Sort all includes in src/gromacs
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / options / options.cpp
index c01c8b4c24f980ff6816525a2651a9c8097699f1..aec42fc98ffc71d58cb297f04513c0f237b1dab4 100644 (file)
@@ -1,61 +1,76 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
+ * Copyright (c) 2010,2011,2012,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
- * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
- *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 /*! \internal \file
  * \brief
  * Implements gmx::Options.
  *
- * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
+ * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  * \ingroup module_options
  */
-#include "gromacs/options/options.h"
+#include "gmxpre.h"
+
+#include "options.h"
 
 #include "gromacs/options/abstractoption.h"
 #include "gromacs/options/abstractoptionstorage.h"
+#include "gromacs/utility/arrayref.h"
 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
-#include "gromacs/utility/format.h"
 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
 #include "gromacs/utility/messagestringcollector.h"
+#include "gromacs/utility/stringutil.h"
 
 #include "options-impl.h"
 
 namespace gmx
 {
 
+/********************************************************************
+ * OptionManagerInterface
+ */
+
+OptionManagerInterface::~OptionManagerInterface()
+{
+}
+
 /********************************************************************
  * Options::Impl
  */
 
 Options::Impl::Impl(const char *name, const char *title)
-    : _name(name != NULL ? name : ""), _title(title != NULL ? title : ""),
-      _parent(NULL)
+    : name_(name != NULL ? name : ""), title_(title != NULL ? title : ""),
+      parent_(NULL)
 {
 }
 
@@ -66,7 +81,7 @@ Options::Impl::~Impl()
 Options *Options::Impl::findSubSection(const char *name) const
 {
     SubSectionList::const_iterator i;
-    for (i = _subSections.begin(); i != _subSections.end(); ++i)
+    for (i = subSections_.begin(); i != subSections_.end(); ++i)
     {
         if ((*i)->name() == name)
         {
@@ -79,7 +94,7 @@ Options *Options::Impl::findSubSection(const char *name) const
 AbstractOptionStorage *Options::Impl::findOption(const char *name) const
 {
     OptionList::const_iterator i;
-    for (i = _options.begin(); i != _options.end(); ++i)
+    for (i = options_.begin(); i != options_.end(); ++i)
     {
         if ((*i)->name() == name)
         {
@@ -92,16 +107,16 @@ AbstractOptionStorage *Options::Impl::findOption(const char *name) const
 void Options::Impl::startSource()
 {
     OptionList::const_iterator i;
-    for (i = _options.begin(); i != _options.end(); ++i)
+    for (i = options_.begin(); i != options_.end(); ++i)
     {
         AbstractOptionStorage &option = **i;
         option.startSource();
     }
     SubSectionList::const_iterator j;
-    for (j = _subSections.begin(); j != _subSections.end(); ++j)
+    for (j = subSections_.begin(); j != subSections_.end(); ++j)
     {
         Options &section = **j;
-        section._impl->startSource();
+        section.impl_->startSource();
     }
 }
 
@@ -110,7 +125,7 @@ void Options::Impl::startSource()
  */
 
 Options::Options(const char *name, const char *title)
-    : _impl(new Impl(name, title))
+    : impl_(new Impl(name, title))
 {
 }
 
@@ -120,86 +135,118 @@ Options::~Options()
 
 const std::string &Options::name() const
 {
-    return _impl->_name;
+    return impl_->name_;
 }
 
 const std::string &Options::title() const
 {
-    return _impl->_title;
+    return impl_->title_;
 }
 
 const std::string &Options::description() const
 {
-    return _impl->_description;
+    return impl_->description_;
 }
 
 void Options::setDescription(const std::string &desc)
 {
-    _impl->_description = desc;
+    impl_->description_ = desc;
+}
+
+void Options::setDescription(const ConstArrayRef<const char *> &descArray)
+{
+    impl_->description_ = concatenateStrings(descArray.data(), descArray.size());
+}
+
+void Options::addManager(OptionManagerInterface *manager)
+{
+    GMX_RELEASE_ASSERT(impl_->parent_ == NULL,
+                       "Can only add a manager in a top-level Options object");
+    // This ensures that all options see the same set of managers.
+    GMX_RELEASE_ASSERT(impl_->options_.empty(),
+                       "Can only add a manager before options");
+    // This check could be relaxed if we instead checked that the subsections
+    // do not have options.
+    GMX_RELEASE_ASSERT(impl_->subSections_.empty(),
+                       "Can only add a manager before subsections");
+    impl_->managers_.add(manager);
 }
 
