flexible constraints without shells work correctly with DD.

Change-Id: Ic3c5028a7aa6d956cf85f779347df16329d817bb

Merge branch release-5-1 into release-2016

Change-Id: Ia1a7fad67f0ff11175ea24c46f813a445cd49ed6

Fix Parrinello-Rahman with nstpcouple>1

Fixes #2031.

Change-Id: I37cf18c40c6cf5e301d7981c9f10bbf963d8cda8

Make virial reproducible

OpenMP reduction was used to reduce virial contributions over threads,
which does not have a defined order. This leads to different rounding,
which makes runs non-reproducible (but still fully correct).
Now thread local buffers are used.
Also removed OpenMP parallezation for small count (e.g. shift forces).

Change-Id: I8d80def602337cc12ab601916bf40d7f66bf9bbc

Stop using gmx_fatal in grompp

Added warning_error_and_exit to issue an error that describes the
location in the input file, and then halt processing (because data
structures would not be safe to use) while also describing where in
the code that occured. Either set of metadata can be useful to users
or developers diagnosing issues.

Refactored implementation of check_warning_error() so that
warning_error_and_exit() can have the gmx_noreturn qualifier, so that
analyzers understand the behaviour of the calling code, and compilers
can understand the implementation of warning_error_and_exit().

This permits more effective diagnostics in various places, and
eliminates some existing hacks.

Bumped all declarations of errbuf to have size STRLEN, since some of
the new uses might be safer that way.

Also made a minor fix to output to avoid redundant output from
done_warning when an error has occured.

Change-Id: I29f8afeb70d0da3598c6443c15090bca9bf5c639

Fix build with GMX_USE_TNG=off

Change-Id: I305edfafbe87f0ad1e8ff410f419e5d32b23e1a7

Fixed bug in gmx insert-molecules.

With option -ip, and if all trials were unsuccessful, a molecule was
eventually incorrectly placed at 0/0/0 due to a memory error
when referencing to rpos[XX][mol].

Change-Id: I367727210b893652af39217925906cc2dc703465

Fix Ewald surface+3DC corrections

Ewald surface and 3DC correction forces were only applied up to,
but not including, the last atom with exclusions. With water at
the end of the system only the last H would not be corrected.
With ions at the end all ions would be missing.
In addition, with the Verlet scheme and domain decomposition
no force correction was applied at all.

Fixes #2040.

Change-Id: I064bf01fab561dca40451763b75283b6f59e0fbd

Merge branch release-5-1 into release-2016

Also applied the merged fix to nbnxn_cuda_kernel_fermi.cuh.

Change-Id: I79d0cb59214290097d6f356e35dd13c4eadaed75

Remove variable precision gro writing

The gro precision is now fixed to 3, 4 and 5 decimal places for
x, v and box respectively to ensure compatibility with other software.
Variable precision reading is still supported.

Fixes #2037.

Change-Id: I0e593622ee0380c3934a7b7b6826ae29aed00a59

Fixed opening of wall table files

Fixes #2033.

Change-Id: Ie5092476f021d0578bbcbd84c7e4f895959fd06e

Fixes for BG/Q platform files and install guide

Renamed the platform file to reflect normal practice
and the install guide.

Change-Id: Icffde855789f561faa0249d095838fea9f97ce1d

Reduce FE pair-list memory usage

Refs #2014.

Change-Id: Ia8bbc55eed7e3590e6944127ab94dd41f475e6a7

Bump number to prepare for first patch release

Change-Id: I1cdfd715d2681677460945ed6670adb2a35f9839

Fix deadlock with thread-MPI

With thread-MPI mdrun could deadlock while pinning threads.

Fixes #2025.

Change-Id: Ib42e9625134531b1e2f910b11339aa0f78b80624

Fix twin-cutoff for GPU LJ pot-switch

With rcoulomb>rvdw, as used with PME tuning, the GPU kernels performed
the LJ cut-off check before applying the potential-switch to the LJ
forces and energies.

Fixes #2007.

Change-Id: Ie2f6fdfec10bdb8800123e6fa299839a31bc0f93

Version 2016

Removed "-rc1" per policy. Bumped regressiontests hash.

