src/gromacs/selection/tests/toputils.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2013, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Implements test helper routines from toputils.h.
  38  *
  39  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
  40  * \ingroup module_selection
  41  */
  42 #include "toputils.h"
  43
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/legacyheaders/smalloc.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/statutil.h"
  48 #include "gromacs/legacyheaders/string2.h"
  49 #include "gromacs/fileio/tpxio.h"
  50 #include "gromacs/fileio/trxio.h"
  51 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  52 #include "gromacs/legacyheaders/vec.h"
  53
  54 #include "gromacs/utility/gmxassert.h"
  55
  56 #include "testutils/testfilemanager.h"
  57
  58 namespace gmx
  59 {
  60 namespace test
  61 {
  62
  63 TopologyManager::TopologyManager()
  64     : top_(NULL), frame_(NULL)
  65 {
  66 }
  67
  68 TopologyManager::~TopologyManager()
  69 {
  70     if (top_ != NULL)
  71     {
  72         free_t_atoms(&top_->atoms, TRUE);
  73         done_top(top_);
  74         sfree(top_);
  75     }
  76
  77     if (frame_ != NULL)
  78     {
  79         sfree(frame_->x);
  80         sfree(frame_->v);
  81         sfree(frame_->f);
  82         sfree(frame_);
  83     }
  84 }
  85
  86 void TopologyManager::requestFrame()
  87 {
  88     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL,
  89                        "Frame must be requested before initializing topology");
  90     if (frame_ == NULL)
  91     {
  92         snew(frame_, 1);
  93     }
  94 }
  95
  96 void TopologyManager::requestVelocities()
  97 {
  98     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
  99                        "Velocities requested before requesting a frame");
 100     frame_->bV = TRUE;
 101     if (frame_->natoms > 0)
 102     {
 103         snew(frame_->v, frame_->natoms);
 104     }
 105 }
 106
 107 void TopologyManager::requestForces()
 108 {
 109     GMX_RELEASE_ASSERT(frame_ != NULL,
 110                        "Forces requested before requesting a frame");
 111     frame_->bF = TRUE;
 112     if (frame_->natoms > 0)
 113     {
 114         snew(frame_->f, frame_->natoms);
 115     }
 116 }
 117
 118 void TopologyManager::loadTopology(const char *filename)
 119 {
 120     char    title[STRLEN];
 121     int     ePBC;
 122     rvec   *xtop = NULL;
 123     matrix  box;
 124
 125     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 126     snew(top_, 1);
 127     read_tps_conf(gmx::test::TestFileManager::getInputFilePath(filename).c_str(),
 128                   title, top_, &ePBC, frame_ != NULL ? &xtop : NULL,
 129                   NULL, box, FALSE);
 130
 131     if (frame_ != NULL)
 132     {
 133         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 134         frame_->natoms = top_->atoms.nr;
 135         frame_->bX     = TRUE;
 136         snew(frame_->x, frame_->natoms);
 137         std::memcpy(frame_->x, xtop, sizeof(*frame_->x) * frame_->natoms);
 138         frame_->bBox   = TRUE;
 139         copy_mat(box, frame_->box);
 140     }
 141
 142     sfree(xtop);
 143 }
 144
 145 void TopologyManager::initAtoms(int count)
 146 {
 147     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ == NULL, "Topology initialized more than once");
 148     snew(top_, 1);
 149     init_t_atoms(&top_->atoms, count, FALSE);
 150     for (int i = 0; i < count; ++i)
 151     {
 152         top_->atoms.atom[i].m = (i % 3 == 0 ? 2.0 : 1.0);
 153     }
 154     if (frame_ != NULL)
 155     {
 156         frame_->flags  = TRX_NEED_X;
 157         frame_->natoms = count;
 158         frame_->bX     = TRUE;
 159         snew(frame_->x, count);
 160         if (frame_->bV)
 161         {
 162             snew(frame_->v, count);
 163         }
 164         if (frame_->bF)
 165         {
 166             snew(frame_->f, count);
 167         }
 168     }
 169 }
 170
 171 void TopologyManager::initAtomTypes(int count, const char *const types[])
 172 {
 173     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 174     atomtypes_.reserve(count);
 175     for (int i = 0; i < count; ++i)
 176     {
 177         atomtypes_.push_back(strdup(types[i]));
 178     }
 179     snew(top_->atoms.atomtype, top_->atoms.nr);
 180     for (int i = 0, j = 0; i < top_->atoms.nr; ++i, ++j)
 181     {
 182         if (j == count)
 183         {
 184             j = 0;
 185         }
 186         top_->atoms.atomtype[i] = &atomtypes_[j];
 187     }
 188 }
 189
 190 void TopologyManager::initUniformResidues(int residueSize)
 191 {
 192     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 193     int residueIndex = -1;
 194     for (int i = 0; i < top_->atoms.nr; ++i)
 195     {
 196         if (i % residueSize == 0)
 197         {
 198             ++residueIndex;
 199         }
 200         top_->atoms.atom[i].resind = residueIndex;
 201     }
 202 }
 203
 204 void TopologyManager::initUniformMolecules(int moleculeSize)
 205 {
 206     GMX_RELEASE_ASSERT(top_ != NULL, "Topology not initialized");
 207     int index = 0;
 208     top_->mols.nalloc_index = (top_->atoms.nr + moleculeSize - 1) / moleculeSize + 1;
 209     snew(top_->mols.index, top_->mols.nalloc_index);
 210     top_->mols.nr = 0;
 211     while (index < top_->atoms.nr)
 212     {
 213         top_->mols.index[top_->mols.nr] = index;
 214         ++top_->mols.nr;
 215         index += moleculeSize;
 216     }
 217     top_->mols.index[top_->mols.nr] = top_->atoms.nr;
 218 }
 219
 220 } // namespace test
 221 } // namespace gmx