Code beautification with uncrustify
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / genhydro.h
index ba905433caa4d4036ce73b58861cf6e545604708..bf78eb795ad9cb7beb25d08012606324c948a54c 100644 (file)
@@ -1,11 +1,11 @@
 /*
- * 
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  *                This source code is part of
- * 
+ *
  *                 G   R   O   M   A   C   S
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  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
- * 
+ *
  *                        VERSION 3.2.0
  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  * of the License, or (at your option) any later version.
- * 
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  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
- * 
+ *
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
- * 
+ *
  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
- * 
+ *
  * And Hey:
  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  */
 #include "pdbio.h"
 #include "hackblock.h"
 
-extern int add_h(t_atoms **pdbaptr, rvec *xptr[], 
-                int nah, t_hackblock ah[],
-                int nterpairs,
-                t_hackblock **ntdb, t_hackblock **ctdb, 
-                int *rN, int *rC, gmx_bool bMissing,
-                int **nabptr, t_hack ***abptr,
-                gmx_bool bUpdate_pdba, gmx_bool bKeep_old_pdba);
+extern int add_h(t_atoms **pdbaptr, rvec *xptr[],
+                 int nah, t_hackblock ah[],
+                 int nterpairs,
+                 t_hackblock **ntdb, t_hackblock **ctdb,
+                 int *rN, int *rC, gmx_bool bMissing,
+                 int **nabptr, t_hack ***abptr,
+                 gmx_bool bUpdate_pdba, gmx_bool bKeep_old_pdba);
 /* Generate hydrogen atoms and N and C terminal patches.
  * int nterpairs is the number of termini pairs in the molecule
  * ntdb[i] and ctdb[i] may be NULL, no replacement will be done then.
@@ -55,20 +55,19 @@ extern int add_h(t_atoms **pdbaptr, rvec *xptr[],
  * if nabptr && abptrb, the hack array will be returned in them to be used
  * a second time
  * if bUpdate_pdba, hydrogens are added to *pdbaptr, else it is unchanged
- * return the New total number of atoms 
+ * return the New total number of atoms
  */
 
 extern int protonate(t_atoms **atoms, rvec **x, t_protonate *protdata);
-/* Protonate molecule according to gmx2.ff/aminoacids.hdb 
- * when called the first time, new atoms are added to atoms, 
+/* Protonate molecule according to gmx2.ff/aminoacids.hdb
+ * when called the first time, new atoms are added to atoms,
  * second time only coordinates are generated
- * return the new total number of atoms 
+ * return the new total number of atoms
  */
 
-extern void deprotonate(t_atoms *atoms,rvec *x);
-/* Deprotonate any molecule: all atoms whose name begins with H will be 
- * removed 
+extern void deprotonate(t_atoms *atoms, rvec *x);
+/* Deprotonate any molecule: all atoms whose name begins with H will be
+ * removed
  */
 
 #endif
-