src/ngmx/ngmx.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gyas ROwers Mature At Cryogenic Speed
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <ctype.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "macros.h"
  44 #include "smalloc.h"
  45 #include "gmx_fatal.h"
  46 #include "typedefs.h"
  47 #include "string2.h"
  48 #include "statutil.h"
  49 #include "Xstuff.h"
  50 #include "gromacs.bm"
  51 #include "copyrite.h"
  52 #include "confio.h"
  53 #include "dialogs.h"
  54 #include "writeps.h"
  55 #include "molps.h"
  56 #include "nmol.h"
  57 #include "tpxio.h"
  58
  59 /* Forward declarations: I Don't want all that init shit here */
  60 void init_gmx(t_x11 *x11, char *program, int nfile, t_filenm fnm[],
  61               const output_env_t oenv);
  62
  63 static void dump_xw(char *dispname, Window w, char *fn)
  64 {
  65     char comm[256];
  66     int  rc;
  67
  68     sprintf(comm, "xwd -id %d -display %s > %s", (int)w, dispname, fn);
  69
  70 #ifdef GMX_NO_SYSTEM
  71     printf("Warning-- No calls to system(3) supported on this platform.");
  72     printf("Warning-- Skipping execution of 'system(\"%s\")'.", buf);
  73 #else
  74     rc = system(comm);
  75 #endif
  76 }
  77
  78 static void dump_it(t_manager *man)
  79 {
  80     t_psdata ps;
  81
  82     ps = ps_open("ngmx.ps", 0, 0, man->molw->wd.width, man->molw->wd.height);
  83     ps_draw_mol(ps, man);
  84     ps_close(ps);
  85 }
  86
  87 static void done_gmx(t_x11 *x11, t_gmx *gmx)
  88 {
  89     done_logo(x11, gmx->logo);
  90     done_pd(x11, gmx->pd);
  91     done_man(x11, gmx->man);
  92     done_dlgs(gmx);
  93     x11->UnRegisterCallback(x11, gmx->wd->self);
  94 }
  95
  96 static void move_gmx(t_x11 *x11, t_gmx *gmx, int width, int height,
  97                      gmx_bool bSizePD)
  98 {
  99     int y0, wl, hl;
 100 #ifdef DEBUG
 101     fprintf(stderr, "Move gmx %dx%d\n", width, height);
 102 #endif
 103     y0 = XTextHeight(x11->font);
 104     /* Resize PD-Menu */
 105     if (bSizePD)
 106     {
 107         XResizeWindow(x11->disp, gmx->pd->wd.self, width, y0);
 108     }
 109
 110     XMoveWindow(x11->disp, gmx->man->wd.self, 0, y0+1);
 111     XResizeWindow(x11->disp, gmx->man->wd.self, width, height-y0-1);
 112
 113     wl = gmx->logo->wd.width;
 114     hl = gmx->logo->wd.height;
 115     XMoveWindow(x11->disp, gmx->logo->wd.self, (width-wl)/2, (height-y0-hl)/2);
 116 }
 117
 118 static gmx_bool HandleClient(t_x11 *x11, int ID, t_gmx *gmx)
 119 {
 120     t_pulldown *pd;
 121
 122     pd = gmx->pd;
 123
 124     switch (ID)
 125     {
 126         /* File Menu */
 127         case IDDUMPWIN:
 128             write_gmx(x11, gmx, IDDODUMP);
 129             break;
 130         case IDDODUMP:
 131             if (gmx->man->bAnimate)
 132             {
 133                 hide_but(x11, gmx->man->vbox);
 134             }
 135             dump_it(gmx->man);
 136             if (gmx->man->bAnimate)
 137             {
 138                 show_but(x11, gmx->man->vbox);
 139             }
 140             break;
 141         case IDCLOSE:
 142         case IDIMPORT:
 143         case IDEXPORT:
 144             ShowDlg(gmx->dlgs[edExport]);
 145             break;
 146         case IDDOEXPORT:
 147             write_sto_conf(gmx->confout, *gmx->man->top.name,
 148                            &(gmx->man->top.atoms),
 149                            gmx->man->x, NULL, gmx->man->molw->ePBC, gmx->man->box);
