src/tools/pp2shift.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35
  36 #ifndef _pp2shift_h
  37 #define _pp2shift_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40
  41 /* must correspond with 'leg' g_chi.c:727 */
  42 enum {
  43     edPhi = 0, edPsi, edOmega, edChi1, edChi2, edChi3, edChi4, edChi5, edChi6, edMax
  44 };
  45
  46 enum {
  47     edPrintST = 0, edPrintRO
  48 };
  49
  50 #define NHISTO 360
  51 #define NONCHI 3
  52 #define MAXCHI edMax-NONCHI
  53 #define NROT 4  /* number of rotamers: 1=g(-), 2=t, 3=g(+), 0=other */
  54
  55 typedef struct {
  56     int minO, minC, H, N, C, O, Cn[MAXCHI+3];
  57 } t_dihatms; /* Cn[0]=N, Cn[1]=Ca, Cn[2]=Cb etc. */
  58
  59 typedef struct {
  60     char       name[12];
  61     int        resnr;
  62     int        index;     /* Index for amino acids (histograms) */
  63     int        j0[edMax]; /* Index in dih array (phi angle is first...) */
  64     t_dihatms  atm;
  65     int        b[edMax];
  66     int        ntr[edMax];
  67     real       S2[edMax];
  68     real       rot_occ[edMax][NROT];
  69
  70 } t_dlist;
  71
  72 extern void do_pp2shifts(FILE *fp, int nframes,
  73                          int nlist, t_dlist dlist[], real **dih);
  74
  75 extern gmx_bool has_dihedral(int Dih, t_dlist *dl);
  76
  77 extern t_dlist *mk_dlist(FILE *log,
  78                          t_atoms *atoms, int *nlist,
  79                          gmx_bool bPhi, gmx_bool bPsi, gmx_bool bChi, int maxchi,
  80                          int r0, gmx_residuetype_t rt);
  81
  82 extern void pr_dlist(FILE *fp, int nl, t_dlist dl[], real dt,  int printtype,
  83                      gmx_bool bPhi, gmx_bool bPsi, gmx_bool bChi, gmx_bool bOmega, int maxchi);
  84
  85 extern int pr_trans(FILE *fp, int nl, t_dlist dl[], real dt, int Xi);
  86
  87 extern void mk_chi_lookup (int **lookup, int maxchi, real **dih,
  88                            int nlist, t_dlist dlist[]);
  89
  90 extern void get_chi_product_traj (real **dih, int nframes, int nangles,
  91                                   int nlist, int maxchi, t_dlist dlist[], real time[],
  92                                   int **lookup, int *multiplicity, gmx_bool bRb, gmx_bool bNormalize,
  93                                   real core_frac);
  94
  95 #endif