src/gromacs/tools/dump.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2013, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "dump.h"
  40
  41 #include "config.h"
  42
  43 #include <cassert>
  44 #include <cmath>
  45 #include <cstdio>
  46 #include <cstring>
  47
  48 #include "gromacs/commandline/pargs.h"
  49 #include "gromacs/fileio/checkpoint.h"
  50 #include "gromacs/fileio/enxio.h"
  51 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  52 #include "gromacs/fileio/mtxio.h"
  53 #include "gromacs/fileio/tngio.h"
  54 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  55 #include "gromacs/fileio/trrio.h"
  56 #include "gromacs/fileio/xtcio.h"
  57 #include "gromacs/gmxpreprocess/gmxcpp.h"
  58 #include "gromacs/linearalgebra/sparsematrix.h"
  59 #include "gromacs/math/vecdump.h"
  60 #include "gromacs/mdrunutility/mdmodules.h"
  61 #include "gromacs/mdtypes/forcerec.h"
  62 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  63 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  64 #include "gromacs/mdtypes/state.h"
  65 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  66 #include "gromacs/topology/topology.h"
  67 #include "gromacs/trajectory/energyframe.h"
  68 #include "gromacs/trajectory/trajectoryframe.h"
  69 #include "gromacs/utility/arraysize.h"
  70 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  71 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  72 #include "gromacs/utility/futil.h"
  73 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  74 #include "gromacs/utility/txtdump.h"
  75
  76 static void list_tpx(const char *fn,
  77                      gmx_bool    bShowNumbers,
  78                      gmx_bool    bShowParameters,
  79                      const char *mdpfn,
  80                      gmx_bool    bSysTop,
  81                      gmx_bool    bOriginalInputrec)
  82 {
  83     FILE         *gp;
  84     int           indent, i, j, **gcount, atot;
  85     t_state       state;
  86     t_tpxheader   tpx;
  87     gmx_mtop_t    mtop;
  88     t_topology    top;
  89
  90     read_tpxheader(fn, &tpx, TRUE);
  91     t_inputrec     ir;
  92     read_tpx_state(fn,
  93                    tpx.bIr ? &ir : nullptr,
  94                    &state,
  95                    tpx.bTop ? &mtop : nullptr);
  96     if (tpx.bIr && !bOriginalInputrec)
  97     {
  98         gmx::MDModules().adjustInputrecBasedOnModules(&ir);
  99     }
 100
 101     if (mdpfn && tpx.bIr)
 102     {
 103         gp = gmx_fio_fopen(mdpfn, "w");
 104         pr_inputrec(gp, 0, nullptr, &ir, TRUE);
 105         gmx_fio_fclose(gp);
 106     }
 107
 108     if (!mdpfn)
 109     {
 110         if (bSysTop)
 111         {
 112             top = gmx_mtop_t_to_t_topology(&mtop, false);
 113         }
 114
 115         if (available(stdout, &tpx, 0, fn))
 116         {
 117             indent = 0;
 118             pr_title(stdout, indent, fn);
 119             pr_inputrec(stdout, 0, "inputrec", tpx.bIr ? &ir : nullptr, FALSE);
 120
 121             pr_tpxheader(stdout, indent, "header", &(tpx));
 122
 123             if (!bSysTop)
 124             {
 125                 pr_mtop(stdout, indent, "topology", &(mtop), bShowNumbers, bShowParameters);
 126             }
 127             else
 128             {
 129                 pr_top(stdout, indent, "topology", &(top), bShowNumbers, bShowParameters);
 130             }
 131
 132             pr_rvecs(stdout, indent, "box", tpx.bBox ? state.box : nullptr, DIM);
 133             pr_rvecs(stdout, indent, "box_rel", tpx.bBox ? state.box_rel : nullptr, DIM);
 134             pr_rvecs(stdout, indent, "boxv", tpx.bBox ? state.boxv : nullptr, DIM);
 135             pr_rvecs(stdout, indent, "pres_prev", tpx.bBox ? state.pres_prev : nullptr, DIM);
 136             pr_rvecs(stdout, indent, "svir_prev", tpx.bBox ? state.svir_prev : nullptr, DIM);
 137             pr_rvecs(stdout, indent, "fvir_prev", tpx.bBox ? state.fvir_prev : nullptr, DIM);
 138             /* leave nosehoover_xi in for now to match the tpr version */
