Code beautification with uncrustify
authorRoland Schulz <roland@utk.edu>
Tue, 12 Feb 2013 19:01:14 +0000 (14:01 -0500)
committerRoland Schulz <roland@utk.edu>
Wed, 13 Feb 2013 20:49:37 +0000 (15:49 -0500)
commitc5cb103584f8046d87ec0b72417f51c57f2e32fc
treec319dcc3f7e2c57cc678cb813c21bdf24201400c
parentebbc0a3c8202347807a5d5d45d78f38f56e5bc80
Code beautification with uncrustify

Uses same unrustify config and version as release-4-6 branch.

version:
https://github.com/rolandschulz/uncrustify/tree/gromacs

Final version and config is still under dicussion (I4ef0b69eed4).
Final version will not change signficant from this. This commit
allows to merge 4.6 into master.

Command:
uncrustify --replace -c admin/uncrustify.cfg `find src -not -name 'nb_kernel_Elec*' -not -path '*/external/*' -not -path '*src/gromacs/linearalgebra/gmx_blas/*' -not -path '*src/gromacs/linearalgebra/gmx_lapack/*' -not -path 'src/contrib/*' -not -path '*nb_kernel_adress_c*' -not -name 'parser.*' -not -name scanner.cpp -not -name scanner_flex.h \( -name '*.c' -o -name '*.cc' -o -name '*.h' -o -name '*.cpp' \)

Change-Id: If3e0768cd09dafd23e38a7a3fff06e9e804891e1
903 files changed:
admin/uncrustify.cfg [new file with mode: 0644]
src/gromacs/analysisdata/abstractdata.cpp
src/gromacs/analysisdata/abstractdata.h
src/gromacs/analysisdata/analysisdata.cpp
src/gromacs/analysisdata/analysisdata.h
src/gromacs/analysisdata/arraydata.cpp
src/gromacs/analysisdata/arraydata.h
src/gromacs/analysisdata/dataframe.cpp
src/gromacs/analysisdata/dataframe.h
src/gromacs/analysisdata/datastorage.cpp
src/gromacs/analysisdata/datastorage.h
src/gromacs/analysisdata/modules/average.cpp
src/gromacs/analysisdata/modules/average.h
src/gromacs/analysisdata/modules/displacement.cpp
src/gromacs/analysisdata/modules/displacement.h
src/gromacs/analysisdata/modules/histogram.cpp
src/gromacs/analysisdata/modules/histogram.h
src/gromacs/analysisdata/modules/plot.cpp
src/gromacs/analysisdata/modules/plot.h
src/gromacs/analysisdata/tests/analysisdata.cpp
src/gromacs/analysisdata/tests/arraydata.cpp
src/gromacs/analysisdata/tests/average.cpp
src/gromacs/analysisdata/tests/histogram.cpp
src/gromacs/commandline/cmdlinehelpwriter.cpp
src/gromacs/commandline/cmdlinemodulemanager.cpp
src/gromacs/commandline/cmdlinemodulemanager.h
src/gromacs/commandline/cmdlineparser.cpp
src/gromacs/commandline/tests/cmdlinehelpwriter.cpp
src/gromacs/commandline/tests/cmdlinemodulemanager.cpp
src/gromacs/commandline/tests/cmdlineparser.cpp
src/gromacs/gmxlib/3dview.c
src/gromacs/gmxlib/atomprop.c
src/gromacs/gmxlib/bfunc.h [deleted file]
src/gromacs/gmxlib/bondfree.c
src/gromacs/gmxlib/calcgrid.c
src/gromacs/gmxlib/calch.c
src/gromacs/gmxlib/chargegroup.c
src/gromacs/gmxlib/checkpoint.c
src/gromacs/gmxlib/cinvsqrtdata.c
src/gromacs/gmxlib/confio.c
src/gromacs/gmxlib/copyrite.c
src/gromacs/gmxlib/crecipdata.c
src/gromacs/gmxlib/disre.c
src/gromacs/gmxlib/dlb.h
src/gromacs/gmxlib/do_fit.c
src/gromacs/gmxlib/enxio.c
src/gromacs/gmxlib/ewald_util.c
src/gromacs/gmxlib/filenm.c
src/gromacs/gmxlib/futil.c
src/gromacs/gmxlib/gbutil.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_cpuid.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_cyclecounter.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_detect_hardware.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_fatal.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_omp.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_omp_nthreads.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_random.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_random_gausstable.h
src/gromacs/gmxlib/gmx_sort.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_system_xdr.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_thread_affinity.c
src/gromacs/gmxlib/gmxcpp.c
src/gromacs/gmxlib/gmxfio.c
src/gromacs/gmxlib/gmxfio_asc.c
src/gromacs/gmxlib/gmxfio_bin.c
src/gromacs/gmxlib/gmxfio_int.h
src/gromacs/gmxlib/gmxfio_rw.c
src/gromacs/gmxlib/gmxfio_xdr.c
src/gromacs/gmxlib/gpu_utils/memtestG80_core.h
src/gromacs/gmxlib/ifunc.c
src/gromacs/gmxlib/index.c
src/gromacs/gmxlib/inputrec.c
src/gromacs/gmxlib/invblock.c
src/gromacs/gmxlib/invsqrt_test.c
src/gromacs/gmxlib/libxdrf.c
src/gromacs/gmxlib/main.c
src/gromacs/gmxlib/maths.c
src/gromacs/gmxlib/matio.c
src/gromacs/gmxlib/md5.c
src/gromacs/gmxlib/md_logging.c
src/gromacs/gmxlib/minvert.h
src/gromacs/gmxlib/mshift.c
src/gromacs/gmxlib/mtop_util.c
src/gromacs/gmxlib/mvdata.c
