Release configs were using a wrong build type

(cherry picked from commit a2820e3e34abb71564edfd9dff63f7d29a562971)

Revert "Change builds that use failing docker containers"

This reverts commit ff579ae821c59a4f5cc502062578ae0eab5786e6.

Allow to compile template with gmx-lagacyapi enabled

This change allows to compile template as standalone app with installed
gromacs

Fixes #3596

Signed-off-by: Alexey Shvetsov <alexxyum@gmail.com>

CMake: add OpenMP detection to exported target

Fix libgromacs CMake target install syntax.

Fixes #3592

Prepare for GROMACS 2020.4

Reset DOI strings.
Added new release note documents.

Change-Id: I28e1f297f2ba75d7b60cb8161135ef94546f1d7f

GROMACS version 2020.3

Set DOI strings to correct value.

Change-Id: Ib0f23e474a3db58b06c008bed4614fa6f9f85127

Fix segfault in gmx genrestr.

A gmx_mtop_t going out of scope freed memory in a related structure.
Extended the life of the topology structure, and fixed memory leaks that
popped up in the ASAN build.

Change builds that use failing docker containers

Changes builds away from the gromacs/cmake-3.9.6-gcc-5-cuda-9.0-openmpi:2020
and gromacs/cmake-3.9.6-gcc-6-cuda-10.1-nvidiaopencl-clfft-openmpi:2020
docker images that have failed over the recent days.

For now set to use
gromacs/cmake-3.9.6-gcc-7-amdopencl-clfft-openmpi:2020 image as well.

Change-Id: Ia62ebae0d1cf2dd5df91e6e735d3a171409f9fe5

Make DSSP default path configurable

Fixes #3520

Change-Id: I19347890b7e5baf0a10c0d4d803a9e479c53714a

Fix tpxio function type update table

Fix order to incrementing function type. Likely certain older tpr
files would have been read incorrectly, usually lead to a memory
allocation error.

Add missing end-of-line in the GPU update assignment error message

Fix false initialization values in gmx hbond

Previous refactoring left some variables in an uninitialized state or
with values from previous code paths.

Fixes #3550

Change-Id: I43257a0aa6292aa462de41f0e6d60b50d6ea3cf4

Fix false initialization values in gmx hbond

Previous refactoring left some variables in an uninitialized state or
with values from previous code paths.

Fixes #3550

Change-Id: I43257a0aa6292aa462de41f0e6d60b50d6ea3cf4

Proper fix for gmx do_dssp

The tool was still broken after the previous fix, even though it didn't
crash any more.

Fixed now by providing the correct sizes for the matrix.

Fixes #3444

Change-Id: I6b59bbdd5e69ff2c311ff4c8457037c9310b081f

Fix segmentation fault when reading energy terms

While trying to read the names from the file, it could read past the
allocation if the number of terms was smaller than F_NRE.

Fixes #3547

Change-Id: I978cdedaac5e52b10cee02b05e90851102eeb2bd

Make a error message less confusing

The GPU implementation of PME and bondeds require dynamical integrator.
This updates the error message to make it more clear to the user.

Refs. #3544

Update the release notes

Also fixed entry underline for tinyxml2.

Remove the c++14 flag for CUDA builds on Windows. This flag is no longer necessary as C++14 has been the default on Windows for a while, and in any event, the CUDA driver (nvcc) doesn't support this flag anyway - causing the builds to fail.

Correct regular expression for clang-tidy.sh

Was still faulty after previous fix.
The "\y" sequence captures the empty string at the beginning or end of a
word, and is able to distinguish between files containing the string
error and actual error messages.

Change-Id: I70f66d9f77ed0e912d7664b4b73d9047516b66ad

Reduce console log output from sample_restraint tests.

Don't override default root log level in test_binding.py
Remove `-x` bash option from automated testing script.
Also remove extraneous and inappropriate __init__.py

Refs #3530

Enable MPI ensemble testing for gmxapi.

Refs #3469

Fix small typo in gmx 2020 release notes

Avoid parsing of fatalerror.cpp as lint failure

When the file was changed its presence could cause the linter to fail
even though no errors are present. Fixed by avoiding the name in the
regular expression.

Change-Id: I0c066ede89b30bfd98b5ad335ec40ea756445e00

Normalize gmxapi related release-2020 job logic.

Use rules definied in global.gitlab-ci.yml for gmxapi related jobs.

Refs #3475

Fix Clang Cuda flags

- Add -fcuda-flush-denormals-to-zero to match nvcc flags
- Fix flag reporting. Was broken by 8ff984a32037947
  which didn't make the change consistent for clang cuda.