 139             pr_doubles(stdout, indent, "nosehoover_xi", state.nosehoover_xi.data(), state.ngtc);
 140             /*pr_doubles(stdout,indent,"nosehoover_vxi",state.nosehoover_vxi,state.ngtc);*/
 141             /*pr_doubles(stdout,indent,"therm_integral",state.therm_integral,state.ngtc);*/
 142             pr_rvecs(stdout, indent, "x", tpx.bX ? state.x.rvec_array() : nullptr, state.natoms);
 143             pr_rvecs(stdout, indent, "v", tpx.bV ? state.v.rvec_array() : nullptr, state.natoms);
 144         }
 145
 146         const gmx_groups_t &groups = mtop.groups;
 147
 148         snew(gcount, egcNR);
 149         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 150         {
 151             snew(gcount[i], groups.grps[i].nr);
 152         }
 153
 154         for (i = 0; (i < mtop.natoms); i++)
 155         {
 156             for (j = 0; (j < egcNR); j++)
 157             {
 158                 gcount[j][getGroupType(groups, j, i)]++;
 159             }
 160         }
 161         printf("Group statistics\n");
 162         for (i = 0; (i < egcNR); i++)
 163         {
 164             atot = 0;
 165             printf("%-12s: ", gtypes[i]);
 166             for (j = 0; (j < groups.grps[i].nr); j++)
 167             {
 168                 printf("  %5d", gcount[i][j]);
 169                 atot += gcount[i][j];
 170             }
 171             printf("  (total %d atoms)\n", atot);
 172             sfree(gcount[i]);
 173         }
 174         sfree(gcount);
 175     }
 176 }
 177
 178 static void list_top(const char *fn)
 179 {
 180     int       status, done;
 181 #define BUFLEN 256
 182     char      buf[BUFLEN];
 183     gmx_cpp_t handle;
 184     char     *cppopts[] = { nullptr };
 185
 186     status = cpp_open_file(fn, &handle, cppopts);
 187     if (status != 0)
 188     {
 189         gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 190     }
 191     do
 192     {
 193         status = cpp_read_line(&handle, BUFLEN, buf);
 194         done   = static_cast<int>(status == eCPP_EOF);
 195         if (!done)
 196         {
 197             if (status != eCPP_OK)
 198             {
 199                 gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 200             }
 201             else
 202             {
 203                 printf("%s\n", buf);
 204             }
 205         }
 206     }
 207     while (done == 0);
 208     status = cpp_close_file(&handle);
 209     if (status != eCPP_OK)
 210     {
 211         gmx_fatal(FARGS, "%s", cpp_error(&handle, status));
 212     }
 213 }
 214
 215 static void list_trr(const char *fn)
 216 {
 217     t_fileio         *fpread;
 218     int               nframe, indent;
 219     char              buf[256];
 220     rvec             *x, *v, *f;
 221     matrix            box;
 222     gmx_trr_header_t  trrheader;
 223     gmx_bool          bOK;
 224
 225     fpread  = gmx_trr_open(fn, "r");
 226
 227     nframe = 0;
 228     while (gmx_trr_read_frame_header(fpread, &trrheader, &bOK))
 229     {
 230         snew(x, trrheader.natoms);
 231         snew(v, trrheader.natoms);
 232         snew(f, trrheader.natoms);
 233         if (gmx_trr_read_frame_data(fpread, &trrheader,
 234                                     trrheader.box_size ? box : nullptr,
 235                                     trrheader.x_size   ? x : nullptr,
 236                                     trrheader.v_size   ? v : nullptr,
 237                                     trrheader.f_size   ? f : nullptr))
 238         {
 239             sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 240             indent = 0;
 241             indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 242             pr_indent(stdout, indent);
 243             fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e  lambda=%10g\n",
 244                     trrheader.natoms, trrheader.step, trrheader.t, trrheader.lambda);
 245             if (trrheader.box_size)
 246             {
 247                 pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 248             }
 249             if (trrheader.x_size)
 250             {
