biod.pnpi.spb.ru / alexxy / gromacs.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Code beautification with uncrustify
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / mdlib / tests / fft.cpp
diff --git a/src/gromacs/mdlib/tests/fft.cpp b/src/gromacs/mdlib/tests/fft.cpp
index 6c03ece003a3c43e61623e9b58fe7374ffe5fe5a..88d0e17bbe6ca85af41da6466f81264c88408a07 100644 (file)
--- a/src/gromacs/mdlib/tests/fft.cpp
+++ b/src/gromacs/mdlib/tests/fft.cpp
@@ -50,26 +50,26 @@ namespace
 
 //! Input data for FFT tests.
 const real inputdata[] = { //print ",\n".join([",".join(["%4s"%(random.randint(-99,99)/10.,) for i in range(25)]) for j in range(20)])
-        -3.5, 6.3, 1.2, 0.3, 1.1,-5.7, 5.8,-1.9,-6.3,-1.4, 7.4, 2.4,-9.9,-7.2, 5.4, 6.1,-1.9,-7.6, 1.4,-3.5, 0.7, 5.6,-4.2,-1.1,-4.4,
-        -6.3,-7.2, 4.6,-3.0,-0.9, 7.2, 2.5,-3.6, 6.1,-3.2,-2.1, 6.5,-0.4,-9.0, 2.3, 8.4, 4.0,-5.2,-9.0, 4.7,-3.7,-2.0,-9.5,-3.9,-3.6,
-         7.1, 0.8,-0.6, 5.2,-9.3,-4.5, 5.9, 2.2,-5.8, 5.0, 1.2,-0.1, 2.2, 0.2,-7.7, 1.9,-8.4, 4.4, 2.3,-2.9, 6.7, 2.7, 5.8,-3.6, 8.9,
-         8.9, 4.3, 9.1, 9.3,-8.7, 4.1, 9.6,-6.2, 6.6,-9.3, 8.2, 4.5, 6.2, 9.4,-8.0,-6.8,-3.3, 7.2, 1.7, 0.6,-4.9, 9.8, 1.3, 3.2,-0.2,
-         9.9, 4.4,-9.9,-7.2, 4.4, 4.7, 7.2,-0.3, 0.3,-2.1, 8.4,-2.1,-6.1, 4.1,-5.9,-2.2,-3.8, 5.2,-8.2,-7.8,-8.8, 6.7,-9.5,-4.2, 0.8,
-         8.3, 5.2,-9.0, 8.7, 9.8,-9.9,-7.8,-8.3, 9.0,-2.8,-9.2,-9.6, 8.4, 2.5, 6.0,-0.4, 1.3,-0.5, 9.1,-9.5,-0.8, 1.9,-6.2, 4.3,-3.8,
-         8.6,-1.9,-2.1,-0.4,-7.1,-3.7, 9.1,-6.4,-0.6, 2.5, 8.0,-5.2,-9.8,-4.3, 4.5, 1.7, 9.3, 9.2, 1.0, 5.3,-4.5, 6.4,-6.6, 3.1,-6.8,
-         2.1, 2.0, 7.3, 8.6, 5.0, 5.2, 0.4,-7.1, 4.5,-9.2,-9.1, 0.2,-6.3,-1.1,-9.6, 7.4,-3.7,-5.5, 2.6,-3.5,-0.7, 9.0, 9.8,-8.0, 3.6,
-         3.0,-2.2,-2.8, 0.8, 9.0, 2.8, 7.7,-0.7,-5.0,-1.8,-2.3,-0.4,-6.2,-9.1,-9.2, 0.5, 5.7,-3.9, 2.1, 0.6, 0.4, 9.1, 7.4, 7.1,-2.5,
-         7.3, 7.8,-4.3, 6.3,-0.8,-3.8,-1.5, 6.6, 2.3, 3.9,-4.6, 5.8,-7.4, 5.9, 2.8, 4.7, 3.9,-5.4, 9.1,-1.6,-1.9,-4.2,-2.6, 0.6,-5.1,
