/* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
*
- *
+ *
* This source code is part of
- *
+ *
* G R O M A C S
- *
+ *
* GROningen MAchine for Chemical Simulations
- *
+ *
* VERSION 3.2.0
* Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
* Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
* modify it under the terms of the GNU General Public License
* as published by the Free Software Foundation; either version 2
* of the License, or (at your option) any later version.
- *
+ *
* If you want to redistribute modifications, please consider that
* scientific software is very special. Version control is crucial -
* bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
* inclusion in the official distribution, but derived work must not
* be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
* files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
- *
+ *
* To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
* the papers on the package - you can find them in the top README file.
- *
+ *
* For more info, check our website at http://www.gromacs.org
- *
+ *
* And Hey:
* GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
*/
* This way we can maintain forward compatibility too for all analysis tools
* and/or external programs that only need to know the atom/residue names,
* charges, and bond connectivity.
- *
+ *
* It first appeared in tpx version 26, when I also moved the inputrecord
* to the end of the tpx file, so we can just skip it if we only
* want the topology.
*/
static const int tpx_generation = 25;
-/* This number should be the most recent backwards incompatible version
+/* This number should be the most recent backwards incompatible version
* I.e., if this number is 9, we cannot read tpx version 9 with this code.
*/
static const int tpx_incompatible_version = 9;
/* Struct used to maintain tpx compatibility when function types are added */
typedef struct {
- int fvnr; /* file version number in which the function type first appeared */
- int ftype; /* function type */
+ int fvnr; /* file version number in which the function type first appeared */
+ int ftype; /* function type */
} t_ftupd;
-/*
- *The entries should be ordered in:
+/*
+ * The entries should be ordered in:
* 1. ascending file version number
* 2. ascending function type number
*/
/*static const t_ftupd ftupd[] = {
- { 20, F_CUBICBONDS },
- { 20, F_CONNBONDS },
- { 20, F_HARMONIC },
- { 20, F_EQM, },
- { 22, F_DISRESVIOL },
- { 22, F_ORIRES },
- { 22, F_ORIRESDEV },
- { 26, F_FOURDIHS },
- { 26, F_PIDIHS },
- { 26, F_DIHRES },
- { 26, F_DIHRESVIOL },
- { 30, F_CROSS_BOND_BONDS },
- { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
- { 30, F_UREY_BRADLEY },
- { 30, F_POLARIZATION },
- { 54, F_DHDL_CON },
- };*/
-/*
- *The entries should be ordered in:
+ { 20, F_CUBICBONDS },
+ { 20, F_CONNBONDS },
+ { 20, F_HARMONIC },
+ { 20, F_EQM, },
+ { 22, F_DISRESVIOL },
+ { 22, F_ORIRES },
+ { 22, F_ORIRESDEV },
+ { 26, F_FOURDIHS },
+ { 26, F_PIDIHS },
+ { 26, F_DIHRES },
+ { 26, F_DIHRESVIOL },
+ { 30, F_CROSS_BOND_BONDS },
+ { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
+ { 30, F_UREY_BRADLEY },
+ { 30, F_POLARIZATION },
+ { 54, F_DHDL_CON },
+ };*/
+/*
+ * The entries should be ordered in:
* 1. ascending function type number
* 2. ascending file version number
*/
/* question; what is the purpose of the commented code above? */
static const t_ftupd ftupd[] = {
- { 20, F_CUBICBONDS },
- { 20, F_CONNBONDS },
- { 20, F_HARMONIC },
- { 34, F_FENEBONDS },
- { 43, F_TABBONDS },
- { 43, F_TABBONDSNC },
- { 70, F_RESTRBONDS },
- { 76, F_LINEAR_ANGLES },
- { 30, F_CROSS_BOND_BONDS },
- { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
- { 30, F_UREY_BRADLEY },
- { 34, F_QUARTIC_ANGLES },
- { 43, F_TABANGLES },
- { 26, F_FOURDIHS },
- { 26, F_PIDIHS },
- { 43, F_TABDIHS },
- { 65, F_CMAP },
- { 60, F_GB12 },
- { 61, F_GB13 },
- { 61, F_GB14 },
- { 72, F_GBPOL },
- { 72, F_NPSOLVATION },
- { 41, F_LJC14_Q },
- { 41, F_LJC_PAIRS_NB },
- { 32, F_BHAM_LR },
- { 32, F_RF_EXCL },
- { 32, F_COUL_RECIP },
- { 46, F_DPD },
- { 30, F_POLARIZATION },
- { 36, F_THOLE_POL },
- { 80, F_FBPOSRES },
- { 22, F_DISRESVIOL },
- { 22, F_ORIRES },
- { 22, F_ORIRESDEV },
- { 26, F_DIHRES },
- { 26, F_DIHRESVIOL },
- { 49, F_VSITE4FDN },
- { 50, F_VSITEN },
- { 46, F_COM_PULL },
- { 20, F_EQM },
- { 46, F_ECONSERVED },
- { 69, F_VTEMP_NOLONGERUSED},
- { 66, F_PDISPCORR },
- { 54, F_DHDL_CON },
- { 76, F_ANHARM_POL },
- { 79, F_DVDL_COUL },
- { 79, F_DVDL_VDW, },
- { 79, F_DVDL_BONDED, },
- { 79, F_DVDL_RESTRAINT },
- { 79, F_DVDL_TEMPERATURE },
- { 54, F_DHDL_CON }
+ { 20, F_CUBICBONDS },
+ { 20, F_CONNBONDS },
+ { 20, F_HARMONIC },
+ { 34, F_FENEBONDS },
+ { 43, F_TABBONDS },
+ { 43, F_TABBONDSNC },
+ { 70, F_RESTRBONDS },
+ { 76, F_LINEAR_ANGLES },
+ { 30, F_CROSS_BOND_BONDS },
+ { 30, F_CROSS_BOND_ANGLES },
+ { 30, F_UREY_BRADLEY },
+ { 34, F_QUARTIC_ANGLES },
+ { 43, F_TABANGLES },
+ { 26, F_FOURDIHS },
+ { 26, F_PIDIHS },
+ { 43, F_TABDIHS },
+ { 65, F_CMAP },
+ { 60, F_GB12 },
+ { 61, F_GB13 },
+ { 61, F_GB14 },
+ { 72, F_GBPOL },
+ { 72, F_NPSOLVATION },
+ { 41, F_LJC14_Q },
+ { 41, F_LJC_PAIRS_NB },
+ { 32, F_BHAM_LR },
+ { 32, F_RF_EXCL },
+ { 32, F_COUL_RECIP },
+ { 46, F_DPD },
+ { 30, F_POLARIZATION },
+ { 36, F_THOLE_POL },
+ { 80, F_FBPOSRES },
+ { 22, F_DISRESVIOL },
+ { 22, F_ORIRES },
+ { 22, F_ORIRESDEV },
+ { 26, F_DIHRES },
+ { 26, F_DIHRESVIOL },
+ { 49, F_VSITE4FDN },
+ { 50, F_VSITEN },
+ { 46, F_COM_PULL },
+ { 20, F_EQM },
+ { 46, F_ECONSERVED },
+ { 69, F_VTEMP_NOLONGERUSED},
+ { 66, F_PDISPCORR },
+ { 54, F_DHDL_CON },
+ { 76, F_ANHARM_POL },
+ { 79, F_DVDL_COUL },
+ { 79, F_DVDL_VDW, },
+ { 79, F_DVDL_BONDED, },
+ { 79, F_DVDL_RESTRAINT },
+ { 79, F_DVDL_TEMPERATURE },
+ { 54, F_DHDL_CON }
};
#define NFTUPD asize(ftupd)
/* Needed for backward compatibility */
#define MAXNODES 256
-static void _do_section(t_fileio *fio,int key,gmx_bool bRead,const char *src,
+static void _do_section(t_fileio *fio, int key, gmx_bool bRead, const char *src,
int line)
{
- char buf[STRLEN];
- gmx_bool bDbg;
-
- if (gmx_fio_getftp(fio) == efTPA) {
- if (!bRead) {
- gmx_fio_write_string(fio,itemstr[key]);
- bDbg = gmx_fio_getdebug(fio);
- gmx_fio_setdebug(fio,FALSE);
- gmx_fio_write_string(fio,comment_str[key]);
- gmx_fio_setdebug(fio,bDbg);
- }
- else {
- if (gmx_fio_getdebug(fio))
- fprintf(stderr,"Looking for section %s (%s, %d)",
- itemstr[key],src,line);
-
- do {
- gmx_fio_do_string(fio,buf);
- } while ((gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0));
-
- if (gmx_strcasecmp(buf,itemstr[key]) != 0)
- gmx_fatal(FARGS,"\nCould not find section heading %s",itemstr[key]);
- else if (gmx_fio_getdebug(fio))
- fprintf(stderr," and found it\n");
- }
- }
+ char buf[STRLEN];
+ gmx_bool bDbg;
+
+ if (gmx_fio_getftp(fio) == efTPA)
+ {
+ if (!bRead)
+ {
+ gmx_fio_write_string(fio, itemstr[key]);
+ bDbg = gmx_fio_getdebug(fio);
+ gmx_fio_setdebug(fio, FALSE);
+ gmx_fio_write_string(fio, comment_str[key]);
+ gmx_fio_setdebug(fio, bDbg);
+ }
+ else
+ {
+ if (gmx_fio_getdebug(fio))
+ {
+ fprintf(stderr, "Looking for section %s (%s, %d)",
+ itemstr[key], src, line);
+ }
+
+ do
+ {
+ gmx_fio_do_string(fio, buf);
+ }
+ while ((gmx_strcasecmp(buf, itemstr[key]) != 0));
+
+ if (gmx_strcasecmp(buf, itemstr[key]) != 0)
+ {
+ gmx_fatal(FARGS, "\nCould not find section heading %s", itemstr[key]);
+ }
+ else if (gmx_fio_getdebug(fio))
+ {
+ fprintf(stderr, " and found it\n");
+ }
+ }
+ }
}
-#define do_section(fio,key,bRead) _do_section(fio,key,bRead,__FILE__,__LINE__)
+#define do_section(fio, key, bRead) _do_section(fio, key, bRead, __FILE__, __LINE__)
/**************************************************************
*
* Now the higer level routines that do io of the structures and arrays
*
**************************************************************/
-static void do_pullgrp(t_fileio *fio, t_pullgrp *pgrp, gmx_bool bRead,
+static void do_pullgrp(t_fileio *fio, t_pullgrp *pgrp, gmx_bool bRead,
int file_version)
{
- gmx_bool bDum=TRUE;
- int i;
-
- gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nat);
- if (bRead)
- snew(pgrp->ind,pgrp->nat);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,pgrp->ind,pgrp->nat);
- gmx_fio_do_int(fio,pgrp->nweight);
- if (bRead)
- snew(pgrp->weight,pgrp->nweight);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,pgrp->weight,pgrp->nweight);
- gmx_fio_do_int(fio,pgrp->pbcatom);
- gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->vec);
- gmx_fio_do_rvec(fio,pgrp->init);
- gmx_fio_do_real(fio,pgrp->rate);
- gmx_fio_do_real(fio,pgrp->k);
- if (file_version >= 56) {
- gmx_fio_do_real(fio,pgrp->kB);
- } else {
- pgrp->kB = pgrp->k;
- }
-}
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+ int i;
-static void do_expandedvals(t_fileio *fio,t_expanded *expand,t_lambda *fepvals, gmx_bool bRead, int file_version)
-{
- /* i is used in the ndo_double macro*/
- int i;
- real fv;
- gmx_bool bDum=TRUE;
- real rdum;
- int n_lambda=fepvals->n_lambda;
-
- /* reset the lambda calculation window */
- fepvals->lambda_start_n = 0;
- fepvals->lambda_stop_n = n_lambda;
- if (file_version >= 79)
- {
- if (n_lambda>0)
- {
- if (bRead)
- {
- snew(expand->init_lambda_weights,n_lambda);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,expand->init_lambda_weights,n_lambda);
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,expand->bInit_weights);
- }
-
- gmx_fio_do_int(fio,expand->nstexpanded);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->elmcmove);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->elamstats);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->lmc_repeats);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->gibbsdeltalam);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->lmc_forced_nstart);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->lmc_seed);
- gmx_fio_do_real(fio,expand->mc_temp);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->bSymmetrizedTMatrix);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->nstTij);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->minvarmin);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->c_range);
- gmx_fio_do_real(fio,expand->wl_scale);
- gmx_fio_do_real(fio,expand->wl_ratio);
- gmx_fio_do_real(fio,expand->init_wl_delta);
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,expand->bWLoneovert);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->elmceq);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->equil_steps);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->equil_samples);
- gmx_fio_do_int(fio,expand->equil_n_at_lam);
- gmx_fio_do_real(fio,expand->equil_wl_delta);
- gmx_fio_do_real(fio,expand->equil_ratio);
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, pgrp->nat);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, pgrp->ind, pgrp->nat);
+ gmx_fio_do_int(fio, pgrp->nweight);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(pgrp->weight, pgrp->nweight);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, pgrp->weight, pgrp->nweight);
+ gmx_fio_do_int(fio, pgrp->pbcatom);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, pgrp->vec);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, pgrp->init);
+ gmx_fio_do_real(fio, pgrp->rate);
+ gmx_fio_do_real(fio, pgrp->k);
+ if (file_version >= 56)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, pgrp->kB);
+ }
+ else
+ {
+ pgrp->kB = pgrp->k;
+ }
}
-static void do_simtempvals(t_fileio *fio,t_simtemp *simtemp, int n_lambda, gmx_bool bRead,
- int file_version)
+static void do_expandedvals(t_fileio *fio, t_expanded *expand, t_lambda *fepvals, gmx_bool bRead, int file_version)
{
- gmx_bool bDum=TRUE;
-
- if (file_version >= 79)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,simtemp->eSimTempScale);
- gmx_fio_do_real(fio,simtemp->simtemp_high);
- gmx_fio_do_real(fio,simtemp->simtemp_low);
- if (n_lambda>0)
- {
- if (bRead)
- {
- snew(simtemp->temperatures,n_lambda);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,simtemp->temperatures,n_lambda);
- }
- }
-}
+ /* i is used in the ndo_double macro*/
+ int i;
+ real fv;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+ real rdum;
+ int n_lambda = fepvals->n_lambda;
+
+ /* reset the lambda calculation window */
+ fepvals->lambda_start_n = 0;
+ fepvals->lambda_stop_n = n_lambda;
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ if (n_lambda > 0)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(expand->init_lambda_weights, n_lambda);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, expand->init_lambda_weights, n_lambda);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, expand->bInit_weights);
+ }
-static void do_fepvals(t_fileio *fio,t_lambda *fepvals,gmx_bool bRead, int file_version)
-{
- /* i is defined in the ndo_double macro; use g to iterate. */
- int i,g;
- real fv;
- gmx_bool bDum=TRUE;
- real rdum;
-
- /* free energy values */
-
- if (file_version >= 79)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->init_fep_state);
- gmx_fio_do_double(fio,fepvals->init_lambda);
- gmx_fio_do_double(fio,fepvals->delta_lambda);
- }
- else if (file_version >= 59) {
- gmx_fio_do_double(fio,fepvals->init_lambda);
- gmx_fio_do_double(fio,fepvals->delta_lambda);
- } else {
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- fepvals->init_lambda = rdum;
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- fepvals->delta_lambda = rdum;
- }
- if (file_version >= 79)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->n_lambda);
- if (bRead)
- {
- snew(fepvals->all_lambda,efptNR);
- }
- for (g=0;g<efptNR;g++)
- {
- if (fepvals->n_lambda > 0) {
- if (bRead)
- {
- snew(fepvals->all_lambda[g],fepvals->n_lambda);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,fepvals->all_lambda[g],fepvals->n_lambda);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,fepvals->separate_dvdl,efptNR);
- }
- else if (fepvals->init_lambda >= 0)
- {
- fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
- }
- }
- }
- else if (file_version >= 64)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->n_lambda);
- if (bRead)
- {
- int g;
-
- snew(fepvals->all_lambda,efptNR);
- /* still allocate the all_lambda array's contents. */
- for(g=0;g<efptNR;g++)
- {
- if (fepvals->n_lambda > 0) {
- snew(fepvals->all_lambda[g],fepvals->n_lambda);
- }
- }
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_double(fio,fepvals->all_lambda[efptFEP],
- fepvals->n_lambda);
- if (fepvals->init_lambda >= 0)
- {
- int g,h;
-
- fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
-
- if (bRead)
- {
- /* copy the contents of the efptFEP lambda component to all
- the other components */
- for(g=0;g<efptNR;g++)
- {
- for(h=0;h<fepvals->n_lambda;h++)
- {
- if (g!=efptFEP)
- {
- fepvals->all_lambda[g][h] =
- fepvals->all_lambda[efptFEP][h];
- }
- }
- }
- }
- }
- }
- else
- {
- fepvals->n_lambda = 0;
- fepvals->all_lambda = NULL;
- if (fepvals->init_lambda >= 0)
- {
- fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
- }
- }
- if (file_version >= 13)
- {
- gmx_fio_do_real(fio,fepvals->sc_alpha);
- }
- else
- {
- fepvals->sc_alpha = 0;
- }
- if (file_version >= 38)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->sc_power);
- }
- else
- {
- fepvals->sc_power = 2;
- }
- if (file_version >= 79)
- {
- gmx_fio_do_real(fio,fepvals->sc_r_power);
- }
- else
- {
- fepvals->sc_r_power = 6.0;
- }
- if (file_version >= 15)
- {
- gmx_fio_do_real(fio,fepvals->sc_sigma);
- }
- else
- {
- fepvals->sc_sigma = 0.3;
- }
- if (bRead)
- {
- if (file_version >= 71)
- {
- fepvals->sc_sigma_min = fepvals->sc_sigma;
- }
- else
- {
- fepvals->sc_sigma_min = 0;
- }
- }
- if (file_version >= 79)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->bScCoul);
- }
- else
- {
- fepvals->bScCoul = TRUE;
- }
- if (file_version >= 64) {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->nstdhdl);
- } else {
- fepvals->nstdhdl = 1;
- }
-
- if (file_version >= 73)
- {
- gmx_fio_do_int(fio, fepvals->separate_dhdl_file);
- gmx_fio_do_int(fio, fepvals->dhdl_derivatives);
- }
- else
- {
- fepvals->separate_dhdl_file = esepdhdlfileYES;
- fepvals->dhdl_derivatives = edhdlderivativesYES;
- }
- if (file_version >= 71)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->dh_hist_size);
- gmx_fio_do_double(fio,fepvals->dh_hist_spacing);
- }
- else
- {
- fepvals->dh_hist_size = 0;
- fepvals->dh_hist_spacing = 0.1;
- }
- if (file_version >= 79)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->bPrintEnergy);
- }
- else
- {
- fepvals->bPrintEnergy = FALSE;
- }
-
- /* handle lambda_neighbors */
- if ((file_version >= 83 && file_version < 90) || file_version >= 92 )
- {
- gmx_fio_do_int(fio,fepvals->lambda_neighbors);
- if ( (fepvals->lambda_neighbors >= 0) && (fepvals->init_fep_state>=0) &&
- (fepvals->init_lambda < 0) )
- {
- fepvals->lambda_start_n = (fepvals->init_fep_state -
- fepvals->lambda_neighbors);
- fepvals->lambda_stop_n = (fepvals->init_fep_state +
- fepvals->lambda_neighbors + 1);
- if (fepvals->lambda_start_n < 0)
- {
- fepvals->lambda_start_n = 0;;
- }
- if (fepvals->lambda_stop_n >= fepvals->n_lambda)
- {
- fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
- }
- }
- else
- {
- fepvals->lambda_start_n = 0;
- fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
- }
- }
- else
- {
- fepvals->lambda_start_n = 0;
- fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
- }
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->nstexpanded);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->elmcmove);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->elamstats);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->lmc_repeats);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->gibbsdeltalam);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->lmc_forced_nstart);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->lmc_seed);
+ gmx_fio_do_real(fio, expand->mc_temp);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->bSymmetrizedTMatrix);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->nstTij);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->minvarmin);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->c_range);
+ gmx_fio_do_real(fio, expand->wl_scale);
+ gmx_fio_do_real(fio, expand->wl_ratio);
+ gmx_fio_do_real(fio, expand->init_wl_delta);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, expand->bWLoneovert);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->elmceq);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->equil_steps);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->equil_samples);
+ gmx_fio_do_int(fio, expand->equil_n_at_lam);
+ gmx_fio_do_real(fio, expand->equil_wl_delta);
+ gmx_fio_do_real(fio, expand->equil_ratio);
+ }
}
-static void do_pull(t_fileio *fio, t_pull *pull,gmx_bool bRead, int file_version)
+static void do_simtempvals(t_fileio *fio, t_simtemp *simtemp, int n_lambda, gmx_bool bRead,
+ int file_version)
{
- int g;
-
- gmx_fio_do_int(fio,pull->ngrp);
- gmx_fio_do_int(fio,pull->eGeom);
- gmx_fio_do_ivec(fio,pull->dim);
- gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r1);
- gmx_fio_do_real(fio,pull->cyl_r0);
- gmx_fio_do_real(fio,pull->constr_tol);
- gmx_fio_do_int(fio,pull->nstxout);
- gmx_fio_do_int(fio,pull->nstfout);
- if (bRead)
- snew(pull->grp,pull->ngrp+1);
- for(g=0; g<pull->ngrp+1; g++)
- do_pullgrp(fio,&pull->grp[g],bRead,file_version);
-}
+ gmx_bool bDum = TRUE;
-
-static void do_rotgrp(t_fileio *fio, t_rotgrp *rotg,gmx_bool bRead, int file_version)
-{
- gmx_bool bDum=TRUE;
- int i;
-
- gmx_fio_do_int(fio,rotg->eType);
- gmx_fio_do_int(fio,rotg->bMassW);
- gmx_fio_do_int(fio,rotg->nat);
- if (bRead)
- snew(rotg->ind,rotg->nat);
- gmx_fio_ndo_int(fio,rotg->ind,rotg->nat);
- if (bRead)
- snew(rotg->x_ref,rotg->nat);
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,rotg->x_ref,rotg->nat);
- gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->vec);
- gmx_fio_do_rvec(fio,rotg->pivot);
- gmx_fio_do_real(fio,rotg->rate);
- gmx_fio_do_real(fio,rotg->k);
- gmx_fio_do_real(fio,rotg->slab_dist);
- gmx_fio_do_real(fio,rotg->min_gaussian);
- gmx_fio_do_real(fio,rotg->eps);
- gmx_fio_do_int(fio,rotg->eFittype);
- gmx_fio_do_int(fio,rotg->PotAngle_nstep);
- gmx_fio_do_real(fio,rotg->PotAngle_step);
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, simtemp->eSimTempScale);
+ gmx_fio_do_real(fio, simtemp->simtemp_high);
+ gmx_fio_do_real(fio, simtemp->simtemp_low);
+ if (n_lambda > 0)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(simtemp->temperatures, n_lambda);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, simtemp->temperatures, n_lambda);
+ }
+ }
}
-static void do_rot(t_fileio *fio, t_rot *rot,gmx_bool bRead, int file_version)
+static void do_fepvals(t_fileio *fio, t_lambda *fepvals, gmx_bool bRead, int file_version)
{
- int g;
-
- gmx_fio_do_int(fio,rot->ngrp);
- gmx_fio_do_int(fio,rot->nstrout);
- gmx_fio_do_int(fio,rot->nstsout);
- if (bRead)
- snew(rot->grp,rot->ngrp);
- for(g=0; g<rot->ngrp; g++)
- do_rotgrp(fio, &rot->grp[g],bRead,file_version);
-}
+ /* i is defined in the ndo_double macro; use g to iterate. */
+ int i, g;
+ real fv;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+ real rdum;
+ /* free energy values */
-static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir,gmx_bool bRead,
- int file_version, real *fudgeQQ)
-{
- int i,j,k,*tmp,idum=0;
- gmx_bool bDum=TRUE;
- real rdum,bd_temp;
- rvec vdum;
- gmx_bool bSimAnn;
- real zerotemptime,finish_t,init_temp,finish_temp;
-
- if (file_version != tpx_version)
+ if (file_version >= 79)
{
- /* Give a warning about features that are not accessible */
- fprintf(stderr,"Note: file tpx version %d, software tpx version %d\n",
- file_version,tpx_version);
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->init_fep_state);
+ gmx_fio_do_double(fio, fepvals->init_lambda);
+ gmx_fio_do_double(fio, fepvals->delta_lambda);
}
-
- if (bRead)
+ else if (file_version >= 59)
{
- init_inputrec(ir);
+ gmx_fio_do_double(fio, fepvals->init_lambda);
+ gmx_fio_do_double(fio, fepvals->delta_lambda);
}
-
- if (file_version == 0)
+ else
{
- return;
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ fepvals->init_lambda = rdum;
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ fepvals->delta_lambda = rdum;
}
-
- /* Basic inputrec stuff */
- gmx_fio_do_int(fio,ir->eI);
- if (file_version >= 62) {
- gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->nsteps);
- } else {
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- ir->nsteps = idum;
- }
- if(file_version > 25) {
- if (file_version >= 62) {
- gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->init_step);
- } else {
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- ir->init_step = idum;
- }
- } else {
- ir->init_step=0;
- }
-
- if(file_version >= 58)
- gmx_fio_do_int(fio,ir->simulation_part);
- else
- ir->simulation_part=1;
-
- if (file_version >= 67) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalcenergy);
- } else {
- ir->nstcalcenergy = 1;
- }
- if (file_version < 53) {
- /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
- * since we always want it, also without reading the inputrec.