 251                 pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, trrheader.natoms);
 252             }
 253             if (trrheader.v_size)
 254             {
 255                 pr_rvecs(stdout, indent, "v", v, trrheader.natoms);
 256             }
 257             if (trrheader.f_size)
 258             {
 259                 pr_rvecs(stdout, indent, "f", f, trrheader.natoms);
 260             }
 261         }
 262         else
 263         {
 264             fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame: nr %d, t=%g\n",
 265                     nframe, trrheader.t);
 266         }
 267
 268         sfree(x);
 269         sfree(v);
 270         sfree(f);
 271         nframe++;
 272     }
 273     if (!bOK)
 274     {
 275         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame header: nr %d, t=%g\n",
 276                 nframe, trrheader.t);
 277     }
 278     gmx_trr_close(fpread);
 279 }
 280
 281 static void list_xtc(const char *fn)
 282 {
 283     t_fileio   *xd;
 284     int         indent;
 285     char        buf[256];
 286     rvec       *x;
 287     matrix      box;
 288     int         nframe, natoms;
 289     int64_t     step;
 290     real        prec, time;
 291     gmx_bool    bOK;
 292
 293     xd = open_xtc(fn, "r");
 294     read_first_xtc(xd, &natoms, &step, &time, box, &x, &prec, &bOK);
 295
 296     nframe = 0;
 297     do
 298     {
 299         sprintf(buf, "%s frame %d", fn, nframe);
 300         indent = 0;
 301         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 302         pr_indent(stdout, indent);
 303         fprintf(stdout, "natoms=%10d  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e  prec=%10g\n",
 304                 natoms, step, time, prec);
 305         pr_rvecs(stdout, indent, "box", box, DIM);
 306         pr_rvecs(stdout, indent, "x", x, natoms);
 307         nframe++;
 308     }
 309     while (read_next_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec, &bOK) != 0);
 310     if (!bOK)
 311     {
 312         fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g\n", time);
 313     }
 314     sfree(x);
 315     close_xtc(xd);
 316 }
 317
 318 #if GMX_USE_TNG
 319
 320 /*! \brief Callback used by list_tng_for_gmx_dump. */
 321 static void list_tng_inner(const char *fn,
 322                            gmx_bool    bFirstFrame,
 323                            real       *values,
 324                            int64_t     step,
 325                            double      frame_time,
 326                            int64_t     n_values_per_frame,
 327                            int64_t     n_atoms,
 328                            real        prec,
 329                            int64_t     nframe,
 330                            char       *block_name)
 331 {
 332     char                 buf[256];
 333     int                  indent = 0;
 334
 335     if (bFirstFrame)
 336     {
 337         sprintf(buf, "%s frame %" PRId64, fn, nframe);
 338         indent = 0;
 339         indent = pr_title(stdout, indent, buf);
 340         pr_indent(stdout, indent);
 341         fprintf(stdout, "natoms=%10" PRId64 "  step=%10" PRId64 "  time=%12.7e",
 342                 n_atoms, step, frame_time);
 343         if (prec > 0)
 344         {
 345             fprintf(stdout, "  prec=%10g", prec);
 346         }
 347         fprintf(stdout, "\n");
 348     }
 349     pr_reals_of_dim(stdout, indent, block_name, values, n_atoms, n_values_per_frame);
 350 }
 351
 352 #endif
 353
 354 static void list_tng(const char gmx_unused *fn)
 355 {
 356 #if GMX_USE_TNG
 357     gmx_tng_trajectory_t tng;
 358     int64_t              nframe = 0;
 359     int64_t              i, *block_ids = nullptr, step, ndatablocks;
 360     gmx_bool             bOK;
 361     real                *values = nullptr;
 362
 363     gmx_tng_open(fn, 'r', &tng);
 364     gmx_print_tng_molecule_system(tng, stdout);
 365
 366     bOK    = gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, -1,
 367                                                         0,