Fix Clang CUDA for Clang>=9

CUDA and OpenMP is broken (bug 45533). Overwrite OpenMP
flag with -fno-openmp to work-around it. No CUDA files
use OpenMP and therefore this has no negative impact.

Avoid warning during PME tuning

During PME tuning a warning could be printed about the PME grid not
being a multiple of the number of PME ranks. Since this is not
actually an issue and the user can not influence this, this note is
removed during tuning. To achieve this, gmx_pme_init() now actually
using the logging framework.

Fix copyright

Change-Id: I9d9953def7c31c2830de2452bb0678f1cad86969

Fix cmake error: Mixed styles of target_link_libraries signatures

Plain and keyword target_link_libraries signatures cannot be mixed.

Complete error message:

------------------->8---------------------------8<--------------------------
CMake Error at src/testutils/CMakeLists.txt:76 (target_link_libraries):
  The keyword signature for target_link_libraries has already been used with
  the target "testutils".  All uses of target_link_libraries with a target
  must be either all-keyword or all-plain.

  The uses of the keyword signature are here:

   * src/testutils/CMakeLists.txt:72 (target_link_libraries)

-- Configuring incomplete, errors occurred!
------------------->8---------------------------8<--------------------------

See: https://cmake.org/cmake/help/v3.0/policy/CMP0023.html

Prepare for 2020.3

Reset DOI strings.

Change-Id: I6b9d5772fcc9b4d8507817d09173dd2d5577dfdb

GROMACS version 2020.2

Update regressiontest hash.
Set DOI strings.

Change-Id: I708a1e340754d173b8c7ef47803e7fa525c9671a

Print base commit for source linters

Added a printout for the branch used for comparing.

Will use to see if branch point selection is working properly and to see
if the clang-tidy script picks up the warnings it should.

Change-Id: I791d2a11f98cd8e0cf0d06e92a9980cd9d038874

Fix incorrect header and linter scripts

Wrong grep flag meant that messages have not been printed.

Change-Id: I74b2088a12753d584929f9aa75ed915d400d8091

Disallow combination of gcc > 9 and IBM_VSX

The compiler flag is not detected for newer versions of gcc and can lead
to confusing error messages.

Fixes #3380

Change-Id: I0c5311325b2bf2bc08ab727eabd670115720b4a6

Fix compiler flag reporting

The C, C++ and CUDA compiler flag reporting didn't mention those added
by cmake from the build configuration, even those are always used.

Closes #3510

Fix the number of steps check when checkpoint is loaded

The check ignores the initial step in the config file, thust only
works when loading for the trajectory that was originally started
from step zero.

Use test conversion script from source

No longer install the script to convert CTest results to JUnit and
instead use the files from the cloned git source for it.

Fixes #3514

Change-Id: Ida4f2ab563601153b0b218c9bc6b7cfdb4969f01

Baseline commit

This just checks that the pipeline failure in #3507 does reproduce
before I start changing things that matter.

Add clang WA

Fix MSVC 2019 test failures

Related #3495

Fix the removal of COM velocity in case of GPU update

After the velocities are changed on the CPU to remove the COM motion,
they have to be copied back to the GPU memory.

Fixes #3508

Fix segmentation fault in do_dssp

A matrix would be initial allocated with zero size, so that a
following call to increase the size of one element would lead to memory
corruption on a subsequent try to set a value in the matrix.

Fixes #3444

Change-Id: I1892c09a8aa4c2f92156f7b1a76623df9ac62e56

Build python package for documentation builds

Fixes #3506

Change-Id: If18ed44603d685118d4b73f2ee72401028574d61

Fix warning for return type

Fixes #3499

Change-Id: I648a4b3d35618fe7c41d406c98be291ca9bd0d2f

Fix bug in source verification on Windows

The way to pass the set of directories to be used for validating the
source caused issues on Windows systems, as it replaced ":" characters
to change from strings to lists in CMake.

This caused the top level directory to be changed from e.g. "D:" to
"D;", messing up the rest.

Fixed the message passing to only pass the final directory, and modify
to full path after the set has been passed through.

Fixes #3493

Change-Id: I4076b8e87dc8d72a83af6aa0c7ab4b3366917ed0

Move configuration of global headers

Previously it was possible to get a different result from
  cmake .. && make && make install
than one got from
  cmake .. && cmake .. && make && make install
because the lmfit detection ran after config.h was generated,
so HAVE_LMFIT changed value from one cmake to the next, triggering
a rebuild of all source files that depended on config.h. lmfit
is supposed to fall back on the internal version, but did not,
so this is buggy. It's also very inefficient with compilation
in some workflows.