-         1.8, 5.2, 4.0,-6.2, 6.5,-9.1, 0.5, 2.1, 7.1,-8.6, 7.6,-9.7,-4.6,-5.7, 6.1,-1.8,-7.3, 9.4, 8.0,-2.6,-1.8, 5.7, 9.3,-7.9, 7.4,
-         6.3, 2.0, 9.6,-4.5,-6.2, 6.1, 2.3, 0.8, 5.9,-2.8,-3.5,-1.5, 6.0,-4.9, 3.5, 7.7,-4.2,-9.7, 2.4, 8.1, 5.9, 3.4,-7.5, 7.5, 2.6,
-         4.7, 2.7, 2.2, 2.6, 6.2, 7.5, 0.2,-6.4,-2.8,-0.5,-0.3, 0.4, 1.2, 3.5,-4.0,-0.5, 9.3,-7.2, 8.5,-5.5,-1.7,-5.3, 0.3, 3.9,-3.6,
-        -3.6, 4.7,-8.1, 1.4, 4.0, 1.3,-4.3,-8.8,-7.3, 6.3,-7.5,-9.0, 9.1, 4.5,-1.9, 1.9, 9.9,-1.7,-9.1,-5.1, 8.5,-9.3, 2.1,-5.8,-3.6,
-        -0.8,-0.9,-3.3,-2.7, 7.0,-7.2,-5.0, 7.4,-1.4, 0.0,-4.5,-9.7, 0.7,-1.0,-9.1,-5.3, 4.3, 3.4,-6.6, 9.8,-1.1, 8.9, 5.0, 2.9, 0.2,
-        -2.9, 0.8, 6.7,-0.6, 0.6, 4.1, 5.3,-1.7,-0.3, 4.2, 3.7,-8.3, 4.0, 1.3, 6.3, 0.2, 1.3,-1.1,-3.5, 2.8,-7.7, 6.2,-4.9,-9.9, 9.6,
-         3.0,-9.2,-8.0,-3.9, 7.9,-6.1, 6.0, 5.9, 9.6, 1.2, 6.2, 3.6, 2.1, 5.8, 9.2,-8.8, 8.8,-3.3,-9.2, 4.6, 1.8, 4.6, 2.9,-2.7, 4.2,
-         7.3,-0.4, 7.7,-7.0, 2.1, 0.3, 3.7, 3.3,-8.6, 9.8, 3.6, 3.1, 6.5,-2.4, 7.8, 7.5, 8.4,-2.8,-6.3,-5.1,-2.7, 9.3,-0.8,-9.2, 7.9,
-         8.9, 3.4, 0.1,-5.3,-6.8, 4.9, 4.3,-0.7,-2.2,-3.2,-7.5,-2.3, 0.0, 8.1,-9.2,-2.3,-5.7, 2.1, 2.6, 2.0, 0.3,-8.0,-2.0,-7.9, 6.6,
-         8.4, 4.0,-6.2,-6.9,-7.2, 7.7,-5.0, 5.3, 1.9,-5.3,-7.5, 8.8, 8.3, 9.0, 8.1, 3.2, 1.2,-5.4,-0.2, 2.1,-5.2, 9.5, 5.9, 5.6,-7.8,
+    -3.5, 6.3, 1.2, 0.3, 1.1, -5.7, 5.8, -1.9, -6.3, -1.4, 7.4, 2.4, -9.9, -7.2, 5.4, 6.1, -1.9, -7.6, 1.4, -3.5, 0.7, 5.6, -4.2, -1.1, -4.4,
+    -6.3, -7.2, 4.6, -3.0, -0.9, 7.2, 2.5, -3.6, 6.1, -3.2, -2.1, 6.5, -0.4, -9.0, 2.3, 8.4, 4.0, -5.2, -9.0, 4.7, -3.7, -2.0, -9.5, -3.9, -3.6,
+    7.1, 0.8, -0.6, 5.2, -9.3, -4.5, 5.9, 2.2, -5.8, 5.0, 1.2, -0.1, 2.2, 0.2, -7.7, 1.9, -8.4, 4.4, 2.3, -2.9, 6.7, 2.7, 5.8, -3.6, 8.9,
+    8.9, 4.3, 9.1, 9.3, -8.7, 4.1, 9.6, -6.2, 6.6, -9.3, 8.2, 4.5, 6.2, 9.4, -8.0, -6.8, -3.3, 7.2, 1.7, 0.6, -4.9, 9.8, 1.3, 3.2, -0.2,
+    9.9, 4.4, -9.9, -7.2, 4.4, 4.7, 7.2, -0.3, 0.3, -2.1, 8.4, -2.1, -6.1, 4.1, -5.9, -2.2, -3.8, 5.2, -8.2, -7.8, -8.8, 6.7, -9.5, -4.2, 0.8,