 368                                                         nullptr,
 369                                                         &step, &ndatablocks,
 370                                                         &block_ids);
 371     do
 372     {
 373         for (i = 0; i < ndatablocks; i++)
 374         {
 375             double               frame_time;
 376             real                 prec;
 377             int64_t              n_values_per_frame, n_atoms;
 378             char                 block_name[STRLEN];
 379
 380             gmx_get_tng_data_next_frame_of_block_type(tng, block_ids[i], &values,
 381                                                       &step, &frame_time,
 382                                                       &n_values_per_frame, &n_atoms,
 383                                                       &prec,
 384                                                       block_name, STRLEN, &bOK);
 385             if (!bOK)
 386             {
 387                 /* Can't write any output because we don't know what
 388                    arrays are valid. */
 389                 fprintf(stderr, "\nWARNING: Incomplete frame at time %g, will not write output\n", frame_time);
 390             }
 391             else
 392             {
 393                 list_tng_inner(fn, (0 == i), values, step, frame_time,
 394                                n_values_per_frame, n_atoms, prec, nframe, block_name);
 395             }
 396         }
 397         nframe++;
 398     }
 399     while (gmx_get_tng_data_block_types_of_next_frame(tng, step,
 400                                                       0,
 401                                                       nullptr,
 402                                                       &step,
 403                                                       &ndatablocks,
 404                                                       &block_ids));
 405
 406     if (block_ids)
 407     {
 408         sfree(block_ids);
 409     }
 410     sfree(values);
 411     gmx_tng_close(&tng);
 412 #endif
 413 }
 414
 415 static void list_trx(const char *fn)
 416 {
 417     switch (fn2ftp(fn))
 418     {
 419         case efXTC:
 420             list_xtc(fn);
 421             break;
 422         case efTRR:
 423             list_trr(fn);
 424             break;
 425         case efTNG:
 426             list_tng(fn);
 427             break;
 428         default:
 429             fprintf(stderr, "File %s is of an unsupported type. Try using the command\n 'less %s'\n",
 430                     fn, fn);
 431     }
 432 }
 433
 434 static void list_ene(const char *fn)
 435 {
 436     ener_file_t    in;
 437     gmx_bool       bCont;
 438     gmx_enxnm_t   *enm = nullptr;
 439     t_enxframe    *fr;
 440     int            i, j, nre, b;
 441     char           buf[22];
 442
 443     printf("gmx dump: %s\n", fn);
 444     in = open_enx(fn, "r");
 445     do_enxnms(in, &nre, &enm);
 446     assert(enm);
 447
 448     printf("energy components:\n");
 449     for (i = 0; (i < nre); i++)
 450     {
 451         printf("%5d  %-24s (%s)\n", i, enm[i].name, enm[i].unit);
 452     }
 453
 454     snew(fr, 1);
 455     do
 456     {
 457         bCont = do_enx(in, fr);
 458
 459         if (bCont)
 460         {
 461             printf("\n%24s  %12.5e  %12s  %12s\n", "time:",
 462                    fr->t, "step:", gmx_step_str(fr->step, buf));
 463             printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 464                    "", "", "nsteps:", gmx_step_str(fr->nsteps, buf));
 465             printf("%24s  %12.5e  %12s  %12s\n",
 466                    "delta_t:", fr->dt, "sum steps:", gmx_step_str(fr->nsum, buf));
 467             if (fr->nre == nre)
 468             {
 469                 printf("%24s  %12s  %12s  %12s\n",
 470                        "Component", "Energy", "Av. Energy", "Sum Energy");
 471                 if (fr->nsum > 0)
 472                 {
 473                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 474                     {