- */
- gmx_fio_do_int(fio,ir->ePBC);
- if ((file_version <= 15) && (ir->ePBC == 2))
- ir->ePBC = epbcNONE;
- if (file_version >= 45) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->bPeriodicMols);
- } else {
- if (ir->ePBC == 2) {
- ir->ePBC = epbcXYZ;
- ir->bPeriodicMols = TRUE;
- } else {
- ir->bPeriodicMols = FALSE;
- }
- }
- }
- if (file_version >= 81)
+ if (file_version >= 79)
{
- gmx_fio_do_int(fio,ir->cutoff_scheme);
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->n_lambda);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(fepvals->all_lambda, efptNR);
+ }
+ for (g = 0; g < efptNR; g++)
+ {
+ if (fepvals->n_lambda > 0)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(fepvals->all_lambda[g], fepvals->n_lambda);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_double(fio, fepvals->all_lambda[g], fepvals->n_lambda);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, fepvals->separate_dvdl, efptNR);
+ }
+ else if (fepvals->init_lambda >= 0)
+ {
+ fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
+ }
+ }
}
- else
+ else if (file_version >= 64)
{
- ir->cutoff_scheme = ecutsGROUP;
- }
- gmx_fio_do_int(fio,ir->ns_type);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlist);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->ndelta);
- if (file_version < 41) {
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- }
- if (file_version >= 45)
- gmx_fio_do_real(fio,ir->rtpi);
- else
- ir->rtpi = 0.05;
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcomm);
- if (file_version > 34)
- gmx_fio_do_int(fio,ir->comm_mode);
- else if (ir->nstcomm < 0)
- ir->comm_mode = ecmANGULAR;
- else
- ir->comm_mode = ecmLINEAR;
- ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
-
- if(file_version > 25)
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcheckpoint);
- else
- ir->nstcheckpoint=0;
-
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcgsteep);
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->n_lambda);
+ if (bRead)
+ {
+ int g;
- if(file_version>=30)
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nbfgscorr);
- else if (bRead)
- ir->nbfgscorr = 10;
+ snew(fepvals->all_lambda, efptNR);
+ /* still allocate the all_lambda array's contents. */
+ for (g = 0; g < efptNR; g++)
+ {
+ if (fepvals->n_lambda > 0)
+ {
+ snew(fepvals->all_lambda[g], fepvals->n_lambda);
+ }
+ }
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_double(fio, fepvals->all_lambda[efptFEP],
+ fepvals->n_lambda);
+ if (fepvals->init_lambda >= 0)
+ {
+ int g, h;
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstlog);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxout);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstvout);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstfout);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstenergy);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstxtcout);
- if (file_version >= 59) {
- gmx_fio_do_double(fio,ir->init_t);
- gmx_fio_do_double(fio,ir->delta_t);
- } else {
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- ir->init_t = rdum;
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- ir->delta_t = rdum;
- }
- gmx_fio_do_real(fio,ir->xtcprec);
- if (file_version < 19) {
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- }
- if(file_version < 18)
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- if (file_version >= 81) {
- gmx_fio_do_real(fio,ir->verletbuf_drift);
- } else {
- ir->verletbuf_drift = 0;
- }
- gmx_fio_do_real(fio,ir->rlist);
- if (file_version >= 67) {
- gmx_fio_do_real(fio,ir->rlistlong);
- }
- if(file_version >= 82 && file_version != 90)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstcalclr);
+ fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
+
+ if (bRead)
+ {
+ /* copy the contents of the efptFEP lambda component to all
+ the other components */
+ for (g = 0; g < efptNR; g++)
+ {
+ for (h = 0; h < fepvals->n_lambda; h++)
+ {
+ if (g != efptFEP)
+ {
+ fepvals->all_lambda[g][h] =
+ fepvals->all_lambda[efptFEP][h];
+ }
+ }
+ }
+ }
+ }
}
else
{
- /* Calculate at NS steps */
- ir->nstcalclr = ir->nstlist;
+ fepvals->n_lambda = 0;
+ fepvals->all_lambda = NULL;
+ if (fepvals->init_lambda >= 0)
+ {
+ fepvals->separate_dvdl[efptFEP] = TRUE;
+ }
}
- gmx_fio_do_int(fio,ir->coulombtype);
- if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
- ir->coulombtype = eelRF_NEC;
- if (file_version >= 81)
+ if (file_version >= 13)
{
- gmx_fio_do_int(fio,ir->coulomb_modifier);
+ gmx_fio_do_real(fio, fepvals->sc_alpha);
}
else
{
- ir->coulomb_modifier = (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET ? eintmodPOTSHIFT : eintmodNONE);
+ fepvals->sc_alpha = 0;
}
- gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb_switch);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->rcoulomb);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->vdwtype);
- if (file_version >= 81)
+ if (file_version >= 38)
{
- gmx_fio_do_int(fio,ir->vdw_modifier);
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->sc_power);
}
else
{
- ir->vdw_modifier = (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET ? eintmodPOTSHIFT : eintmodNONE);
- }
- gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw_switch);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->rvdw);
- if (file_version < 67) {
- ir->rlistlong = max_cutoff(ir->rlist,max_cutoff(ir->rvdw,ir->rcoulomb));
- }
- gmx_fio_do_int(fio,ir->eDispCorr);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_r);
- if (file_version >= 37) {
- gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_rf);
- } else {
- if (EEL_RF(ir->coulombtype)) {
- ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
- ir->epsilon_r = 1.0;
- } else {
- ir->epsilon_rf = 1.0;
- }
+ fepvals->sc_power = 2;
}
- if (file_version >= 29)
- gmx_fio_do_real(fio,ir->tabext);
- else
- ir->tabext=1.0;
-
- if(file_version > 25) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->gb_algorithm);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstgbradii);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->rgbradii);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_saltconc);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->implicit_solvent);
- } else {
- ir->gb_algorithm=egbSTILL;
- ir->nstgbradii=1;
- ir->rgbradii=1.0;
- ir->gb_saltconc=0;
- ir->implicit_solvent=eisNO;
- }
- if(file_version>=55)
- {
- gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_epsilon_solvent);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_alpha);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_beta);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_obc_gamma);
- if(file_version>=60)
- {
- gmx_fio_do_real(fio,ir->gb_dielectric_offset);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->sa_algorithm);
- }
- else
- {
- ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
- ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
- }
- gmx_fio_do_real(fio,ir->sa_surface_tension);
-
- /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
- if(ir->sa_surface_tension<0)
- {
- if(ir->gb_algorithm==egbSTILL)
- {
- ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
- }
- else if(ir->gb_algorithm==egbHCT || ir->gb_algorithm==egbOBC)
- {
- ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
- }
- }
-
- }
- else
- {
- /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
- ir->gb_epsilon_solvent = 80;
- ir->gb_obc_alpha = 1.0;
- ir->gb_obc_beta = 0.8;
- ir->gb_obc_gamma = 4.85;
- ir->sa_surface_tension = 2.092;
- }
-
-
- if (file_version >= 81)
+ if (file_version >= 79)
{
- gmx_fio_do_real(fio,ir->fourier_spacing);
+ gmx_fio_do_real(fio, fepvals->sc_r_power);
}
else
{
- ir->fourier_spacing = 0.0;
- }
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nkx);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nky);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nkz);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->pme_order);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->ewald_rtol);
-
- if (file_version >=24)
- gmx_fio_do_int(fio,ir->ewald_geometry);
- else
- ir->ewald_geometry=eewg3D;
-
- if (file_version <=17) {
- ir->epsilon_surface=0;
- if (file_version==17)
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- }
- else
- gmx_fio_do_real(fio,ir->epsilon_surface);
-
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bOptFFT);
-
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bContinuation);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->etc);
- /* before version 18, ir->etc was a gmx_bool (ir->btc),
- * but the values 0 and 1 still mean no and
- * berendsen temperature coupling, respectively.
- */
- if (file_version >= 79) {
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bPrintNHChains);
+ fepvals->sc_r_power = 6.0;
}
- if (file_version >= 71)
+ if (file_version >= 15)
{
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nsttcouple);
+ gmx_fio_do_real(fio, fepvals->sc_sigma);
}
else
{
- ir->nsttcouple = ir->nstcalcenergy;
- }
- if (file_version <= 15)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
+ fepvals->sc_sigma = 0.3;
}
- if (file_version <=17)
+ if (bRead)
{
- gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
- if (file_version <= 15)
+ if (file_version >= 71)
{
- if (ir->epct == 5)
- {
- ir->epct = epctSURFACETENSION;
- }
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
+ fepvals->sc_sigma_min = fepvals->sc_sigma;
}
- ir->epct -= 1;
- /* we have removed the NO alternative at the beginning */
- if(ir->epct==-1)
- {
- ir->epc=epcNO;
- ir->epct=epctISOTROPIC;
- }
else
{
- ir->epc=epcBERENDSEN;
+ fepvals->sc_sigma_min = 0;
}
- }
+ }
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->bScCoul);
+ }
else
{
- gmx_fio_do_int(fio,ir->epc);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->epct);
+ fepvals->bScCoul = TRUE;
}
- if (file_version >= 71)
+ if (file_version >= 64)
{
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstpcouple);
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->nstdhdl);
}
else
{
- ir->nstpcouple = ir->nstcalcenergy;
+ fepvals->nstdhdl = 1;
}
- gmx_fio_do_real(fio,ir->tau_p);
- if (file_version <= 15) {
- gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
- clear_mat(ir->ref_p);
- for(i=0; i<DIM; i++)
- ir->ref_p[i][i] = vdum[i];
- } else {
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[XX]);
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[YY]);
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->ref_p[ZZ]);
- }
- if (file_version <= 15) {
- gmx_fio_do_rvec(fio,vdum);
- clear_mat(ir->compress);
- for(i=0; i<DIM; i++)
- ir->compress[i][i] = vdum[i];
- }
- else {
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[XX]);
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[YY]);
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->compress[ZZ]);
- }
- if (file_version >= 47) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->refcoord_scaling);
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_com);
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->posres_comB);
- } else {
- ir->refcoord_scaling = erscNO;
- clear_rvec(ir->posres_com);
- clear_rvec(ir->posres_comB);
- }
- if((file_version > 25) && (file_version < 79))
- gmx_fio_do_int(fio,ir->andersen_seed);
- else
- ir->andersen_seed=0;
- if(file_version < 26) {
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bSimAnn);
- gmx_fio_do_real(fio,zerotemptime);
- }
-
- if (file_version < 37)
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
-
- gmx_fio_do_real(fio,ir->shake_tol);
- if (file_version < 54)
- gmx_fio_do_real(fio,*fudgeQQ);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->efep);
- if (file_version <= 14 && ir->efep != efepNO)
+ if (file_version >= 73)
{
- ir->efep = efepYES;
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->separate_dhdl_file);
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->dhdl_derivatives);
}
- do_fepvals(fio,ir->fepvals,bRead,file_version);
-
- if (file_version >= 79)
+ else
{
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bSimTemp);
- if (ir->bSimTemp)
- {
- ir->bSimTemp = TRUE;
- }
+ fepvals->separate_dhdl_file = esepdhdlfileYES;
+ fepvals->dhdl_derivatives = edhdlderivativesYES;
+ }
+ if (file_version >= 71)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->dh_hist_size);
+ gmx_fio_do_double(fio, fepvals->dh_hist_spacing);
}
else
{
- ir->bSimTemp = FALSE;
+ fepvals->dh_hist_size = 0;
+ fepvals->dh_hist_spacing = 0.1;
}
- if (ir->bSimTemp)
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->bPrintEnergy);
+ }
+ else
{
- do_simtempvals(fio,ir->simtempvals,ir->fepvals->n_lambda,bRead,file_version);
+ fepvals->bPrintEnergy = FALSE;
}
- if (file_version >= 79)
+ /* handle lambda_neighbors */
+ if ((file_version >= 83 && file_version < 90) || file_version >= 92)
{
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bExpanded);
- if (ir->bExpanded)
+ gmx_fio_do_int(fio, fepvals->lambda_neighbors);
+ if ( (fepvals->lambda_neighbors >= 0) && (fepvals->init_fep_state >= 0) &&
+ (fepvals->init_lambda < 0) )
{
- ir->bExpanded = TRUE;
+ fepvals->lambda_start_n = (fepvals->init_fep_state -
+ fepvals->lambda_neighbors);
+ fepvals->lambda_stop_n = (fepvals->init_fep_state +
+ fepvals->lambda_neighbors + 1);
+ if (fepvals->lambda_start_n < 0)
+ {
+ fepvals->lambda_start_n = 0;;
+ }
+ if (fepvals->lambda_stop_n >= fepvals->n_lambda)
+ {
+ fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
+ }
}
else
{
- ir->bExpanded = FALSE;
+ fepvals->lambda_start_n = 0;
+ fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
}
}
- if (ir->bExpanded)
- {
- do_expandedvals(fio,ir->expandedvals,ir->fepvals,bRead,file_version);
- }
- if (file_version >= 57) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisre);
- }
- gmx_fio_do_int(fio,ir->eDisreWeighting);
- if (file_version < 22) {
- if (ir->eDisreWeighting == 0)
- ir->eDisreWeighting = edrwEqual;
- else
- ir->eDisreWeighting = edrwConservative;
- }
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bDisreMixed);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_fc);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->dr_tau);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstdisreout);
- if (file_version >= 22) {
- gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_fc);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->orires_tau);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nstorireout);
- } else {
- ir->orires_fc = 0;
- ir->orires_tau = 0;
- ir->nstorireout = 0;
- }
- if(file_version >= 26 && file_version < 79) {
- gmx_fio_do_real(fio,ir->dihre_fc);
- if (file_version < 56)
- {
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- }
- } else {
- ir->dihre_fc=0;
- }
-
- gmx_fio_do_real(fio,ir->em_stepsize);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->em_tol);
- if (file_version >= 22)
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bShakeSOR);
- else if (bRead)
- ir->bShakeSOR = TRUE;
- if (file_version >= 11)
- gmx_fio_do_int(fio,ir->niter);
- else if (bRead) {
- ir->niter = 25;
- fprintf(stderr,"Note: niter not in run input file, setting it to %d\n",
- ir->niter);
- }
- if (file_version >= 21)
- gmx_fio_do_real(fio,ir->fc_stepsize);
else
- ir->fc_stepsize = 0;
- gmx_fio_do_int(fio,ir->eConstrAlg);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nProjOrder);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->LincsWarnAngle);
- if (file_version <= 14)
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- if (file_version >=26)
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nLincsIter);
- else if (bRead) {
- ir->nLincsIter = 1;
- fprintf(stderr,"Note: nLincsIter not in run input file, setting it to %d\n",
- ir->nLincsIter);
- }
- if (file_version < 33)
- gmx_fio_do_real(fio,bd_temp);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->bd_fric);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->ld_seed);
- if (file_version >= 33) {
- for(i=0; i<DIM; i++)
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->deform[i]);
- } else {
- for(i=0; i<DIM; i++)
- clear_rvec(ir->deform[i]);
- }
- if (file_version >= 14)
- gmx_fio_do_real(fio,ir->cos_accel);
- else if (bRead)
- ir->cos_accel = 0;
- gmx_fio_do_int(fio,ir->userint1);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->userint2);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->userint3);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->userint4);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal1);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal2);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal3);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->userreal4);
-
- /* AdResS stuff */
- if (file_version >= 77) {
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bAdress);
- if(ir->bAdress){
- if (bRead) snew(ir->adress, 1);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->type);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->const_wf);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->ex_width);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->adress->hy_width);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->icor);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->site);
- gmx_fio_do_rvec(fio,ir->adress->refs);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->n_tf_grps);
- gmx_fio_do_real(fio, ir->adress->ex_forcecap);
- gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->n_energy_grps);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->adress->do_hybridpairs);
-
- if (bRead)snew(ir->adress->tf_table_index,ir->adress->n_tf_grps);
- if (ir->adress->n_tf_grps > 0) {
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->adress->tf_table_index,ir->adress->n_tf_grps);
- }
- if (bRead)snew(ir->adress->group_explicit,ir->adress->n_energy_grps);
- if (ir->adress->n_energy_grps > 0) {
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio, ir->adress->group_explicit,ir->adress->n_energy_grps);
- }
- }
- } else {
- ir->bAdress = FALSE;
+ {
+ fepvals->lambda_start_n = 0;
+ fepvals->lambda_stop_n = fepvals->n_lambda;
}
+}
- /* pull stuff */
- if (file_version >= 48) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->ePull);
- if (ir->ePull != epullNO) {
- if (bRead)
- snew(ir->pull,1);
- do_pull(fio, ir->pull,bRead,file_version);
- }
- } else {
- ir->ePull = epullNO;
- }
-
- /* Enforced rotation */
- if (file_version >= 74) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->bRot);
- if (ir->bRot == TRUE) {
- if (bRead)
- snew(ir->rot,1);
- do_rot(fio, ir->rot,bRead,file_version);
- }
- } else {
- ir->bRot = FALSE;
- }
-
- /* grpopts stuff */
- gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngtc);
- if (file_version >= 69) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.nhchainlength);
- } else {
- ir->opts.nhchainlength = 1;
- }
- gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngacc);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngfrz);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngener);
-
- if (bRead) {
- snew(ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
- snew(ir->opts.ref_t, ir->opts.ngtc);
- snew(ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
- snew(ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
- snew(ir->opts.anneal_time, ir->opts.ngtc);
- snew(ir->opts.anneal_temp, ir->opts.ngtc);
- snew(ir->opts.tau_t, ir->opts.ngtc);
- snew(ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
- snew(ir->opts.acc, ir->opts.ngacc);
- snew(ir->opts.egp_flags,ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
- }
- if (ir->opts.ngtc > 0) {
- if (bRead && file_version<13) {
- snew(tmp,ir->opts.ngtc);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,tmp, ir->opts.ngtc);
- for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
- ir->opts.nrdf[i] = tmp[i];
- sfree(tmp);
- } else {
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.ref_t,ir->opts.ngtc);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.tau_t,ir->opts.ngtc);
- if (file_version<33 && ir->eI==eiBD) {
- for(i=0; i<ir->opts.ngtc; i++)
- ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
- }
- }
- if (ir->opts.ngfrz > 0)
- bDum=gmx_fio_ndo_ivec(fio,ir->opts.nFreeze,ir->opts.ngfrz);
- if (ir->opts.ngacc > 0)
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,ir->opts.acc,ir->opts.ngacc);
- if (file_version >= 12)
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.egp_flags,
- ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
-
- if(bRead && file_version < 26) {
- for(i=0;i<ir->opts.ngtc;i++) {
- if(bSimAnn) {
- ir->opts.annealing[i] = eannSINGLE;
- ir->opts.anneal_npoints[i] = 2;
- snew(ir->opts.anneal_time[i],2);
- snew(ir->opts.anneal_temp[i],2);
- /* calculate the starting/ending temperatures from reft, zerotemptime, and nsteps */
- finish_t = ir->init_t + ir->nsteps * ir->delta_t;
- init_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-ir->init_t/zerotemptime);
- finish_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-finish_t/zerotemptime);
- ir->opts.anneal_time[i][0] = ir->init_t;
- ir->opts.anneal_time[i][1] = finish_t;
- ir->opts.anneal_temp[i][0] = init_temp;
- ir->opts.anneal_temp[i][1] = finish_temp;
- } else {
- ir->opts.annealing[i] = eannNO;
- ir->opts.anneal_npoints[i] = 0;
- }
- }
- } else {
- /* file version 26 or later */
