Sort all includes in src/gromacs
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / options / abstractoption.cpp
index 4f37892c3bc3553328aff1e320fa65425941469b..a71ed24353a6867c35c2aceee5935a32e7c19c49 100644 (file)
@@ -1,45 +1,50 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
+ * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
- * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
- *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 /*! \internal \file
  * \brief
  * Implements classes in abstractoption.h and abstractoptionstorage.h.
  *
- * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
+ * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  * \ingroup module_options
  */
-#include "gromacs/options/abstractoption.h"
+#include "gmxpre.h"
+
+#include "abstractoption.h"
 
 #include "gromacs/options/abstractoptionstorage.h"
 #include "gromacs/options/optionflags.h"
-#include "gromacs/options/optioninfo.h"
 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
 
@@ -53,20 +58,14 @@ namespace gmx
  */
 
 AbstractOptionStorage::AbstractOptionStorage(const AbstractOption &settings,
-                                             OptionFlags staticFlags)
+                                             OptionFlags           staticFlags)
     : flags_(settings.flags_ | staticFlags),
       minValueCount_(settings.minValueCount_),
       maxValueCount_(settings.maxValueCount_),
-      inSet_(false)
+      bInSet_(false), bSetValuesHadErrors_(false)
 {
-    // If the maximum number of values is not known, storage to
-    // caller-allocated memory is unsafe.
-    if ((maxValueCount_ < 0 || hasFlag(efMulti)) && hasFlag(efExternalStore))
-    {
-        GMX_THROW(APIError("Cannot set user-allocated storage for arbitrary number of values"));
-    }
     // Check that user has not provided incorrect values for vectors.
-    if (hasFlag(efVector) && (minValueCount_ > 1 || maxValueCount_ < 1))
+    if (hasFlag(efOption_Vector) && (minValueCount_ > 1 || maxValueCount_ < 1))
     {
         GMX_THROW(APIError("Inconsistent value counts for vector values"));
     }
@@ -75,7 +74,11 @@ AbstractOptionStorage::AbstractOptionStorage(const AbstractOption &settings,
     {
         name_  = settings.name_;
     }
-    descr_ = settings.createDescription();
+    if (settings.descr_ != NULL)
+    {
+        descr_ = settings.descr_;
+    }
+    setFlag(efOption_ClearOnNextSet);
 }
 
 AbstractOptionStorage::~AbstractOptionStorage()
@@ -89,43 +92,65 @@ bool AbstractOptionStorage::isBoolean() const
 
 void AbstractOptionStorage::startSource()
 {
-    setFlag(efClearOnNextSet);
+    setFlag(efOption_ClearOnNextSet);
 }
 
 void AbstractOptionStorage::startSet()
 {
-    GMX_RELEASE_ASSERT(!inSet_, "finishSet() not called");
+    GMX_RELEASE_ASSERT(!bInSet_, "finishSet() not called");
     // The last condition takes care of the situation where multiple
     // sources are used, and a later source should be able to reassign
     // the value even though the option is already set.
-    if (isSet() && !hasFlag(efMulti) && !hasFlag(efClearOnNextSet))
+    if (isSet() && !hasFlag(efOption_MultipleTimes)
+        && !hasFlag(efOption_ClearOnNextSet))
     {
         GMX_THROW(InvalidInputError("Option specified multiple times"));
     }
     clearSet();
-    inSet_ = true;
+    bInSet_              = true;
+    bSetValuesHadErrors_ = false;
 }
 
 void AbstractOptionStorage::appendValue(const std::string &value)
 {
-    GMX_RELEASE_ASSERT(inSet_, "startSet() not called");
-    convertValue(value);
+    GMX_RELEASE_ASSERT(bInSet_, "startSet() not called");
+    try
+    {
+        convertValue(value);
+    }
+    catch (...)
+    {
+        bSetValuesHadErrors_ = true;
+        throw;
+    }
 }
 