src/gromacs/gmxlib/names.c
src/gromacs/gmxlib/network.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_free_energy.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_free_energy.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic_adress.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic_adress.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic_cg.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic_cg.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_128_fma_double/kernelutil_x86_avx_128_fma_double.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_128_fma_double/nb_kernel_avx_128_fma_double.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_128_fma_double/nb_kernel_avx_128_fma_double.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_128_fma_single/kernelutil_x86_avx_128_fma_single.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_128_fma_single/nb_kernel_avx_128_fma_single.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_128_fma_single/nb_kernel_avx_128_fma_single.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_256_double/kernelutil_x86_avx_256_double.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_256_double/nb_kernel_avx_256_double.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_256_double/nb_kernel_avx_256_double.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_256_single/kernelutil_x86_avx_256_single.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_256_single/nb_kernel_avx_256_single.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_avx_256_single/nb_kernel_avx_256_single.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c/nb_kernel_allvsall.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c/nb_kernel_allvsallgb.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c/nb_kernel_c.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_c/nb_kernel_c.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse2_double/kernelutil_x86_sse2_double.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse2_double/nb_kernel_sse2_double.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse2_double/nb_kernel_sse2_double.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse2_single/kernelutil_x86_sse2_single.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse2_single/nb_kernel_sse2_single.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse2_single/nb_kernel_sse2_single.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse4_1_double/kernelutil_x86_sse4_1_double.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse4_1_double/nb_kernel_sse4_1_double.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse4_1_double/nb_kernel_sse4_1_double.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse4_1_single/kernelutil_x86_sse4_1_single.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse4_1_single/nb_kernel_sse4_1_single.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_kernel_sse4_1_single/nb_kernel_sse4_1_single.h
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nonbonded.c
src/gromacs/gmxlib/nrama.c
src/gromacs/gmxlib/nrjac.c
src/gromacs/gmxlib/nrnb.c
src/gromacs/gmxlib/oenv.cpp
src/gromacs/gmxlib/orires.c
src/gromacs/gmxlib/pargs.c
src/gromacs/gmxlib/pbc.c
src/gromacs/gmxlib/pdbio.c
src/gromacs/gmxlib/physics.c
src/gromacs/gmxlib/physics_test.c
src/gromacs/gmxlib/princ.c
src/gromacs/gmxlib/rando.c
src/gromacs/gmxlib/random.c
src/gromacs/gmxlib/rbin.c
src/gromacs/gmxlib/readinp.c
src/gromacs/gmxlib/rmpbc.c
src/gromacs/gmxlib/sfactor.c
src/gromacs/gmxlib/shift_util.c
src/gromacs/gmxlib/sighandler.c
src/gromacs/gmxlib/smalloc.c
src/gromacs/gmxlib/sortwater.c
src/gromacs/gmxlib/splitter.c
src/gromacs/gmxlib/statistics/gmx_statistics.c
src/gromacs/gmxlib/statistics/gmx_statistics_test.c
src/gromacs/gmxlib/statistics/histogram.c
src/gromacs/gmxlib/statutil.cpp
src/gromacs/gmxlib/strdb.c
src/gromacs/gmxlib/string2.c
src/gromacs/gmxlib/symtab.c
src/gromacs/gmxlib/tcontrol.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/alltoall.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/barrier.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/bcast.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/collective.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/collective.h
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/comm.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/errhandler.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/event.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/gather.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/group.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/impl.h