- /* First read the lists with annealing and npoints for each group */
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.annealing,ir->opts.ngtc);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.anneal_npoints,ir->opts.ngtc);
- for(j=0;j<(ir->opts.ngtc);j++) {
- k=ir->opts.anneal_npoints[j];
- if(bRead) {
- snew(ir->opts.anneal_time[j],k);
- snew(ir->opts.anneal_temp[j],k);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_time[j],k);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.anneal_temp[j],k);
- }
+static void do_pull(t_fileio *fio, t_pull *pull, gmx_bool bRead, int file_version)
+{
+ int g;
+
+ gmx_fio_do_int(fio, pull->ngrp);
+ gmx_fio_do_int(fio, pull->eGeom);
+ gmx_fio_do_ivec(fio, pull->dim);
+ gmx_fio_do_real(fio, pull->cyl_r1);
+ gmx_fio_do_real(fio, pull->cyl_r0);
+ gmx_fio_do_real(fio, pull->constr_tol);
+ gmx_fio_do_int(fio, pull->nstxout);
+ gmx_fio_do_int(fio, pull->nstfout);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(pull->grp, pull->ngrp+1);
}
- /* Walls */
- if (file_version >= 45) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->nwall);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_type);
- if (file_version >= 50)
- gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_r_linpot);
- else
- ir->wall_r_linpot = -1;
- gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[0]);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->wall_atomtype[1]);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[0]);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_density[1]);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->wall_ewald_zfac);
- } else {
- ir->nwall = 0;
- ir->wall_type = 0;
- ir->wall_atomtype[0] = -1;
- ir->wall_atomtype[1] = -1;
- ir->wall_density[0] = 0;
- ir->wall_density[1] = 0;
- ir->wall_ewald_zfac = 3;
+ for (g = 0; g < pull->ngrp+1; g++)
+ {
+ do_pullgrp(fio, &pull->grp[g], bRead, file_version);
}
- /* Cosine stuff for electric fields */
- for(j=0; (j<DIM); j++) {
- gmx_fio_do_int(fio,ir->ex[j].n);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->et[j].n);
- if (bRead) {
- snew(ir->ex[j].a, ir->ex[j].n);
- snew(ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
- snew(ir->et[j].a, ir->et[j].n);
- snew(ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].a, ir->ex[j].n);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->ex[j].phi,ir->ex[j].n);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].a, ir->et[j].n);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->et[j].phi,ir->et[j].n);
- }
-
- /* QMMM stuff */
- if(file_version>=39){
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,ir->bQMMM);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->QMMMscheme);
- gmx_fio_do_real(fio,ir->scalefactor);
- gmx_fio_do_int(fio,ir->opts.ngQM);
- if (bRead) {
- snew(ir->opts.QMmethod, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.QMbasis, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.QMcharge, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.QMmult, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.bSH, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.SAon, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.SAoff, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.SAsteps, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.bOPT, ir->opts.ngQM);
- snew(ir->opts.bTS, ir->opts.ngQM);
- }
- if (ir->opts.ngQM > 0) {
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmethod,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMbasis,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMcharge,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.QMmult,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bSH,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASorbitals,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.CASelectrons,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAon,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,ir->opts.SAoff,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ir->opts.SAsteps,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bOPT,ir->opts.ngQM);
- bDum=gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio,ir->opts.bTS,ir->opts.ngQM);
- }
- /* end of QMMM stuff */
- }
}
-static void do_harm(t_fileio *fio, t_iparams *iparams,gmx_bool bRead)
+static void do_rotgrp(t_fileio *fio, t_rotgrp *rotg, gmx_bool bRead, int file_version)
{
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
-}
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+ int i;
-void do_iparams(t_fileio *fio, t_functype ftype,t_iparams *iparams,
- gmx_bool bRead, int file_version)
-{
- int idum;
- gmx_bool bDum;
- real rdum;
-
- if (!bRead)
- gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
- switch (ftype) {
- case F_ANGLES:
- case F_G96ANGLES:
- case F_BONDS:
- case F_G96BONDS:
- case F_HARMONIC:
- case F_IDIHS:
- do_harm(fio, iparams,bRead);
- if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && bRead) {
- /* Correct incorrect storage of parameters */
- iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
- iparams->pdihs.cpB = iparams->pdihs.cpA;
- }
- break;
- case F_LINEAR_ANGLES:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.klinA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.aA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.klinB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->linangle.aB);
- break;
- case F_FENEBONDS:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.bm);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->fene.kb);
- break;
- case F_RESTRBONDS:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1A);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2A);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.lowB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up1B);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.up2B);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->restraint.kB);
- break;
- case F_TABBONDS:
- case F_TABBONDSNC:
- case F_TABANGLES:
- case F_TABDIHS:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kA);
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->tab.table);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->tab.kB);
- break;
- case F_CROSS_BOND_BONDS:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r1e);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.r2e);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_bb.krr);
- break;
- case F_CROSS_BOND_ANGLES:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r1e);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r2e);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.r3e);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cross_ba.krt);
- break;
- case F_UREY_BRADLEY:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.thetaA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kthetaA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13A);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUBA);
- if (file_version >= 79) {
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.thetaB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kthetaB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.r13B);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->u_b.kUBB);
- } else {
- iparams->u_b.thetaB=iparams->u_b.thetaA;
- iparams->u_b.kthetaB=iparams->u_b.kthetaA;
- iparams->u_b.r13B=iparams->u_b.r13A;
- iparams->u_b.kUBB=iparams->u_b.kUBA;
- }
- break;
- case F_QUARTIC_ANGLES:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->qangle.theta);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->qangle.c,5);
- break;
- case F_BHAM:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.a);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.b);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->bham.c);
- break;
- case F_MORSE:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0A);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cbA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.betaA);
- if (file_version >= 79) {
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.b0B);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.cbB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->morse.betaB);
- } else {
- iparams->morse.b0B = iparams->morse.b0A;
- iparams->morse.cbB = iparams->morse.cbA;
- iparams->morse.betaB = iparams->morse.betaA;
- }
- break;
- case F_CUBICBONDS:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.b0);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kb);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->cubic.kcub);
- break;
- case F_CONNBONDS:
- break;
- case F_POLARIZATION:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->polarize.alpha);
- break;
- case F_ANHARM_POL:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.alpha);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.drcut);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->anharm_polarize.khyp);
- break;
- case F_WATER_POL:
- if (file_version < 31)
- gmx_fatal(FARGS,"Old tpr files with water_polarization not supported. Make a new.");
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_x);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_y);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.al_z);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOH);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rHH);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->wpol.rOD);
- break;
- case F_THOLE_POL:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.a);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha1);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.alpha2);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->thole.rfac);
- break;
- case F_LJ:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c6);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj.c12);
- break;
- case F_LJ14:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6A);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12A);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c6B);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->lj14.c12B);
- break;
- case F_LJC14_Q:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.fqq);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qi);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.qj);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c6);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljc14.c12);
- break;
- case F_LJC_PAIRS_NB:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qi);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.qj);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c6);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->ljcnb.c12);
- break;
- case F_PDIHS:
- case F_PIDIHS:
- case F_ANGRES:
- case F_ANGRESZ:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpA);
- if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42) {
- /* Read the incorrectly stored multiplicity */
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.rB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->harmonic.krB);
- iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
- iparams->pdihs.cpB = iparams->pdihs.cpA;
- } else {
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.phiB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->pdihs.cpB);
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->pdihs.mult);
- }
- break;
- case F_DISRES:
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.label);
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->disres.type);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.low);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up1);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.up2);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->disres.kfac);
- break;
- case F_ORIRES:
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.ex);
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.label);
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->orires.power);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.c);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.obs);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->orires.kfac);
- break;
- case F_DIHRES:
- if ( file_version < 72) {
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- }
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phiA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphiA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfacA);
- if (file_version >= 72) {
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.phiB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.dphiB);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->dihres.kfacB);
- } else {
- iparams->dihres.phiB=iparams->dihres.phiA;
- iparams->dihres.dphiB=iparams->dihres.dphiA;
- iparams->dihres.kfacB=iparams->dihres.kfacA;
- }
- break;
- case F_POSRES:
- gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0A);
- gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcA);
- if (bRead && file_version < 27) {
- copy_rvec(iparams->posres.pos0A,iparams->posres.pos0B);
- copy_rvec(iparams->posres.fcA,iparams->posres.fcB);
- } else {
- gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.pos0B);
- gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->posres.fcB);
- }
- break;
- case F_FBPOSRES:
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->fbposres.geom);
- gmx_fio_do_rvec(fio,iparams->fbposres.pos0);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->fbposres.r);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->fbposres.k);
- break;
- case F_RBDIHS:
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA,NR_RBDIHS);
- if(file_version>=25)
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB,NR_RBDIHS);
- break;
- case F_FOURDIHS:
- /* Fourier dihedrals are internally represented
- * as Ryckaert-Bellemans since those are faster to compute.
- */
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
- break;
- case F_CONSTR:
- case F_CONSTRNC:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dA);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->constr.dB);
- break;
- case F_SETTLE:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.doh);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->settle.dhh);
- break;
- case F_VSITE2:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
- break;
- case F_VSITE3:
- case F_VSITE3FD:
- case F_VSITE3FAD:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
- break;
- case F_VSITE3OUT:
- case F_VSITE4FD:
- case F_VSITE4FDN:
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.a);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.b);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsite.c);
- break;
- case F_VSITEN:
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->vsiten.n);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->vsiten.a);
- break;
- case F_GB12:
- case F_GB13:
- case F_GB14:
- /* We got rid of some parameters in version 68 */
- if(bRead && file_version<68)
- {
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- }
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.sar);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.st);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.pi);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.gbr);
- gmx_fio_do_real(fio,iparams->gb.bmlt);
- break;
- case F_CMAP:
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapA);
- gmx_fio_do_int(fio,iparams->cmap.cmapB);
- break;
- default:
- gmx_fatal(FARGS,"unknown function type %d (%s) in %s line %d",
- ftype,interaction_function[ftype].name,__FILE__,__LINE__);
- }
- if (!bRead)
- gmx_fio_unset_comment(fio);
+ gmx_fio_do_int(fio, rotg->eType);
+ gmx_fio_do_int(fio, rotg->bMassW);
+ gmx_fio_do_int(fio, rotg->nat);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(rotg->ind, rotg->nat);
+ }
+ gmx_fio_ndo_int(fio, rotg->ind, rotg->nat);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(rotg->x_ref, rotg->nat);
+ }
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, rotg->x_ref, rotg->nat);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, rotg->vec);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, rotg->pivot);
+ gmx_fio_do_real(fio, rotg->rate);
+ gmx_fio_do_real(fio, rotg->k);
+ gmx_fio_do_real(fio, rotg->slab_dist);
+ gmx_fio_do_real(fio, rotg->min_gaussian);
+ gmx_fio_do_real(fio, rotg->eps);
+ gmx_fio_do_int(fio, rotg->eFittype);
+ gmx_fio_do_int(fio, rotg->PotAngle_nstep);
+ gmx_fio_do_real(fio, rotg->PotAngle_step);
}
-static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,int file_version,
- int ftype)
+static void do_rot(t_fileio *fio, t_rot *rot, gmx_bool bRead, int file_version)
{
- int i,k,idum;
- gmx_bool bDum=TRUE;
-
- if (!bRead) {
- gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
- }
- if (file_version < 44) {
- for(i=0; i<MAXNODES; i++)
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- }
- gmx_fio_do_int(fio,ilist->nr);
- if (bRead)
- snew(ilist->iatoms,ilist->nr);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ilist->iatoms,ilist->nr);
- if (!bRead)
- gmx_fio_unset_comment(fio);
-}
+ int g;
-static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
- gmx_bool bRead, int file_version)
-{
- int idum,i,j;
- gmx_bool bDum=TRUE;
- unsigned int k;
-
- gmx_fio_do_int(fio,ffparams->atnr);
- if (file_version < 57) {
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- }
- gmx_fio_do_int(fio,ffparams->ntypes);
- if (bRead && debug)
- fprintf(debug,"ffparams->atnr = %d, ntypes = %d\n",
- ffparams->atnr,ffparams->ntypes);
- if (bRead) {
- snew(ffparams->functype,ffparams->ntypes);
- snew(ffparams->iparams,ffparams->ntypes);
- }
- /* Read/write all the function types */
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,ffparams->functype,ffparams->ntypes);
- if (bRead && debug)
- pr_ivec(debug,0,"functype",ffparams->functype,ffparams->ntypes,TRUE);
-
- if (file_version >= 66) {
- gmx_fio_do_double(fio,ffparams->reppow);
- } else {
- ffparams->reppow = 12.0;
- }
-
- if (file_version >= 57) {
- gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
- }
-
- /* Check whether all these function types are supported by the code.
- * In practice the code is backwards compatible, which means that the
- * numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
- */
- for (i=0; (i<ffparams->ntypes); i++) {
+ gmx_fio_do_int(fio, rot->ngrp);
+ gmx_fio_do_int(fio, rot->nstrout);
+ gmx_fio_do_int(fio, rot->nstsout);
if (bRead)
- /* Loop over file versions */
- for (k=0; (k<NFTUPD); k++)
- /* Compare the read file_version to the update table */
- if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
- (ffparams->functype[i] >= ftupd[k].ftype)) {
- ffparams->functype[i] += 1;
- if (debug) {
- fprintf(debug,"Incrementing function type %d to %d (due to %s)\n",
- i,ffparams->functype[i],
- interaction_function[ftupd[k].ftype].longname);
- fflush(debug);
- }
- }
-
- do_iparams(fio, ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i],bRead,
- file_version);
- if (bRead && debug)
- pr_iparams(debug,ffparams->functype[i],&ffparams->iparams[i]);
- }
+ {
+ snew(rot->grp, rot->ngrp);
+ }
+ for (g = 0; g < rot->ngrp; g++)
+ {
+ do_rotgrp(fio, &rot->grp[g], bRead, file_version);
+ }
}
-static void add_settle_atoms(t_ilist *ilist)
+
+static void do_inputrec(t_fileio *fio, t_inputrec *ir, gmx_bool bRead,
+ int file_version, real *fudgeQQ)
{
- int i;
+ int i, j, k, *tmp, idum = 0;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+ real rdum, bd_temp;
+ rvec vdum;
+ gmx_bool bSimAnn;
+ real zerotemptime, finish_t, init_temp, finish_temp;
- /* Settle used to only store the first atom: add the other two */
- srenew(ilist->iatoms,2*ilist->nr);
- for(i=ilist->nr/2-1; i>=0; i--)
+ if (file_version != tpx_version)
{
- ilist->iatoms[4*i+0] = ilist->iatoms[2*i+0];
- ilist->iatoms[4*i+1] = ilist->iatoms[2*i+1];
- ilist->iatoms[4*i+2] = ilist->iatoms[2*i+1] + 1;
- ilist->iatoms[4*i+3] = ilist->iatoms[2*i+1] + 2;
+ /* Give a warning about features that are not accessible */
+ fprintf(stderr, "Note: file tpx version %d, software tpx version %d\n",
+ file_version, tpx_version);
}
- ilist->nr = 2*ilist->nr;
-}
-static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist,gmx_bool bRead,
- int file_version)
+ if (bRead)
+ {
+ init_inputrec(ir);
+ }
+
+ if (file_version == 0)
+ {
+ return;
+ }
+
+ /* Basic inputrec stuff */
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->eI);
+ if (file_version >= 62)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->nsteps);
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ ir->nsteps = idum;
+ }
+ if (file_version > 25)
+ {
+ if (file_version >= 62)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_large_int(fio, ir->init_step);
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ ir->init_step = idum;
+ }
+ }
+ else
+ {
+ ir->init_step = 0;
+ }
+
+ if (file_version >= 58)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->simulation_part);
+ }
+ else
+ {
+ ir->simulation_part = 1;
+ }
+
+ if (file_version >= 67)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstcalcenergy);
+ }
+ else
+ {
+ ir->nstcalcenergy = 1;
+ }
+ if (file_version < 53)
+ {
+ /* The pbc info has been moved out of do_inputrec,
+ * since we always want it, also without reading the inputrec.