 void AbstractOptionStorage::finishSet()
 {
-    GMX_RELEASE_ASSERT(inSet_, "startSet() not called");
-    inSet_ = false;
-    // TODO: Should this be done only when processSet() does not throw?
-    setFlag(efSet);
-    processSet();
+    GMX_RELEASE_ASSERT(bInSet_, "startSet() not called");
+    bInSet_ = false;
+    // We mark the option as set even when there are errors to avoid additional
+    // errors from required options not set.
+    // TODO: There could be a separate flag for this purpose.
+    setFlag(efOption_Set);
+    if (!bSetValuesHadErrors_)
+    {
+        // TODO: Correct handling of the efOption_ClearOnNextSet requires
+        // processSet() and/or convertValue() to check it internally.
+        // OptionStorageTemplate takes care of it, but it's error-prone if
+        // a custom option is implemented that doesn't use it.
+        processSet();
+    }
+    bSetValuesHadErrors_ = false;
+    clearFlag(efOption_ClearOnNextSet);
+    clearSet();
 }
 
 void AbstractOptionStorage::finish()
 {
-    GMX_RELEASE_ASSERT(!inSet_, "finishSet() not called");
+    GMX_RELEASE_ASSERT(!bInSet_, "finishSet() not called");
     processAll();
-    if (hasFlag(efRequired) && !isSet())
+    if (isRequired() && !(isSet() || hasFlag(efOption_ExplicitDefaultValue)))
     {
         GMX_THROW(InvalidInputError("Option is required, but not set"));
     }
@@ -133,12 +158,12 @@ void AbstractOptionStorage::finish()
 
 void AbstractOptionStorage::setMinValueCount(int count)
 {
-    GMX_RELEASE_ASSERT(!hasFlag(efMulti),
-                       "setMinValueCount() not supported with efMulti");
+    GMX_RELEASE_ASSERT(!hasFlag(efOption_MultipleTimes),
+                       "setMinValueCount() not supported with efOption_MultipleTimes");
     GMX_RELEASE_ASSERT(count >= 0, "Invalid value count");
     minValueCount_ = count;
-    if (isSet()
-        && !hasFlag(efDontCheckMinimumCount) && valueCount() < minValueCount_)
+    if (isSet() && !hasFlag(efOption_DontCheckMinimumCount)
+        && valueCount() < minValueCount_)
     {
         GMX_THROW(InvalidInputError("Too few values"));
     }
@@ -146,8 +171,8 @@ void AbstractOptionStorage::setMinValueCount(int count)
 
 void AbstractOptionStorage::setMaxValueCount(int count)
 {
-    GMX_RELEASE_ASSERT(!hasFlag(efMulti),
-                       "setMaxValueCount() not supported with efMulti");
+    GMX_RELEASE_ASSERT(!hasFlag(efOption_MultipleTimes),
+                       "setMaxValueCount() not supported with efOption_MultipleTimes");
     GMX_RELEASE_ASSERT(count >= -1, "Invalid value count");
     maxValueCount_ = count;
     if (isSet() && maxValueCount_ >= 0 && valueCount() > maxValueCount_)
@@ -186,19 +211,44 @@ bool OptionInfo::isRequired() const
     return option().isRequired();
 }
 
+int OptionInfo::minValueCount() const
+{
+    if (option().defaultValueIfSetExists())
+    {
+        return 0;
+    }
+    return option().minValueCount();
+}
+
+int OptionInfo::maxValueCount() const
+{
+    return option().maxValueCount();
+}
+
 const std::string &OptionInfo::name() const
 {
     return option().name();
 }
 
-const std::string &OptionInfo::description() const
+std::string OptionInfo::type() const
 {
-    return option().description();
+    return option().typeString();
 }
 
-const char *OptionInfo::type() const
+std::string OptionInfo::formatDescription() const
 {
-    return option().typeString();
+    std::string description(option().description());
+    std::string extraDescription(option().formatExtraDescription());
+    if (!extraDescription.empty())
+    {
+        description.append(extraDescription);
+    }
+    return description;
+}
+
+std::string OptionInfo::formatDefaultValueIfSet() const
+{
+    return option().formatDefaultValueIfSet();
 }
 
 int OptionInfo::valueCount() const
@@ -211,9 +261,4 @@ std::string OptionInfo::formatValue(int i) const
     return option().formatValue(i);
 }
 
-std::string OptionInfo::formatDefaultValueIfSet() const
-{
-    return option().formatDefaultValueIfSet();
-}
-
 } // namespace gmx