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/list.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/lock.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/numa_malloc.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/once.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/p2p.h
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/p2p_buffer.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/p2p_protocol.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/p2p_send_recv.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/p2p_wait.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/profile.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/profile.h
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/pthreads.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/pthreads.h
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/reduce.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/reduce_fast.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/scan.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/scatter.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/settings.h
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/system_error.cpp
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/tmpi_init.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/tmpi_malloc.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/tmpi_ops.h
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/topology.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/type.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/winthreads.c
src/gromacs/gmxlib/thread_mpi/winthreads.h
src/gromacs/gmxlib/topsort.c
src/gromacs/gmxlib/tpxio.c
src/gromacs/gmxlib/trajana/displacement.c
src/gromacs/gmxlib/trnio.c
src/gromacs/gmxlib/trxio.c
src/gromacs/gmxlib/txtdump.c
src/gromacs/gmxlib/typedefs.c
src/gromacs/gmxlib/viewit.c
src/gromacs/gmxlib/vmdio.c
src/gromacs/gmxlib/vmdio.h
src/gromacs/gmxlib/warninp.c
src/gromacs/gmxlib/wgms.c
src/gromacs/gmxlib/wman.cpp
src/gromacs/gmxlib/writeps.c
src/gromacs/gmxlib/xdrd.c
src/gromacs/gmxlib/xtcio.c
src/gromacs/gmxlib/xvgr.c
src/gromacs/gmxpreprocess/add_par.c
src/gromacs/gmxpreprocess/add_par.h
src/gromacs/gmxpreprocess/calc_verletbuf.c
src/gromacs/gmxpreprocess/calc_verletbuf.h
src/gromacs/gmxpreprocess/compute_io.c
src/gromacs/gmxpreprocess/compute_io.h
src/gromacs/gmxpreprocess/fflibutil.c
src/gromacs/gmxpreprocess/fflibutil.h
src/gromacs/gmxpreprocess/gen_ad.c
src/gromacs/gmxpreprocess/gen_vsite.c
src/gromacs/gmxpreprocess/gen_vsite.h
src/gromacs/gmxpreprocess/genhydro.c
src/gromacs/gmxpreprocess/genhydro.h
src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.c
src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_bond_atomtype.c
src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_bond_atomtype.h
src/gromacs/gmxpreprocess/h_db.c
src/gromacs/gmxpreprocess/h_db.h
src/gromacs/gmxpreprocess/hackblock.c
src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2top.c
src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.c
src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.h
src/gromacs/gmxpreprocess/readadress.c
src/gromacs/gmxpreprocess/readir.c
src/gromacs/gmxpreprocess/readir.h
src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.c
src/gromacs/gmxpreprocess/readrot.c
src/gromacs/gmxpreprocess/resall.c
src/gromacs/gmxpreprocess/ter_db.c
src/gromacs/gmxpreprocess/ter_db.h
src/gromacs/gmxpreprocess/topdirs.c
src/gromacs/gmxpreprocess/topdirs.h
src/gromacs/gmxpreprocess/topexcl.c
src/gromacs/gmxpreprocess/topexcl.h
src/gromacs/gmxpreprocess/topio.c
src/gromacs/gmxpreprocess/topio.h
src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.c
src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.h
src/gromacs/gmxpreprocess/topshake.c
src/gromacs/gmxpreprocess/topshake.h
src/gromacs/gmxpreprocess/toputil.c
src/gromacs/gmxpreprocess/vsite_parm.c
src/gromacs/gmxpreprocess/vsite_parm.h
src/gromacs/legacyheaders/3dview.h
src/gromacs/legacyheaders/atomprop.h
src/gromacs/legacyheaders/bondf.h
src/gromacs/legacyheaders/calcgrid.h
src/gromacs/legacyheaders/calch.h
src/gromacs/legacyheaders/calcmu.h
src/gromacs/legacyheaders/chargegroup.h
src/gromacs/legacyheaders/checkpoint.h
src/gromacs/legacyheaders/confio.h
src/gromacs/legacyheaders/constr.h