+ */
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->ePBC);
+ if ((file_version <= 15) && (ir->ePBC == 2))
+ {
+ ir->ePBC = epbcNONE;
+ }
+ if (file_version >= 45)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->bPeriodicMols);
+ }
+ else
+ {
+ if (ir->ePBC == 2)
+ {
+ ir->ePBC = epbcXYZ;
+ ir->bPeriodicMols = TRUE;
+ }
+ else
+ {
+ ir->bPeriodicMols = FALSE;
+ }
+ }
+ }
+ if (file_version >= 81)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->cutoff_scheme);
+ }
+ else
+ {
+ ir->cutoff_scheme = ecutsGROUP;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->ns_type);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstlist);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->ndelta);
+ if (file_version < 41)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ if (file_version >= 45)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rtpi);
+ }
+ else
+ {
+ ir->rtpi = 0.05;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstcomm);
+ if (file_version > 34)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->comm_mode);
+ }
+ else if (ir->nstcomm < 0)
+ {
+ ir->comm_mode = ecmANGULAR;
+ }
+ else
+ {
+ ir->comm_mode = ecmLINEAR;
+ }
+ ir->nstcomm = abs(ir->nstcomm);
+
+ if (file_version > 25)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstcheckpoint);
+ }
+ else
+ {
+ ir->nstcheckpoint = 0;
+ }
+
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstcgsteep);
+
+ if (file_version >= 30)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nbfgscorr);
+ }
+ else if (bRead)
+ {
+ ir->nbfgscorr = 10;
+ }
+
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstlog);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstxout);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstvout);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstfout);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstenergy);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstxtcout);
+ if (file_version >= 59)
+ {
+ gmx_fio_do_double(fio, ir->init_t);
+ gmx_fio_do_double(fio, ir->delta_t);
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ ir->init_t = rdum;
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ ir->delta_t = rdum;
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->xtcprec);
+ if (file_version < 19)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ if (file_version < 18)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ if (file_version >= 81)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->verletbuf_drift);
+ }
+ else
+ {
+ ir->verletbuf_drift = 0;
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rlist);
+ if (file_version >= 67)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rlistlong);
+ }
+ if (file_version >= 82 && file_version != 90)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstcalclr);
+ }
+ else
+ {
+ /* Calculate at NS steps */
+ ir->nstcalclr = ir->nstlist;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->coulombtype);
+ if (file_version < 32 && ir->coulombtype == eelRF)
+ {
+ ir->coulombtype = eelRF_NEC;
+ }
+ if (file_version >= 81)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->coulomb_modifier);
+ }
+ else
+ {
+ ir->coulomb_modifier = (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET ? eintmodPOTSHIFT : eintmodNONE);
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rcoulomb_switch);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rcoulomb);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->vdwtype);
+ if (file_version >= 81)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->vdw_modifier);
+ }
+ else
+ {
+ ir->vdw_modifier = (ir->cutoff_scheme == ecutsVERLET ? eintmodPOTSHIFT : eintmodNONE);
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rvdw_switch);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rvdw);
+ if (file_version < 67)
+ {
+ ir->rlistlong = max_cutoff(ir->rlist, max_cutoff(ir->rvdw, ir->rcoulomb));
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->eDispCorr);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_r);
+ if (file_version >= 37)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_rf);
+ }
+ else
+ {
+ if (EEL_RF(ir->coulombtype))
+ {
+ ir->epsilon_rf = ir->epsilon_r;
+ ir->epsilon_r = 1.0;
+ }
+ else
+ {
+ ir->epsilon_rf = 1.0;
+ }
+ }
+ if (file_version >= 29)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->tabext);
+ }
+ else
+ {
+ ir->tabext = 1.0;
+ }
+
+ if (file_version > 25)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->gb_algorithm);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstgbradii);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->rgbradii);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_saltconc);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->implicit_solvent);
+ }
+ else
+ {
+ ir->gb_algorithm = egbSTILL;
+ ir->nstgbradii = 1;
+ ir->rgbradii = 1.0;
+ ir->gb_saltconc = 0;
+ ir->implicit_solvent = eisNO;
+ }
+ if (file_version >= 55)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_epsilon_solvent);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_obc_alpha);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_obc_beta);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_obc_gamma);
+ if (file_version >= 60)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->gb_dielectric_offset);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->sa_algorithm);
+ }
+ else
+ {
+ ir->gb_dielectric_offset = 0.009;
+ ir->sa_algorithm = esaAPPROX;
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->sa_surface_tension);
+
+ /* Override sa_surface_tension if it is not changed in the mpd-file */
+ if (ir->sa_surface_tension < 0)
+ {
+ if (ir->gb_algorithm == egbSTILL)
+ {
+ ir->sa_surface_tension = 0.0049 * 100 * CAL2JOULE;
+ }
+ else if (ir->gb_algorithm == egbHCT || ir->gb_algorithm == egbOBC)
+ {
+ ir->sa_surface_tension = 0.0054 * 100 * CAL2JOULE;
+ }
+ }
+
+ }
+ else
+ {
+ /* Better use sensible values than insane (0.0) ones... */
+ ir->gb_epsilon_solvent = 80;
+ ir->gb_obc_alpha = 1.0;
+ ir->gb_obc_beta = 0.8;
+ ir->gb_obc_gamma = 4.85;
+ ir->sa_surface_tension = 2.092;
+ }
+
+
+ if (file_version >= 81)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->fourier_spacing);
+ }
+ else
+ {
+ ir->fourier_spacing = 0.0;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nkx);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nky);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nkz);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->pme_order);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->ewald_rtol);
+
+ if (file_version >= 24)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->ewald_geometry);
+ }
+ else
+ {
+ ir->ewald_geometry = eewg3D;
+ }
+
+ if (file_version <= 17)
+ {
+ ir->epsilon_surface = 0;
+ if (file_version == 17)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->epsilon_surface);
+ }
+
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bOptFFT);
+
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bContinuation);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->etc);
+ /* before version 18, ir->etc was a gmx_bool (ir->btc),
+ * but the values 0 and 1 still mean no and
+ * berendsen temperature coupling, respectively.
+ */
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bPrintNHChains);
+ }
+ if (file_version >= 71)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nsttcouple);
+ }
+ else
+ {
+ ir->nsttcouple = ir->nstcalcenergy;
+ }
+ if (file_version <= 15)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ if (file_version <= 17)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->epct);
+ if (file_version <= 15)
+ {
+ if (ir->epct == 5)
+ {
+ ir->epct = epctSURFACETENSION;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ ir->epct -= 1;
+ /* we have removed the NO alternative at the beginning */
+ if (ir->epct == -1)
+ {
+ ir->epc = epcNO;
+ ir->epct = epctISOTROPIC;
+ }
+ else
+ {
+ ir->epc = epcBERENDSEN;
+ }
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->epc);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->epct);
+ }
+ if (file_version >= 71)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstpcouple);
+ }
+ else
+ {
+ ir->nstpcouple = ir->nstcalcenergy;
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->tau_p);
+ if (file_version <= 15)
+ {
+ gmx_fio_do_rvec(fio, vdum);
+ clear_mat(ir->ref_p);
+ for (i = 0; i < DIM; i++)
+ {
+ ir->ref_p[i][i] = vdum[i];
+ }
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->ref_p[XX]);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->ref_p[YY]);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->ref_p[ZZ]);
+ }
+ if (file_version <= 15)
+ {
+ gmx_fio_do_rvec(fio, vdum);
+ clear_mat(ir->compress);
+ for (i = 0; i < DIM; i++)
+ {
+ ir->compress[i][i] = vdum[i];
+ }
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[XX]);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[YY]);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->compress[ZZ]);
+ }
+ if (file_version >= 47)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->refcoord_scaling);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_com);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->posres_comB);
+ }
+ else
+ {
+ ir->refcoord_scaling = erscNO;
+ clear_rvec(ir->posres_com);
+ clear_rvec(ir->posres_comB);
+ }
+ if ((file_version > 25) && (file_version < 79))
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->andersen_seed);
+ }
+ else
+ {
+ ir->andersen_seed = 0;
+ }
+ if (file_version < 26)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, bSimAnn);
+ gmx_fio_do_real(fio, zerotemptime);
+ }
+
+ if (file_version < 37)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ }
+
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->shake_tol);
+ if (file_version < 54)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, *fudgeQQ);
+ }
+
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->efep);
+ if (file_version <= 14 && ir->efep != efepNO)
+ {
+ ir->efep = efepYES;
+ }
+ do_fepvals(fio, ir->fepvals, bRead, file_version);
+
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bSimTemp);
+ if (ir->bSimTemp)
+ {
+ ir->bSimTemp = TRUE;
+ }
+ }
+ else
+ {
+ ir->bSimTemp = FALSE;
+ }
+ if (ir->bSimTemp)
+ {
+ do_simtempvals(fio, ir->simtempvals, ir->fepvals->n_lambda, bRead, file_version);
+ }
+
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bExpanded);
+ if (ir->bExpanded)
+ {
+ ir->bExpanded = TRUE;
+ }
+ else
+ {
+ ir->bExpanded = FALSE;
+ }
+ }
+ if (ir->bExpanded)
+ {
+ do_expandedvals(fio, ir->expandedvals, ir->fepvals, bRead, file_version);
+ }
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->eDisre);
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->eDisreWeighting);
+ if (file_version < 22)
+ {
+ if (ir->eDisreWeighting == 0)
+ {
+ ir->eDisreWeighting = edrwEqual;
+ }
+ else
+ {
+ ir->eDisreWeighting = edrwConservative;
+ }
+ }
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bDisreMixed);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->dr_fc);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->dr_tau);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstdisreout);
+ if (file_version >= 22)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->orires_fc);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->orires_tau);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nstorireout);
+ }
+ else
+ {
+ ir->orires_fc = 0;
+ ir->orires_tau = 0;
+ ir->nstorireout = 0;
+ }
+ if (file_version >= 26 && file_version < 79)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->dihre_fc);
+ if (file_version < 56)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ ir->dihre_fc = 0;
+ }
+
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->em_stepsize);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->em_tol);
+ if (file_version >= 22)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bShakeSOR);
+ }
+ else if (bRead)
+ {
+ ir->bShakeSOR = TRUE;
+ }
+ if (file_version >= 11)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->niter);
+ }
+ else if (bRead)
+ {
+ ir->niter = 25;
+ fprintf(stderr, "Note: niter not in run input file, setting it to %d\n",
+ ir->niter);
+ }
+ if (file_version >= 21)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->fc_stepsize);
+ }
+ else
+ {
+ ir->fc_stepsize = 0;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->eConstrAlg);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nProjOrder);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->LincsWarnAngle);
+ if (file_version <= 14)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ if (file_version >= 26)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nLincsIter);
+ }
+ else if (bRead)
+ {
+ ir->nLincsIter = 1;
+ fprintf(stderr, "Note: nLincsIter not in run input file, setting it to %d\n",
+ ir->nLincsIter);
+ }
+ if (file_version < 33)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, bd_temp);
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->bd_fric);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->ld_seed);
+ if (file_version >= 33)
+ {
+ for (i = 0; i < DIM; i++)
+ {
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->deform[i]);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ for (i = 0; i < DIM; i++)
+ {
+ clear_rvec(ir->deform[i]);
+ }
+ }
+ if (file_version >= 14)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->cos_accel);
+ }
+ else if (bRead)
+ {
+ ir->cos_accel = 0;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->userint1);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->userint2);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->userint3);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->userint4);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->userreal1);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->userreal2);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->userreal3);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->userreal4);
+
+ /* AdResS stuff */
+ if (file_version >= 77)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bAdress);
+ if (ir->bAdress)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->adress, 1);
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->type);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->adress->const_wf);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->adress->ex_width);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->adress->hy_width);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->icor);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->site);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, ir->adress->refs);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->n_tf_grps);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->adress->ex_forcecap);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->n_energy_grps);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->adress->do_hybridpairs);
+
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->adress->tf_table_index, ir->adress->n_tf_grps);
+ }
+ if (ir->adress->n_tf_grps > 0)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->adress->tf_table_index, ir->adress->n_tf_grps);
+ }
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->adress->group_explicit, ir->adress->n_energy_grps);
+ }
+ if (ir->adress->n_energy_grps > 0)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->adress->group_explicit, ir->adress->n_energy_grps);
+ }
+ }
+ }
+ else
+ {
+ ir->bAdress = FALSE;
+ }
+
+ /* pull stuff */
+ if (file_version >= 48)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->ePull);
+ if (ir->ePull != epullNO)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->pull, 1);
+ }
+ do_pull(fio, ir->pull, bRead, file_version);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ ir->ePull = epullNO;
+ }
+
+ /* Enforced rotation */
+ if (file_version >= 74)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->bRot);
+ if (ir->bRot == TRUE)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->rot, 1);
+ }
+ do_rot(fio, ir->rot, bRead, file_version);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ ir->bRot = FALSE;
+ }
+
+ /* grpopts stuff */
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->opts.ngtc);
+ if (file_version >= 69)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->opts.nhchainlength);
+ }
+ else
+ {
+ ir->opts.nhchainlength = 1;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->opts.ngacc);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->opts.ngfrz);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->opts.ngener);
+
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
+ snew(ir->opts.ref_t, ir->opts.ngtc);
+ snew(ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
+ snew(ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
+ snew(ir->opts.anneal_time, ir->opts.ngtc);
+ snew(ir->opts.anneal_temp, ir->opts.ngtc);
+ snew(ir->opts.tau_t, ir->opts.ngtc);
+ snew(ir->opts.nFreeze, ir->opts.ngfrz);
+ snew(ir->opts.acc, ir->opts.ngacc);
+ snew(ir->opts.egp_flags, ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
+ }
+ if (ir->opts.ngtc > 0)
+ {
+ if (bRead && file_version < 13)
+ {
+ snew(tmp, ir->opts.ngtc);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, tmp, ir->opts.ngtc);
+ for (i = 0; i < ir->opts.ngtc; i++)
+ {
+ ir->opts.nrdf[i] = tmp[i];
+ }
+ sfree(tmp);
+ }
+ else
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.nrdf, ir->opts.ngtc);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.ref_t, ir->opts.ngtc);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.tau_t, ir->opts.ngtc);
+ if (file_version < 33 && ir->eI == eiBD)
+ {
+ for (i = 0; i < ir->opts.ngtc; i++)
+ {
+ ir->opts.tau_t[i] = bd_temp;
+ }
+ }
+ }
+ if (ir->opts.ngfrz > 0)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_ivec(fio, ir->opts.nFreeze, ir->opts.ngfrz);
+ }
+ if (ir->opts.ngacc > 0)
+ {
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, ir->opts.acc, ir->opts.ngacc);
+ }
+ if (file_version >= 12)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.egp_flags,
+ ir->opts.ngener*ir->opts.ngener);
+ }
+
+ if (bRead && file_version < 26)
+ {
+ for (i = 0; i < ir->opts.ngtc; i++)
+ {
+ if (bSimAnn)
+ {
+ ir->opts.annealing[i] = eannSINGLE;
+ ir->opts.anneal_npoints[i] = 2;
+ snew(ir->opts.anneal_time[i], 2);
+ snew(ir->opts.anneal_temp[i], 2);
+ /* calculate the starting/ending temperatures from reft, zerotemptime, and nsteps */
+ finish_t = ir->init_t + ir->nsteps * ir->delta_t;
+ init_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-ir->init_t/zerotemptime);
+ finish_temp = ir->opts.ref_t[i]*(1-finish_t/zerotemptime);
+ ir->opts.anneal_time[i][0] = ir->init_t;
+ ir->opts.anneal_time[i][1] = finish_t;
+ ir->opts.anneal_temp[i][0] = init_temp;
+ ir->opts.anneal_temp[i][1] = finish_temp;
+ }
+ else
+ {
+ ir->opts.annealing[i] = eannNO;
+ ir->opts.anneal_npoints[i] = 0;
+ }
+ }
+ }
+ else
+ {
+ /* file version 26 or later */
+ /* First read the lists with annealing and npoints for each group */
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.annealing, ir->opts.ngtc);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.anneal_npoints, ir->opts.ngtc);
+ for (j = 0; j < (ir->opts.ngtc); j++)
+ {
+ k = ir->opts.anneal_npoints[j];
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->opts.anneal_time[j], k);
+ snew(ir->opts.anneal_temp[j], k);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.anneal_time[j], k);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.anneal_temp[j], k);
+ }
+ }
+ /* Walls */
+ if (file_version >= 45)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->nwall);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_type);
+ if (file_version >= 50)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_r_linpot);
+ }
+ else
+ {
+ ir->wall_r_linpot = -1;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_atomtype[0]);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->wall_atomtype[1]);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_density[0]);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_density[1]);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->wall_ewald_zfac);
+ }
+ else
+ {
+ ir->nwall = 0;
+ ir->wall_type = 0;
+ ir->wall_atomtype[0] = -1;
+ ir->wall_atomtype[1] = -1;
+ ir->wall_density[0] = 0;
+ ir->wall_density[1] = 0;
+ ir->wall_ewald_zfac = 3;
+ }
+ /* Cosine stuff for electric fields */
+ for (j = 0; (j < DIM); j++)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->ex[j].n);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->et[j].n);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->ex[j].a, ir->ex[j].n);
+ snew(ir->ex[j].phi, ir->ex[j].n);
+ snew(ir->et[j].a, ir->et[j].n);
+ snew(ir->et[j].phi, ir->et[j].n);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->ex[j].a, ir->ex[j].n);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->ex[j].phi, ir->ex[j].n);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->et[j].a, ir->et[j].n);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->et[j].phi, ir->et[j].n);
+ }
+
+ /* QMMM stuff */
+ if (file_version >= 39)
+ {
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, ir->bQMMM);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->QMMMscheme);
+ gmx_fio_do_real(fio, ir->scalefactor);
+ gmx_fio_do_int(fio, ir->opts.ngQM);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ir->opts.QMmethod, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.QMbasis, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.QMcharge, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.QMmult, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.bSH, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.CASelectrons, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.SAon, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.SAoff, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.SAsteps, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.bOPT, ir->opts.ngQM);
+ snew(ir->opts.bTS, ir->opts.ngQM);
+ }
+ if (ir->opts.ngQM > 0)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.QMmethod, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.QMbasis, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.QMcharge, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.QMmult, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, ir->opts.bSH, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.CASorbitals, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.CASelectrons, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.SAon, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, ir->opts.SAoff, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ir->opts.SAsteps, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, ir->opts.bOPT, ir->opts.ngQM);
+ bDum = gmx_fio_ndo_gmx_bool(fio, ir->opts.bTS, ir->opts.ngQM);
+ }
+ /* end of QMMM stuff */
+ }
+}
+
+
+static void do_harm(t_fileio *fio, t_iparams *iparams, gmx_bool bRead)
+{
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.rA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.krA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.rB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.krB);
+}
+
+void do_iparams(t_fileio *fio, t_functype ftype, t_iparams *iparams,
+ gmx_bool bRead, int file_version)
+{
+ int idum;
+ gmx_bool bDum;
+ real rdum;
+
+ if (!bRead)
+ {
+ gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
+ }
+ switch (ftype)
+ {
+ case F_ANGLES:
+ case F_G96ANGLES:
+ case F_BONDS:
+ case F_G96BONDS:
+ case F_HARMONIC:
+ case F_IDIHS:
+ do_harm(fio, iparams, bRead);
+ if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && bRead)
+ {
+ /* Correct incorrect storage of parameters */
+ iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
+ iparams->pdihs.cpB = iparams->pdihs.cpA;
+ }
+ break;
+ case F_LINEAR_ANGLES:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->linangle.klinA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->linangle.aA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->linangle.klinB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->linangle.aB);
+ break;
+ case F_FENEBONDS:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->fene.bm);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->fene.kb);
+ break;
+ case F_RESTRBONDS:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->restraint.lowA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->restraint.up1A);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->restraint.up2A);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->restraint.kA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->restraint.lowB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->restraint.up1B);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->restraint.up2B);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->restraint.kB);
+ break;
+ case F_TABBONDS:
+ case F_TABBONDSNC:
+ case F_TABANGLES:
+ case F_TABDIHS:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->tab.kA);
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->tab.table);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->tab.kB);
+ break;
+ case F_CROSS_BOND_BONDS:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cross_bb.r1e);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cross_bb.r2e);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cross_bb.krr);
+ break;
+ case F_CROSS_BOND_ANGLES:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cross_ba.r1e);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cross_ba.r2e);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cross_ba.r3e);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cross_ba.krt);
+ break;
+ case F_UREY_BRADLEY:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->u_b.thetaA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->u_b.kthetaA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->u_b.r13A);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->u_b.kUBA);
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->u_b.thetaB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->u_b.kthetaB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->u_b.r13B);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->u_b.kUBB);
+ }
+ else
+ {
+ iparams->u_b.thetaB = iparams->u_b.thetaA;
+ iparams->u_b.kthetaB = iparams->u_b.kthetaA;
+ iparams->u_b.r13B = iparams->u_b.r13A;
+ iparams->u_b.kUBB = iparams->u_b.kUBA;
+ }
+ break;
+ case F_QUARTIC_ANGLES:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->qangle.theta);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, iparams->qangle.c, 5);
+ break;
+ case F_BHAM:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->bham.a);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->bham.b);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->bham.c);
+ break;
+ case F_MORSE:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->morse.b0A);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->morse.cbA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->morse.betaA);
+ if (file_version >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->morse.b0B);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->morse.cbB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->morse.betaB);
+ }
+ else
+ {
+ iparams->morse.b0B = iparams->morse.b0A;
+ iparams->morse.cbB = iparams->morse.cbA;
+ iparams->morse.betaB = iparams->morse.betaA;
+ }
+ break;
+ case F_CUBICBONDS:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cubic.b0);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cubic.kb);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->cubic.kcub);
+ break;
+ case F_CONNBONDS:
+ break;
+ case F_POLARIZATION:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->polarize.alpha);
+ break;
+ case F_ANHARM_POL:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->anharm_polarize.alpha);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->anharm_polarize.drcut);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->anharm_polarize.khyp);
+ break;
+ case F_WATER_POL:
+ if (file_version < 31)
+ {
+ gmx_fatal(FARGS, "Old tpr files with water_polarization not supported. Make a new.");
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->wpol.al_x);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->wpol.al_y);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->wpol.al_z);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->wpol.rOH);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->wpol.rHH);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->wpol.rOD);
+ break;
+ case F_THOLE_POL:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->thole.a);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->thole.alpha1);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->thole.alpha2);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->thole.rfac);
+ break;
+ case F_LJ:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->lj.c6);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->lj.c12);
+ break;
+ case F_LJ14:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->lj14.c6A);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->lj14.c12A);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->lj14.c6B);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->lj14.c12B);
+ break;
+ case F_LJC14_Q:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljc14.fqq);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljc14.qi);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljc14.qj);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljc14.c6);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljc14.c12);
+ break;
+ case F_LJC_PAIRS_NB:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljcnb.qi);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljcnb.qj);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljcnb.c6);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->ljcnb.c12);
+ break;
+ case F_PDIHS:
+ case F_PIDIHS:
+ case F_ANGRES:
+ case F_ANGRESZ:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.cpA);
+ if ((ftype == F_ANGRES || ftype == F_ANGRESZ) && file_version < 42)
+ {
+ /* Read the incorrectly stored multiplicity */
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.rB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->harmonic.krB);
+ iparams->pdihs.phiB = iparams->pdihs.phiA;
+ iparams->pdihs.cpB = iparams->pdihs.cpA;
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.phiB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->pdihs.cpB);
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->pdihs.mult);
+ }
+ break;
+ case F_DISRES:
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->disres.label);
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->disres.type);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->disres.low);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->disres.up1);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->disres.up2);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->disres.kfac);
+ break;
+ case F_ORIRES:
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->orires.ex);
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->orires.label);
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->orires.power);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->orires.c);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->orires.obs);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->orires.kfac);
+ break;
+ case F_DIHRES:
+ if (file_version < 72)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->dihres.phiA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->dihres.dphiA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->dihres.kfacA);
+ if (file_version >= 72)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->dihres.phiB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->dihres.dphiB);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->dihres.kfacB);
+ }
+ else
+ {
+ iparams->dihres.phiB = iparams->dihres.phiA;
+ iparams->dihres.dphiB = iparams->dihres.dphiA;
+ iparams->dihres.kfacB = iparams->dihres.kfacA;
+ }
+ break;
+ case F_POSRES:
+ gmx_fio_do_rvec(fio, iparams->posres.pos0A);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, iparams->posres.fcA);
+ if (bRead && file_version < 27)
+ {
+ copy_rvec(iparams->posres.pos0A, iparams->posres.pos0B);
+ copy_rvec(iparams->posres.fcA, iparams->posres.fcB);
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_do_rvec(fio, iparams->posres.pos0B);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, iparams->posres.fcB);
+ }
+ break;
+ case F_FBPOSRES:
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->fbposres.geom);
+ gmx_fio_do_rvec(fio, iparams->fbposres.pos0);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->fbposres.r);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->fbposres.k);
+ break;
+ case F_RBDIHS:
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
+ if (file_version >= 25)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
+ }
+ break;
+ case F_FOURDIHS:
+ /* Fourier dihedrals are internally represented
+ * as Ryckaert-Bellemans since those are faster to compute.
