Sort all includes in src/gromacs
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / options / optionstoragetemplate.h
index 2703e84ab81c9aebd0fbb6d89b5b4ff68a552ecc..ad00611d04e2822af2235c2b67f8666f4c4cb44a 100644 (file)
@@ -1,38 +1,42 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
+ * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
- * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
- *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 /*! \libinternal \file
  * \brief
  * Defines gmx::OptionStorageTemplate template.
  *
- * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
+ * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  * \inlibraryapi
  * \ingroup module_options
  */
 
 #include <boost/scoped_ptr.hpp>
 
-#include "../utility/exceptions.h"
-#include "../utility/gmxassert.h"
-
-#include "abstractoption.h"
-#include "abstractoptionstorage.h"
+#include "gromacs/options/abstractoption.h"
+#include "gromacs/options/abstractoptionstorage.h"
+#include "gromacs/utility/common.h"
+#include "gromacs/utility/exceptions.h"
+#include "gromacs/utility/gmxassert.h"
 
 namespace gmx
 {
@@ -92,9 +96,9 @@ class OptionStorageTemplate : public AbstractOptionStorage
 
         // No implementation in this class for the pure virtual methods, but
         // the declarations are still included for clarity.
-        virtual const char *typeString() const = 0;
-        virtual int valueCount() const { return static_cast<int>(_values->size()); }
-        /*! \copydoc AbstractOptionStorage::formatValue()
+        virtual std::string typeString() const = 0;
+        virtual int valueCount() const { return static_cast<int>(values_->size()); }
+        /*! \copydoc gmx::AbstractOptionStorage::formatValue()
          *
          * OptionStorageTemplate implements handling of DefaultValueIfSetIndex
          * in this method, as well as checking that \p i is a valid index.
@@ -113,12 +117,12 @@ class OptionStorageTemplate : public AbstractOptionStorage
          * \throws  APIError if invalid settings have been provided.
          */
         template <class U>
-        OptionStorageTemplate(const OptionTemplate<T, U> &settings,
-                              OptionFlags staticFlags = OptionFlags());
+        explicit OptionStorageTemplate(const OptionTemplate<T, U> &settings,
+                                       OptionFlags staticFlags = OptionFlags());
 
 
         virtual void clearSet();
-        /*! \copydoc AbstractOptionStorage::convertValue()
+        /*! \copydoc gmx::AbstractOptionStorage::convertValue()
          *
          * Derived classes should call addValue() after they have converted
          * \p value to the storage type.  It is allowed to call addValue()
@@ -142,8 +146,9 @@ class OptionStorageTemplate : public AbstractOptionStorage
          */
         virtual void processSetValues(ValueList *values)
         {
+            GMX_UNUSED_VALUE(values);
         }
-        /*! \copydoc AbstractOptionStorage::processSet()
+        /*! \copydoc gmx::AbstractOptionStorage::processSet()
          *
          * OptionStorageTemplate implements transaction support for a set of
          * values in this method (see the class description), and provides a
@@ -153,7 +158,7 @@ class OptionStorageTemplate : public AbstractOptionStorage
          * necessary.
          */
         virtual void processSet();
-        /*! \copydoc AbstractOptionStorage::processAll()
+        /*! \copydoc gmx::AbstractOptionStorage::processAll()
          *
          * The implementation in OptionStorageTemplate does nothing.
          */
@@ -176,7 +181,7 @@ class OptionStorageTemplate : public AbstractOptionStorage
          *
          * Does not throw.
          */
-        void clear() { _values->clear(); }
+        void clear() { values_->clear(); }
         /*! \brief
          * Adds a value to a temporary storage.
          *
@@ -227,6 +232,27 @@ class OptionStorageTemplate : public AbstractOptionStorage
          */
         virtual void refreshValues();
 
+        /*! \brief
+         * Sets the default value for the option.
+         *
+         * \param[in] value  Default value to set.
+         * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
+         *
+         * This method can be used from the derived class constructor to
+         * programmatically set a default value.
+         */
+        void setDefaultValue(const T &value);
+        /*! \brief
+         * Sets the default value if set for the option.
+         *
+         * \param[in] value  Default value to set.
+         * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
+         *
+         * This method can be used from the derived class constructor to
+         * programmatically set a default value.
+         */
+        void setDefaultValueIfSet(const T &value);
+
         /*! \brief
          * Provides derived classes access to the current list of values.
          *
@@ -234,15 +260,15 @@ class OptionStorageTemplate : public AbstractOptionStorage
          * derived classes if necessary, and refreshValues() should be called
          * if any changes are made.
          */
-        ValueList &values() { return *_values; }
+        ValueList       &values() { return *values_; }
         //! Provides derived classes access to the current list of values.
-        const ValueList &values() const { return *_values; }
+        const ValueList &values() const { return *values_; }
 