Change-Id: If94c03e280fce13143d238fa3e7f2df3b8b659cf

Fix/improve doc links in template/README

For installations from a tarball, put a link to an appropriate version
at manual.gromacs.org instead of Jenkins-generated documentation which
might be for a newer version.  For builds from the repository, the links
still point to the nightly Jenkins job.

The first link was also pointing to an obsolete Jenkins job.

Change-Id: Ib56c62cd572879c8dadde6881507e54f6d22a784

Three new quotes.

Change-Id: I9a7ed8343a0133a68bf7790e85bff9d331dd6294

Use only legal characters in OpenCL cache filename

The device name from the vendor could contain anything, and we need to
avoid dot and slash when we try to make a filename from it. To help
keep it valid for all possible users, we permit only alphanumeric
characters from the current locale.

Change-Id: Ie55959a9a2161d0cfc7effa6ab57fffc8160f4e2

Merge "Merge branch release-5-1 into release-2016" into release-2016

Document gmx_cgsort_t and gmx_domdec_sort_t structs

Add descriptions to fields of gmx_cgsort_t and gmx_domdec_sort_t
structs used in domain decomposition code.

Change-Id: Ie64664ed46413e51ba22504270ab11350c39b84a

Improve handling of gmock and gcc6

This patch reverts commit d6e35c96 that used gcc
-fno-delete-null-pointer-checks to work around implementation errors
in gmock 1.7. There's been no new release of gmock for several years,
but a patch is now available to address this issue.

This commit applies that patch, found at
https://github.com/google/googletest/issues/705#issuecomment-235067917. Updated
our README describing modifications GROMACS has found it necessary to
make.

Fixes #1911

Change-Id: I0d5abe9bf8172f6749bcad97a13765edaa3d4c80

Merge branch release-5-1 into release-2016

Change-Id: Id782b78da4b2080fec208d29b9b4afc363f1418c

Fixes incorrect charges in OPLS/AA-L for HISD and HISE

With the present charges results from Michael Shirts et al.
J. Chem. Phys. 119 (2003) 5740 can be reproduced.

Fixes #2013

Change-Id: Ifb037961499633210d26ff32ec6bf3bebc505461

Add toolchain flags for SSE2 compilation

This is how the code should be, though my testing didn't need it.

Also fixed function documentation.

Fixes #2008

Change-Id: Ic1e1c16d22e054e9f741d91c667305de7398cd30

Bumped patch number to prepare for future 5.1.4 release

Change-Id: I813e0d8c976d0afca316f5cfe095c5647b8fd66c

Fix issues with using int for number of steps

Mostly we use a 64-bit integer, but we messed up a few
things.

During mdrun -rerun, edr writing complained about the negative step
number, implied it might be working around it, and threatened to
crash, which it can't do. Silenced the complaint during writing,
and reduced the scope of the message when reading.

Fixed TNG wrapper routines to pass a 64-bit integer like they should.

Made various infrastructure use gmx_int64_t for consistency, and noted
where in a few places the practical range of the value stored in such
a type is likely to be smaller. We can't extend the definition of XTC
or TRR, so we're stuck. TNG is already good, though.

Fixes #2006

Change-Id: If485d9d92cb4b99a3bbe25e8e9fa082fc3fccd5f

Version 5.1.3

Bumped minor soversion and regressiontest hash

Change-Id: I55f1cc4f1154f053512c8cc3509fd0be8e3c347b

Fix trr magic number reading

The trr header-reading routine returned an "OK" value if the magic
number was wrong, which might lead to chaotic results everywhere,
because checking of return values tends not to happen (even when
they're right). Other GROMACS magic-number reading routines tend to
give a fatal error if the the number is wrong, e.g. by reading a file
written in wrong endianness. (This should never be a thing for XDR
files, which are defined to be big endian, but such code has existed.)

This change adds/restores that behaviour to trr reading, along
with separating the behaviour of failing to read a magic integer
from reading one that doesn't match.