src/gromacs/legacyheaders/copyrite.h
src/gromacs/legacyheaders/coulomb.h
src/gromacs/legacyheaders/disre.h
src/gromacs/legacyheaders/do_fit.h
src/gromacs/legacyheaders/domdec.h
src/gromacs/legacyheaders/domdec_network.h
src/gromacs/legacyheaders/ebin.h
src/gromacs/legacyheaders/edsam.h
src/gromacs/legacyheaders/enxio.h
src/gromacs/legacyheaders/filenm.h
src/gromacs/legacyheaders/force.h
src/gromacs/legacyheaders/futil.h
src/gromacs/legacyheaders/gbutil.h
src/gromacs/legacyheaders/gen_ad.h
src/gromacs/legacyheaders/genborn.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_ana.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_avx_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_avx_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_cpuid.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_cyclecounter.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_detect_hardware.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_fatal.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_fatal_collective.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_fft.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_ga2la.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_hash.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_avx_128_fma_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_avx_128_fma_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_avx_256_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_avx_256_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_sse2_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_sse2_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_sse4_1_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_math_x86_sse4_1_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_omp_nthreads.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_parallel_3dfft.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_random.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_simd_macros.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_sort.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_statistics.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_system_xdr.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_thread_affinity.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_wallcycle.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_avx_128_fma.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_avx_256.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_simd_double.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_simd_single.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_sse2.h
src/gromacs/legacyheaders/gmx_x86_sse4_1.h
src/gromacs/legacyheaders/gmxcomplex.h
src/gromacs/legacyheaders/gmxcpp.h
src/gromacs/legacyheaders/gmxfio.h
src/gromacs/legacyheaders/gpp_atomtype.h
src/gromacs/legacyheaders/gpp_nextnb.h
src/gromacs/legacyheaders/gpu_utils.h
src/gromacs/legacyheaders/grompp.h
src/gromacs/legacyheaders/gstat.h
src/gromacs/legacyheaders/hackblock.h
src/gromacs/legacyheaders/histogram.h
src/gromacs/legacyheaders/index.h
src/gromacs/legacyheaders/inputrec.h
src/gromacs/legacyheaders/invblock.h
src/gromacs/legacyheaders/macros.h
src/gromacs/legacyheaders/main.h
src/gromacs/legacyheaders/maths.h
src/gromacs/legacyheaders/matio.h
src/gromacs/legacyheaders/md5.h
src/gromacs/legacyheaders/md_logging.h
src/gromacs/legacyheaders/md_support.h
src/gromacs/legacyheaders/mdatoms.h
src/gromacs/legacyheaders/mdebin.h
src/gromacs/legacyheaders/mdrun.h
src/gromacs/legacyheaders/mshift.h
src/gromacs/legacyheaders/mtop_util.h
src/gromacs/legacyheaders/mvdata.h
src/gromacs/legacyheaders/names.h
src/gromacs/legacyheaders/nbnxn_cuda_data_mgmt.h
src/gromacs/legacyheaders/network.h
src/gromacs/legacyheaders/nonbonded.h
src/gromacs/legacyheaders/nrama.h
src/gromacs/legacyheaders/nrjac.h
src/gromacs/legacyheaders/nrnb.h
src/gromacs/legacyheaders/ns.h
src/gromacs/legacyheaders/nsgrid.h
src/gromacs/legacyheaders/oenv.h
src/gromacs/legacyheaders/orires.h
src/gromacs/legacyheaders/partdec.h
src/gromacs/legacyheaders/pbc.h
src/gromacs/legacyheaders/pdb2top.h
src/gromacs/legacyheaders/pdbio.h
src/gromacs/legacyheaders/perf_est.h
src/gromacs/legacyheaders/physics.h
src/gromacs/legacyheaders/pmalloc_cuda.h
src/gromacs/legacyheaders/pme.h
src/gromacs/legacyheaders/princ.h
src/gromacs/legacyheaders/pull.h
src/gromacs/legacyheaders/pull_rotation.h
src/gromacs/legacyheaders/qmmm.h
src/gromacs/legacyheaders/random.h
src/gromacs/legacyheaders/rbin.h