+    8.3, 5.2, -9.0, 8.7, 9.8, -9.9, -7.8, -8.3, 9.0, -2.8, -9.2, -9.6, 8.4, 2.5, 6.0, -0.4, 1.3, -0.5, 9.1, -9.5, -0.8, 1.9, -6.2, 4.3, -3.8,
+    8.6, -1.9, -2.1, -0.4, -7.1, -3.7, 9.1, -6.4, -0.6, 2.5, 8.0, -5.2, -9.8, -4.3, 4.5, 1.7, 9.3, 9.2, 1.0, 5.3, -4.5, 6.4, -6.6, 3.1, -6.8,
+    2.1, 2.0, 7.3, 8.6, 5.0, 5.2, 0.4, -7.1, 4.5, -9.2, -9.1, 0.2, -6.3, -1.1, -9.6, 7.4, -3.7, -5.5, 2.6, -3.5, -0.7, 9.0, 9.8, -8.0, 3.6,
+    3.0, -2.2, -2.8, 0.8, 9.0, 2.8, 7.7, -0.7, -5.0, -1.8, -2.3, -0.4, -6.2, -9.1, -9.2, 0.5, 5.7, -3.9, 2.1, 0.6, 0.4, 9.1, 7.4, 7.1, -2.5,
+    7.3, 7.8, -4.3, 6.3, -0.8, -3.8, -1.5, 6.6, 2.3, 3.9, -4.6, 5.8, -7.4, 5.9, 2.8, 4.7, 3.9, -5.4, 9.1, -1.6, -1.9, -4.2, -2.6, 0.6, -5.1,
+    1.8, 5.2, 4.0, -6.2, 6.5, -9.1, 0.5, 2.1, 7.1, -8.6, 7.6, -9.7, -4.6, -5.7, 6.1, -1.8, -7.3, 9.4, 8.0, -2.6, -1.8, 5.7, 9.3, -7.9, 7.4,
+    6.3, 2.0, 9.6, -4.5, -6.2, 6.1, 2.3, 0.8, 5.9, -2.8, -3.5, -1.5, 6.0, -4.9, 3.5, 7.7, -4.2, -9.7, 2.4, 8.1, 5.9, 3.4, -7.5, 7.5, 2.6,
+    4.7, 2.7, 2.2, 2.6, 6.2, 7.5, 0.2, -6.4, -2.8, -0.5, -0.3, 0.4, 1.2, 3.5, -4.0, -0.5, 9.3, -7.2, 8.5, -5.5, -1.7, -5.3, 0.3, 3.9, -3.6,
+    -3.6, 4.7, -8.1, 1.4, 4.0, 1.3, -4.3, -8.8, -7.3, 6.3, -7.5, -9.0, 9.1, 4.5, -1.9, 1.9, 9.9, -1.7, -9.1, -5.1, 8.5, -9.3, 2.1, -5.8, -3.6,
+    -0.8, -0.9, -3.3, -2.7, 7.0, -7.2, -5.0, 7.4, -1.4, 0.0, -4.5, -9.7, 0.7, -1.0, -9.1, -5.3, 4.3, 3.4, -6.6, 9.8, -1.1, 8.9, 5.0, 2.9, 0.2,
+    -2.9, 0.8, 6.7, -0.6, 0.6, 4.1, 5.3, -1.7, -0.3, 4.2, 3.7, -8.3, 4.0, 1.3, 6.3, 0.2, 1.3, -1.1, -3.5, 2.8, -7.7, 6.2, -4.9, -9.9, 9.6,
+    3.0, -9.2, -8.0, -3.9, 7.9, -6.1, 6.0, 5.9, 9.6, 1.2, 6.2, 3.6, 2.1, 5.8, 9.2, -8.8, 8.8, -3.3, -9.2, 4.6, 1.8, 4.6, 2.9, -2.7, 4.2,
+    7.3, -0.4, 7.7, -7.0, 2.1, 0.3, 3.7, 3.3, -8.6, 9.8, 3.6, 3.1, 6.5, -2.4, 7.8, 7.5, 8.4, -2.8, -6.3, -5.1, -2.7, 9.3, -0.8, -9.2, 7.9,
+    8.9, 3.4, 0.1, -5.3, -6.8, 4.9, 4.3, -0.7, -2.2, -3.2, -7.5, -2.3, 0.0, 8.1, -9.2, -2.3, -5.7, 2.1, 2.6, 2.0, 0.3, -8.0, -2.0, -7.9, 6.6,
+    8.4, 4.0, -6.2, -6.9, -7.2, 7.7, -5.0, 5.3, 1.9, -5.3, -7.5, 8.8, 8.3, 9.0, 8.1, 3.2, 1.2, -5.4, -0.2, 2.1, -5.2, 9.5, 5.9, 5.6, -7.8,
 };
 
