src/gromacs/trajectoryanalysis/analysissettings.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2011,2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements classes in analysissettings.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_trajectoryanalysis
  41  */
  42 #include "analysissettings.h"
  43
  44 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  47 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  48
  49 #include "analysissettings-impl.h"
  50
  51 namespace gmx
  52 {
  53
  54
  55 /********************************************************************
  56  * TrajectoryAnalysisSettings
  57  */
  58
  59 TrajectoryAnalysisSettings::TrajectoryAnalysisSettings()
  60     : impl_(new Impl)
  61 {
  62     impl_->frflags |= TRX_NEED_X;
  63 }
  64
  65
  66 TrajectoryAnalysisSettings::~TrajectoryAnalysisSettings()
  67 {
  68 }
  69
  70
  71 const TimeUnitManager &
  72 TrajectoryAnalysisSettings::timeUnitManager() const
  73 {
  74     return impl_->timeUnitManager;
  75 }
  76
  77
  78 const AnalysisDataPlotSettings &
  79 TrajectoryAnalysisSettings::plotSettings() const
  80 {
  81     return impl_->plotSettings;
  82 }
  83
  84
  85 unsigned long
  86 TrajectoryAnalysisSettings::flags() const
  87 {
  88     return impl_->flags;
  89 }
  90
  91
  92 bool
  93 TrajectoryAnalysisSettings::hasFlag(unsigned long flag) const
  94 {
  95     return impl_->flags & flag;
  96 }
  97
  98
  99 bool
 100 TrajectoryAnalysisSettings::hasPBC() const
 101 {
 102     return impl_->bPBC;
 103 }
 104
 105
 106 bool
 107 TrajectoryAnalysisSettings::hasRmPBC() const
 108 {
 109     return impl_->bRmPBC;
 110 }
 111
 112
 113 int
 114 TrajectoryAnalysisSettings::frflags() const
 115 {
 116     return impl_->frflags;
 117 }
 118
 119
 120 void
 121 TrajectoryAnalysisSettings::setFlags(unsigned long flags)
 122 {
 123     impl_->flags = flags;
 124 }
 125
 126
 127 void
 128 TrajectoryAnalysisSettings::setFlag(unsigned long flag, bool bSet)
 129 {
 130     if (bSet)
 131     {
 132         impl_->flags |= flag;
 133     }
 134     else
 135     {
 136         impl_->flags &= ~flag;
 137     }
 138 }
 139
 140
 141 void
 142 TrajectoryAnalysisSettings::setPBC(bool bPBC)
 143 {
 144     impl_->bPBC = bPBC;
 145 }
 146
 147
 148 void
 149 TrajectoryAnalysisSettings::setRmPBC(bool bRmPBC)
 150 {
 151     impl_->bRmPBC = bRmPBC;
 152 }
 153
 154
 155 void
 156 TrajectoryAnalysisSettings::setFrameFlags(int frflags)
 157 {
 158     impl_->frflags = frflags;
 159 }
 160
 161
 162 /********************************************************************
 163  * TopologyInformation
 164  */
 165
 166 TopologyInformation::TopologyInformation()
 167     : top_(NULL), bTop_(false), xtop_(NULL), ePBC_(-1)
 168 {
 169     clear_mat(boxtop_);
 170 }
 171
 172
 173 TopologyInformation::~TopologyInformation()
 174 {
 175     if (top_)
 176     {
 177         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
 178         done_top(top_);
 179         sfree(top_);
 180     }
 181     sfree(xtop_);
 182 }
 183
 184
 185 void
 186 TopologyInformation::getTopologyConf(rvec **x, matrix box) const
 187 {
 188     if (box)
 189     {
 190         copy_mat(const_cast<rvec *>(boxtop_), box);
 191     }
 192     if (x)
 193     {
 194         if (!xtop_)
 195         {
 196             *x = NULL;
 197             GMX_THROW(APIError("Topology coordinates requested without setting efUseTopX"));
 198         }
 199         *x = xtop_;
 200     }
 201 }
 202
 203 } // namespace gmx