Fix copyright header

Change-Id: Iab87aaf00ab6433a3fe616c4836595afa17c8907

Fix MSVC 2019 warnings

Use branch point also for format and copyright check

Change-Id: I16a9df11223426a40e6e138ee9f3793e700ae06e

Fix parallel testing

Change testing to be more robust in threaded setups.

Also change on merge test to use real MPI to make sure this works
correctly.

Change-Id: Id78b213291bf7cc225fc2564a23f0d85362467fd

Fix warnings for no-mpi build

This build configuration gave warnings when combined with
clang-7 in the docs build.

Change-Id: Ic874769bcd627710798633be742dbbe80d78b791

Copy of CI from master to 2020

Adjusted branches and build images.

Change-Id: I28d011a003119870c41e434cef623765ddc6ace1

Reintroduce LJ Ewald tables

Fixes #3470 by reintroducing the LJ Ewald tables.

Fix line overrun in log file

Fix expanded ensemble on checkpoint restarts

Fixes #3465.

Also adds a release note, and sets StartingBehavior const in ISimulator
to make its behavior more obvious.

Fix minor bug with tools time-unit conversions

Attempting to use output times of microseconds or longer
produced strange results, since a bug introduced a
decade ago in bc23d95b

Set buffers appropriately so .xpm files can be read.

Closes #3455

Fix release builds on Gitlab with regressiontests

Change-Id: Id6465d545d350b8c0d89aecd37d3568dca510d8b

Add Documentation build to script

Also some misc fixes, e.g. was missing Python development headers.
TSAN now also allows running static analyzer.

Change-Id: I9b363858e48b6d451c9ee43346189f9ff27e4c47

Add script to generate CI Docker files

Refs #3395

Change-Id: Id001c87b52f4d1f7afcb7fbb38cd4b5efdbfd90e

Fix DLB initial state reporting

Missing entry in the array of state strings means that the initial "on"
and "auto" states were incorrectly reported.

Change-Id: Ibad25272d168894a6590b0050102ec02ba8171ed

Add required Infrastructure for Gitlab merges

See test merge request here:
https://gitlab.com/gromacs/gromacs-testing/-/merge_requests/16

Also adds runs for regressiontests to normal CI.

Change-Id: I7bcb62cd3f2120f1d2e80b2f8a2ec1e328626902

Fix image mixup for GItlab doc builds

Change-Id: I1e8187b58abc52ca562d2f549a151b64ca497fd2

Disable Ewald dipole correction without DD

Refs #3441

Change-Id: I492cd136b41e57b3e2198c1f0717177fb4d46a7c

Distinguish Docker images for different release requirements.

Free up the image tag namespace for granularly describing image
revisions (and create smaller image repositories) by using the matrix
slug as the image name. Tag images with the major release number (2020).

Refs #3395

Change-Id: I917f511c8bc11c4cedf85943eb7388ce0d5f9740

cmake: use libsuffix on gmxapi as well

Related to #3408

Change-Id: I2f5648321bdea1f1d564b738783092a709429fa8

Manage the list of image tags in Docker build script.

Supports flexibility in future handling of built images.

Refs #3395

Change-Id: I207911f190a57cbc4671777b5b92827aa6d3904a

Add clang-tidy script

Change-Id: I4e3ff318681b562c0941c88360d2381747348517

Fix seg fault caused by unintended GPU PME coordinate send

Avoids attempted communication when same rank has PME duty, fixing bug
introduced in ddbaf0b92c85b36e86d60c2cc515db86617cd57d.

Fixes #3409

Change-Id: Ice2ad2d0c17cff7b122a679a5f18dafc85e3075d

Prepare for 2020.2

Reset DOI strings

Change-Id: I8a269a8537595d1070c50cfc31c610f2133618b2

Version 2020.1

Set DOI strings.
Updated regressiontest hash.

Change-Id: I2fa83321688bf052516bab3301336d8b3145e458

Always hash files when building from release tarball

The CMake logic to check if the source files in a release tarball have
not been modified has not been robust enough in cases where people first
run cmake to generate the build directory and then later change files in
the source tree.

The build has now been changed to be more in line with the development
builds, where checking for modifications is happening in all cases.