src/gromacs/legacyheaders/readinp.h
src/gromacs/legacyheaders/resall.h
src/gromacs/legacyheaders/rmpbc.h
src/gromacs/legacyheaders/sfactor.h
src/gromacs/legacyheaders/shellfc.h
src/gromacs/legacyheaders/shift.h
src/gromacs/legacyheaders/sighandler.h
src/gromacs/legacyheaders/sim_util.h
src/gromacs/legacyheaders/smalloc.h
src/gromacs/legacyheaders/sortwater.h
src/gromacs/legacyheaders/split.h
src/gromacs/legacyheaders/splitter.h
src/gromacs/legacyheaders/statutil.h
src/gromacs/legacyheaders/strdb.h
src/gromacs/legacyheaders/string2.h
src/gromacs/legacyheaders/symtab.h
src/gromacs/legacyheaders/sysstuff.h
src/gromacs/legacyheaders/tables.h
src/gromacs/legacyheaders/tgroup.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/cycles.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/gcc.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/gcc_ia64.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/gcc_intrinsics.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/gcc_ppc.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/gcc_spinlock.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/gcc_x86.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/msvc.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/suncc-sparc.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/atomic/xlc_ppc.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/barrier.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/collective.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/event.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/hwinfo.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/list.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/lock.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/mpi_bindings.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/mutex.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/numa_malloc.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/system_error.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/threads.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/tmpi.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/visibility.h
src/gromacs/legacyheaders/thread_mpi/wait.h
src/gromacs/legacyheaders/tmpi.h
src/gromacs/legacyheaders/topsort.h
src/gromacs/legacyheaders/toputil.h
src/gromacs/legacyheaders/tpxio.h
src/gromacs/legacyheaders/trnio.h
src/gromacs/legacyheaders/txtdump.h
src/gromacs/legacyheaders/typedefs.h
src/gromacs/legacyheaders/types/atoms.h
src/gromacs/legacyheaders/types/block.h
src/gromacs/legacyheaders/types/commrec.h
src/gromacs/legacyheaders/types/constr.h
src/gromacs/legacyheaders/types/energy.h
src/gromacs/legacyheaders/types/enums.h
src/gromacs/legacyheaders/types/fcdata.h
src/gromacs/legacyheaders/types/filenm.h
src/gromacs/legacyheaders/types/force_flags.h
src/gromacs/legacyheaders/types/forcerec.h
src/gromacs/legacyheaders/types/genborn.h
src/gromacs/legacyheaders/types/globsig.h
src/gromacs/legacyheaders/types/graph.h
src/gromacs/legacyheaders/types/group.h
src/gromacs/legacyheaders/types/hw_info.h
src/gromacs/legacyheaders/types/idef.h
src/gromacs/legacyheaders/types/ifunc.h
src/gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h
src/gromacs/legacyheaders/types/interaction_const.h
src/gromacs/legacyheaders/types/ishift.h
src/gromacs/legacyheaders/types/iteratedconstraints.h
src/gromacs/legacyheaders/types/matrix.h
src/gromacs/legacyheaders/types/mdatom.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nb_verlet.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nblist.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nbnxn_cuda_types_ext.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nbnxn_pairlist.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nlistheuristics.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nrnb.h
src/gromacs/legacyheaders/types/ns.h
src/gromacs/legacyheaders/types/nsgrid.h
src/gromacs/legacyheaders/types/oenv.h
src/gromacs/legacyheaders/types/pbc.h
src/gromacs/legacyheaders/types/qmmmrec.h
src/gromacs/legacyheaders/types/shellfc.h
src/gromacs/legacyheaders/types/simple.h
src/gromacs/legacyheaders/types/state.h
src/gromacs/legacyheaders/types/symtab.h
src/gromacs/legacyheaders/types/topology.h
src/gromacs/legacyheaders/types/trx.h
src/gromacs/legacyheaders/update.h
src/gromacs/legacyheaders/vcm.h
src/gromacs/legacyheaders/vec.h
src/gromacs/legacyheaders/viewit.h
src/gromacs/legacyheaders/vsite.h
src/gromacs/legacyheaders/warninp.h