     private:
         /*! \brief
          * Vector for temporary storage of values before commitSet() is called.
          */
-        ValueList               _setValues;
+        ValueList               setValues_;
         /*! \brief
          * Vector for primary storage of option values.
          *
@@ -254,11 +280,11 @@ class OptionStorageTemplate : public AbstractOptionStorage
          * and other storage locations are updated only when refreshValues() is
          * called.
          */
-        ValueList              *_values;
-        T                      *_store;
-        int                    *_countptr;
-        boost::scoped_ptr<ValueList> _ownedValues;
-        boost::scoped_ptr<T>    _defaultValueIfSet;
+        ValueList                   *values_;
+        T                           *store_;
+        int                         *countptr_;
+        boost::scoped_ptr<ValueList> ownedValues_;
+        boost::scoped_ptr<T>         defaultValueIfSet_;
 
         // Copy and assign disallowed by base.
 };
@@ -269,59 +295,54 @@ template <class U>
 OptionStorageTemplate<T>::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate<T, U> &settings,
                                                 OptionFlags staticFlags)
     : AbstractOptionStorage(settings, staticFlags),
-      _values(settings._storeVector),
-      _store(settings._store),
-      _countptr(settings._countptr)
+      values_(settings.storeVector_),
+      store_(settings.store_),
+      countptr_(settings.countptr_)
 {
-    if (_values == NULL)
+    // If the maximum number of values is not known, storage to
+    // caller-allocated memory is unsafe.
+    if (store_ != NULL && (maxValueCount() < 0 || hasFlag(efOption_MultipleTimes)))
+    {
+        GMX_THROW(APIError("Cannot set user-allocated storage for arbitrary number of values"));
+    }
+    if (values_ == NULL)
     {
-        // The flag should be set for proper error checking.
-        GMX_RELEASE_ASSERT(!hasFlag(efExternalValueVector),
-                           "Internal inconsistency");
-        _ownedValues.reset(new std::vector<T>);
-        _values = _ownedValues.get();
+        ownedValues_.reset(new std::vector<T>);
+        values_ = ownedValues_.get();
     }
-    if (hasFlag(efNoDefaultValue)
-        && (settings._defaultValue != NULL
-            || settings._defaultValueIfSet != NULL))
+    if (hasFlag(efOption_NoDefaultValue)
+        && (settings.defaultValue_ != NULL
+            || settings.defaultValueIfSet_ != NULL))
     {
         GMX_THROW(APIError("Option does not support default value, but one is set"));
     }
-    if (_store != NULL && _countptr == NULL && !hasFlag(efVector)
+    if (store_ != NULL && countptr_ == NULL && !isVector()
         && minValueCount() != maxValueCount())
     {
         GMX_THROW(APIError("Count storage is not set, although the number of produced values is not known"));
     }
-    if (!hasFlag(efNoDefaultValue))
+    if (!hasFlag(efOption_NoDefaultValue))
     {
-        setFlag(efHasDefaultValue);
-        if (settings._defaultValue != NULL)
+        setFlag(efOption_HasDefaultValue);
+        if (settings.defaultValue_ != NULL)
         {
-            _values->clear();
-            addValue(*settings._defaultValue);
-            // TODO: This is a bit hairy, as it indirectly calls a virtual function.
-            commitValues();
+            setDefaultValue(*settings.defaultValue_);
         }
-        else if (_ownedValues.get() != NULL && _store != NULL)
+        else if (ownedValues_.get() != NULL && store_ != NULL)
         {
-            _values->clear();
+            values_->clear();
             int count = (settings.isVector() ?
-                            settings._maxValueCount : settings._minValueCount);
+                         settings.maxValueCount_ : settings.minValueCount_);
             for (int i = 0; i < count; ++i)
             {
-                _values->push_back(_store[i]);
+                values_->push_back(store_[i]);
             }
         }
-        if (settings._defaultValueIfSet != NULL)
+        if (settings.defaultValueIfSet_ != NULL)
         {
-            if (hasFlag(efMulti))
-            {
-                GMX_THROW(APIError("defaultValueIfSet() is not supported with allowMultiple()"));
-            }
-            _defaultValueIfSet.reset(new T(*settings._defaultValueIfSet));
+            setDefaultValueIfSet(*settings.defaultValueIfSet_);
         }
     }
-    setFlag(efClearOnNextSet);
 }
 
