src/tools/calcpot.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35
  36 extern FILE *init_calcpot(const char *log, const char *tpx, const char *table,
  37                           gmx_mtop_t *mtop,
  38                           gmx_localtop_t *top, t_inputrec *inputrec,
  39                           t_commrec **cr,
  40                           t_graph **graph, t_mdatoms **mdatoms,
  41                           t_forcerec **fr,
  42                           gmx_enerdata_t *enerdata,
  43                           real **coulomb,
  44                           matrix box, rvec **x, const output_env_t oenv);
  45
  46 extern void calc_pot(FILE *logf, t_commrec *cr,
  47                      gmx_mtop_t *mtop,
  48                      t_inputrec *inputrec, gmx_localtop_t *top, rvec x[],
  49                      t_forcerec *fr, gmx_enerdata_t *enerd,
  50                      t_mdatoms *mdatoms, real coulomb[], matrix box, t_graph *graph);
  51
  52 extern void write_pdb_coul();
  53
  54 extern void delete_atom(gmx_localtop_t *top, int inr);
  55 /* Delete an atom from a topology */
  56
  57 extern void replace_atom(gmx_localtop_t *top, int inr, char *anm, char *resnm,
  58                          real q, real m, int type);
  59 /* Replace an atom in a topology by someting else */