 void Options::addSubSection(Options *section)
 {
+    // This is required, because managers are used from the root Options
+    // object, so they are only seen after the subsection has been added.
+    GMX_RELEASE_ASSERT(section->impl_->options_.empty(),
+                       "Can only add a subsection before it has any options");
+    GMX_RELEASE_ASSERT(section->impl_->managers_.empty(),
+                       "Can only have managers in a top-level Options object");
     // Make sure that section is not already inserted somewhere.
-    GMX_RELEASE_ASSERT(section->_impl->_parent == NULL,
+    GMX_RELEASE_ASSERT(section->impl_->parent_ == NULL,
                        "Cannot add as subsection twice");
     // Make sure that there are no duplicate sections.
-    GMX_RELEASE_ASSERT(_impl->findSubSection(section->name().c_str()) == NULL,
+    GMX_RELEASE_ASSERT(impl_->findSubSection(section->name().c_str()) == NULL,
                        "Duplicate subsection name");
-    _impl->_subSections.push_back(section);
-    section->_impl->_parent = this;
+    impl_->subSections_.push_back(section);
+    section->impl_->parent_ = this;
 }
 
-void Options::addOption(const AbstractOption &settings)
+OptionInfo *Options::addOption(const AbstractOption &settings)
 {
-    AbstractOptionStoragePointer option(settings.createStorage());
-    if (_impl->findOption(option->name().c_str()) != NULL)
+    Options::Impl *root = impl_.get();
+    while (root->parent_ != NULL)
+    {
+        root = root->parent_->impl_.get();
+    }
+    Impl::AbstractOptionStoragePointer option(settings.createStorage(root->managers_));
+    if (impl_->findOption(option->name().c_str()) != NULL)
     {
         GMX_THROW(APIError("Duplicate option: " + option->name()));
     }
-    _impl->_options.push_back(move(option));
+    impl_->options_.push_back(move(option));
+    return &impl_->options_.back()->optionInfo();
 }
 
 bool Options::isSet(const char *name) const
 {
-    AbstractOptionStorage *option = _impl->findOption(name);
+    AbstractOptionStorage *option = impl_->findOption(name);
     return (option != NULL ? option->isSet() : false);
 }
 
 void Options::finish()
 {
-    MessageStringCollector errors;
+    // TODO: Consider how to customize these error messages based on context.
+    ExceptionInitializer             errors("Invalid input values");
     Impl::OptionList::const_iterator i;
-    for (i = _impl->_options.begin(); i != _impl->_options.end(); ++i)
+    for (i = impl_->options_.begin(); i != impl_->options_.end(); ++i)
     {
         AbstractOptionStorage &option = **i;
         try
         {
             option.finish();
         }
-        catch (const UserInputError &ex)
+        catch (UserInputError &ex)
         {
-            MessageStringContext context(&errors, "In option " + option.name());
-            errors.append(ex.what());
+            ex.prependContext("In option " + option.name());
+            errors.addCurrentExceptionAsNested();
         }
     }
     Impl::SubSectionList::const_iterator j;
-    for (j = _impl->_subSections.begin(); j != _impl->_subSections.end(); ++j)
+    for (j = impl_->subSections_.begin(); j != impl_->subSections_.end(); ++j)
     {
         Options &section = **j;
         try
         {
             section.finish();
         }
-        catch (const UserInputError &ex)
+        catch (const UserInputError &)
         {
-            errors.append(ex.what());
+            errors.addCurrentExceptionAsNested();
         }
     }
-    if (!errors.isEmpty())
+    if (errors.hasNestedExceptions())
     {
         // TODO: This exception type may not always be appropriate.
-        GMX_THROW(InvalidInputError(errors.toString()));
+        GMX_THROW(InvalidInputError(errors));
     }
 }