 475                         printf("%24s  %12.5e  %12.5e  %12.5e\n",
 476                                enm[i].name, fr->ener[i].e, fr->ener[i].eav,
 477                                fr->ener[i].esum);
 478                     }
 479                 }
 480                 else
 481                 {
 482                     for (i = 0; (i < nre); i++)
 483                     {
 484                         printf("%24s  %12.5e\n",
 485                                enm[i].name, fr->ener[i].e);
 486                     }
 487                 }
 488             }
 489             for (b = 0; b < fr->nblock; b++)
 490             {
 491                 const char *typestr = "";
 492
 493                 t_enxblock *eb = &(fr->block[b]);
 494                 printf("Block data %2d (%3d subblocks, id=%d)\n",
 495                        b, eb->nsub, eb->id);
 496
 497                 if (eb->id < enxNR)
 498                 {
 499                     typestr = enx_block_id_name[eb->id];
 500                 }
 501                 printf("  id='%s'\n", typestr);
 502                 for (i = 0; i < eb->nsub; i++)
 503                 {
 504                     t_enxsubblock *sb = &(eb->sub[i]);
 505                     printf("  Sub block %3d (%5d elems, type=%s) values:\n",
 506                            i, sb->nr, xdr_datatype_names[sb->type]);
 507
 508                     switch (sb->type)
 509                     {
 510                         case xdr_datatype_float:
 511                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 512                             {
 513                                 printf("%14d   %8.4f\n", j, sb->fval[j]);
 514                             }
 515                             break;
 516                         case xdr_datatype_double:
 517                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 518                             {
 519                                 printf("%14d   %10.6f\n", j, sb->dval[j]);
 520                             }
 521                             break;
 522                         case xdr_datatype_int:
 523                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 524                             {
 525                                 printf("%14d %10d\n", j, sb->ival[j]);
 526                             }
 527                             break;
 528                         case xdr_datatype_int64:
 529                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 530                             {
 531                                 printf("%14d %s\n",
 532                                        j, gmx_step_str(sb->lval[j], buf));
 533                             }
 534                             break;
 535                         case xdr_datatype_char:
 536                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 537                             {
 538                                 printf("%14d %1c\n", j, sb->cval[j]);
 539                             }
 540                             break;
 541                         case xdr_datatype_string:
 542                             for (j = 0; j < sb->nr; j++)
 543                             {
 544                                 printf("%14d %80s\n", j, sb->sval[j]);
 545                             }
 546                             break;
 547                         default:
 548                             gmx_incons("Unknown subblock type");
 549                     }
 550                 }
 551             }
 552         }
 553     }
 554     while (bCont);
 555
 556     close_enx(in);
 557
 558     free_enxframe(fr);
 559     sfree(fr);
 560     sfree(enm);
 561 }
 562
 563 static void list_mtx(const char *fn)
 564 {
 565     int                  nrow, ncol, i, j, k;
 566     real                *full   = nullptr, value;
 567     gmx_sparsematrix_t * sparse = nullptr;
 568
 569     gmx_mtxio_read(fn, &nrow, &ncol, &full, &sparse);
 570
 571     if (full == nullptr)
 572     {
 573         snew(full, nrow*ncol);
 574         for (i = 0; i < nrow*ncol; i++)