+ */
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, iparams->rbdihs.rbcA, NR_RBDIHS);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, iparams->rbdihs.rbcB, NR_RBDIHS);
+ break;
+ case F_CONSTR:
+ case F_CONSTRNC:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->constr.dA);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->constr.dB);
+ break;
+ case F_SETTLE:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->settle.doh);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->settle.dhh);
+ break;
+ case F_VSITE2:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->vsite.a);
+ break;
+ case F_VSITE3:
+ case F_VSITE3FD:
+ case F_VSITE3FAD:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->vsite.a);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->vsite.b);
+ break;
+ case F_VSITE3OUT:
+ case F_VSITE4FD:
+ case F_VSITE4FDN:
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->vsite.a);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->vsite.b);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->vsite.c);
+ break;
+ case F_VSITEN:
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->vsiten.n);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->vsiten.a);
+ break;
+ case F_GB12:
+ case F_GB13:
+ case F_GB14:
+ /* We got rid of some parameters in version 68 */
+ if (bRead && file_version < 68)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.sar);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.st);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.pi);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.gbr);
+ gmx_fio_do_real(fio, iparams->gb.bmlt);
+ break;
+ case F_CMAP:
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->cmap.cmapA);
+ gmx_fio_do_int(fio, iparams->cmap.cmapB);
+ break;
+ default:
+ gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d (%s) in %s line %d",
+ ftype, interaction_function[ftype].name, __FILE__, __LINE__);
+ }
+ if (!bRead)
+ {
+ gmx_fio_unset_comment(fio);
+ }
+}
+
+static void do_ilist(t_fileio *fio, t_ilist *ilist, gmx_bool bRead, int file_version,
+ int ftype)
{
- int i,j,renum[F_NRE];
- gmx_bool bDum=TRUE,bClear;
- unsigned int k;
-
- for(j=0; (j<F_NRE); j++) {
- bClear = FALSE;
+ int i, k, idum;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+
+ if (!bRead)
+ {
+ gmx_fio_set_comment(fio, interaction_function[ftype].name);
+ }
+ if (file_version < 44)
+ {
+ for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ilist->nr);
if (bRead)
- for (k=0; k<NFTUPD; k++)
- if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
- bClear = TRUE;
- if (bClear) {
- ilist[j].nr = 0;
- ilist[j].iatoms = NULL;
- } else {
- do_ilist(fio, &ilist[j],bRead,file_version,j);
- if (file_version < 78 && j == F_SETTLE && ilist[j].nr > 0)
- {
- add_settle_atoms(&ilist[j]);
- }
- }
- /*
- if (bRead && gmx_debug_at)
- pr_ilist(debug,0,interaction_function[j].longname,
- functype,&ilist[j],TRUE);
- */
- }
+ {
+ snew(ilist->iatoms, ilist->nr);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ilist->iatoms, ilist->nr);
+ if (!bRead)
+ {
+ gmx_fio_unset_comment(fio);
+ }
+}
+
+static void do_ffparams(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,
+ gmx_bool bRead, int file_version)
+{
+ int idum, i, j;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+ unsigned int k;
+
+ gmx_fio_do_int(fio, ffparams->atnr);
+ if (file_version < 57)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ffparams->ntypes);
+ if (bRead && debug)
+ {
+ fprintf(debug, "ffparams->atnr = %d, ntypes = %d\n",
+ ffparams->atnr, ffparams->ntypes);
+ }
+ if (bRead)
+ {
+ snew(ffparams->functype, ffparams->ntypes);
+ snew(ffparams->iparams, ffparams->ntypes);
+ }
+ /* Read/write all the function types */
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, ffparams->functype, ffparams->ntypes);
+ if (bRead && debug)
+ {
+ pr_ivec(debug, 0, "functype", ffparams->functype, ffparams->ntypes, TRUE);
+ }
+
+ if (file_version >= 66)
+ {
+ gmx_fio_do_double(fio, ffparams->reppow);
+ }
+ else
+ {
+ ffparams->reppow = 12.0;
+ }
+
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ffparams->fudgeQQ);
+ }
+
+ /* Check whether all these function types are supported by the code.
+ * In practice the code is backwards compatible, which means that the
+ * numbering may have to be altered from old numbering to new numbering
+ */
+ for (i = 0; (i < ffparams->ntypes); i++)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ /* Loop over file versions */
+ for (k = 0; (k < NFTUPD); k++)
+ {
+ /* Compare the read file_version to the update table */
+ if ((file_version < ftupd[k].fvnr) &&
+ (ffparams->functype[i] >= ftupd[k].ftype))
+ {
+ ffparams->functype[i] += 1;
+ if (debug)
+ {
+ fprintf(debug, "Incrementing function type %d to %d (due to %s)\n",
+ i, ffparams->functype[i],
+ interaction_function[ftupd[k].ftype].longname);
+ fflush(debug);
+ }
+ }
+ }
+ }
+
+ do_iparams(fio, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i], bRead,
+ file_version);
+ if (bRead && debug)
+ {
+ pr_iparams(debug, ffparams->functype[i], &ffparams->iparams[i]);
+ }
+ }
+}
+
+static void add_settle_atoms(t_ilist *ilist)
+{
+ int i;
+
+ /* Settle used to only store the first atom: add the other two */
+ srenew(ilist->iatoms, 2*ilist->nr);
+ for (i = ilist->nr/2-1; i >= 0; i--)
+ {
+ ilist->iatoms[4*i+0] = ilist->iatoms[2*i+0];
+ ilist->iatoms[4*i+1] = ilist->iatoms[2*i+1];
+ ilist->iatoms[4*i+2] = ilist->iatoms[2*i+1] + 1;
+ ilist->iatoms[4*i+3] = ilist->iatoms[2*i+1] + 2;
+ }
+ ilist->nr = 2*ilist->nr;
+}
+
+static void do_ilists(t_fileio *fio, t_ilist *ilist, gmx_bool bRead,
+ int file_version)
+{
+ int i, j, renum[F_NRE];
+ gmx_bool bDum = TRUE, bClear;
+ unsigned int k;
+
+ for (j = 0; (j < F_NRE); j++)
+ {
+ bClear = FALSE;
+ if (bRead)
+ {
+ for (k = 0; k < NFTUPD; k++)
+ {
+ if ((file_version < ftupd[k].fvnr) && (j == ftupd[k].ftype))
+ {
+ bClear = TRUE;
+ }
+ }
+ }
+ if (bClear)
+ {
+ ilist[j].nr = 0;
+ ilist[j].iatoms = NULL;
+ }
+ else
+ {
+ do_ilist(fio, &ilist[j], bRead, file_version, j);
+ if (file_version < 78 && j == F_SETTLE && ilist[j].nr > 0)
+ {
+ add_settle_atoms(&ilist[j]);
+ }
+ }
+ /*
+ if (bRead && gmx_debug_at)
+ pr_ilist(debug,0,interaction_function[j].longname,
+ functype,&ilist[j],TRUE);
+ */
+ }
}
-static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams,gmx_moltype_t *molt,
- gmx_bool bRead, int file_version)
+static void do_idef(t_fileio *fio, gmx_ffparams_t *ffparams, gmx_moltype_t *molt,
+ gmx_bool bRead, int file_version)
{
- do_ffparams(fio, ffparams,bRead,file_version);
-
- if (file_version >= 54) {
- gmx_fio_do_real(fio,ffparams->fudgeQQ);
- }
+ do_ffparams(fio, ffparams, bRead, file_version);
+
+ if (file_version >= 54)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, ffparams->fudgeQQ);
+ }
- do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
+ do_ilists(fio, molt->ilist, bRead, file_version);
}
-static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block,gmx_bool bRead,int file_version)
+static void do_block(t_fileio *fio, t_block *block, gmx_bool bRead, int file_version)
{
- int i,idum,dum_nra,*dum_a;
- gmx_bool bDum=TRUE;
-
- if (file_version < 44)
- for(i=0; i<MAXNODES; i++)
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
- if (file_version < 51)
- gmx_fio_do_int(fio,dum_nra);
- if (bRead) {
- block->nalloc_index = block->nr+1;
- snew(block->index,block->nalloc_index);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
-
- if (file_version < 51 && dum_nra > 0) {
- snew(dum_a,dum_nra);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,dum_a,dum_nra);
- sfree(dum_a);
- }
+ int i, idum, dum_nra, *dum_a;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+
+ if (file_version < 44)
+ {
+ for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, block->nr);
+ if (file_version < 51)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, dum_nra);
+ }
+ if (bRead)
+ {
+ block->nalloc_index = block->nr+1;
+ snew(block->index, block->nalloc_index);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, block->index, block->nr+1);
+
+ if (file_version < 51 && dum_nra > 0)
+ {
+ snew(dum_a, dum_nra);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, dum_a, dum_nra);
+ sfree(dum_a);
+ }
}
-static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block,gmx_bool bRead,
+static void do_blocka(t_fileio *fio, t_blocka *block, gmx_bool bRead,
int file_version)
{
- int i,idum;
- gmx_bool bDum=TRUE;
-
- if (file_version < 44)
- for(i=0; i<MAXNODES; i++)
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- gmx_fio_do_int(fio,block->nr);
- gmx_fio_do_int(fio,block->nra);
- if (bRead) {
- block->nalloc_index = block->nr+1;
- snew(block->index,block->nalloc_index);
- block->nalloc_a = block->nra;
- snew(block->a,block->nalloc_a);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->index,block->nr+1);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,block->a,block->nra);
+ int i, idum;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+
+ if (file_version < 44)
+ {
+ for (i = 0; i < MAXNODES; i++)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ }
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, block->nr);
+ gmx_fio_do_int(fio, block->nra);
+ if (bRead)
+ {
+ block->nalloc_index = block->nr+1;
+ snew(block->index, block->nalloc_index);
+ block->nalloc_a = block->nra;
+ snew(block->a, block->nalloc_a);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, block->index, block->nr+1);
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, block->a, block->nra);
}
-static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom,int ngrp,gmx_bool bRead,
- int file_version, gmx_groups_t *groups,int atnr)
-{
- int i,myngrp;
-
- gmx_fio_do_real(fio,atom->m);
- gmx_fio_do_real(fio,atom->q);
- gmx_fio_do_real(fio,atom->mB);
- gmx_fio_do_real(fio,atom->qB);
- gmx_fio_do_ushort(fio, atom->type);
- gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
- gmx_fio_do_int(fio,atom->ptype);
- gmx_fio_do_int(fio,atom->resind);
- if (file_version >= 52)
- gmx_fio_do_int(fio,atom->atomnumber);
- else if (bRead)
- atom->atomnumber = NOTSET;
- if (file_version < 23)
- myngrp = 8;
- else if (file_version < 39)
- myngrp = 9;
- else
- myngrp = ngrp;
-
- if (file_version < 57) {
- unsigned char uchar[egcNR];
- gmx_fio_ndo_uchar(fio,uchar,myngrp);
- for(i=myngrp; (i<ngrp); i++) {
- uchar[i] = 0;
- }
- /* Copy the old data format to the groups struct */
- for(i=0; i<ngrp; i++) {
- groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
- }
- }
+static void do_atom(t_fileio *fio, t_atom *atom, int ngrp, gmx_bool bRead,
+ int file_version, gmx_groups_t *groups, int atnr)
+{
+ int i, myngrp;
+
+ gmx_fio_do_real(fio, atom->m);
+ gmx_fio_do_real(fio, atom->q);
+ gmx_fio_do_real(fio, atom->mB);
+ gmx_fio_do_real(fio, atom->qB);
+ gmx_fio_do_ushort(fio, atom->type);
+ gmx_fio_do_ushort(fio, atom->typeB);
+ gmx_fio_do_int(fio, atom->ptype);
+ gmx_fio_do_int(fio, atom->resind);
+ if (file_version >= 52)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, atom->atomnumber);
+ }
+ else if (bRead)
+ {
+ atom->atomnumber = NOTSET;
+ }
+ if (file_version < 23)
+ {
+ myngrp = 8;
+ }
+ else if (file_version < 39)
+ {
+ myngrp = 9;
+ }
+ else
+ {
+ myngrp = ngrp;
+ }
+
+ if (file_version < 57)
+ {
+ unsigned char uchar[egcNR];
+ gmx_fio_ndo_uchar(fio, uchar, myngrp);
+ for (i = myngrp; (i < ngrp); i++)
+ {
+ uchar[i] = 0;
+ }
+ /* Copy the old data format to the groups struct */
+ for (i = 0; i < ngrp; i++)
+ {
+ groups->grpnr[i][atnr] = uchar[i];
+ }
+ }
}
-static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp,t_grps grps[],gmx_bool bRead,
+static void do_grps(t_fileio *fio, int ngrp, t_grps grps[], gmx_bool bRead,
int file_version)
{
- int i,j,myngrp;
- gmx_bool bDum=TRUE;
-
- if (file_version < 23)
- myngrp = 8;
- else if (file_version < 39)
- myngrp = 9;
- else
- myngrp = ngrp;
-
- for(j=0; (j<ngrp); j++) {
- if (j<myngrp) {
- gmx_fio_do_int(fio,grps[j].nr);
- if (bRead)
- snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
- }
- else {
- grps[j].nr = 1;
- snew(grps[j].nm_ind,grps[j].nr);
- }
- }
+ int i, j, myngrp;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+
+ if (file_version < 23)
+ {
+ myngrp = 8;
+ }
+ else if (file_version < 39)
+ {
+ myngrp = 9;
+ }
+ else
+ {
+ myngrp = ngrp;
+ }
+
+ for (j = 0; (j < ngrp); j++)
+ {
+ if (j < myngrp)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, grps[j].nr);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
+ }
+ else
+ {
+ grps[j].nr = 1;
+ snew(grps[j].nm_ind, grps[j].nr);
+ }
+ }
}
-static void do_symstr(t_fileio *fio, char ***nm,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab)
+static void do_symstr(t_fileio *fio, char ***nm, gmx_bool bRead, t_symtab *symtab)
{
- int ls;
-
- if (bRead) {
- gmx_fio_do_int(fio,ls);
- *nm = get_symtab_handle(symtab,ls);
- }
- else {
- ls = lookup_symtab(symtab,*nm);
- gmx_fio_do_int(fio,ls);
- }
+ int ls;
+
+ if (bRead)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ls);
+ *nm = get_symtab_handle(symtab, ls);
+ }
+ else
+ {
+ ls = lookup_symtab(symtab, *nm);
+ gmx_fio_do_int(fio, ls);
+ }
}
-static void do_strstr(t_fileio *fio, int nstr,char ***nm,gmx_bool bRead,
+static void do_strstr(t_fileio *fio, int nstr, char ***nm, gmx_bool bRead,
t_symtab *symtab)
{
- int j;
-
- for (j=0; (j<nstr); j++)
- do_symstr(fio, &(nm[j]),bRead,symtab);
+ int j;
+
+ for (j = 0; (j < nstr); j++)
+ {
+ do_symstr(fio, &(nm[j]), bRead, symtab);
+ }
}
-static void do_resinfo(t_fileio *fio, int n,t_resinfo *ri,gmx_bool bRead,
+static void do_resinfo(t_fileio *fio, int n, t_resinfo *ri, gmx_bool bRead,
t_symtab *symtab, int file_version)
{
- int j;
-
- for (j=0; (j<n); j++) {
- do_symstr(fio, &(ri[j].name),bRead,symtab);
- if (file_version >= 63) {
- gmx_fio_do_int(fio,ri[j].nr);
- gmx_fio_do_uchar(fio, ri[j].ic);
- } else {
- ri[j].nr = j + 1;
- ri[j].ic = ' ';
- }
- }
+ int j;
+
+ for (j = 0; (j < n); j++)
+ {
+ do_symstr(fio, &(ri[j].name), bRead, symtab);
+ if (file_version >= 63)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, ri[j].nr);
+ gmx_fio_do_uchar(fio, ri[j].ic);
+ }
+ else
+ {
+ ri[j].nr = j + 1;
+ ri[j].ic = ' ';
+ }
+ }
}
-static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms,gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
- int file_version,
- gmx_groups_t *groups)
+static void do_atoms(t_fileio *fio, t_atoms *atoms, gmx_bool bRead, t_symtab *symtab,
+ int file_version,
+ gmx_groups_t *groups)
{
- int i;
-
- gmx_fio_do_int(fio,atoms->nr);
- gmx_fio_do_int(fio,atoms->nres);
- if (file_version < 57) {
- gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
- for(i=0; i<egcNR; i++) {
- groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
- snew(groups->grpnr[i],groups->ngrpnr[i]);
- }
- }
- if (bRead) {
- snew(atoms->atom,atoms->nr);
- snew(atoms->atomname,atoms->nr);
- snew(atoms->atomtype,atoms->nr);
- snew(atoms->atomtypeB,atoms->nr);
- snew(atoms->resinfo,atoms->nres);
- if (file_version < 57) {
- snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
- }
- atoms->pdbinfo = NULL;
- }
- for(i=0; (i<atoms->nr); i++) {
- do_atom(fio, &atoms->atom[i],egcNR,bRead, file_version,groups,i);
- }
- do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomname,bRead,symtab);
- if (bRead && (file_version <= 20)) {
- for(i=0; i<atoms->nr; i++) {
- atoms->atomtype[i] = put_symtab(symtab,"?");
- atoms->atomtypeB[i] = put_symtab(symtab,"?");
- }
- } else {
- do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtype,bRead,symtab);
- do_strstr(fio, atoms->nr,atoms->atomtypeB,bRead,symtab);
- }
- do_resinfo(fio, atoms->nres,atoms->resinfo,bRead,symtab,file_version);
-
- if (file_version < 57) {
- do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
-
- do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
- }
+ int i;
+
+ gmx_fio_do_int(fio, atoms->nr);
+ gmx_fio_do_int(fio, atoms->nres);
+ if (file_version < 57)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, groups->ngrpname);
+ for (i = 0; i < egcNR; i++)
+ {
+ groups->ngrpnr[i] = atoms->nr;
+ snew(groups->grpnr[i], groups->ngrpnr[i]);
+ }
+ }
+ if (bRead)
+ {
+ snew(atoms->atom, atoms->nr);
+ snew(atoms->atomname, atoms->nr);
+ snew(atoms->atomtype, atoms->nr);
+ snew(atoms->atomtypeB, atoms->nr);
+ snew(atoms->resinfo, atoms->nres);
+ if (file_version < 57)
+ {
+ snew(groups->grpname, groups->ngrpname);
+ }
+ atoms->pdbinfo = NULL;
+ }
+ for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
+ {
+ do_atom(fio, &atoms->atom[i], egcNR, bRead, file_version, groups, i);
+ }
+ do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomname, bRead, symtab);
+ if (bRead && (file_version <= 20))
+ {
+ for (i = 0; i < atoms->nr; i++)
+ {
+ atoms->atomtype[i] = put_symtab(symtab, "?");
+ atoms->atomtypeB[i] = put_symtab(symtab, "?");
+ }
+ }
+ else
+ {
+ do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomtype, bRead, symtab);
+ do_strstr(fio, atoms->nr, atoms->atomtypeB, bRead, symtab);
+ }
+ do_resinfo(fio, atoms->nres, atoms->resinfo, bRead, symtab, file_version);
+
+ if (file_version < 57)
+ {
+ do_strstr(fio, groups->ngrpname, groups->grpname, bRead, symtab);
+
+ do_grps(fio, egcNR, groups->grps, bRead, file_version);
+ }
}
static void do_groups(t_fileio *fio, gmx_groups_t *groups,
- gmx_bool bRead,t_symtab *symtab,
- int file_version)
+ gmx_bool bRead, t_symtab *symtab,
+ int file_version)
{
- int g,n,i;
- gmx_bool bDum=TRUE;
-
- do_grps(fio, egcNR,groups->grps,bRead,file_version);
- gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpname);
- if (bRead) {
- snew(groups->grpname,groups->ngrpname);
- }
- do_strstr(fio, groups->ngrpname,groups->grpname,bRead,symtab);
- for(g=0; g<egcNR; g++) {
- gmx_fio_do_int(fio,groups->ngrpnr[g]);
- if (groups->ngrpnr[g] == 0) {
- if (bRead) {
- groups->grpnr[g] = NULL;
- }
- } else {
- if (bRead) {
- snew(groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_uchar(fio, groups->grpnr[g],groups->ngrpnr[g]);
- }
- }
+ int g, n, i;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+
+ do_grps(fio, egcNR, groups->grps, bRead, file_version);
+ gmx_fio_do_int(fio, groups->ngrpname);
+ if (bRead)
+ {
+ snew(groups->grpname, groups->ngrpname);
+ }
+ do_strstr(fio, groups->ngrpname, groups->grpname, bRead, symtab);
+ for (g = 0; g < egcNR; g++)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, groups->ngrpnr[g]);
+ if (groups->ngrpnr[g] == 0)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ groups->grpnr[g] = NULL;
+ }
+ }
+ else