Fixes #1926

Change-Id: I3cdd8ae9172e3b95fc232d8fa31a442d239233db

Fix gmx mdrun -membed -ntmpi -1

This used to give a fatal error if we'd chosen more than one rank, but
instead we should choose to use a single rank. Now that we have
several kinds of things that want to trigger such handling, build some
infrastructure to handle it. This allows us to separate the trigger
logic from how we report back to the user.

Change-Id: If01177b590c1a817113c642c30fd30d6d4bc3eab

Fix membed with partial revert of 29943f

The membrane embedding algorithm must be initialized before
we call init_forcerec(), so it cannot trivially be moved into
do_md(). This has to be cleaned up anyway for release-2017
since we will remove the group scheme be then, but for now
this fix will allow us have the method working in release-2016.

Fixes #1998.

Change-Id: I8e16a67b8df16999793649d79eebca051b8b474f

Fix for incorrectly setting expanded ensemble when fep_state = 0

Expanded ensemble lambda values were not being copied over when the
proposed fep_state was 0.  This commit fixes that by removing a
a conditonal that was incorrectly added.

Fixes #1995

Change-Id: I3d49b0936d973fb70a9a79799743f5069ba4fff4

Fix regressiontest download md5sum

I forgot that the md5sum changes with the decision to
name it rc1 rather than beta3, because the directory
name within the tarball changes.

Change-Id: I5b5f5b9de43ee5771fbdfb53842609f1635f3f38

First 2016 release candidate

Change-Id: I54a3e3c33015eb42ba5c18994ef76ce1bb2888c5

Hardware detection clean-up and pre/post-processing

This change cleans up the various tests and hacks we have
had in different places to remove a number of false warnings
and errors. It also unifies all this processing to two
small routines that are called just before/after the
hardware is detected, so the user can choose whether it
should be done or not in other places.

- Rather than trying to guess when we should or shouldn't
  override the number of cores online, the preprocessing
  uses a piece of code that allows sleeping cores to come
  online automatically by running a small C++11 thread loop before
  doing the hardware topology detection. This way we can
  remove all ARM-specific paths. To avoid wasting a second
  on systems where SMT is disabled, we avoid calling it on x86.
- All SMT warnings are handled in the post-processing call,
  but only as notes in the log file to avoid writing
  warnings on stderr.
- The check for OpenMP thread mismatch has been removed
  since it caused incorrect warnings by comparing the number
  or threads configured for each OpenMP process with the
  total number of cores in the entire system. We will have
  to rewrite this later as a test in the MPI/OpenMP
  parallelization setup instead.

By sticking with the hwloc/sysconf-online detection, we should
now also handle all special cases where cores have been taken
offline manually in a correct way without using hardware-specific
paths.

Change-Id: I37edb3eada3f4c8c0906c641c7041cc0270985e8

Prevent fragile use cases of checkpoint appending

There are way too many ways we allow runs to be continued
and extended. We still allow the checkpoint file to be
missing (so -cpi can be used for all command lines), but
we warn if it is not found. To avoid mistakes with file
appending when restarting from checkpoints, we now require
that all previous output files must be present
(unless -noappend is used), and that the file names must
match the ones used in the previous run.

Fixes #1777.

Change-Id: Id9e89773a4a9214be6dbb76676c526e98e12bd37

Update affinity checking for Intel compiler

Since release 2013, the Intel compiler no longer sets
OpenMP affinity by default according to intel docs. This
means the code that tried to disable it by setting
environment variables no longer had any effect (and we
likely have not checked it the last few years). In
addition, it is not ideal behaviour in a library either to
assume that no other code has executed OpenMP prior to a call
or to set environment variables that influence other code
execution too. However, we will still disable Gromacs' own
thread affinity if it has been set by the user or calling code.

Change-Id: I57a952766e87a35483f1960b349f7c30d5b85f24

Print working dir before command line

When running GROMACS via a batch script, it is useful to know which
working dir is being used for relative paths (file names) in the
command line.

Change-Id: Iab6701e09ad3b0386b59c2bdda2c4f908fdc2d0a

Merge "Merge branch release-5-1 into release-2016" into release-2016