Sort all includes in src/gromacs
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / timing / walltime_accounting.h
index c2dde1bc55591438e3984d28963654c1fe0b912a..f131f26dd27e2acc5bed8ca7f01f3695b4d0641a 100644 (file)
@@ -1,42 +1,44 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
- *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
- *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
- *
- *                        VERSION 3.2.0
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
+ * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
+ *
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
- * And Hey:
- * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
+ * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 
 #ifndef GMX_TIMING_WALLTIME_ACCOUNTING_H
 #define GMX_TIMING_WALLTIME_ACCOUNTING_H
 
-#include "gromacs/legacyheaders/types/simple.h"
+#include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
 
 #ifdef __cplusplus
 extern "C" {
@@ -46,8 +48,9 @@ extern "C" {
 }
 #endif
 
-/*! Contains per-process and per-thread data about elapsed wall-clock
- *  times and integration steps performed. */
+/*! \brief
+ * Contains per-process and per-thread data about elapsed wall-clock
+ * times and integration steps performed. */
 typedef struct gmx_walltime_accounting *gmx_walltime_accounting_t;
 
 //! Constructor
@@ -58,18 +61,21 @@ walltime_accounting_init(int numOpenMPThreads);
 void
 walltime_accounting_destroy(gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting);
 
-/*! Record initial time stamps, e.g. at run end or counter
- * re-initalization time */
+/*! \brief
+ * Record initial time stamps, e.g. at run end or counter re-initalization time
+ */
 void
 walltime_accounting_start(gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting);
 
-/*! Measure and cache the elapsed wall-clock time since
- * walltime_accounting_start */
+/*! \brief
+ * Measure and cache the elapsed wall-clock time since
+ * walltime_accounting_start() */
 void
 walltime_accounting_end(gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting);
 
-/*! Measure and return the elapsed wall-clock time since
- * walltime_accounting_start */
+/*! \brief
+ * Measure and return the elapsed wall-clock time since
+ * walltime_accounting_start() */
 double
 walltime_accounting_get_current_elapsed_time(gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting);
 
@@ -89,15 +95,16 @@ walltime_accounting_get_start_time_stamp(gmx_walltime_accounting_t walltime_acco
 double
 walltime_accounting_get_nsteps_done(gmx_walltime_accounting_t walltime_accounting);
 
-/*! Set the number of integration steps done
+/*! \brief Set the number of integration steps done
  *
  * TODO consider whether this should get done in walltime_accounting_end */
 void
 walltime_accounting_set_nsteps_done(gmx_walltime_accounting_t   walltime_accounting,
-                                    gmx_large_int_t             nsteps_done);
+                                    gmx_int64_t                 nsteps_done);
 
-/*! \brief Calls system timing routines (e.g. clock_gettime) to get the
- * (fractional) number of seconds elapsed since the epoch.
+/*! \brief
+ * Calls system timing routines (e.g. clock_gettime) to get the (fractional)
+ * number of seconds elapsed since the epoch.
  *
  * Resolution is implementation-dependent, but typically nanoseconds
  * or microseconds. */