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(groups->grpnr[g], groups->ngrpnr[g]);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_uchar(fio, groups->grpnr[g], groups->ngrpnr[g]);
+ }
+ }
}
-static void do_atomtypes(t_fileio *fio, t_atomtypes *atomtypes,gmx_bool bRead,
- t_symtab *symtab,int file_version)
+static void do_atomtypes(t_fileio *fio, t_atomtypes *atomtypes, gmx_bool bRead,
+ t_symtab *symtab, int file_version)
{
- int i,j;
- gmx_bool bDum = TRUE;
-
- if (file_version > 25) {
- gmx_fio_do_int(fio,atomtypes->nr);
- j=atomtypes->nr;
- if (bRead) {
- snew(atomtypes->radius,j);
- snew(atomtypes->vol,j);
- snew(atomtypes->surftens,j);
- snew(atomtypes->atomnumber,j);
- snew(atomtypes->gb_radius,j);
- snew(atomtypes->S_hct,j);
- }
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->radius,j);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->vol,j);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->surftens,j);
- if(file_version >= 40)
- {
- bDum=gmx_fio_ndo_int(fio,atomtypes->atomnumber,j);
- }
- if(file_version >= 60)
- {
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->gb_radius,j);
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,atomtypes->S_hct,j);
- }
- } else {
- /* File versions prior to 26 cannot do GBSA,
- * so they dont use this structure
- */
- atomtypes->nr = 0;
- atomtypes->radius = NULL;
- atomtypes->vol = NULL;
- atomtypes->surftens = NULL;
- atomtypes->atomnumber = NULL;
- atomtypes->gb_radius = NULL;
- atomtypes->S_hct = NULL;
- }
+ int i, j;
+ gmx_bool bDum = TRUE;
+
+ if (file_version > 25)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, atomtypes->nr);
+ j = atomtypes->nr;
+ if (bRead)
+ {
+ snew(atomtypes->radius, j);
+ snew(atomtypes->vol, j);
+ snew(atomtypes->surftens, j);
+ snew(atomtypes->atomnumber, j);
+ snew(atomtypes->gb_radius, j);
+ snew(atomtypes->S_hct, j);
+ }
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->radius, j);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->vol, j);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->surftens, j);
+ if (file_version >= 40)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_int(fio, atomtypes->atomnumber, j);
+ }
+ if (file_version >= 60)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->gb_radius, j);
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, atomtypes->S_hct, j);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ /* File versions prior to 26 cannot do GBSA,
+ * so they dont use this structure
+ */
+ atomtypes->nr = 0;
+ atomtypes->radius = NULL;
+ atomtypes->vol = NULL;
+ atomtypes->surftens = NULL;
+ atomtypes->atomnumber = NULL;
+ atomtypes->gb_radius = NULL;
+ atomtypes->S_hct = NULL;
+ }
}
-static void do_symtab(t_fileio *fio, t_symtab *symtab,gmx_bool bRead)
+static void do_symtab(t_fileio *fio, t_symtab *symtab, gmx_bool bRead)
{
- int i,nr;
- t_symbuf *symbuf;
- char buf[STRLEN];
-
- gmx_fio_do_int(fio,symtab->nr);
- nr = symtab->nr;
- if (bRead) {
- snew(symtab->symbuf,1);
- symbuf = symtab->symbuf;
- symbuf->bufsize = nr;
- snew(symbuf->buf,nr);
- for (i=0; (i<nr); i++) {
- gmx_fio_do_string(fio,buf);
- symbuf->buf[i]=strdup(buf);
- }
- }
- else {
- symbuf = symtab->symbuf;
- while (symbuf!=NULL) {
- for (i=0; (i<symbuf->bufsize) && (i<nr); i++)
- gmx_fio_do_string(fio,symbuf->buf[i]);
- nr-=i;
- symbuf=symbuf->next;
- }
- if (nr != 0)
- gmx_fatal(FARGS,"nr of symtab strings left: %d",nr);
- }
+ int i, nr;
+ t_symbuf *symbuf;
+ char buf[STRLEN];
+
+ gmx_fio_do_int(fio, symtab->nr);
+ nr = symtab->nr;
+ if (bRead)
+ {
+ snew(symtab->symbuf, 1);
+ symbuf = symtab->symbuf;
+ symbuf->bufsize = nr;
+ snew(symbuf->buf, nr);
+ for (i = 0; (i < nr); i++)
+ {
+ gmx_fio_do_string(fio, buf);
+ symbuf->buf[i] = strdup(buf);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ symbuf = symtab->symbuf;
+ while (symbuf != NULL)
+ {
+ for (i = 0; (i < symbuf->bufsize) && (i < nr); i++)
+ {
+ gmx_fio_do_string(fio, symbuf->buf[i]);
+ }
+ nr -= i;
+ symbuf = symbuf->next;
+ }
+ if (nr != 0)
+ {
+ gmx_fatal(FARGS, "nr of symtab strings left: %d", nr);
+ }
+ }
}
static void do_cmap(t_fileio *fio, gmx_cmap_t *cmap_grid, gmx_bool bRead)
{
- int i,j,ngrid,gs,nelem;
-
- gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->ngrid);
- gmx_fio_do_int(fio,cmap_grid->grid_spacing);
-
- ngrid = cmap_grid->ngrid;
- gs = cmap_grid->grid_spacing;
- nelem = gs * gs;
-
- if(bRead)
- {
- snew(cmap_grid->cmapdata,ngrid);
-
- for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
- {
- snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap,4*nelem);
- }
- }
-
- for(i=0;i<cmap_grid->ngrid;i++)
- {
- for(j=0;j<nelem;j++)
- {
- gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
- gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
- gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
- gmx_fio_do_real(fio,cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
- }
- }
+ int i, j, ngrid, gs, nelem;
+
+ gmx_fio_do_int(fio, cmap_grid->ngrid);
+ gmx_fio_do_int(fio, cmap_grid->grid_spacing);
+
+ ngrid = cmap_grid->ngrid;
+ gs = cmap_grid->grid_spacing;
+ nelem = gs * gs;
+
+ if (bRead)
+ {
+ snew(cmap_grid->cmapdata, ngrid);
+
+ for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
+ {
+ snew(cmap_grid->cmapdata[i].cmap, 4*nelem);
+ }
+ }
+
+ for (i = 0; i < cmap_grid->ngrid; i++)
+ {
+ for (j = 0; j < nelem; j++)
+ {
+ gmx_fio_do_real(fio, cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4]);
+ gmx_fio_do_real(fio, cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+1]);
+ gmx_fio_do_real(fio, cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+2]);
+ gmx_fio_do_real(fio, cmap_grid->cmapdata[i].cmap[j*4+3]);
+ }
+ }
}
-void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms,t_block *mols)
+void tpx_make_chain_identifiers(t_atoms *atoms, t_block *mols)
{
- int m,a,a0,a1,r;
- char c,chainid;
+ int m, a, a0, a1, r;
+ char c, chainid;
int chainnum;
-
- /* We always assign a new chain number, but save the chain id characters
+
+ /* We always assign a new chain number, but save the chain id characters
* for larger molecules.
*/
#define CHAIN_MIN_ATOMS 15
-
- chainnum=0;
- chainid='A';
- for(m=0; m<mols->nr; m++)
+
+ chainnum = 0;
+ chainid = 'A';
+ for (m = 0; m < mols->nr; m++)
{
- a0=mols->index[m];
- a1=mols->index[m+1];
- if ((a1-a0 >= CHAIN_MIN_ATOMS) && (chainid <= 'Z'))
+ a0 = mols->index[m];
+ a1 = mols->index[m+1];
+ if ((a1-a0 >= CHAIN_MIN_ATOMS) && (chainid <= 'Z'))
{
- c=chainid;
+ c = chainid;
chainid++;
- }
+ }
else
{
- c=' ';
+ c = ' ';
+ }
+ for (a = a0; a < a1; a++)
+ {
+ atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainnum = chainnum;
+ atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainid = c;
+ }
+ chainnum++;
+ }
+
+ /* Blank out the chain id if there was only one chain */
+ if (chainid == 'B')
+ {
+ for (r = 0; r < atoms->nres; r++)
+ {
+ atoms->resinfo[r].chainid = ' ';
+ }
+ }
+}
+
+static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt, gmx_bool bRead,
+ t_symtab *symtab, int file_version,
+ gmx_groups_t *groups)
+{
+ int i;
+
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ do_symstr(fio, &(molt->name), bRead, symtab);
+ }
+
+ do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
+
+ if (bRead && gmx_debug_at)
+ {
+ pr_atoms(debug, 0, "atoms", &molt->atoms, TRUE);
+ }
+
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ do_ilists(fio, molt->ilist, bRead, file_version);
+
+ do_block(fio, &molt->cgs, bRead, file_version);
+ if (bRead && gmx_debug_at)
+ {
+ pr_block(debug, 0, "cgs", &molt->cgs, TRUE);
+ }
+ }
+
+ /* This used to be in the atoms struct */
+ do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
+}
+
+static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb, gmx_bool bRead,
+ int file_version)
+{
+ int i;
+
+ gmx_fio_do_int(fio, molb->type);
+ gmx_fio_do_int(fio, molb->nmol);
+ gmx_fio_do_int(fio, molb->natoms_mol);
+ /* Position restraint coordinates */
+ gmx_fio_do_int(fio, molb->nposres_xA);
+ if (molb->nposres_xA > 0)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
+ }
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, molb->nposres_xB);
+ if (molb->nposres_xB > 0)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ snew(molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
+ }
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
+ }
+
+}
+
+static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
+{
+ int mb, m, a, mol;
+ t_block mols;
+
+ mols.nr = 0;
+ for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
+ {
+ mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
+ }
+ mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
+ snew(mols.index, mols.nalloc_index);
+
+ a = 0;
+ m = 0;
+ mols.index[m] = a;
+ for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
+ {
+ for (mol = 0; mol < mtop->molblock[mb].nmol; mol++)
+ {
+ a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
+ m++;
+ mols.index[m] = a;
+ }
+ }
+
+ return mols;
+}
+
+static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
+{
+ t_ilist *il, *ilfb;
+ int am, i, mol, a;
+ gmx_bool bFE;
+ gmx_molblock_t *molb;
+ t_iparams *ip;
+
+ /* posres reference positions are stored in ip->posres (if present) and
+ in ip->fbposres (if present). If normal and flat-bottomed posres are present,
+ posres.pos0A are identical to fbposres.pos0. */
+ il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
+ ilfb = &mtop->moltype[0].ilist[F_FBPOSRES];
+ if (il->nr == 0 && ilfb->nr == 0)
+ {
+ return;
+ }
+ am = 0;
+ bFE = FALSE;
+ for (i = 0; i < il->nr; i += 2)
+ {
+ ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
+ am = max(am, il->iatoms[i+1]);
+ if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
+ ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
+ ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ])
+ {
+ bFE = TRUE;
+ }
+ }
+ /* This loop is required if we have only flat-bottomed posres:
+ - set am
+ - bFE == FALSE (no B-state for flat-bottomed posres) */
+ if (il->nr == 0)
+ {
+ for (i = 0; i < ilfb->nr; i += 2)
+ {
+ ip = &mtop->ffparams.iparams[ilfb->iatoms[i]];
+ am = max(am, ilfb->iatoms[i+1]);
+ }
+ }
+ /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
+ mol = 0;
+ while (am >= mtop->mols.index[mol+1])
+ {
+ mol++;
+ }
+ molb = &mtop->molblock[0];
+ molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
+ snew(molb->posres_xA, molb->nposres_xA);
+ if (bFE)
+ {
+ molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
+ snew(molb->posres_xB, molb->nposres_xB);
+ }
+ else
+ {
+ molb->nposres_xB = 0;
+ }
+ for (i = 0; i < il->nr; i += 2)
+ {
+ ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
+ a = il->iatoms[i+1];
+ molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
+ molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
+ molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
+ if (bFE)
+ {
+ molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
+ molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
+ molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
}
- for(a=a0; a<a1; a++)
+ }
+ if (il->nr == 0)
+ {
+ /* If only flat-bottomed posres are present, take reference pos from them.
+ Here: bFE == FALSE */
+ for (i = 0; i < ilfb->nr; i += 2)
{
- atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainnum = chainnum;
- atoms->resinfo[atoms->atom[a].resind].chainid = c;
+ ip = &mtop->ffparams.iparams[ilfb->iatoms[i]];
+ a = ilfb->iatoms[i+1];
+ molb->posres_xA[a][XX] = ip->fbposres.pos0[XX];
+ molb->posres_xA[a][YY] = ip->fbposres.pos0[YY];
+ molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->fbposres.pos0[ZZ];
}
- chainnum++;
}
-
- /* Blank out the chain id if there was only one chain */
- if (chainid == 'B')
+}
+
+static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
+{
+ int mt, i, npair;
+ t_iparams *ip;
+ t_ilist *il;
+ t_iatom *a;
+
+ ip = mtop->ffparams.iparams;
+
+ for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
{
- for(r=0; r<atoms->nres; r++)
+ il = &mtop->moltype[mt].ilist[F_DISRES];
+ if (il->nr > 0)
{
- atoms->resinfo[r].chainid = ' ';
+ a = il->iatoms;
+ npair = 0;
+ for (i = 0; i < il->nr; i += 3)
+ {
+ npair++;
+ if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label)
+ {
+ ip[a[i]].disres.npair = npair;
+ npair = 0;
+ }
+ }
}
}
}
-
-static void do_moltype(t_fileio *fio, gmx_moltype_t *molt,gmx_bool bRead,
- t_symtab *symtab, int file_version,
- gmx_groups_t *groups)
+
+static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop, gmx_bool bRead,
+ int file_version)
{
- int i;
+ int mt, mb, i;
+ t_blocka dumb;
- if (file_version >= 57) {
- do_symstr(fio, &(molt->name),bRead,symtab);
- }
+ if (bRead)
+ {
+ init_mtop(mtop);
+ }
+ do_symtab(fio, &(mtop->symtab), bRead);
+ if (bRead && debug)
+ {
+ pr_symtab(debug, 0, "symtab", &mtop->symtab);
+ }
- do_atoms(fio, &molt->atoms, bRead, symtab, file_version, groups);
+ do_symstr(fio, &(mtop->name), bRead, &(mtop->symtab));
- if (bRead && gmx_debug_at) {
- pr_atoms(debug,0,"atoms",&molt->atoms,TRUE);
- }
-
- if (file_version >= 57) {
- do_ilists(fio, molt->ilist,bRead,file_version);
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ do_ffparams(fio, &mtop->ffparams, bRead, file_version);
- do_block(fio, &molt->cgs,bRead,file_version);
- if (bRead && gmx_debug_at) {
- pr_block(debug,0,"cgs",&molt->cgs,TRUE);
+ gmx_fio_do_int(fio, mtop->nmoltype);
+ }
+ else
+ {
+ mtop->nmoltype = 1;
+ }
+ if (bRead)
+ {
+ snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
+ if (file_version < 57)
+ {
+ mtop->moltype[0].name = mtop->name;
+ }
+ }
+ for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
+ {
+ do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt], bRead, &mtop->symtab, file_version,
+ &mtop->groups);
}
- }
- /* This used to be in the atoms struct */
- do_blocka(fio, &molt->excls, bRead, file_version);
-}
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, mtop->nmolblock);
+ }
+ else
+ {
+ mtop->nmolblock = 1;
+ }
+ if (bRead)
+ {
+ snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
+ }
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ for (mb = 0; mb < mtop->nmolblock; mb++)
+ {
+ do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb], bRead, file_version);
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, mtop->natoms);
+ }
+ else
+ {
+ mtop->molblock[0].type = 0;
+ mtop->molblock[0].nmol = 1;
+ mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
+ mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
+ mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
+ }
-static void do_molblock(t_fileio *fio, gmx_molblock_t *molb,gmx_bool bRead,
- int file_version)
-{
- int i;
-
- gmx_fio_do_int(fio,molb->type);
- gmx_fio_do_int(fio,molb->nmol);
- gmx_fio_do_int(fio,molb->natoms_mol);
- /* Position restraint coordinates */
- gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xA);
- if (molb->nposres_xA > 0) {
- if (bRead) {
- snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
- }
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
- }
- gmx_fio_do_int(fio,molb->nposres_xB);
- if (molb->nposres_xB > 0) {
- if (bRead) {
- snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
- }
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
- }
+ do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes), bRead, &(mtop->symtab), file_version);
+ if (bRead && debug)
+ {
+ pr_atomtypes(debug, 0, "atomtypes", &mtop->atomtypes, TRUE);
+ }
-}
+ if (file_version < 57)
+ {
+ /* Debug statements are inside do_idef */
+ do_idef (fio, &mtop->ffparams, &mtop->moltype[0], bRead, file_version);
+ mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
+ }
-static t_block mtop_mols(gmx_mtop_t *mtop)
-{
- int mb,m,a,mol;
- t_block mols;
-
- mols.nr = 0;
- for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
- mols.nr += mtop->molblock[mb].nmol;
- }
- mols.nalloc_index = mols.nr + 1;
- snew(mols.index,mols.nalloc_index);
-
- a = 0;
- m = 0;
- mols.index[m] = a;
- for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
- for(mol=0; mol<mtop->molblock[mb].nmol; mol++) {
- a += mtop->molblock[mb].natoms_mol;
- m++;
- mols.index[m] = a;
- }
- }
-
- return mols;
-}
+ if (file_version >= 65)
+ {
+ do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid, bRead);
+ }
+ else
+ {
+ mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid = 0;
+ mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0;
+ mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata = NULL;
+ }
-static void add_posres_molblock(gmx_mtop_t *mtop)
-{
- t_ilist *il,*ilfb;
- int am,i,mol,a;
- gmx_bool bFE;
- gmx_molblock_t *molb;
- t_iparams *ip;
-
- /* posres reference positions are stored in ip->posres (if present) and
- in ip->fbposres (if present). If normal and flat-bottomed posres are present,
- posres.pos0A are identical to fbposres.pos0. */
- il = &mtop->moltype[0].ilist[F_POSRES];
- ilfb = &mtop->moltype[0].ilist[F_FBPOSRES];
- if (il->nr == 0 && ilfb->nr == 0) {
- return;
- }
- am = 0;
- bFE = FALSE;
- for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
- am = max(am,il->iatoms[i+1]);
- if (ip->posres.pos0B[XX] != ip->posres.pos0A[XX] ||
- ip->posres.pos0B[YY] != ip->posres.pos0A[YY] ||
- ip->posres.pos0B[ZZ] != ip->posres.pos0A[ZZ]) {
- bFE = TRUE;
- }
- }
- /* This loop is required if we have only flat-bottomed posres:
- - set am
- - bFE == FALSE (no B-state for flat-bottomed posres) */
- if (il->nr == 0)
- {
- for(i=0; i<ilfb->nr; i+=2) {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[ilfb->iatoms[i]];
- am = max(am,ilfb->iatoms[i+1]);
- }
- }
- /* Make the posres coordinate block end at a molecule end */
- mol = 0;
- while(am >= mtop->mols.index[mol+1]) {
- mol++;
- }
- molb = &mtop->molblock[0];
- molb->nposres_xA = mtop->mols.index[mol+1];
- snew(molb->posres_xA,molb->nposres_xA);
- if (bFE) {
- molb->nposres_xB = molb->nposres_xA;
- snew(molb->posres_xB,molb->nposres_xB);
- } else {
- molb->nposres_xB = 0;
- }
- for(i=0; i<il->nr; i+=2) {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[il->iatoms[i]];
- a = il->iatoms[i+1];
- molb->posres_xA[a][XX] = ip->posres.pos0A[XX];
- molb->posres_xA[a][YY] = ip->posres.pos0A[YY];
- molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->posres.pos0A[ZZ];
- if (bFE) {
- molb->posres_xB[a][XX] = ip->posres.pos0B[XX];
- molb->posres_xB[a][YY] = ip->posres.pos0B[YY];
- molb->posres_xB[a][ZZ] = ip->posres.pos0B[ZZ];
- }
- }
- if (il->nr == 0)
- {
- /* If only flat-bottomed posres are present, take reference pos from them.