 
@@ -83,9 +83,9 @@ class BaseFFTTest : public ::testing::Test
         {
             gmx_fft_cleanup();
         }
-        gmx::test::TestReferenceData data_;
+        gmx::test::TestReferenceData    data_;
         gmx::test::TestReferenceChecker checker_;
-        std::vector<real> in_, out_;
+        std::vector<real>               in_, out_;
 };
 
 class FFTTest : public BaseFFTTest
@@ -148,18 +148,18 @@ class FFFTest3D : public BaseFFTTest
 TEST_P(FFTTest1D, Complex)
 {
     const int nx = GetParam();
-    ASSERT_LE(nx*2,static_cast<int>(sizeof(inputdata)/sizeof(real)));
+    ASSERT_LE(nx*2, static_cast<int>(sizeof(inputdata)/sizeof(real)));
 
-    in_ = std::vector<real>(inputdata,inputdata+nx*2);
+    in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+nx*2);
     out_ = std::vector<real>(nx*2);
     real* in  = &in_[0];
     real* out = &out_[0];
 
-    gmx_fft_init_1d(&fft_,nx,0);
+    gmx_fft_init_1d(&fft_, nx, 0);
 
-    gmx_fft_1d(fft_,GMX_FFT_FORWARD, in, out);
+    gmx_fft_1d(fft_, GMX_FFT_FORWARD, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(nx*2, out, "forward");
-    gmx_fft_1d(fft_,GMX_FFT_BACKWARD, in, out);
+    gmx_fft_1d(fft_, GMX_FFT_BACKWARD, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(nx*2, out, "backward");
 }
 
@@ -167,40 +167,40 @@ TEST_P(FFTTest1D, Real)
 {
     const int rx = GetParam();
     const int cx = (rx/2+1);
-    ASSERT_LE(cx*2,static_cast<int>(sizeof(inputdata)/sizeof(real)));
+    ASSERT_LE(cx*2, static_cast<int>(sizeof(inputdata)/sizeof(real)));
 
-    in_ = std::vector<real>(inputdata,inputdata+cx*2);
+    in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+cx*2);
     out_ = std::vector<real>(cx*2);
-    real* in = &in_[0];
+    real* in  = &in_[0];
     real* out = &out_[0];
 
-    gmx_fft_init_1d_real(&fft_,rx,0);
+    gmx_fft_init_1d_real(&fft_, rx, 0);
 
-    gmx_fft_1d_real(fft_,GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX,in,out);
+    gmx_fft_1d_real(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(cx*2, out, "forward");
-    gmx_fft_1d_real(fft_,GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL,in,out);
+    gmx_fft_1d_real(fft_, GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(rx, out, "backward");
 }
 
 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(7_8_25_36_60,
-        FFTTest1D, ::testing::Values(7,8,25,36,60));
+                        FFTTest1D, ::testing::Values(7, 8, 25, 36, 60));
 
 
 TEST_F(ManyFFTTest, Complex1DLength48Multi5Test)
 {
     const int nx = 48;
-    const int N = 5;
+    const int N  = 5;
 
-    in_ = std::vector<real>(inputdata,inputdata+nx*2*N);
+    in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+nx*2*N);
     out_ = std::vector<real>(nx*2*N);
-    real* in = &in_[0];
+    real* in  = &in_[0];
     real* out = &out_[0];
 
-    gmx_fft_init_many_1d(&fft_,nx,N,0);
+    gmx_fft_init_many_1d(&fft_, nx, N, 0);
 
-    gmx_fft_many_1d(fft_,GMX_FFT_FORWARD, in, out);
+    gmx_fft_many_1d(fft_, GMX_FFT_FORWARD, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(nx*2*N, out, "forward");
-    gmx_fft_many_1d(fft_,GMX_FFT_BACKWARD, in, out);
+    gmx_fft_many_1d(fft_, GMX_FFT_BACKWARD, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(nx*2*N, out, "backward");
 }
 
@@ -208,18 +208,18 @@ TEST_F(ManyFFTTest, Real1DLength48Multi5Test)
 {
     const int rx = 48;
     const int cx = (rx/2+1);
-    const int N = 5;
+    const int N  = 5;
 
