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[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / legacyheaders / mdatoms.h
index 47096dc794d1f38ed251d3534ef4a40655214cc0..18d10ffb1f88243b54639e05c890d69d75c1b7e6 100644 (file)
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  *
  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
- * Copyright (c) 2010, by the GROMACS development team, led by
+ * Copyright (c) 2010,2014, by the GROMACS development team, led by
  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
 #ifndef _mdatoms_h
 #define _mdatoms_h
 
-#include "typedefs.h"
+#include <stdio.h>
+
+#include "gromacs/legacyheaders/types/inputrec.h"
+#include "gromacs/legacyheaders/types/mdatom.h"
+#include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
+#include "gromacs/utility/real.h"
 
 #ifdef __cplusplus
 extern "C" {
 #endif
 
-t_mdatoms *init_mdatoms(FILE *fp, gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bFreeEnergy);
+struct gmx_mtop_t;
+
+t_mdatoms *init_mdatoms(FILE *fp, struct gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bFreeEnergy);
 
-void atoms2md(gmx_mtop_t *mtop, t_inputrec *ir,
+void atoms2md(struct gmx_mtop_t *mtop, t_inputrec *ir,
               int nindex, int *index,
-              int start, int homenr,
+              int homenr,
               t_mdatoms *md);
 /* This routine copies the atoms->atom struct into md.
  * If index!=NULL only the indexed atoms are copied.