Sort all includes in src/gromacs
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / gmxpreprocess / add_par.h
index a6f52f35ee5881076d42965810b39d8660269ea8..92a0d8be4d432853825564648e0fa42c5977864a 100644 (file)
@@ -1,77 +1,79 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
- *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
- *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
- *
- *                        VERSION 3.2.0
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
+ * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
+ * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
+ *
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
- * And Hey:
- * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
+ * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 
-#ifndef _add_par_h
-#define _add_par_h
+#ifndef GMX_GMXPREPROCESS_ADD_PAR_H
+#define GMX_GMXPREPROCESS_ADD_PAR_H
 
-#include "typedefs.h"
-#include "pdb2top.h"
+#include "gromacs/gmxpreprocess/pdb2top.h"
+#include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
 
 #ifdef __cplusplus
 extern "C"
 {
 #endif
 
-extern void add_param(t_params *ps, int ai, int aj, real *c, char *s);
+void add_param(t_params *ps, int ai, int aj, real *c, char *s);
 
-extern void add_imp_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
-                          real c0, real c1, char *s);
+void add_imp_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
+                   real c0, real c1, char *s);
 
-extern void add_dih_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
-                          real c0, real c1, real c2, char *s);
+void add_dih_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
+                   real c0, real c1, real c2, char *s);
 
-extern void add_cmap_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am,
-                           char *s);
+void add_cmap_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al, int am,
+                    char *s);
 
-extern void add_vsite2_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak);
+void add_vsite2_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak);
 
-extern void add_vsite3_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
-                             gmx_bool bSwapParity);
+void add_vsite3_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
+                      gmx_bool bSwapParity);
 
-extern void add_vsite2_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, real c0);
+void add_vsite2_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, real c0);
 
-extern void add_vsite3_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
-                             real c0, real c1);
+void add_vsite3_param(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
+                      real c0, real c1);
 
-extern void add_vsite4_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
-                             int am);
+void add_vsite4_atoms(t_params *ps, int ai, int aj, int ak, int al,
+                      int am);
 
-extern int search_jtype(t_restp *rp, char *name, gmx_bool bFirstRes);
+int search_jtype(t_restp *rp, char *name, gmx_bool bFirstRes);
 
 #ifdef __cplusplus
 }
 #endif
 
-#endif  /* _add_par_h */
+#endif