-    in_ = std::vector<real>(inputdata,inputdata+cx*2*N);
+    in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+cx*2*N);
     out_ = std::vector<real>(cx*2*N);
-    real* in = &in_[0];
+    real* in  = &in_[0];
     real* out = &out_[0];
 
-    gmx_fft_init_many_1d_real(&fft_,rx,N,0);
+    gmx_fft_init_many_1d_real(&fft_, rx, N, 0);
 
-    gmx_fft_many_1d_real(fft_,GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX,in,out);
+    gmx_fft_many_1d_real(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(cx*2*N, out, "forward");
-    gmx_fft_many_1d_real(fft_,GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL,in,out);
+    gmx_fft_many_1d_real(fft_, GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(rx*N, out, "backward");
 }
 
@@ -229,14 +229,14 @@ TEST_F(FFTTest, Real2DLength18_15Test)
     const int cx = (rx/2+1);
     const int ny = 15;
 
-    in_ = std::vector<real>(inputdata,inputdata+cx*2*ny);
+    in_  = std::vector<real>(inputdata, inputdata+cx*2*ny);
     out_ = std::vector<real>(cx*2*ny);
-    real* in = &in_[0];
+    real* in  = &in_[0];
     real* out = &out_[0];
 
-    gmx_fft_init_2d_real(&fft_,rx,ny,0);
+    gmx_fft_init_2d_real(&fft_, rx, ny, 0);
 
-    gmx_fft_2d_real(fft_,GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX,in,out);
+    gmx_fft_2d_real(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, in, out);
     checker_.checkSequenceArray(cx*2*ny, out, "forward");
 //    known to be wrong for gmx_fft_mkl. And not used.
 //    gmx_fft_2d_real(_fft,GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL,in,out);
@@ -246,36 +246,36 @@ TEST_F(FFTTest, Real2DLength18_15Test)
 //TODO: test with threads and more than 1 MPI ranks
 TEST_F(FFFTest3D, Real5_6_9)
 {
-    int ndata[] = {5, 6, 9};
-    MPI_Comm comm[] = {MPI_COMM_NULL, MPI_COMM_NULL};
-    real* rdata;
+    int        ndata[] = {5, 6, 9};
+    MPI_Comm   comm[]  = {MPI_COMM_NULL, MPI_COMM_NULL};
+    real     * rdata;
     t_complex* cdata;
-    ivec local_ndata, offset,rsize,csize,complex_order;
+    ivec       local_ndata, offset, rsize, csize, complex_order;
 
     gmx_parallel_3dfft_init(&fft_, ndata, &rdata, &cdata,
-            comm, NULL, NULL, TRUE, 1);
+                            comm, NULL, NULL, TRUE, 1);
 
     gmx_parallel_3dfft_real_limits(fft_, local_ndata, offset, rsize);
     gmx_parallel_3dfft_complex_limits(fft_, complex_order,
-            local_ndata, offset, csize);
-    checker_.checkVector(rsize,"rsize");
-    checker_.checkVector(csize,"csize");
+                                      local_ndata, offset, csize);
+    checker_.checkVector(rsize, "rsize");
+    checker_.checkVector(csize, "csize");
     int size = csize[0]*csize[1]*csize[2];
 
-    memcpy(rdata,inputdata,size*sizeof(t_complex));
+    memcpy(rdata, inputdata, size*sizeof(t_complex));
     gmx_parallel_3dfft_execute(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, rdata, cdata,
-            0, NULL);
+                               0, NULL);
     //TODO use std::complex and add checkComplex for it
     checker_.checkSequenceArray(size*2,
-            reinterpret_cast<real*>(cdata), "forward");
+                                reinterpret_cast<real*>(cdata), "forward");
 
-    memcpy(cdata,inputdata,size*sizeof(t_complex));
+    memcpy(cdata, inputdata, size*sizeof(t_complex));
     gmx_parallel_3dfft_execute(fft_, GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL, rdata, cdata,
-            0, NULL);
-    for(int i=0;i<ndata[0]*ndata[1];i++) //check sequence but skip unused data
+                               0, NULL);
+    for (int i = 0; i < ndata[0]*ndata[1]; i++) //check sequence but skip unused data
     {
         checker_.checkSequenceArray(ndata[2], rdata+i*rsize[2],
-                gmx::formatString("backward %d",i).c_str());
+                                    gmx::formatString("backward %d", i).c_str());
     }
 }
 
Local GROMACS mirror with custom stuff