Tons of small fixes to documentation.

These are a lot of editorial fixes (style, typos, etc) but also an
introduction of symbols in equations and normal text that I think (1)
makes the manual look prettier and (2) makes the terminology easier to
follow throughout the manual, back to earlier chapters, etc.

Lots of editorial fixes to descriptions, etc. to make the manual
a bit cleaner and more consistent.

fixed replica exchange quantity consistency check

New maintenance release: 4.5.4

The -version flag now prints more information.

mdrun -version now prints whether the binary is single/double
precision, the parallellization library used, and the FFT library.

Fixed warning arising from gmx_hbond.c

Fixed more real/double issues in gmx_density

Removed duplicated EXTRA_DIST entry in src/tools/Makefiles.am

Added back Template.mak.

Fixed real/double issue in gmx_density

Removed some template files from installation.

Various fixes for Windows builds.

Made g_sgangle fatal error a bit more verbose.

mdrun -multi, multidir and replica exchange now exchange large int step sizes.

When coordinating step numbers, multirun now sends large ints.
An MPI datatype for that is now introduced: GMX_MPI_LARGE_INT.

Multisim simulations now all stop when the first one stops.

This fixes a bug where all MPI nodes would hang once the first
simulation in a multisim finishes.

g_options source files are now properly packaged

The tool is installed by default by both CMake and autoconf

fixed bd with bd_fric>0 making all coordinates 0

fixed precision of g_traj -com for large groups

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

add pdb2gmx check for multiple .ff directories

pdb2gmx will currently always read from the first .ff directory
in the library directory search list. Therefore selecting a second
force field with the same directory name would still lead to reading
the files in the first directory. A verbose fatal error now occurs
when not choosing the first of multiple entries.
This fixes #619

fixed memory error in element setting in pdbio

Atom types without element would cause a NULL pointer to be passed
to sprintf in get_pdb_atomnumber. This could cause the memory of
pdb2gmx to get corrupted and print incorrect atom types and charges.
This would not affect normal pdb files and force fields, since all
atom in there are "real" atoms. This fixes #618

added histidine names for gen_vsite, fixes 706

More allocation fixes for NUMA allocator.

Added documentation for multidir.

Added more support for multidir.

g_membed bug #697 fix. Remove empty molblocks due to
removing these molecules

Added grompp note about avoiding zero-step EM

People try to do zero-step EM to evaluate energies of single
configurations. grompp now writes a note that this will alter the
coordinates before computing the energy, and recommends zero-step MD,
or the use of mdrun -rerun.

removed global #atoms allocation for empty DD cells

removed a global #atoms alloc in mdrun initialization

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed SEGV in eneconv when using the -e flag.

Replaced strdups with gmx_strdups so that they can be sfree()'d safely.

Patch providided by Scott Field from Microsoft as part of NUMA optimizations.

made the g_density accumulation double precision

fixed a typo in cmake pkg-config files

Fixed wrong error message when using flooding code as harmonic
restraint. Also added comments.

Small fixes to g_dielectric description to improve readability.

Fixed bug #714: deprecated structure in gettimeofday

Another typo.

Fixed some typos in mdp_opt.html

Fixed typo in citation.

Corrected output of a warning message.

Added the -fix option to g_tune_pme for tuning of rcoulomb and grid
at a fixed number of PME-only nodes.

also renamed options to g_options in Makefile.am

added missing density factor to cosaccel 1/viscosity output

pdb model numbers now start at 1

The general pdb writing code and trjconv could write pdb files
with 0 as the first model number. The minimum been changed to 1.
This fixes #709

added cmake warning when the cache generated on another host is reused

fixed incorrect virial and pressure averages

Removed a second, incorrect setting of flags for storage of energy averages
in mdrun.
This would cause incorrect averages of the virial and pressure to be stored
in the energy file and printed at the end of the log file when the lowest
common denominator of nstcomm, nsttcouple and/or nstpcouple was less than
nstcalcenergy. Note that the instantaneous values and the actual simulation
results were all correct.
Additionally there was a potential issue with parallel checkpoint signalling
with -gcom larger than nstlist which could lead to hanging of mdrun.
This fixes #696

added support for harmonic potential (bond type 7) in OpenMM

made maximum load balancing tunable with env.var. GMX_DLB_MAX

fixed dynamic load balancing inactive with -gcom and pressure scaling with -gcom when nstpcouple<nstcalcenergy

added some debug prints to gmxcpp.c

Minor fix for when write_dhdl_file=false and delta_lambda != 0

Merge branch 'release-4-5-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Fixed int overflow happening in genion when number of water molecules is large

Fixed a rare bug in selection position handling.

If the "whole" prefix was used on a position calculation that applied to
a static selection (e.g., "whole_res_com of name CA CB"), the block data
for the output positions was incorrect.

Add -tu option to g_hbond.