- Here: bFE == FALSE */
- for(i=0; i<ilfb->nr; i+=2)
- {
- ip = &mtop->ffparams.iparams[ilfb->iatoms[i]];
- a = ilfb->iatoms[i+1];
- molb->posres_xA[a][XX] = ip->fbposres.pos0[XX];
- molb->posres_xA[a][YY] = ip->fbposres.pos0[YY];
- molb->posres_xA[a][ZZ] = ip->fbposres.pos0[ZZ];
- }
- }
-}
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ do_groups(fio, &mtop->groups, bRead, &(mtop->symtab), file_version);
+ }
-static void set_disres_npair(gmx_mtop_t *mtop)
-{
- int mt,i,npair;
- t_iparams *ip;
- t_ilist *il;
- t_iatom *a;
-
- ip = mtop->ffparams.iparams;
-
- for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
- il = &mtop->moltype[mt].ilist[F_DISRES];
- if (il->nr > 0) {
- a = il->iatoms;
- npair = 0;
- for(i=0; i<il->nr; i+=3) {
- npair++;
- if (i+3 == il->nr || ip[a[i]].disres.label != ip[a[i+3]].disres.label) {
- ip[a[i]].disres.npair = npair;
- npair = 0;
- }
- }
- }
- }
-}
+ if (file_version < 57)
+ {
+ do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs, bRead, file_version);
+ if (bRead && gmx_debug_at)
+ {
+ pr_block(debug, 0, "cgs", &mtop->moltype[0].cgs, TRUE);
+ }
+ do_block(fio, &mtop->mols, bRead, file_version);
+ /* Add the posres coordinates to the molblock */
+ add_posres_molblock(mtop);
+ }
+ if (bRead)
+ {
+ if (file_version >= 57)
+ {
+ mtop->mols = mtop_mols(mtop);
+ }
+ if (gmx_debug_at)
+ {
+ pr_block(debug, 0, "mols", &mtop->mols, TRUE);
+ }
+ }
-static void do_mtop(t_fileio *fio, gmx_mtop_t *mtop,gmx_bool bRead,
- int file_version)
-{
- int mt,mb,i;
- t_blocka dumb;
-
- if (bRead)
- init_mtop(mtop);
- do_symtab(fio, &(mtop->symtab),bRead);
- if (bRead && debug)
- pr_symtab(debug,0,"symtab",&mtop->symtab);
-
- do_symstr(fio, &(mtop->name),bRead,&(mtop->symtab));
-
- if (file_version >= 57) {
- do_ffparams(fio, &mtop->ffparams,bRead,file_version);
-
- gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmoltype);
- } else {
- mtop->nmoltype = 1;
- }
- if (bRead) {
- snew(mtop->moltype,mtop->nmoltype);
- if (file_version < 57) {
- mtop->moltype[0].name = mtop->name;
- }
- }
- for(mt=0; mt<mtop->nmoltype; mt++) {
- do_moltype(fio, &mtop->moltype[mt],bRead,&mtop->symtab,file_version,
- &mtop->groups);
- }
-
- if (file_version >= 57) {
- gmx_fio_do_int(fio,mtop->nmolblock);
- } else {
- mtop->nmolblock = 1;
- }
- if (bRead) {
- snew(mtop->molblock,mtop->nmolblock);
- }
- if (file_version >= 57) {
- for(mb=0; mb<mtop->nmolblock; mb++) {
- do_molblock(fio, &mtop->molblock[mb],bRead,file_version);
- }
- gmx_fio_do_int(fio,mtop->natoms);
- } else {
- mtop->molblock[0].type = 0;
- mtop->molblock[0].nmol = 1;
- mtop->molblock[0].natoms_mol = mtop->moltype[0].atoms.nr;
- mtop->molblock[0].nposres_xA = 0;
- mtop->molblock[0].nposres_xB = 0;
- }
-
- do_atomtypes (fio, &(mtop->atomtypes),bRead,&(mtop->symtab), file_version);
- if (bRead && debug)
- pr_atomtypes(debug,0,"atomtypes",&mtop->atomtypes,TRUE);
-
- if (file_version < 57) {
- /* Debug statements are inside do_idef */
- do_idef (fio, &mtop->ffparams,&mtop->moltype[0],bRead,file_version);
- mtop->natoms = mtop->moltype[0].atoms.nr;
- }
-
- if(file_version >= 65)
- {
- do_cmap(fio, &mtop->ffparams.cmap_grid,bRead);
- }
- else
- {
- mtop->ffparams.cmap_grid.ngrid = 0;
- mtop->ffparams.cmap_grid.grid_spacing = 0;
- mtop->ffparams.cmap_grid.cmapdata = NULL;
- }
-
- if (file_version >= 57) {
- do_groups(fio, &mtop->groups,bRead,&(mtop->symtab),file_version);
- }
-
- if (file_version < 57) {
- do_block(fio, &mtop->moltype[0].cgs,bRead,file_version);
- if (bRead && gmx_debug_at) {
- pr_block(debug,0,"cgs",&mtop->moltype[0].cgs,TRUE);
- }
- do_block(fio, &mtop->mols,bRead,file_version);
- /* Add the posres coordinates to the molblock */
- add_posres_molblock(mtop);
- }
- if (bRead) {
- if (file_version >= 57) {
- mtop->mols = mtop_mols(mtop);
- }
- if (gmx_debug_at) {
- pr_block(debug,0,"mols",&mtop->mols,TRUE);
- }
- }
-
- if (file_version < 51) {
- /* Here used to be the shake blocks */
- do_blocka(fio, &dumb,bRead,file_version);
- if (dumb.nr > 0)
- sfree(dumb.index);
- if (dumb.nra > 0)
- sfree(dumb.a);
- }
-
- if (bRead) {
- close_symtab(&(mtop->symtab));
- }
+ if (file_version < 51)
+ {
+ /* Here used to be the shake blocks */
+ do_blocka(fio, &dumb, bRead, file_version);
+ if (dumb.nr > 0)
+ {
+ sfree(dumb.index);
+ }
+ if (dumb.nra > 0)
+ {
+ sfree(dumb.a);
+ }
+ }
+
+ if (bRead)
+ {
+ close_symtab(&(mtop->symtab));
+ }
}
/* If TopOnlyOK is TRUE then we can read even future versions
* of tpx files, provided the file_generation hasn't changed.
* If it is FALSE, we need the inputrecord too, and bail out
* if the file is newer than the program.
- *
+ *
* The version and generation if the topology (see top of this file)
* are returned in the two last arguments.
- *
+ *
* If possible, we will read the inputrec even when TopOnlyOK is TRUE.
*/
-static void do_tpxheader(t_fileio *fio,gmx_bool bRead,t_tpxheader *tpx,
- gmx_bool TopOnlyOK, int *file_version,
+static void do_tpxheader(t_fileio *fio, gmx_bool bRead, t_tpxheader *tpx,
+ gmx_bool TopOnlyOK, int *file_version,
int *file_generation)
{
- char buf[STRLEN];
- char file_tag[STRLEN];
- gmx_bool bDouble;
- int precision;
- int fver,fgen;
- int idum=0;
- real rdum=0;
-
- gmx_fio_checktype(fio);
- gmx_fio_setdebug(fio,bDebugMode());
-
- /* NEW! XDR tpb file */
- precision = sizeof(real);
- if (bRead) {
- gmx_fio_do_string(fio,buf);
- if (strncmp(buf,"VERSION",7))
- gmx_fatal(FARGS,"Can not read file %s,\n"
- " this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
- " Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
- gmx_fio_getname(fio));
- gmx_fio_do_int(fio,precision);
- bDouble = (precision == sizeof(double));
- if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
- gmx_fatal(FARGS,"Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
- "instead of %d or %d",
- gmx_fio_getname(fio),precision,sizeof(float),sizeof(double));
- gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
- fprintf(stderr,"Reading file %s, %s (%s precision)\n",
- gmx_fio_getname(fio),buf,bDouble ? "double" : "single");
- }
- else {
- gmx_fio_write_string(fio,GromacsVersion());
- bDouble = (precision == sizeof(double));
- gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
- gmx_fio_do_int(fio,precision);
- fver = tpx_version;
- sprintf(file_tag,"%s",tpx_tag);
- fgen = tpx_generation;
- }
-
+ char buf[STRLEN];
+ char file_tag[STRLEN];
+ gmx_bool bDouble;
+ int precision;
+ int fver, fgen;
+ int idum = 0;
+ real rdum = 0;
+
+ gmx_fio_checktype(fio);
+ gmx_fio_setdebug(fio, bDebugMode());
+
+ /* NEW! XDR tpb file */
+ precision = sizeof(real);
+ if (bRead)
+ {
+ gmx_fio_do_string(fio, buf);
+ if (strncmp(buf, "VERSION", 7))
+ {
+ gmx_fatal(FARGS, "Can not read file %s,\n"
+ " this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
+ " Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
+ gmx_fio_getname(fio));
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, precision);
+ bDouble = (precision == sizeof(double));
+ if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
+ {
+ gmx_fatal(FARGS, "Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
+ "instead of %d or %d",
+ gmx_fio_getname(fio), precision, sizeof(float), sizeof(double));
+ }
+ gmx_fio_setprecision(fio, bDouble);
+ fprintf(stderr, "Reading file %s, %s (%s precision)\n",
+ gmx_fio_getname(fio), buf, bDouble ? "double" : "single");
+ }
+ else
+ {
+ gmx_fio_write_string(fio, GromacsVersion());
+ bDouble = (precision == sizeof(double));
+ gmx_fio_setprecision(fio, bDouble);
+ gmx_fio_do_int(fio, precision);
+ fver = tpx_version;
+ sprintf(file_tag, "%s", tpx_tag);
+ fgen = tpx_generation;
+ }
+
/* Check versions! */
- gmx_fio_do_int(fio,fver);
+ gmx_fio_do_int(fio, fver);
/* This is for backward compatibility with development versions 77-79
* where the tag was, mistakenly, placed before the generation,
*/
if (fver >= 77 && fver <= 79)
{
- gmx_fio_do_string(fio,file_tag);
+ gmx_fio_do_string(fio, file_tag);
}
-
+
if (fver >= 26)
{
- gmx_fio_do_int(fio,fgen);
+ gmx_fio_do_int(fio, fgen);
}
else
{
fgen = 0;
}
-
+
if (fver >= 81)
{
- gmx_fio_do_string(fio,file_tag);
+ gmx_fio_do_string(fio, file_tag);
}
if (bRead)
{
if (fver < 77)
{
/* Versions before 77 don't have the tag, set it to release */
- sprintf(file_tag,"%s",TPX_TAG_RELEASE);
+ sprintf(file_tag, "%s", TPX_TAG_RELEASE);
}
- if (strcmp(file_tag,tpx_tag) != 0)
+ if (strcmp(file_tag, tpx_tag) != 0)
{
- fprintf(stderr,"Note: file tpx tag '%s', software tpx tag '%s'\n",
- file_tag,tpx_tag);
+ fprintf(stderr, "Note: file tpx tag '%s', software tpx tag '%s'\n",
+ file_tag, tpx_tag);
/* We only support reading tpx files with the same tag as the code
* or tpx files with the release tag and with lower version number.
*/
- if (!strcmp(file_tag,TPX_TAG_RELEASE) == 0 && fver < tpx_version)
+ if (!strcmp(file_tag, TPX_TAG_RELEASE) == 0 && fver < tpx_version)
{
- gmx_fatal(FARGS,"tpx tag/version mismatch: reading tpx file (%s) version %d, tag '%s' with program for tpx version %d, tag '%s'",
- gmx_fio_getname(fio),fver,file_tag,
- tpx_version,tpx_tag);
+ gmx_fatal(FARGS, "tpx tag/version mismatch: reading tpx file (%s) version %d, tag '%s' with program for tpx version %d, tag '%s'",
+ gmx_fio_getname(fio), fver, file_tag,
+ tpx_version, tpx_tag);
}
}
}
{
*file_generation = fgen;
}
-
-
- if ((fver <= tpx_incompatible_version) ||
- ((fver > tpx_version) && !TopOnlyOK) ||
- (fgen > tpx_generation))
- gmx_fatal(FARGS,"reading tpx file (%s) version %d with version %d program",
- gmx_fio_getname(fio),fver,tpx_version);
-
- do_section(fio,eitemHEADER,bRead);
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->natoms);
- if (fver >= 28)
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->ngtc);
- else
- tpx->ngtc = 0;
- if (fver < 62) {
- gmx_fio_do_int(fio,idum);
- gmx_fio_do_real(fio,rdum);
- }
- /*a better decision will eventually (5.0 or later) need to be made
- on how to treat the alchemical state of the system, which can now
- vary through a simulation, and cannot be completely described
- though a single lambda variable, or even a single state
- index. Eventually, should probably be a vector. MRS*/
- if (fver >= 79)
- {
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->fep_state);
- }
- gmx_fio_do_real(fio,tpx->lambda);
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->bIr);
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->bTop);
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->bX);
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->bV);
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->bF);
- gmx_fio_do_int(fio,tpx->bBox);
-
- if((fgen > tpx_generation)) {
- /* This can only happen if TopOnlyOK=TRUE */
- tpx->bIr=FALSE;
- }
+
+
+ if ((fver <= tpx_incompatible_version) ||
+ ((fver > tpx_version) && !TopOnlyOK) ||
+ (fgen > tpx_generation))
+ {
+ gmx_fatal(FARGS, "reading tpx file (%s) version %d with version %d program",
+ gmx_fio_getname(fio), fver, tpx_version);
+ }
+
+ do_section(fio, eitemHEADER, bRead);
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->natoms);
+ if (fver >= 28)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->ngtc);
+ }
+ else
+ {
+ tpx->ngtc = 0;
+ }
+ if (fver < 62)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, idum);
+ gmx_fio_do_real(fio, rdum);
+ }
+ /*a better decision will eventually (5.0 or later) need to be made
+ on how to treat the alchemical state of the system, which can now
+ vary through a simulation, and cannot be completely described
+ though a single lambda variable, or even a single state
+ index. Eventually, should probably be a vector. MRS*/
+ if (fver >= 79)
+ {
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->fep_state);
+ }
+ gmx_fio_do_real(fio, tpx->lambda);
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->bIr);
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->bTop);
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->bX);
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->bV);
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->bF);
+ gmx_fio_do_int(fio, tpx->bBox);
+
+ if ((fgen > tpx_generation))
+ {
+ /* This can only happen if TopOnlyOK=TRUE */
+ tpx->bIr = FALSE;
+ }
}
static int do_tpx(t_fileio *fio, gmx_bool bRead,
- t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop,
- gmx_bool bXVallocated)
+ t_inputrec *ir, t_state *state, rvec *f, gmx_mtop_t *mtop,
+ gmx_bool bXVallocated)
{
- t_tpxheader tpx;
- t_inputrec dum_ir;
- gmx_mtop_t dum_top;
- gmx_bool TopOnlyOK,bDum=TRUE;
- int file_version,file_generation;
- int i;
- rvec *xptr,*vptr;
- int ePBC;
- gmx_bool bPeriodicMols;
-
- if (!bRead) {
- tpx.natoms = state->natoms;
- tpx.ngtc = state->ngtc; /* need to add nnhpres here? */
- tpx.fep_state = state->fep_state;
- tpx.lambda = state->lambda[efptFEP];
- tpx.bIr = (ir != NULL);
- tpx.bTop = (mtop != NULL);
- tpx.bX = (state->x != NULL);
- tpx.bV = (state->v != NULL);
- tpx.bF = (f != NULL);
- tpx.bBox = TRUE;
- }
-
- TopOnlyOK = (ir==NULL);
-
- do_tpxheader(fio,bRead,&tpx,TopOnlyOK,&file_version,&file_generation);
-
- if (bRead) {
- state->flags = 0;
- /* state->lambda = tpx.lambda;*/ /*remove this eventually? */
- /* The init_state calls initialize the Nose-Hoover xi integrals to zero */
- if (bXVallocated) {
- xptr = state->x;
- vptr = state->v;
- init_state(state,0,tpx.ngtc,0,0,0); /* nose-hoover chains */ /* eventually, need to add nnhpres here? */
- state->natoms = tpx.natoms;
- state->nalloc = tpx.natoms;
- state->x = xptr;
- state->v = vptr;
- } else {
- init_state(state,tpx.natoms,tpx.ngtc,0,0,0); /* nose-hoover chains */
- }
- }
-
-#define do_test(fio,b,p) if (bRead && (p!=NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS,"No %s in %s",#p,gmx_fio_getname(fio))
-
- do_test(fio,tpx.bBox,state->box);
- do_section(fio,eitemBOX,bRead);
- if (tpx.bBox) {
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box,DIM);
- if (file_version >= 51) {
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->box_rel,DIM);
- } else {
- /* We initialize box_rel after reading the inputrec */
- clear_mat(state->box_rel);
- }
- if (file_version >= 28) {
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->boxv,DIM);
- if (file_version < 56) {
- matrix mdum;
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,mdum,DIM);
- }
- }
- }
-
- if (state->ngtc > 0 && file_version >= 28) {
- real *dumv;
- /*ndo_double(state->nosehoover_xi,state->ngtc,bDum);*/
- /*ndo_double(state->nosehoover_vxi,state->ngtc,bDum);*/
- /*ndo_double(state->therm_integral,state->ngtc,bDum);*/
- snew(dumv,state->ngtc);
- if (file_version < 69) {
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
- }
- /* These used to be the Berendsen tcoupl_lambda's */
- bDum=gmx_fio_ndo_real(fio,dumv,state->ngtc);
- sfree(dumv);
- }
-
- /* Prior to tpx version 26, the inputrec was here.
