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[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / selection / selmethod.cpp
index 529c13db7dc9e01f5fd41e39b3ec25ca5989566c..6524f2fec92f83ed86e2b1fb37d06e5cd7a79f86 100644 (file)
@@ -1,51 +1,53 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
+ * Copyright (c) 2009,2010,2011,2012,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
- * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
- *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 /*! \internal \file
  * \brief
  * Implements functions in selmethod.h.
  *
- * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
+ * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  * \ingroup module_selection
  */
-#ifdef HAVE_CONFIG_H
-#include <config.h>
-#endif
+#include "gmxpre.h"
+
+#include "selmethod.h"
 
 #include <ctype.h>
 #include <stdarg.h>
 
 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
-#include "gromacs/legacyheaders/string2.h"
-
-#include "gromacs/selection/selmethod.h"
+#include "gromacs/utility/cstringutil.h"
 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
 
 #include "symrec.h"
@@ -390,13 +392,13 @@ check_params(FILE *fp, const char *name, int nparams, gmx_ana_selparam_t param[]
             bOk = false;
         }
     } /* End of parameter loop */
-    /* Check parameters of existing methods */
+      /* Check parameters of existing methods */
     gmx::SelectionParserSymbolIterator symbol
         = symtab.beginIterator(gmx::SelectionParserSymbol::MethodSymbol);
     while (symbol != symtab.endIterator())
     {
         gmx_ana_selmethod_t *method = symbol->methodValue();
-        gmx_ana_selparam_t  *param =
+        gmx_ana_selparam_t  *param  =
             gmx_ana_selmethod_find_param(name, method);
         if (param)
         {
@@ -444,6 +446,12 @@ check_callbacks(FILE *fp, gmx_ana_selmethod_t *method)
         report_error(fp, method->name, "error: outinit should be provided because the method has POS_VALUE");
         bOk = false;
     }
+    /* Check presence of outinit for variable output count methods */
+    if ((method->flags & SMETH_VARNUMVAL) && !method->outinit)
+    {
+        report_error(fp, method->name, "error: outinit should be provided because the method has SMETH_VARNUMVAL");
+        bOk = false;
+    }
     /* Warn of dynamic callbacks in static methods */
     if (!(method->flags & SMETH_MODIFIER))
     {
@@ -479,7 +487,7 @@ check_callbacks(FILE *fp, gmx_ana_selmethod_t *method)
     return bOk;
 }
 
-/*!
+/*! \brief
  * Checks the validity of a selection method.
  *
  * \param[in]     fp     File handle to use for diagnostic messages
@@ -550,7 +558,7 @@ check_method(FILE *fp, gmx_ana_selmethod_t *method,
     return bOk;
 }
 
-/*!
+/*! \brief
  * Checks the validity of a selection modifier method.
  *
  * \param[in]     fp     File handle to use for diagnostic messages
@@ -668,8 +676,8 @@ int
 gmx_ana_selmethod_register_defaults(gmx::SelectionParserSymbolTable *symtab)
 {
     size_t i;
-    int  rc;
-    bool bOk;
+    int    rc;
+    bool   bOk;
 
     bOk = true;
     for (i = 0; i < asize(smtable_def); ++i)