Fixes #3302

Change-Id: Id54c529bfbe51191ed5262d8da05897b2f53c057

Allow PME coordinate send before H2D coordinate transfer

The introduction of the GPU PME-PP communication functionality had the
side effect of delaying the PME coordinate send until after the H2D
coordinate transfer, even on the default code path. This patch allows
the PME transfer to occur in its original location when the send is
not originating from GPU memory. This is a lightweight solution,
without any new functionality, suitable for the release branch. (There
will be a more comprehensive change in the master branch which also
extends the GPU PME-PP communication functionality.)

Implements #3159

Change-Id: Ic30c154e04bb4c2846bbad3de603f879a71b9133

Add Cuda build to gitlab CI

Change-Id: I7e5917fd26c0e22107fb6d9ade4ca69959737df4

Fix center of mass motion removal with frozen atoms

When frozen atoms were part of center of mass motion removal groups,
they would still contribute to the mass of those groups. This meant
that the COM velocity correction was (slightly) too small. Now
completely frozen atoms are removed from COM removal groups by grompp.
When atoms are only frozen along one or two dimensions and part of
a COM removal group, grompp now issues a warning.

Also fixed an nullptr or incorrect string buffer passed to warning()
with invalid freeze group dimension user input.

Fixes #2553

Change-Id: I20a03fea511e75a131cb27880acc1f4ee4a2bfb8

Update the message on whether update and constraints are offloaded

Update and constraints are done in PP task, which is now indicated
in the printed message.

Refs #3292

Change-Id: Id3ad64c424cca6ab5e678a90db767a1c3d43b014

Fix grompp unbound atom check

The check in grompp for unbound atoms would check for any
potential (and constraints) instead of only potentials involving
two atoms. This enabled false negatives.

Change-Id: I677b86a4e4bbe8cd0c6a8a0bf43983be622edfa6

Fix nrdf with partial COMM removal

In the uncommon case where the center of mass motion is removed for
part of the system but not the whole system, the number of degrees
of freedom for the part without COMM removal would be incorrectly
lowered by 3.

Fixes #3406

Change-Id: I371bcfbbd6cf7ddddccb9234752128239bad356f

Fix too small pairlist buffer on Intel GPUs

The pairlist buffer generated for Intel GPUs was slightly too small,
because it assumed a 4x4 atom-cluster pair kernel instead of 4x2.
This also fixes incorrect kernel setup messages in the log file.

Fixes #3407

Change-Id: I744f98a934b5d9f60e0708cb064571aa6e389c44

Revert "Remove frozen atoms from VCM groups"

This reverts commit 3a93c3a8ed49d20b47aed181d98f64921b864a3d.

Reason for revert: Change is incorrect

Change-Id: I808655e109e1da7ce37a59c1d55dabd059a32bb7

Remove frozen atoms from VCM groups

Atoms are removed during preprocessing.

Also add release note missing for previous patch.

Fixes #2553

Change-Id: I4fd52d50a9ef3af4ed11f9b507902d4ac59ed487

Merge branch release-2019 into release-2020

Resolved Conflicts:
cmake/gmxVersionInfo.cmake
src/gromacs/ewald/pme.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_disre.cpp
src/gromacs/gpu_utils/gpu_utils.cu
src/gromacs/hardware/gpu_hw_info.cpp
src/gromacs/hardware/gpu_hw_info.h
src/gromacs/mdrun/rerun.cpp

Change-Id: I2a89270a1321a51e0bc25e2b6890245f562945a2

Define all CPU NB kernels

Access to kernels that where not defined could otherwise lead to
undefined behaviour.

Fixes #2728

Change-Id: Ib014cfd0dbc46961eb4e6a81acb3e06d57c3df73

Moves call to choose best performaing kernels to pme_gpu_reinit_atoms

atoms.nAtoms is zero when pme_gpu_reinit is called, resulting in
the useOrderThreadsPerAtom and recalculateSplines always being set to false.

Refs #3189

Change-Id: I36d4be71565cfe8cd8e50fbe6cfe1035f3e15c8e

Version 2019.6

Set DOI strings.
Updated regressiontest hash.

Change-Id: If7c04fbd26756275daea1c252ef977a367669b42

Loosen gmxapi stopsignaler test

Gmxapi stopsignaler test was checking whether simulations were stopped
on the step after a stop signal was set. This is true for the legacy
implementation, but only due to the exact order of instructions. The
StopSignalHandler does not guarantee to stop simulations at the next
NS step after a signal has been set, it promises to stop a simulation
at the next NS step after a signal has been communicated. This change
loosens the criterion to reflect this.