- * I moved it to enable partial forward-compatibility
- * for analysis/viewer programs.
- */
- if(file_version<26) {
- do_test(fio,tpx.bIr,ir);
- do_section(fio,eitemIR,bRead);
- if (tpx.bIr) {
- if (ir) {
- do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,
- mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
- if (bRead && debug)
- pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
- }
- else {
- do_inputrec(fio, &dum_ir,bRead,file_version,
- mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ :NULL);
- if (bRead && debug)
- pr_inputrec(debug,0,"inputrec",&dum_ir,FALSE);
- done_inputrec(&dum_ir);
- }
-
- }
- }
-
- do_test(fio,tpx.bTop,mtop);
- do_section(fio,eitemTOP,bRead);
- if (tpx.bTop) {
- int mtop_file_version = file_version;
- /*allow reading of Gromacs 4.6 files*/
- if (mtop_file_version>80 && mtop_file_version<90)
- {
- mtop_file_version = 79;
- }
- if (mtop) {
- do_mtop(fio,mtop,bRead, mtop_file_version);
- } else {
- do_mtop(fio,&dum_top,bRead,mtop_file_version);
- done_mtop(&dum_top,TRUE);
- }
- }
- do_test(fio,tpx.bX,state->x);
- do_section(fio,eitemX,bRead);
- if (tpx.bX) {
- if (bRead) {
- state->flags |= (1<<estX);
- }
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->x,state->natoms);
- }
-
- do_test(fio,tpx.bV,state->v);
- do_section(fio,eitemV,bRead);
- if (tpx.bV) {
- if (bRead) {
- state->flags |= (1<<estV);
- }
- gmx_fio_ndo_rvec(fio,state->v,state->natoms);
- }
-
- do_test(fio,tpx.bF,f);
- do_section(fio,eitemF,bRead);
- if (tpx.bF) gmx_fio_ndo_rvec(fio,f,state->natoms);
-
- /* Starting with tpx version 26, we have the inputrec
- * at the end of the file, so we can ignore it
- * if the file is never than the software (but still the
- * same generation - see comments at the top of this file.
- *
- *
- */
- ePBC = -1;
- bPeriodicMols = FALSE;
- if (file_version >= 26) {
- do_test(fio,tpx.bIr,ir);
- do_section(fio,eitemIR,bRead);
- if (tpx.bIr) {
- if (file_version >= 53) {
- /* Removed the pbc info from do_inputrec, since we always want it */
- if (!bRead) {
- ePBC = ir->ePBC;
- bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
- }
- gmx_fio_do_int(fio,ePBC);
- gmx_fio_do_gmx_bool(fio,bPeriodicMols);
- }
- if (file_generation <= tpx_generation && ir) {
- do_inputrec(fio, ir,bRead,file_version,mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
- if (bRead && debug)
- pr_inputrec(debug,0,"inputrec",ir,FALSE);
- if (file_version < 51)
- set_box_rel(ir,state);
- if (file_version < 53) {
- ePBC = ir->ePBC;
- bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
- }
- }
- if (bRead && ir && file_version >= 53) {
- /* We need to do this after do_inputrec, since that initializes ir */
- ir->ePBC = ePBC;
- ir->bPeriodicMols = bPeriodicMols;
- }
- }
- }
+ t_tpxheader tpx;
+ t_inputrec dum_ir;
+ gmx_mtop_t dum_top;
+ gmx_bool TopOnlyOK, bDum = TRUE;
+ int file_version, file_generation;
+ int i;
+ rvec *xptr, *vptr;
+ int ePBC;
+ gmx_bool bPeriodicMols;
+
+ if (!bRead)
+ {
+ tpx.natoms = state->natoms;
+ tpx.ngtc = state->ngtc; /* need to add nnhpres here? */
+ tpx.fep_state = state->fep_state;
+ tpx.lambda = state->lambda[efptFEP];
+ tpx.bIr = (ir != NULL);
+ tpx.bTop = (mtop != NULL);
+ tpx.bX = (state->x != NULL);
+ tpx.bV = (state->v != NULL);
+ tpx.bF = (f != NULL);
+ tpx.bBox = TRUE;
+ }
+
+ TopOnlyOK = (ir == NULL);
+
+ do_tpxheader(fio, bRead, &tpx, TopOnlyOK, &file_version, &file_generation);
+
+ if (bRead)
+ {
+ state->flags = 0;
+ /* state->lambda = tpx.lambda;*/ /*remove this eventually? */
+ /* The init_state calls initialize the Nose-Hoover xi integrals to zero */
+ if (bXVallocated)
+ {
+ xptr = state->x;
+ vptr = state->v;
+ init_state(state, 0, tpx.ngtc, 0, 0, 0); /* nose-hoover chains */ /* eventually, need to add nnhpres here? */
+ state->natoms = tpx.natoms;
+ state->nalloc = tpx.natoms;
+ state->x = xptr;
+ state->v = vptr;
+ }
+ else
+ {
+ init_state(state, tpx.natoms, tpx.ngtc, 0, 0, 0); /* nose-hoover chains */
+ }
+ }
+
+#define do_test(fio, b, p) if (bRead && (p != NULL) && !b) gmx_fatal(FARGS, "No %s in %s",#p, gmx_fio_getname(fio))
+
+ do_test(fio, tpx.bBox, state->box);
+ do_section(fio, eitemBOX, bRead);
+ if (tpx.bBox)
+ {
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, state->box, DIM);
+ if (file_version >= 51)
+ {
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, state->box_rel, DIM);
+ }
+ else
+ {
+ /* We initialize box_rel after reading the inputrec */
+ clear_mat(state->box_rel);
+ }
+ if (file_version >= 28)
+ {
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, state->boxv, DIM);
+ if (file_version < 56)
+ {
+ matrix mdum;
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, mdum, DIM);
+ }
+ }
+ }
+
+ if (state->ngtc > 0 && file_version >= 28)
+ {
+ real *dumv;
+ /*ndo_double(state->nosehoover_xi,state->ngtc,bDum);*/
+ /*ndo_double(state->nosehoover_vxi,state->ngtc,bDum);*/
+ /*ndo_double(state->therm_integral,state->ngtc,bDum);*/
+ snew(dumv, state->ngtc);
+ if (file_version < 69)
+ {
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, dumv, state->ngtc);
+ }
+ /* These used to be the Berendsen tcoupl_lambda's */
+ bDum = gmx_fio_ndo_real(fio, dumv, state->ngtc);
+ sfree(dumv);
+ }
+
+ /* Prior to tpx version 26, the inputrec was here.
+ * I moved it to enable partial forward-compatibility
+ * for analysis/viewer programs.
+ */
+ if (file_version < 26)
+ {
+ do_test(fio, tpx.bIr, ir);
+ do_section(fio, eitemIR, bRead);
+ if (tpx.bIr)
+ {
+ if (ir)
+ {
+ do_inputrec(fio, ir, bRead, file_version,
+ mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
+ if (bRead && debug)
+ {
+ pr_inputrec(debug, 0, "inputrec", ir, FALSE);
+ }
+ }
+ else
+ {
+ do_inputrec(fio, &dum_ir, bRead, file_version,
+ mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
+ if (bRead && debug)
+ {
+ pr_inputrec(debug, 0, "inputrec", &dum_ir, FALSE);
+ }
+ done_inputrec(&dum_ir);
+ }
+
+ }
+ }
+
+ do_test(fio, tpx.bTop, mtop);
+ do_section(fio, eitemTOP, bRead);
+ if (tpx.bTop)
+ {
+ int mtop_file_version = file_version;
+ /*allow reading of Gromacs 4.6 files*/
+ if (mtop_file_version > 80 && mtop_file_version < 90)
+ {
+ mtop_file_version = 79;
+ }
+ if (mtop)
+ {
+ do_mtop(fio, mtop, bRead, mtop_file_version);
+ }
+ else
+ {
+ do_mtop(fio, &dum_top, bRead, mtop_file_version);
+ done_mtop(&dum_top, TRUE);
+ }
+ }
+ do_test(fio, tpx.bX, state->x);
+ do_section(fio, eitemX, bRead);
+ if (tpx.bX)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ state->flags |= (1<<estX);
+ }
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, state->x, state->natoms);
+ }
+
+ do_test(fio, tpx.bV, state->v);
+ do_section(fio, eitemV, bRead);
+ if (tpx.bV)
+ {
+ if (bRead)
+ {
+ state->flags |= (1<<estV);
+ }
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, state->v, state->natoms);
+ }
+
+ do_test(fio, tpx.bF, f);
+ do_section(fio, eitemF, bRead);
+ if (tpx.bF)
+ {
+ gmx_fio_ndo_rvec(fio, f, state->natoms);
+ }
+
+ /* Starting with tpx version 26, we have the inputrec
+ * at the end of the file, so we can ignore it
+ * if the file is never than the software (but still the
+ * same generation - see comments at the top of this file.
+ *
+ *
+ */
+ ePBC = -1;
+ bPeriodicMols = FALSE;
+ if (file_version >= 26)
+ {
+ do_test(fio, tpx.bIr, ir);
+ do_section(fio, eitemIR, bRead);
+ if (tpx.bIr)
+ {
+ if (file_version >= 53)
+ {
+ /* Removed the pbc info from do_inputrec, since we always want it */
+ if (!bRead)
+ {
+ ePBC = ir->ePBC;
+ bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
+ }
+ gmx_fio_do_int(fio, ePBC);
+ gmx_fio_do_gmx_bool(fio, bPeriodicMols);
+ }
+ if (file_generation <= tpx_generation && ir)
+ {
+ do_inputrec(fio, ir, bRead, file_version, mtop ? &mtop->ffparams.fudgeQQ : NULL);
+ if (bRead && debug)
+ {
+ pr_inputrec(debug, 0, "inputrec", ir, FALSE);
+ }
+ if (file_version < 51)
+ {
+ set_box_rel(ir, state);
+ }
+ if (file_version < 53)
+ {
+ ePBC = ir->ePBC;
+ bPeriodicMols = ir->bPeriodicMols;
+ }
+ }
+ if (bRead && ir && file_version >= 53)
+ {
+ /* We need to do this after do_inputrec, since that initializes ir */
+ ir->ePBC = ePBC;
+ ir->bPeriodicMols = bPeriodicMols;
+ }
+ }
+ }
if (bRead)
{
if (state->ngtc == 0)
{
/* Reading old version without tcoupl state data: set it */
- init_gtc_state(state,ir->opts.ngtc,0,ir->opts.nhchainlength);
+ init_gtc_state(state, ir->opts.ngtc, 0, ir->opts.nhchainlength);
}
if (tpx.bTop && mtop)
{
if (file_version >= 57)
{
char *env;
- int ienv;
+ int ienv;
env = getenv("GMX_NOCHARGEGROUPS");
if (env != NULL)
{
- sscanf(env,"%d",&ienv);
- fprintf(stderr,"\nFound env.var. GMX_NOCHARGEGROUPS = %d\n",
+ sscanf(env, "%d", &ienv);
+ fprintf(stderr, "\nFound env.var. GMX_NOCHARGEGROUPS = %d\n",
ienv);
if (ienv > 0)
{
fprintf(stderr,
"Will make single atomic charge groups in non-solvent%s\n",
ienv > 1 ? " and solvent" : "");
- gmx_mtop_make_atomic_charge_groups(mtop,ienv==1);
+ gmx_mtop_make_atomic_charge_groups(mtop, ienv == 1);
}
- fprintf(stderr,"\n");
+ fprintf(stderr, "\n");
}
}
}
*
************************************************************/
-t_fileio *open_tpx(const char *fn,const char *mode)
+t_fileio *open_tpx(const char *fn, const char *mode)
{
- return gmx_fio_open(fn,mode);
-}
-
+ return gmx_fio_open(fn, mode);
+}
+
void close_tpx(t_fileio *fio)
{
- gmx_fio_close(fio);
+ gmx_fio_close(fio);
}
void read_tpxheader(const char *fn, t_tpxheader *tpx, gmx_bool TopOnlyOK,
int *file_version, int *file_generation)
{
- t_fileio *fio;
+ t_fileio *fio;
- fio = open_tpx(fn,"r");
- do_tpxheader(fio,TRUE,tpx,TopOnlyOK,file_version,file_generation);
- close_tpx(fio);
+ fio = open_tpx(fn, "r");
+ do_tpxheader(fio, TRUE, tpx, TopOnlyOK, file_version, file_generation);
+ close_tpx(fio);
}
void write_tpx_state(const char *fn,
- t_inputrec *ir,t_state *state,gmx_mtop_t *mtop)
+ t_inputrec *ir, t_state *state, gmx_mtop_t *mtop)
{
- t_fileio *fio;
+ t_fileio *fio;
- fio = open_tpx(fn,"w");
- do_tpx(fio,FALSE,ir,state,NULL,mtop,FALSE);
- close_tpx(fio);
+ fio = open_tpx(fn, "w");
+ do_tpx(fio, FALSE, ir, state, NULL, mtop, FALSE);
+ close_tpx(fio);
}
void read_tpx_state(const char *fn,
- t_inputrec *ir,t_state *state,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
+ t_inputrec *ir, t_state *state, rvec *f, gmx_mtop_t *mtop)
{
- t_fileio *fio;
-
- fio = open_tpx(fn,"r");
- do_tpx(fio,TRUE,ir,state,f,mtop,FALSE);
- close_tpx(fio);
+ t_fileio *fio;
+
+ fio = open_tpx(fn, "r");
+ do_tpx(fio, TRUE, ir, state, f, mtop, FALSE);
+ close_tpx(fio);
}
int read_tpx(const char *fn,
- t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
- rvec *x,rvec *v,rvec *f,gmx_mtop_t *mtop)
+ t_inputrec *ir, matrix box, int *natoms,
+ rvec *x, rvec *v, rvec *f, gmx_mtop_t *mtop)
{
- t_fileio *fio;
- t_state state;
- int ePBC;
-
- state.x = x;
- state.v = v;
- fio = open_tpx(fn,"r");
- ePBC = do_tpx(fio,TRUE,ir,&state,f,mtop,TRUE);
- close_tpx(fio);
- *natoms = state.natoms;
- if (box)
- copy_mat(state.box,box);
- state.x = NULL;
- state.v = NULL;
- done_state(&state);
-
- return ePBC;
+ t_fileio *fio;
+ t_state state;
+ int ePBC;
+
+ state.x = x;
+ state.v = v;
+ fio = open_tpx(fn, "r");
+ ePBC = do_tpx(fio, TRUE, ir, &state, f, mtop, TRUE);
+ close_tpx(fio);
+ *natoms = state.natoms;
+ if (box)
+ {
+ copy_mat(state.box, box);
+ }
+ state.x = NULL;
+ state.v = NULL;
+ done_state(&state);
+
+ return ePBC;
}
int read_tpx_top(const char *fn,
- t_inputrec *ir, matrix box,int *natoms,
- rvec *x,rvec *v,rvec *f,t_topology *top)
+ t_inputrec *ir, matrix box, int *natoms,
+ rvec *x, rvec *v, rvec *f, t_topology *top)
{
- gmx_mtop_t mtop;
- t_topology *ltop;
- int ePBC;
+ gmx_mtop_t mtop;
+ t_topology *ltop;
+ int ePBC;
- ePBC = read_tpx(fn,ir,box,natoms,x,v,f,&mtop);
-
- *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
+ ePBC = read_tpx(fn, ir, box, natoms, x, v, f, &mtop);
- return ePBC;
+ *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop);
+
+ return ePBC;
}
gmx_bool fn2bTPX(const char *file)
{
- switch (fn2ftp(file)) {
- case efTPR:
- case efTPB:
- case efTPA:
- return TRUE;
- default:
- return FALSE;
- }
+ switch (fn2ftp(file))
+ {
+ case efTPR:
+ case efTPB:
+ case efTPA:
+ return TRUE;
+ default:
+ return FALSE;
+ }
}
-gmx_bool read_tps_conf(const char *infile,char *title,t_topology *top,int *ePBC,
- rvec **x,rvec **v,matrix box,gmx_bool bMass)
+gmx_bool read_tps_conf(const char *infile, char *title, t_topology *top, int *ePBC,
+ rvec **x, rvec **v, matrix box, gmx_bool bMass)
{
- t_tpxheader header;
- int natoms,i,version,generation;
- gmx_bool bTop,bXNULL=FALSE;
- gmx_mtop_t *mtop;
- t_topology *topconv;
- gmx_atomprop_t aps;
-
- bTop = fn2bTPX(infile);
- *ePBC = -1;
- if (bTop) {
- read_tpxheader(infile,&header,TRUE,&version,&generation);
- if (x)
- snew(*x,header.natoms);
- if (v)
- snew(*v,header.natoms);
- snew(mtop,1);
- *ePBC = read_tpx(infile,NULL,box,&natoms,
- (x==NULL) ? NULL : *x,(v==NULL) ? NULL : *v,NULL,mtop);
- *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
- sfree(mtop);
- strcpy(title,*top->name);
- tpx_make_chain_identifiers(&top->atoms,&top->mols);
- }
- else {
- get_stx_coordnum(infile,&natoms);
- init_t_atoms(&top->atoms,natoms,(fn2ftp(infile) == efPDB));
- if (x == NULL)
- {
- snew(x,1);
- bXNULL = TRUE;
- }
- snew(*x,natoms);
- if (v)
- snew(*v,natoms);
- read_stx_conf(infile,title,&top->atoms,*x,(v==NULL) ? NULL : *v,ePBC,box);
- if (bXNULL)
- {
- sfree(*x);
- sfree(x);
- }
- if (bMass) {
- aps = gmx_atomprop_init();
- for(i=0; (i<natoms); i++)
- if (!gmx_atomprop_query(aps,epropMass,
- *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
- *top->atoms.atomname[i],
- &(top->atoms.atom[i].m))) {
- if (debug)
- fprintf(debug,"Can not find mass for atom %s %d %s, setting to 1\n",
- *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
- top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].nr,
- *top->atoms.atomname[i]);
- }
- gmx_atomprop_destroy(aps);
- }
- top->idef.ntypes=-1;
- }
-
- return bTop;
+ t_tpxheader header;
+ int natoms, i, version, generation;
+ gmx_bool bTop, bXNULL = FALSE;
+ gmx_mtop_t *mtop;
+ t_topology *topconv;
+ gmx_atomprop_t aps;
+
+ bTop = fn2bTPX(infile);
+ *ePBC = -1;
+ if (bTop)
+ {
+ read_tpxheader(infile, &header, TRUE, &version, &generation);
+ if (x)
+ {
+ snew(*x, header.natoms);
+ }
+ if (v)
+ {
+ snew(*v, header.natoms);
+ }
+ snew(mtop, 1);
+ *ePBC = read_tpx(infile, NULL, box, &natoms,
+ (x == NULL) ? NULL : *x, (v == NULL) ? NULL : *v, NULL, mtop);
+ *top = gmx_mtop_t_to_t_topology(mtop);
+ sfree(mtop);
+ strcpy(title, *top->name);
+ tpx_make_chain_identifiers(&top->atoms, &top->mols);
+ }
+ else
+ {
+ get_stx_coordnum(infile, &natoms);
+ init_t_atoms(&top->atoms, natoms, (fn2ftp(infile) == efPDB));
+ if (x == NULL)
+ {
+ snew(x, 1);
+ bXNULL = TRUE;
+ }
+ snew(*x, natoms);
+ if (v)
+ {
+ snew(*v, natoms);
+ }
+ read_stx_conf(infile, title, &top->atoms, *x, (v == NULL) ? NULL : *v, ePBC, box);
+ if (bXNULL)
+ {
+ sfree(*x);
+ sfree(x);
+ }
+ if (bMass)
+ {
+ aps = gmx_atomprop_init();
+ for (i = 0; (i < natoms); i++)
+ {
+ if (!gmx_atomprop_query(aps, epropMass,
+ *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
+ *top->atoms.atomname[i],
+ &(top->atoms.atom[i].m)))
+ {
+ if (debug)
+ {
+ fprintf(debug, "Can not find mass for atom %s %d %s, setting to 1\n",
+ *top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].name,
+ top->atoms.resinfo[top->atoms.atom[i].resind].nr,
+ *top->atoms.atomname[i]);
+ }
+ }
+ }
+ gmx_atomprop_destroy(aps);
+ }
+ top->idef.ntypes = -1;
+ }
+
+ return bTop;
}
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