src/testutils/simulationdatabase/one-tip5p.top

   1 #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
   2
   3 ; original reference: [M. W. Mahoney and W. L. Jorgensen, J. Chem. Phys. 112 , 2000]
   4 ;
   5 ; Note that there are various issues with tip5p and the different forcefields.
   6 ; Discussion is here: https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/1348
   7
   8 [ moleculetype ]
   9 ; molname       nrexcl
  10 SOL             2
  11
  12 [ atoms ]
  13 ; id    at type res nr  residu name     at name         cg nr   charge
  14 1       opls_118     1       SOL              OW             1       0
  15 2       opls_119     1       SOL             HW1             1       0.241
  16 3       opls_119     1       SOL             HW2             1       0.241
  17 4       opls_120     1       SOL             LP1             1      -0.241
  18 5       opls_120     1       SOL             LP2             1      -0.241
  19
  20 [ bonds ]
  21 ; i     j       funct   length  force.c.
  22 1       2       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  23 1       3       1       0.09572 502416.0 0.09572        502416.0
  24
  25 [ angles ]
  26 ; i     j       k       funct   angle   force.c.
  27 2       1       3       1       104.52  628.02  104.52  628.02
  28
  29 [ virtual_sites3 ]
  30 ; The position of the virtual site is computed as follows:
  31 ;
  32 ; The distance from OW to L is 0.07 nm, the geometry is tetrahedral
  33 ; (109.47 deg)
  34 ; Therefore, a = b = 0.07 * cos (109.47/2) / | xOH1 + xOH2 |
  35 ;            c = 0.07 * sin (109.47/2) / | xOH1 X xOH2 |
  36 ;
  37 ; Using | xOH1 X xOH2 | = | xOH1 | | xOH2 | sin (H1-O-H2)
  38 ;       | xOH1 + xOH2 | = 2 | xOH1 | cos (H1-O-H2)
  39 ; Vsite pos x4 = x1 + a*x21 + b*x31 + c*(x21 X x31)
  40
  41 ; Vsite from                    funct   a       b               c
  42 4       1       2       3       4       -0.344908  -0.344908  -6.4437903493
  43 5       1       2       3       4       -0.344908  -0.344908   6.4437903493
  44
  45 [ exclusions ]
  46 1       2       3       4       5
  47 2       1       3       4       5
  48 3       1       2       4       5
  49 4       1       2       3       5
  50 5       1       2       3       4
  51
  52 [ system ]
  53 1 TIP5P
  54
  55 [ molecules ]
  56 SOL 1