Merge branch 'release-4-6', adds the nbnxn functionality
[alexxy/gromacs.git] / src / gromacs / selection / selectionoptionstorage.h
1 /*
2  *
3  *                This source code is part of
4  *
5  *                 G   R   O   M   A   C   S
6  *
7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
8  *
9  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
10  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
11  * Copyright (c) 2001-2009, The GROMACS development team,
12  * check out http://www.gromacs.org for more information.
13
14  * This program is free software; you can redistribute it and/or
15  * modify it under the terms of the GNU General Public License
16  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
17  * of the License, or (at your option) any later version.
18  *
19  * If you want to redistribute modifications, please consider that
20  * scientific software is very special. Version control is crucial -
21  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
22  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
23  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
24  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
25  *
26  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
27  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
28  *
29  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
30  */
31 /*! \internal \file
32  * \brief
33  * Declares gmx::SelectionOptionStorage.
34  *
35  * \author Teemu Murtola <teemu.murtola@cbr.su.se>
36  * \ingroup module_selection
37  */
38 #ifndef GMX_SELECTION_SELECTIONOPTIONSTORAGE_H
39 #define GMX_SELECTION_SELECTIONOPTIONSTORAGE_H
40
41 #include "../options/optionstoragetemplate.h"
42 #include "selection.h"
43 #include "selectionenums.h"
44 #include "selectionoption.h"
45
46 namespace gmx
47 {
48
49 class SelectionOption;
50 class SelectionOptionManager;
51
52 /*! \internal \brief
53  * Converts, validates, and stores selection values.
54  *
55  * \see SelectionOptionManager
56  *
57  * \ingroup module_selection
58  */
59 class SelectionOptionStorage : public OptionStorageTemplate<Selection>
60 {
61     public:
62         /*! \brief
63          * Initializes the storage from option settings.
64          *
65          * \param[in] settings   Storage settings.
66          */
67         SelectionOptionStorage(const SelectionOption &settings);
68
69         virtual OptionInfo &optionInfo() { return info_; }
70         virtual const char *typeString() const { return "sel"; }
71         virtual std::string formatSingleValue(const Selection &value) const;
72
73         //! \copydoc SelectionOptionInfo::setManager()
74         void setManager(SelectionOptionManager *manager);
75
76         /*! \brief
77          * Adds selections to the storage.
78          *
79          * \param[in] selections  List of selections to add.
80          * \param[in] bFullValue  If true, the provided selections are the full
81          *      value of the option, and additional checks are performed.
82          * \throws  std::bad_alloc if out of memory.
83          * \throws  InvalidInputError if
84          *      - There is an incorrect number of selections in \p selections.
85          *      - Any selection in \p selections is not allowed for this
86          *        option.
87          *
88          * This function is used to add selections from SelectionOptionManager.
89          * It is called with \p bFullValue set to false from
90          * SelectionOptionManager::convertOptionValue(), and \p bFullValue set
91          * to true when parsing requested selections.
92          */
93         void addSelections(const SelectionList &selections,
94                            bool bFullValue);
95
96         // Required to access the number of values in selection requests.
97         // See SelectionCollection::Impl.
98         using MyBase::maxValueCount;
99         //! \copydoc SelectionOptionInfo::setValueCount()
100         void setAllowedValueCount(int count);
101         /*! \brief
102          * Alters flags for the selections created by this option.
103          *
104          * \param[in] flag        Flag to change.
105          * \param[in] bSet        Whether to set or clear the flag.
106          * \throws    std::bad_alloc if out of memory.
107          * \throws    InvalidInputError if selections have already been
108          *      provided and conflict with the given flags.
109          *
110          * If selections have already been provided, it is checked that they
111          * match the limitations enforced by the flags.  Pending requests are
112          * also affected.
113          *
114          * Strong exception safety guarantee.
115          */
116         void setSelectionFlag(SelectionFlag flag, bool bSet);
117
118     private:
119         virtual void convertValue(const std::string &value);
120         virtual void processSetValues(ValueList *values);
121         virtual void processAll();
122
123         SelectionOptionInfo     info_;
124         SelectionOptionManager *manager_;
125         SelectionFlags          selectionFlags_;
126 };
127
128 } // namespace gmx
129
130 #endif