IssueID #580

Clarified source of g_rmsf reference frame

Small fix to improve xpm2ps output

Added workaround for F_GB13 duplicates

Under some conditions, identical reference bond lengths could lead to
different computed 1-3 lengths (using icc 11 and double precision, at
least). These then failed the memcmp() test that removes duplicate
parameter lists, which led to near-duplicates in the
function-parameters lists. In theory, we shouldn't test for
floating-point equality with memcmp(), but in theory the test should
work, too!

Instead of memcmp(), for F_GB13 only, tests with
gmx_within_tol(a,b,1e-6) are now used. That should be an acceptable
compromise between expected function, numerical accuracy and grompp
execution time.

IssueID #699

Fixed erroneous floating-point comparison

IssueID #699

Added note about doing repeat invocations of genbox

fixed buggy detection of hostname and time of build in CMake

Removed ancient CVS  tag lines

Used some spacing to make code readable

Used symbolic constant more consistently

Made the "multiple settles" fatal error more helpful

The error message now explains the origin of the issue, hints at a
common reason for erroneously provoking this error, and still
provides the previously-given tip for resolving the issue for users
who really need two molecule blocks of constrained solvent.

Fixed a bug in g_energy -odh

Can now succesfully extract dhdl values with g_energy when
delta_lambda>0

using set_mm_ps to make pgi happy

Asked about this commit 10Apr2010 and got no answer. Committing it now so that it deosn't get lost
Should have no effect on gcc and fixes it for PGI

Fixed a typo.

Fixed minor issue with replica exchange

If the user chose mdrun -replex that was not a multiple of
nstcalcenergy, then replica exchange could occur when energies were
not current. Fixed by requiring repl_ex_nst to be a multiple of
nstcalcenergy, as with similar mechanisms for global
intra-simulation communication.

IssueID #695

Improved PBC handling for large molecules during cluster PBC

Fixed the pbc cluster option of trjconv by switching to a slower algorithm

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Added code in g_nmeig to compute the quantum corrections to heat capacity
and enthalpy, based on a normal mode analysis.
Added one and fixed one reference in copyrite.c

Added forgotten file

IssueID #690

Turned g_options into a normal GROMACS tool

Made the old src/contrib/options into g_options which is built and
installed by CMake by default.

IssueID #690

Renamed src/tools/options.c

IssueID #690

Improved grompp documentation

Added clarification points about whether coordinates come from -t or -c
files, reworded the recommendations about restarts, and added a tip
that gmxcheck can compare .tpr files.

IssueID #688

Merge branch 'release-4-5-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-5-patches

Improved genion -h

Explicit mention is now made of the need to use the correct
molecule names for ions with -pname and -nname, and in the topology.

Relocated some t_matrix documentation

Improved do_dssp -ssdump output

do_dssp -sc now dumps rows of strings with the secondary structure
content for the whole trajectory. g_chi has a feature that reads in
this file, however g_chi is hard-coded to read only the first line,
so this change does not affect that feature.

IssueID #683

Improved do_dssp -sc output

do_dssp -sc now computes the total for each secondary structure type.
This makes it easy to report the average secondary structure content
by type in a comment at the bottom of that file.

IssueID #683

Various small changes to the man pages.

Small fix for editconf related to formatting consistency.

IssueID #677

Remove g_highway from list of programs

Improved conversion of documentation to LaTeX

Sundry improvements to the way textual markup in the inline
documentation for GROMACS tools was converted into LaTeX markup via
'g_tool_name -man tex' for inclusion in the LaTeX manual.

IssueID #677

Improved consistency of text style usage

All references to tool names, option names, and command line inputs
should be like '[TT]g_tool_name[tt]' or '<tt>-rerun</tt>' (depending
on the type of file), so that when it reaches the LaTeX manual, the
monospace font conveys the standard meaning, which is that this is
something the user might type.

IssueID #677

Minor wording fixes

Moved options.c to tools subdir

CMake doesn't work on src/contrib, so in order to get a current version
of the program options to build the manual, options.c has moved to
src/tools. Build systems have been updated accordingly. This program
will not be installed by default. CMake will build it by default, and
autotools will not.

cmake: added back gsl support (GMX_GSL, disabled by default)

Conflicts:

src/tools/CMakeLists.txt

cmake: added GMX_XML to fully disable xml support

this is useful, when compiling statically and libxml2.a is missing or
libxml2 is broken for static linking
(see http://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=306479)

cmake: add support for external blas/lapack

Fixed bug 678 which was due to calling gmx_fatal without calling
parse_common_args before.

Added g_pme_error to programs.txt

More minor formatting/editorial fixes for the manual.

IssueID #671

Added NHE to OPLS/AA pdb2gmx hydrogen database

The pdb2gmx residue database includes the NH2 capping group, and its
synonym NHE. The latter was missing from the .hdb, which is now fixed.

Made gmxdump error message clearer.

The old message was a bit cryptic about both the reason for the error,
and the suggested course of action.

Fixes to g_wham documentation.

Mostly formatting issues in the source code, making it
(hopefully) a bit easier to read and keep track of. The
help info ate up a lot of space in the manual, so the
changes I made should make it a bit more compact.

IssueID #671

Tons of tiny changes to documentation.  Manual looks prettier now.

IssueID #671