 575         {
 576             full[i] = 0;
 577         }
 578
 579         for (i = 0; i < sparse->nrow; i++)
 580         {
 581             for (j = 0; j < sparse->ndata[i]; j++)
 582             {
 583                 k              = sparse->data[i][j].col;
 584                 value          = sparse->data[i][j].value;
 585                 full[i*ncol+k] = value;
 586                 full[k*ncol+i] = value;
 587             }
 588         }
 589         gmx_sparsematrix_destroy(sparse);
 590     }
 591
 592     printf("%d %d\n", nrow, ncol);
 593     for (i = 0; i < nrow; i++)
 594     {
 595         for (j = 0; j < ncol; j++)
 596         {
 597             printf(" %g", full[i*ncol+j]);
 598         }
 599         printf("\n");
 600     }
 601
 602     sfree(full);
 603 }
 604
 605 int gmx_dump(int argc, char *argv[])
 606 {
 607     const char *desc[] = {
 608         "[THISMODULE] reads a run input file ([REF].tpr[ref]),",
 609         "a trajectory ([REF].trr[ref]/[REF].xtc[ref]/[TT]/tng[tt]), an energy",
 610         "file ([REF].edr[ref]) or a checkpoint file ([REF].cpt[ref])",
 611         "and prints that to standard output in a readable format.",
 612         "This program is essential for checking your run input file in case of",
 613         "problems.[PAR]",
 614         "The program can also preprocess a topology to help finding problems.",
 615         "Note that currently setting [TT]GMXLIB[tt] is the only way to customize",
 616         "directories used for searching include files.",
 617     };
 618     const char *bugs[] = {
 619         "Position restraint output from -sys -s is broken"
 620     };
 621     t_filenm    fnm[] = {
 622         { efTPR, "-s", nullptr, ffOPTRD },
 623         { efTRX, "-f", nullptr, ffOPTRD },
 624         { efEDR, "-e", nullptr, ffOPTRD },
 625         { efCPT, nullptr, nullptr, ffOPTRD },
 626         { efTOP, "-p", nullptr, ffOPTRD },
 627         { efMTX, "-mtx", "hessian", ffOPTRD },
 628         { efMDP, "-om", nullptr, ffOPTWR }
 629     };
 630 #define NFILE asize(fnm)
 631
 632     gmx_output_env_t *oenv;
 633     /* Command line options */
 634     gmx_bool          bShowNumbers      = TRUE;
 635     gmx_bool          bShowParams       = FALSE;
 636     gmx_bool          bSysTop           = FALSE;
 637     gmx_bool          bOriginalInputrec = FALSE;
 638     t_pargs           pa[]              = {
 639         { "-nr", FALSE, etBOOL, {&bShowNumbers}, "Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)" },
 640         { "-param", FALSE, etBOOL, {&bShowParams}, "Show parameters for each bonded interaction (for comparing dumps, it is useful to combine this with -nonr)" },
 641         { "-sys", FALSE, etBOOL, {&bSysTop}, "List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type" },
 642         { "-orgir", FALSE, etBOOL, {&bOriginalInputrec}, "Show input parameters from tpr as they were written by the version that produced the file, instead of how the current version reads them" }
 643     };
 644
 645     if (!parse_common_args(&argc, argv, 0, NFILE, fnm, asize(pa), pa,
 646                            asize(desc), desc, asize(bugs), bugs, &oenv))
 647     {
 648         return 0;
 649     }
 650
 651
 652     if (ftp2bSet(efTPR, NFILE, fnm))
 653     {
 654         list_tpx(ftp2fn(efTPR, NFILE, fnm), bShowNumbers, bShowParams,
 655                  ftp2fn_null(efMDP, NFILE, fnm), bSysTop, bOriginalInputrec);
 656     }
 657     else if (ftp2bSet(efTRX, NFILE, fnm))
 658     {
 659         list_trx(ftp2fn(efTRX, NFILE, fnm));
 660     }
 661     else if (ftp2bSet(efEDR, NFILE, fnm))
 662     {
 663         list_ene(ftp2fn(efEDR, NFILE, fnm));
 664     }
 665     else if (ftp2bSet(efCPT, NFILE, fnm))
 666     {
 667         list_checkpoint(ftp2fn(efCPT, NFILE, fnm), stdout);
 668     }
 669     else if (ftp2bSet(efTOP, NFILE, fnm))
 670     {
 671         list_top(ftp2fn(efTOP, NFILE, fnm));
 672     }
 673     else if (ftp2bSet(efMTX, NFILE, fnm))
 674     {
 675         list_mtx(ftp2fn(efMTX, NFILE, fnm));
 676     }
 677
 678     return 0;
 679 }