 
@@ -338,9 +359,9 @@ std::string OptionStorageTemplate<T>::formatValue(int i) const
                        "Invalid value index");
     if (i == DefaultValueIfSetIndex)
     {
-        if (_defaultValueIfSet.get() != NULL)
+        if (defaultValueIfSet_.get() != NULL)
         {
-            return formatSingleValue(*_defaultValueIfSet);
+            return formatSingleValue(*defaultValueIfSet_);
         }
         return std::string();
     }
@@ -351,27 +372,26 @@ std::string OptionStorageTemplate<T>::formatValue(int i) const
 template <typename T>
 void OptionStorageTemplate<T>::clearSet()
 {
-    _setValues.clear();
+    setValues_.clear();
 }
 
 
 template <typename T>
 void OptionStorageTemplate<T>::processSet()
 {
-    processSetValues(&_setValues);
-    if (_setValues.empty() && _defaultValueIfSet.get() != NULL)
+    processSetValues(&setValues_);
+    if (setValues_.empty() && defaultValueIfSet_.get() != NULL)
     {
-        addValue(*_defaultValueIfSet);
-        setFlag(efHasDefaultValue);
+        addValue(*defaultValueIfSet_);
+        setFlag(efOption_HasDefaultValue);
     }
     else
     {
-        clearFlag(efHasDefaultValue);
+        clearFlag(efOption_HasDefaultValue);
     }
-    if (!hasFlag(efDontCheckMinimumCount)
-        && _setValues.size() < static_cast<size_t>(minValueCount()))
+    if (!hasFlag(efOption_DontCheckMinimumCount)
+        && setValues_.size() < static_cast<size_t>(minValueCount()))
     {
-        clearSet();
         GMX_THROW(InvalidInputError("Too few (valid) values"));
     }
     commitValues();
@@ -382,25 +402,24 @@ template <typename T>
 void OptionStorageTemplate<T>::addValue(const T &value)
 {
     if (maxValueCount() >= 0
-        && _setValues.size() >= static_cast<size_t>(maxValueCount()))
+        && setValues_.size() >= static_cast<size_t>(maxValueCount()))
     {
         GMX_THROW(InvalidInputError("Too many values"));
     }
-    _setValues.push_back(value);
+    setValues_.push_back(value);
 }
 
 
 template <typename T>
 void OptionStorageTemplate<T>::commitValues()
 {
-    if (hasFlag(efClearOnNextSet))
+    if (hasFlag(efOption_ClearOnNextSet))
     {
-        _values->swap(_setValues);
-        clearFlag(efClearOnNextSet);
+        values_->swap(setValues_);
     }
     else
     {
-        _values->insert(_values->end(), _setValues.begin(), _setValues.end());
+        values_->insert(values_->end(), setValues_.begin(), setValues_.end());
     }
     clearSet();
     refreshValues();
@@ -410,19 +429,55 @@ void OptionStorageTemplate<T>::commitValues()
 template <typename T>
 void OptionStorageTemplate<T>::refreshValues()
 {
-    if (_countptr != NULL)
+    if (countptr_ != NULL)
     {
-        *_countptr = static_cast<int>(_values->size());
+        *countptr_ = static_cast<int>(values_->size());
     }
-    if (_store != NULL)
+    if (store_ != NULL)
     {
-        for (size_t i = 0; i < _values->size(); ++i)
+        for (size_t i = 0; i < values_->size(); ++i)
         {
-            _store[i] = (*_values)[i];
+            store_[i] = (*values_)[i];
         }
     }
 }
 
+
+template <typename T>
+void OptionStorageTemplate<T>::setDefaultValue(const T &value)
+{
+    if (hasFlag(efOption_NoDefaultValue))
+    {
+        GMX_THROW(APIError("Option does not support default value, but one is set"));
+    }
+    if (hasFlag(efOption_HasDefaultValue))
+    {
+        setFlag(efOption_ExplicitDefaultValue);
+        clear();
+        clearSet();
+        addValue(value);
+        // TODO: As this is called from the constructor, it should not call
+        // virtual functions.
+        commitValues();
+    }
+}
+
+
+template <typename T>
+void OptionStorageTemplate<T>::setDefaultValueIfSet(const T &value)
+{
+    if (hasFlag(efOption_NoDefaultValue))
+    {
+        GMX_THROW(APIError("Option does not support default value, but one is set"));
+    }
+    if (hasFlag(efOption_MultipleTimes))
+    {
+        GMX_THROW(APIError("defaultValueIfSet() is not supported with allowMultiple()"));
+    }
+    setFlag(efOption_DefaultValueIfSetExists);
+    defaultValueIfSet_.reset(new T(value));
+}
+
 } // namespace gmx
 
 #endif