src/gromacs/legacyheaders/wgms.h
src/gromacs/legacyheaders/wman.h
src/gromacs/legacyheaders/writeps.h
src/gromacs/legacyheaders/xdrf.h
src/gromacs/legacyheaders/xtcio.h
src/gromacs/legacyheaders/xvgr.h
src/gromacs/linearalgebra/eigensolver.c
src/gromacs/linearalgebra/eigensolver.h
src/gromacs/linearalgebra/gmx_arpack.c
src/gromacs/linearalgebra/gmx_arpack.h
src/gromacs/linearalgebra/gmx_blas.h
src/gromacs/linearalgebra/gmx_lapack.h
src/gromacs/linearalgebra/matrix.c
src/gromacs/linearalgebra/matrix.h
src/gromacs/linearalgebra/mtxio.c
src/gromacs/linearalgebra/mtxio.h
src/gromacs/linearalgebra/sparsematrix.c
src/gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h
src/gromacs/mdlib/adress.c
src/gromacs/mdlib/adress.h
src/gromacs/mdlib/calcmu.c
src/gromacs/mdlib/calcvir.c
src/gromacs/mdlib/clincs.c
src/gromacs/mdlib/constr.c
src/gromacs/mdlib/coupling.c
src/gromacs/mdlib/csettle.c
src/gromacs/mdlib/domdec.c
src/gromacs/mdlib/domdec_box.c
src/gromacs/mdlib/domdec_con.c
src/gromacs/mdlib/domdec_network.c
src/gromacs/mdlib/domdec_setup.c
src/gromacs/mdlib/domdec_top.c
src/gromacs/mdlib/ebin.c
src/gromacs/mdlib/edsam.c
src/gromacs/mdlib/ewald.c
src/gromacs/mdlib/expanded.c
src/gromacs/mdlib/fft5d.cpp
src/gromacs/mdlib/fft5d.h
src/gromacs/mdlib/force.c
src/gromacs/mdlib/forcerec.c
src/gromacs/mdlib/genborn.c
src/gromacs/mdlib/genborn_allvsall.c
src/gromacs/mdlib/genborn_allvsall.h
src/gromacs/mdlib/genborn_allvsall_sse2_double.c
src/gromacs/mdlib/genborn_allvsall_sse2_double.h
src/gromacs/mdlib/genborn_allvsall_sse2_single.c
src/gromacs/mdlib/genborn_allvsall_sse2_single.h
src/gromacs/mdlib/genborn_sse2_double.c
src/gromacs/mdlib/genborn_sse2_double.h
src/gromacs/mdlib/genborn_sse2_single.c
src/gromacs/mdlib/genborn_sse2_single.h
src/gromacs/mdlib/gmx_fft.c
src/gromacs/mdlib/gmx_fft_fftpack.c
src/gromacs/mdlib/gmx_fft_fftw3.cpp
src/gromacs/mdlib/gmx_fft_mkl.c
src/gromacs/mdlib/gmx_parallel_3dfft.c
src/gromacs/mdlib/gmx_wallcycle.c
src/gromacs/mdlib/groupcoord.c
src/gromacs/mdlib/groupcoord.h
src/gromacs/mdlib/init.c
src/gromacs/mdlib/iteratedconstraints.c
src/gromacs/mdlib/md_support.c
src/gromacs/mdlib/mdatom.c
src/gromacs/mdlib/mdebin.c
src/gromacs/mdlib/mdebin_bar.c
src/gromacs/mdlib/mdebin_bar.h
src/gromacs/mdlib/minimize.c
src/gromacs/mdlib/mvxvf.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_atomdata.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_atomdata.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_types.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_internal.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_common.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_gpu_ref.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_gpu_ref.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_inner.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_ref_outer.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn_inner.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_2xnn_outer.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn_inner.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_4xn_outer.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_simd_utils.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd128.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_kernels/nbnxn_kernel_x86_simd256.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_search.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_search.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_search_simd_2xnn.h
src/gromacs/mdlib/nbnxn_search_simd_4xn.h
src/gromacs/mdlib/nlistheuristics.c
src/gromacs/mdlib/ns.c
src/gromacs/mdlib/nsgrid.c
src/gromacs/mdlib/partdec.c
src/gromacs/mdlib/perf_est.c
src/gromacs/mdlib/pme.c
src/gromacs/mdlib/pme_pp.c
src/gromacs/mdlib/pme_sse_single.h
src/gromacs/mdlib/pull.c
src/gromacs/mdlib/pull_rotation.c
src/gromacs/mdlib/pullutil.c
src/gromacs/mdlib/qm_gamess.c
src/gromacs/mdlib/qm_gaussian.c
src/gromacs/mdlib/qm_mopac.c
src/gromacs/mdlib/qm_orca.c
src/gromacs/mdlib/qmmm.c
src/gromacs/mdlib/rf_util.c
src/gromacs/mdlib/shakef.c
src/gromacs/mdlib/shellfc.c
src/gromacs/mdlib/sim_util.c
src/gromacs/mdlib/stat.c
src/gromacs/mdlib/tables.c
src/gromacs/mdlib/tests/fft.cpp
src/gromacs/mdlib/tgroup.c
src/gromacs/mdlib/tpi.c
src/gromacs/mdlib/update.c
src/gromacs/mdlib/vcm.c
src/gromacs/mdlib/vsite.c
src/gromacs/mdlib/wall.c
src/gromacs/mdlib/wnblist.c
src/gromacs/onlinehelp/helpformat.cpp
src/gromacs/onlinehelp/helpmanager.cpp
