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[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / commandline / cmdlineparser.h
index dee2d3503a2173cf0114f34c398c4b804d7b520c..c497410e5077f8f6dc7cfc842286b115355c9245 100644 (file)
@@ -1,38 +1,42 @@
 /*
+ * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
  *
- *                This source code is part of
+ * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
+ * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
+ * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
+ * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  *
- *                 G   R   O   M   A   C   S
+ * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
+ * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
+ * of the License, or (at your option) any later version.
  *
- *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
+ * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
+ * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+ * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+ * Lesser General Public License for more details.
  *
- * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
- * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
- * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
- * check out http://www.gromacs.org for more information.
-
- * This program is free software; you can redistribute it and/or
- * modify it under the terms of the GNU General Public License
- * as published by the Free Software Foundation; either version 2
- * of the License, or (at your option) any later version.
+ * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+ * License along with GROMACS; if not, see
+ * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
+ * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  *
- * If you want to redistribute modifications, please consider that
- * scientific software is very special. Version control is crucial -
- * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
- * inclusion in the official distribution, but derived work must not
- * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
- * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
+ * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
+ * consider that scientific software is very special. Version
+ * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
+ * consider code for inclusion in the official distribution, but
+ * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
+ * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
+ * official version at http://www.gromacs.org.
  *
  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
- * the papers on the package - you can find them in the top README file.
- *
- * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
+ * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  */
 /*! \file
  * \brief
  * Declares gmx::CommandLineParser.
  *
- * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
+ * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  * \inpublicapi
  * \ingroup module_commandline
  */
@@ -42,7 +46,7 @@
 #include <string>
 #include <vector>
 
-#include "../utility/common.h"
+#include "gromacs/utility/common.h"
 
 namespace gmx
 {
@@ -54,11 +58,11 @@ class Options;
  *
  * Typical usage (without error checking):
  * \code
-gmx::Options options("name", "description");
-// Fill up options
+   gmx::Options options("name", "description");
+   // Fill up options
 
-gmx::CommandLineParser(&options).parse(&argc, argv);
-options.finish();
+   gmx::CommandLineParser(&options).parse(&argc, argv);
+   options.finish();
  * \endcode
  *
  * \inpublicapi
@@ -77,39 +81,37 @@ class CommandLineParser
         ~CommandLineParser();
 
         /*! \brief
-         * Parses the command line.
+         * Makes the parser skip unknown options and keep them in \c argv.
          *
-         * \throws  std::bad_alloc if out of memory.
-         * \throws  InvalidInputError if any errors were detected in the input.
+         * \param[in] bEnabled  Whether to skip and keep unknown options.
+         * \returns   *this
          *
-         * All command-line arguments are parsed, and an aggregate exception
-         * with all the detected errors is thrown in the end.
+         * Setting this option to true has dual effect: unknown options are
+         * silently skipped, and all recognized options are removed from
+         * \c argc and \c argv in parse().  These effects should be easy to
+         * separate into different flags if there is need for it.
          *
-         * Currently, the input parameters are not modified, but this may
-         * change if/when support for parsing only part of the options is
-         * implemented.
+         * The default is false: unknown options result in exceptions and
+         * \c argc and \c argv are not modified.
+         *
+         * Does not throw.
          */
-        void parse(int *argc, char *argv[]);
+        CommandLineParser &skipUnknown(bool bEnabled);
+
         /*! \brief
-         * Parses the command line from a std::vector.
+         * Parses the command line.
          *
-         * \param[in] commandLine  Array of command-line strings.
          * \throws  std::bad_alloc if out of memory.
          * \throws  InvalidInputError if any errors were detected in the input.
          *
-         * \p commandLine should relate to the standard \c argv array
-         * one-to-one.
-         *
-         * This method is provided for convenience for cases where the command
-         * line needs to be stored before parsing.
-         *
-         * Currently, the input parameters are not modified, but this may
-         * change if/when support for parsing only part of the options is
-         * implemented.
+         * All command-line arguments are parsed, and an aggregate exception
+         * with all the detected errors is thrown in the end.
          *
-         * \see parse(int *, char *[])
+         * If skipUnknown() is false, the input parameters are not modified.
+         * If skipUnknown() is true, recognized options and their values are
+         * removed from the argument list.  \c argv[0] is never modified.
          */
-        void parse(std::vector<std::string> *commandLine);
+        void parse(int *argc, char *argv[]);
 
     private:
         class Impl;