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[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / selection / selectionoptionmanager.h
index 7b025052f028f9bccfeb106774fb09e9cfbd3081..66a075dcafe8901138f90ac77fa3d56102a71984 100644 (file)
@@ -1,38 +1,42 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
+ * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
- * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
- *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 /*! \file
  * \brief
  * Declares gmx::SelectionOptionManager.
  *
- * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
+ * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  * \inpublicapi
  * \ingroup module_selection
  */
 
 #include <string>
 
-#include "../utility/common.h"
+#include "gromacs/options/options.h"
+#include "gromacs/utility/common.h"
 
 namespace gmx
 {
 
+class Options;
 class SelectionCollection;
 class SelectionOptionStorage;
 
 /*! \brief
  * Handles interaction of selection options with other options and user input.
  *
- * This class implements features of SelectionOption that require actions
- * outside options parsing.  It is also used to pass the selection collection
- * to the selection options, and to implement the coupling between
- * SelectionOption and SelectionFileOption.
- *
- * The main feature of this class (in addition to passing the
- * selectionCollection() method) is that the internal implementation of
- * selection options calls requestDelayedParsing() when an option is provided
- * on the command line without a value.  Such calls are remembered, and
- * the value for all requested options can be later provided by calling one of
- * parseRequestedFromStdin(), parseRequestedFromFile() or
- * parseRequstedFromString().
+ * This class implements interaction of SelectionOption with
+ * SelectionCollection, and also implements features of SelectionOption that
+ * require actions outside options parsing.
+ * It also implements the coupling between SelectionOption and
+ * SelectionFileOption.
+ * It needs to be added using Options::addManager() before SelectionOption or
+ * SelectionFileOption options can be added to an Options collection.
  *
- * \see setManagerForSelectionOptions()
+ * The main features of this class are:
+ *  - convertOptionValue(), which is used to convert string values into
+ *    selections for options.
+ *  - requestOptionDelayedParsing(), which is called by the internal
+ *    implementation of selection options when an option is provided on the
+ *    command line without a value.  Such calls are remembered, and the value
+ *    for all requested options can be later provided by calling one of
+ *    parseRequestedFromStdin(), parseRequestedFromFile() or
+ *    parseRequstedFromString().
  *
  * \inpublicapi
  * \ingroup module_selection
  */
-class SelectionOptionManager
+class SelectionOptionManager : public OptionManagerInterface
 {
     public:
         /*! \brief
@@ -79,14 +88,39 @@ class SelectionOptionManager
          * \throws  std::bad_alloc if out of memory.
          */
         explicit SelectionOptionManager(SelectionCollection *selections);
-        ~SelectionOptionManager();
+        virtual ~SelectionOptionManager();
 
         /*! \brief
-         * Returns the selection collection for this manager.
+         * Adds a selection option to be managed.
+         *
+         * \param     storage  Storage object for the option to register.
+         * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
+         *
+         * This is only for internal use by the selection module.
+         * It is not possible to obtain a SelectionOptionStorage pointer
+         * through any public or library API.
          *
-         * Does not throw.
+         * Strong exception safety.
+         */
+        void registerOption(SelectionOptionStorage *storage);
+        /*! \brief
+         * Converts a string value to selections for an option.
+         *
+         * \param     storage  Storage object to receive the selections.
+         * \param[in] value    Value to convert.
+         * \param[in] bFullValue  If true, the provided selections are the full
+         *      value of the option, and additional checks are performed.
+         * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
+         * \throws    InvalidInputError if the selection string is not valid,
+         *      or uses a feature not supported by the option.
+         *
+         * This is only for internal use by the selection module.
+         * It is not possible to obtain a SelectionOptionStorage pointer
+         * through any public or library API.
          */
-        SelectionCollection &selectionCollection();
+        void convertOptionValue(SelectionOptionStorage *storage,
+                                const std::string      &value,
+                                bool                    bFullValue);
         /*! \brief
          * Adds a selection option for delayed user input.
          *
@@ -99,7 +133,7 @@ class SelectionOptionManager
          *
          * Strong exception safety.
          */
-        void requestDelayedParsing(SelectionOptionStorage *storage);
+        void requestOptionDelayedParsing(SelectionOptionStorage *storage);
 
         /*! \brief
          * Parses selection(s) from standard input for options not yet
@@ -136,9 +170,13 @@ class SelectionOptionManager
          *        not the last (in which case it is not possible to determine
          *        which selections belong to which request).
          *
-         * This method behaves as parseRequestedFromStdin(), but reads the
-         * selections from a file instead of standard input.
-         * This is used to implement SelectionFileOption.
+         * This method behaves as parseRequestedFromStdin(), with two
+         * exceptions:
+         *  -# It reads the selections from a file instead of standard input.
+         *  -# If no requests are pending, assigns values to all required
+         *     options that have not yet been set.
+         *
+         * This method used to implement SelectionFileOption.
          *
          * \see parseRequestedFromStdin()
          */