src/tools/addconf.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  34  */
  35 #include "typedefs.h"
  36
  37 #ifdef __cplusplus
  38 extern "C" {
  39 #endif
  40
  41 extern
  42 void add_conf(t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v, real **r, gmx_bool bSrenew,
  43               int ePBC, matrix box, gmx_bool bInsert,
  44               t_atoms *atoms_solvt, rvec *x_solvt, rvec *v_solvt, real *r_solvt,
  45               gmx_bool bVerbose, real rshell, int max_sol, const output_env_t oenv);
  46 /* Add two conformations together, without generating overlap.
  47  * When not inserting, don't check overlap in the middle of the box.
  48  * If rshell > 0, keep all the residues around the protein (0..natoms_prot-1)
  49  * that are within rshell distance.
  50  * If max_sol > 0, add max max_sol solvent molecules.
  51  */
  52
  53 #ifdef __cplusplus
  54 }
  55 #endif