src/gromacs/onlinehelp/helpmanager.h
src/gromacs/onlinehelp/helptopic.cpp
src/gromacs/onlinehelp/helptopic.h
src/gromacs/onlinehelp/helpwritercontext.cpp
src/gromacs/onlinehelp/tests/helpmanager.cpp
src/gromacs/options/abstractoption.cpp
src/gromacs/options/abstractoption.h
src/gromacs/options/abstractoptionstorage.h
src/gromacs/options/basicoptions.cpp
src/gromacs/options/filenameoption.cpp
src/gromacs/options/options.cpp
src/gromacs/options/optionsassigner.cpp
src/gromacs/options/optionstoragetemplate.h
src/gromacs/options/optionsvisitor.cpp
src/gromacs/options/tests/abstractoptionstorage.cpp
src/gromacs/options/tests/filenameoption.cpp
src/gromacs/options/tests/option.cpp
src/gromacs/options/tests/optionsassigner.cpp
src/gromacs/options/tests/timeunitmanager.cpp
src/gromacs/options/timeunitmanager.cpp
src/gromacs/selection/centerofmass.cpp
src/gromacs/selection/compiler.cpp
src/gromacs/selection/evaluate.cpp
src/gromacs/selection/evaluate.h
src/gromacs/selection/indexutil.cpp
src/gromacs/selection/keywords.h
src/gromacs/selection/mempool.cpp
src/gromacs/selection/nbsearch.cpp
src/gromacs/selection/params.cpp
src/gromacs/selection/parser_internal.h
src/gromacs/selection/parsetree.cpp
src/gromacs/selection/parsetree.h
src/gromacs/selection/poscalc.cpp
src/gromacs/selection/position.cpp
src/gromacs/selection/scanner.h
src/gromacs/selection/scanner_internal.cpp
src/gromacs/selection/scanner_internal.h
src/gromacs/selection/selection.cpp
src/gromacs/selection/selection.h
src/gromacs/selection/selectioncollection-impl.h
src/gromacs/selection/selectioncollection.cpp
src/gromacs/selection/selectionoption.cpp
src/gromacs/selection/selectionoptionmanager.cpp
src/gromacs/selection/selectionoptionmanager.h
src/gromacs/selection/selectionoptionstorage.h
src/gromacs/selection/selelem.cpp
src/gromacs/selection/selelem.h
src/gromacs/selection/selhelp.cpp
src/gromacs/selection/selmethod.cpp
src/gromacs/selection/selmethod.h
src/gromacs/selection/selvalue.h
src/gromacs/selection/sm_compare.cpp
src/gromacs/selection/sm_distance.cpp
src/gromacs/selection/sm_insolidangle.cpp
src/gromacs/selection/sm_keywords.cpp
src/gromacs/selection/sm_merge.cpp
src/gromacs/selection/sm_permute.cpp
src/gromacs/selection/sm_position.cpp
src/gromacs/selection/sm_same.cpp
src/gromacs/selection/sm_simple.cpp
src/gromacs/selection/symrec.cpp
src/gromacs/selection/symrec.h
src/gromacs/selection/tests/selectioncollection.cpp
src/gromacs/selection/tests/selectionoption.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/analysismodule.h
src/gromacs/trajectoryanalysis/analysissettings-impl.h
src/gromacs/trajectoryanalysis/cmdlinerunner.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/angle.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/angle.h
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/distance.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/distance.h
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/select.h
src/gromacs/trajectoryanalysis/runnercommon.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/runnercommon.h
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/angle.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/moduletest.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/select.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/tests/test_selection.cpp
src/gromacs/utility/common.h
src/gromacs/utility/errorcodes.cpp
src/gromacs/utility/errorcodes.h
src/gromacs/utility/errorformat.cpp
src/gromacs/utility/errorformat.h
src/gromacs/utility/exceptions.cpp
src/gromacs/utility/exceptions.h
src/gromacs/utility/file.cpp
src/gromacs/utility/flags.h
src/gromacs/utility/gmxassert.cpp
src/gromacs/utility/gmxassert.h
src/gromacs/utility/gmxregex.cpp
src/gromacs/utility/gmxregex.h
src/gromacs/utility/messagestringcollector.h
src/gromacs/utility/programinfo.cpp
src/gromacs/utility/stringutil.cpp
src/ngmx/Xstuff.h
src/ngmx/buttons.c
src/ngmx/buttons.h
src/ngmx/dialogs.c
src/ngmx/dialogs.h
src/ngmx/fgrid.c
src/ngmx/fgrid.h
src/ngmx/filter.c
src/ngmx/g_highway.c
src/ngmx/g_logo.c
src/ngmx/g_showcol.c
src/ngmx/g_xrama.c
src/ngmx/logo.c
src/ngmx/logo.h
src/ngmx/manager.c
src/ngmx/manager.h
src/ngmx/molps.c
src/ngmx/molps.h
src/ngmx/ngmx.c
src/ngmx/nleg.c
src/ngmx/nleg.h
src/ngmx/nmol.c
src/ngmx/nmol.h
src/ngmx/popup.c
src/ngmx/popup.h
src/ngmx/pulldown.c
src/ngmx/pulldown.h
src/ngmx/test_ngmx_dialog.c
src/ngmx/vbox.c
src/ngmx/x11.c
src/ngmx/x11.h
src/ngmx/xdlg.c
src/ngmx/xdlg.h