 150             break;
 151         case IDQUIT:
 152             show_mb(gmx, emQuit);
 153             break;
 154         case IDTERM:
 155             done_gmx(x11, gmx);
 156             return TRUE;
 157
 158         /* Edit Menu */
 159         case IDEDITTOP:
 160             edit_file("topol.gmx");
 161             break;
 162         case IDEDITCOORDS:
 163             edit_file("confin.gmx");
 164             break;
 165         case IDEDITPARAMS:
 166             edit_file("mdparin.gmx");
 167             break;
 168
 169         /* Display Menu */
 170         case IDFILTER:
 171             if (gmx->filter)
 172             {
 173                 ShowDlg(gmx->dlgs[edFilter]);
 174             }
 175             break;
 176         case IDDOFILTER:
 177             do_filter(x11, gmx->man, gmx->filter);
 178             break;
 179         case IDANIMATE:
 180             check_pd_item(pd, IDANIMATE, toggle_animate(x11, gmx->man));
 181             break;
 182         case IDLABELSOFF:
 183             no_labels(x11, gmx->man);
 184             break;
 185         case IDRESETVIEW:
 186             reset_view(gmx->man->view);
 187             ExposeWin(x11->disp, gmx->man->molw->wd.self);
 188             break;
 189         case IDPHOTO:
 190             show_mb(gmx, emNotImplemented);
 191             break;
 192         case IDBONDOPTS:
 193             ShowDlg(gmx->dlgs[edBonds]);
 194             break;
 195         case IDTHIN:
 196             set_bond_type(x11, gmx->man->molw, eBThin);
 197             break;
 198         case IDFAT:
 199             set_bond_type(x11, gmx->man->molw, eBFat);
 200             break;
 201         case IDVERYFAT:
 202             set_bond_type(x11, gmx->man->molw, eBVeryFat);
 203             break;
 204         case IDBALLS:
 205             set_bond_type(x11, gmx->man->molw, eBSpheres);
 206             break;
 207         case IDNOBOX:
 208             set_box_type(x11, gmx->man->molw, esbNone);
 209             break;
 210         case IDRECTBOX:
 211             set_box_type(x11, gmx->man->molw, esbRect);
 212             break;
 213         case IDTRIBOX:
 214             set_box_type(x11, gmx->man->molw, esbTri);
 215             break;
 216         case IDTOBOX:
 217             set_box_type(x11, gmx->man->molw, esbTrunc);
 218             break;
 219
 220         /* Analysis Menu */
 221         case IDBOND:
 222         case IDANGLE:
 223         case IDDIH:
 224         case IDRMS:
 225         case IDRDF:
 226         case IDENERGIES:
 227         case IDCORR:
 228             show_mb(gmx, emNotImplemented);
 229             break;
 230
 231         /* Help Menu */
 232         case IDHELP:
 233             show_mb(gmx, emHelp);
 234             break;
 235         case IDABOUT:
 236             show_logo(x11, gmx->logo);
 237             break;
 238
 239         default:
 240             break;
 241     }
 242     return FALSE;
 243 }
 244
 245 static gmx_bool MainCallBack(t_x11 *x11, XEvent *event, Window w, void *data)
 246 {
 247     t_gmx    *gmx;
 248     int       nsel, width, height;
 249     gmx_bool  result;
 250
 251     result = FALSE;
 252     gmx    = (t_gmx *)data;
 253     switch (event->type)
 254     {
 255         case ButtonRelease:
 256             hide_pd(x11, gmx->pd);
 257             break;
 258         case ConfigureNotify:
 259             width  = event->xconfigure.width;
 260             height = event->xconfigure.height;