Further, this change
* Changes the numberOfTimesCalled() function to timeElapsedSinceStart(),
  also including a different treatment of the call before the restraint
  is ever called, to avoid misunderstandings.
* Adds a comment to explain the expectations validated by this test.

Fixes #3397

Change-Id: I2a3805a14c03d0ee12ebd21b5863c5243b1c3671

Use legacy code path for t_graph (modular simulator)

This change redirects simulations which will require a t_graph object
to the legacy code path. It also adds an assert to catch cases in which
the redirection would fail in a more graceful way.

Fixes #3389

Change-Id: I17a70e504c206b2798cd2439c0c0ff5d5cd112e3

Extract and expose function to determine whether molecules are broken over PBC

This prevents code duplication in the child change I17a70e50. This
is pure refactoring with two exceptions:
* Checking for orientation restraints is changed from
    fcd->orires.nr
  to
    gmx_mtop_ftype_count(mtop, F_ORIRES)
  This allows to use this function before the force constant struct
  is built. An assert is added to make sure this never get out of
  sync (which would hint to something going very wrong somewhere else...)
* A `if(fplog){}` around a single GMX_LOG(mdlog.warning) was removed.

Change-Id: I6303c6b1cab86c57971a1486c892a1b122a446c6

Fix constraint contribution to dhdl (modular simulator)

The contribution to dhdl from the constraints was not added under
modular simulator.

Refs #1255

Change-Id: I804f52eeb97a17ae0d233700203da1db33a54d54

Avoid mdrun terminate due to GPU sanity check errors

When a GPU is a exclusive or prohibited mode, early detection calls can
fail and as a result an mdrun run abort with an error, even if all GPU
offload is explicitly disabled by the user.
This change adds a status code to handle the case of devices being
unavailable.

Additionally, other errors may be encountered during the dummy kernel
sanity check (e.g. out of memory), but since the change that switches
to using launchGpuKernel() wrapper did not handle the exception in the
sanity checking, this can also abort a run even if the GPU in question
is not selected to be used.
This change adds code to catch the exception this and report the error
and avoid abort the run.

Fixes #3178 #3399

Change-Id: I0cdedbc02769084c172e4a42fe5c1af192007cec

Document NVIDIA OpenCL broken on Volta and Turing

Refs #3125

Change-Id: Id200c1092b279d45a97b98c6fe1d03c2ffb14fb0

Remove outdated PME-GPU limitation in user guide

PME GPU is supported on all compatible GPU platforms and vendors.

Change-Id: I8b054825d4c6a2d030b87fe4b6a9be759911c9f6

Fix calculation of reciprocal terms in rerun

This at least temporarily fixes #3400.

Change-Id: I04d67d9bb3edbd66049573de71940e4bb7fa1ad4

Fix out of sync checkpoint files in simulations sharing state

When multidir simulations share the state, the checkpoint files
of the different simulations should all be from the same step.
To ensure this, MPI barriers have been added before renaming
the checkpoint files from their temporary to their final names.
So now the contents can never be out of sync. In the worst, and
rather unlikely, case that something going wrong during renaming,
some checkpoint files could have temporary and some final names.

Refs #2440.

Change-Id: I88088abb726a36dbf9a9db2fa2eb4a46c3bf2cd7

Improve GPU update tasks assignment consistency

GPU update task assignment was not consistent with the assumptions and
supported features of the 2020 release and did not implement the correct
checks and fallback in cases where GPU update was decided to not be
supported. Specifically, this change makes sure that when separate PME
ranks are used, without direct GPU communication for PP-PME, GPU update
falls back to the CPU.

Fixes #3354

Change-Id: I7c9dd67cd8cf61f0201b626b8b7674917e3365a5

Avoid integer overflow in dispersion correction

Index could become out of range and turn negative.

Fixes #3391

Change-Id: I91a8ea0ab01370fb972c02994e2b996284e1d06a

Document density-fit cross-correlation in .mdp options

Add missing documentation about cross-correlation as
similarity measure for density-guided simulations.

Though documented in the reference manual, it was until now
not mentioned in the .mdp options.

Change-Id: I2a5a13ca6fb0a15e8c2ff1cba6a6edbe0182053d

Revert "Expose vsite counting"

This reverts commit 2078fd0619459bd533a94550d5754477dbbaabaa.

Not needed in fact.

Change-Id: I238d33e23e3b508ec0c77a5c43f67e5838950f34

Fix clang-6 image template

Overlooked this when merging 1093dfa9ba24329162179a3fcbcbb8c491ab9543.

Change-Id: I85d5b852ab5d565289d64dd21ade09dabd4115c4