src/ngmx/xdlghi.c
src/ngmx/xdlghi.h
src/ngmx/xdlgitem.c
src/ngmx/xdlgitem.h
src/ngmx/xmb.c
src/ngmx/xmb.h
src/ngmx/xstat.c
src/ngmx/xutil.c
src/ngmx/xutil.h
src/programs/g_protonate/g_protonate.c
src/programs/g_x2top/g_x2top.c
src/programs/g_x2top/g_x2top.h
src/programs/g_x2top/nm2type.c
src/programs/gmx/legacymodules.cpp
src/programs/gmxcheck/gmxcheck.c
src/programs/gmxcheck/tpbcmp.c
src/programs/gmxcheck/tpbcmp.h
src/programs/gmxdump/gmxdump.c
src/programs/grompp/convparm.c
src/programs/grompp/convparm.h
src/programs/grompp/gpp_tomorse.h
src/programs/grompp/grompp.c
src/programs/grompp/tomorse.c
src/programs/main.cpp
src/programs/mdrun/do_gct.c
src/programs/mdrun/gctio.c
src/programs/mdrun/genalg.c
src/programs/mdrun/genalg.h
src/programs/mdrun/ionize.c
src/programs/mdrun/ionize.h
src/programs/mdrun/md.c
src/programs/mdrun/mdrun.c
src/programs/mdrun/membed.c
src/programs/mdrun/pme_loadbal.c
src/programs/mdrun/pme_loadbal.h
src/programs/mdrun/repl_ex.c
src/programs/mdrun/repl_ex.h
src/programs/mdrun/runner.c
src/programs/mdrun/xmdrun.h
src/programs/mdrun/xutils.c
src/programs/pdb2gmx/hizzie.c
src/programs/pdb2gmx/hizzie.h
src/programs/pdb2gmx/pdb2gmx.c
src/programs/pdb2gmx/specbond.c
src/programs/pdb2gmx/specbond.h
src/programs/pdb2gmx/xlate.c
src/programs/pdb2gmx/xlate.h
src/programs/tpbconv/tpbconv.c
src/testutils/cmdlinetest.cpp
src/testutils/datatest.cpp
src/testutils/datatest.h
src/testutils/mock_datamodule.cpp
src/testutils/mock_datamodule.h
src/testutils/mock_helptopic.h
src/testutils/refdata.cpp
src/testutils/refdata.h
src/testutils/stringtest.h
src/testutils/testexceptions.h
src/testutils/testfilemanager.cpp
src/testutils/tests/refdata.cpp
src/tools/addconf.c
src/tools/addconf.h
src/tools/anadih.c
src/tools/autocorr.c
src/tools/binsearch.c
src/tools/binsearch.h
src/tools/calcpot.c
src/tools/calcpot.h
src/tools/cmat.c
src/tools/cmat.h
src/tools/correl.c
src/tools/correl.h
src/tools/dens_filter.c
src/tools/dens_filter.h
src/tools/dlist.c
src/tools/edittop.c
src/tools/eigio.c
src/tools/eigio.h
src/tools/expfit.c
src/tools/fitahx.c
src/tools/fitahx.h
src/tools/g_membed.c
src/tools/g_pme_error.c
src/tools/g_tune_pme.c
src/tools/geminate.c
src/tools/geminate.h
src/tools/gmx_anadock.c
src/tools/gmx_anaeig.c
src/tools/gmx_analyze.c
src/tools/gmx_angle.c
src/tools/gmx_bar.c
src/tools/gmx_bond.c
src/tools/gmx_bundle.c
src/tools/gmx_chi.c
src/tools/gmx_cluster.c
src/tools/gmx_clustsize.c
src/tools/gmx_confrms.c
src/tools/gmx_covar.c
src/tools/gmx_current.c
src/tools/gmx_density.c
src/tools/gmx_densmap.c
src/tools/gmx_densorder.c
src/tools/gmx_dielectric.c
src/tools/gmx_dipoles.c
src/tools/gmx_disre.c
src/tools/gmx_dist.c
src/tools/gmx_do_dssp.c
src/tools/gmx_dos.c
src/tools/gmx_dyecoupl.c
src/tools/gmx_dyndom.c
src/tools/gmx_editconf.c
src/tools/gmx_eneconv.c
src/tools/gmx_enemat.c
src/tools/gmx_energy.c
src/tools/gmx_filter.c
src/tools/gmx_genbox.cpp
src/tools/gmx_genconf.c
src/tools/gmx_genion.c
src/tools/gmx_genpr.c
src/tools/gmx_gyrate.c
src/tools/gmx_h2order.c
src/tools/gmx_hbond.c
src/tools/gmx_helix.c
src/tools/gmx_helixorient.c
src/tools/gmx_hydorder.c
src/tools/gmx_kinetics.c
src/tools/gmx_lie.c
src/tools/gmx_make_edi.c
src/tools/gmx_make_ndx.c
src/tools/gmx_mdmat.c
src/tools/gmx_membed.c
src/tools/gmx_mindist.c
src/tools/gmx_mk_angndx.c
src/tools/gmx_morph.c
src/tools/gmx_msd.c
src/tools/gmx_nmeig.c
src/tools/gmx_nmens.c
src/tools/gmx_nmtraj.c
src/tools/gmx_options.c
src/tools/gmx_order.c
src/tools/gmx_pme_error.c
src/tools/gmx_polystat.c
src/tools/gmx_potential.c
src/tools/gmx_principal.c
src/tools/gmx_rama.c
src/tools/gmx_rdf.c
src/tools/gmx_rms.c
src/tools/gmx_rmsdist.c
src/tools/gmx_rmsf.c
src/tools/gmx_rotacf.c
src/tools/gmx_rotmat.c
src/tools/gmx_saltbr.c
src/tools/gmx_sans.c
src/tools/gmx_sas.c
src/tools/gmx_saxs.c
src/tools/gmx_sgangle.c
src/tools/gmx_sham.c
src/tools/gmx_sigeps.c
src/tools/gmx_sorient.c
src/tools/gmx_spatial.c
src/tools/gmx_spol.c
src/tools/gmx_tcaf.c
src/tools/gmx_traj.c
src/tools/gmx_trjcat.c
src/tools/gmx_trjconv.c
src/tools/gmx_trjorder.c
src/tools/gmx_tune_pme.c
src/tools/gmx_vanhove.c
src/tools/gmx_velacc.c
src/tools/gmx_wham.cpp
src/tools/gmx_wheel.c
src/tools/gmx_xpm2ps.c
src/tools/hxprops.c
src/tools/hxprops.h
src/tools/interf.h
src/tools/levenmar.c
src/tools/nsc.c
src/tools/nsc.h
src/tools/nsfactor.c
src/tools/nsfactor.h
src/tools/polynomials.c
src/tools/powerspect.c
src/tools/powerspect.h
src/tools/pp2shift.c
src/tools/pp2shift.h