 261             if ((width != gmx->wd->width) || (height != gmx->wd->height))
 262             {
 263                 move_gmx(x11, gmx, width, height, TRUE);
 264             }
 265             break;
 266         case ClientMessage:
 267             hide_pd(x11, gmx->pd);
 268             nsel   = event->xclient.data.l[0];
 269             result = HandleClient(x11, nsel, gmx);
 270             break;
 271         default:
 272             break;
 273     }
 274     return result;
 275 }
 276
 277 int main(int argc, char *argv[])
 278 {
 279     const char  *desc[] = {
 280         "[TT]ngmx[tt] is the GROMACS trajectory viewer. This program reads a",
 281         "trajectory file, a run input file and an index file and plots a",
 282         "3D structure of your molecule on your standard X Window",
 283         "screen. No need for a high end graphics workstation, it even",
 284         "works on Monochrome screens.[PAR]",
 285         "The following features have been implemented:",
 286         "3D view, rotation, translation and scaling of your molecule(s),",
 287         "labels on atoms, animation of trajectories,",
 288         "hardcopy in PostScript format, user defined atom-filters",
 289         "runs on MIT-X (real X), open windows and motif,",
 290         "user friendly menus, option to remove periodicity, option to",
 291         "show computational box.[PAR]",
 292         "Some of the more common X command line options can be used: ",
 293         "[TT]-bg[tt], [TT]-fg[tt] change colors, [TT]-font fontname[tt] changes the font."
 294     };
 295     const char  *bugs[] = {
 296         "Balls option does not work",
 297         "Some times dumps core without a good reason"
 298     };
 299
 300     output_env_t oenv;
 301     t_x11       *x11;
 302     t_filenm     fnm[] = {
 303         { efTRX, "-f", NULL, ffREAD },
 304         { efTPX, NULL, NULL, ffREAD },
 305         { efNDX, NULL, NULL, ffOPTRD }
 306     };
 307 #define NFILE asize(fnm)
 308
 309     CopyRight(stderr, argv[0]);
 310     parse_common_args(&argc, argv, PCA_CAN_TIME, NFILE, fnm,
 311                       0, NULL, asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv);
 312
 313     if ((x11 = GetX11(&argc, argv)) == NULL)
 314     {
 315         fprintf(stderr, "Can't connect to X Server.\n"
 316                 "Check your DISPLAY environment variable\n");
 317         exit(1);
 318     }
 319     init_gmx(x11, argv[0], NFILE, fnm, oenv);
 320
 321     x11->MainLoop(x11);
 322     x11->CleanUp(x11);
 323
 324     thanx(stderr);
 325
 326     return 0;
 327 }
 328
 329 static t_mentry  FileMenu[] = {
 330     { 0,  IDEXPORT,   FALSE,  "Export..." },
 331     { 0,  IDDUMPWIN,  FALSE,  "Print"     },
 332     { 0,  IDQUIT,     FALSE,  "Quit"      }
 333 };
 334
 335 static t_mentry  DispMenu[] = {
 336     { 0,  IDFILTER,   FALSE,  "Filter..." },
 337     { 0,  IDANIMATE,  FALSE,  "Animate"   },
 338     { 0,  IDLABELSOFF,    FALSE,  "Labels Off"},
 339     { 0,  IDRESETVIEW,    FALSE,  "Reset View"},
 340     { 0,  IDBONDOPTS,     FALSE,  "Options..."}
 341 };
 342
 343 static t_mentry  HelpMenu[] = {
 344     { 0,  IDHELP,     FALSE,  "Help"             },
 345     { 0,  IDABOUT,    FALSE,  "About Gromacs..." }
 346 };
 347
 348 static t_mentry *gmx_pd[] = { FileMenu, DispMenu, HelpMenu };
 349
 350 #define MSIZE asize(gmx_pd)
 351
 352 static int         gmx_pd_size[MSIZE] = {
 353     asize(FileMenu), asize(DispMenu), asize(HelpMenu)
 354 };
 355
 356 static const char *MenuTitle[MSIZE] = {
 357     "File", "Display", "Help"
 358 };
 359
 360 void init_gmx(t_x11 *x11, char *program, int nfile, t_filenm fnm[],
 361               const output_env_t oenv)
 362 {
 363     Pixmap                pm;
 364     t_gmx                *gmx;
 365     XSizeHints            hints;
 366     int                   w0, h0;
 367     int                   natom, nre, natom_trx;
 368     t_topology            top;
 369     int                   ePBC;
 370     matrix                box;
 371     t_trxframe            fr;
 372     t_trxstatus          *status;
 373     char                  quote[256];
 374
 375     snew(gmx, 1);
 376     snew(gmx->wd, 1);
 377
 378     ePBC = read_tpx_top(ftp2fn(efTPX, nfile, fnm),
 379                         NULL, box, &natom, NULL, NULL, NULL, &top);
 380
 381     read_first_frame(oenv, &status, ftp2fn(efTRX, nfile, fnm), &fr, TRX_DONT_SKIP);
 382     close_trx(status);
 383     natom_trx = fr.natoms;
 384
 385     /* Creates a simple window */
 386     w0 = DisplayWidth(x11->disp, x11->screen)-132;
 387     h0 = DisplayHeight(x11->disp, x11->screen)-140;
 388     bromacs(quote, 255);
 389     InitWin(gmx->wd, 0, 0, w0, h0, 3, quote);
 390     gmx->wd->self = XCreateSimpleWindow(x11->disp, x11->root,
 391                                         gmx->wd->x, gmx->wd->y,
 392                                         gmx->wd->width, gmx->wd->height,
 393                                         gmx->wd->bwidth, WHITE, BLACK);
 394     pm = XCreatePixmapFromBitmapData(x11->disp, x11->root,
 395                                      (char *)gromacs_bits, gromacs_width,
 396                                      gromacs_height,
 397                                      WHITE, BLACK, 1);
 398     hints.flags      = PMinSize;
 399     hints.min_width  = 2*EWIDTH+40;
 400     hints.min_height = EHEIGHT+LDHEIGHT+LEGHEIGHT+40;
 401     XSetStandardProperties(x11->disp, gmx->wd->self, gmx->wd->text, program,
 402                            pm, NULL, 0, &hints);
 403
 404     x11->RegisterCallback(x11, gmx->wd->self, x11->root, MainCallBack, gmx);
 405     x11->SetInputMask(x11, gmx->wd->self,
 406                       ButtonPressMask     | ButtonReleaseMask |
 407                       OwnerGrabButtonMask | ExposureMask      |
 408                       StructureNotifyMask);
 409
 410     /* The order of creating windows is important here! */
 411     /* Manager */
 412     gmx->man  = init_man(x11, gmx->wd->self, 0, 0, 1, 1, WHITE, BLACK, ePBC, box, oenv);
 413     gmx->logo = init_logo(x11, gmx->wd->self, FALSE);
 414
 415     /* Now put all windows in the proper place */
 416     move_gmx(x11, gmx, w0, h0, FALSE);
 417
 418     XMapWindow(x11->disp, gmx->wd->self);
 419     map_man(x11, gmx->man);
 420
 421     /* Pull Down menu */
 422     gmx->pd = init_pd(x11, gmx->wd->self, gmx->wd->width,
 423                       XTextHeight(x11->font), x11->fg, x11->bg,
 424                       MSIZE, gmx_pd_size, gmx_pd, MenuTitle);
 425
 426     /* Dialogs & Filters */
 427
 428     gmx->filter = init_filter(&(top.atoms), ftp2fn_null(efNDX, nfile, fnm),
 429                               natom_trx);
 430
 431     init_dlgs(x11, gmx);
 432
 433     /* Now do file shit */
 434     set_file(x11, gmx->man, ftp2fn(efTRX, nfile, fnm), ftp2fn(efTPX, nfile, fnm));
 435
 436     /*show_logo(x11,gmx->logo);*/
 437
 438     ShowDlg(gmx->dlgs[edFilter]);
 439 }